상고이유를 판단한다.

1. 국세기본법 제81조의15는 제1항 본문 및 제2호에서 "과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ’과세전적부심사‘라 한다)를 청구할 수 있다."고 규정하고 있고, 제3항에서 "과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다."고 규정하고 있으며, 제8항의 위임에 따른 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문은 "과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다."고 규정하고 있다.

사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도마찬가지로 준수하여야 하는 점(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조) 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다.

2. 원심이 같은 취지에서, 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하지 아니하여 원고가 과세전적부심사 청구를 하기도 전에 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 하자가 중대·명백하여 무효이고, 이에 기초한 이 사건 배당소득세 본세 징수처분 및 가산세 부과처분 역시 아무런 근거가 없는 것이어서 무효라고 보아 원고의 주위적 청구를 받아들인 것은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 과세처분의 무효에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2016. 7. 20. 선고 2015누65607 판결】

【주문】 처분청패소

1. 이 법원에서 교환적으로 변경된 청구를 포함하여 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2013. 7. 10. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 6,491,887,500원의 소득금액변동통지(소득자 소외 1)는 무효임을 확인한다.

나.피고가 2013. 11. 12. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 배당소득세 본세 908,836,250원의 징수처분 및 납부불성실가산세 52,348,968원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용 부분

이 법원의 판결 이유 중 "1. 처분의 경위, 2. 원고의 주장, 3. 관계 법령" 부분은 아래와 같이 고치는 것을 제외하고는 제1심 판결 이유의 해당 부분(2면 9행부터 7면 8행까지)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

○ 4면 12행의 "원고가"부터 15행까지를 아래와 같이 고친다.

【원고가 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원천징수 배당소득세를 납부하지 아니하자 2013. 11. 12. 원고에 대하여 2010년 귀속 원천징수 배당소득세 합계 999,719,870원(본세 908,836,250원, 납부불성실가산세 90,883,625원)의 납부를 고지하였으며, 이 사건 소송 중인 2015. 8. 28. 위 납부불성실가산세를 90,883,625원에서 52,348,968원으로 감액경정하였다(이하에서는 위 배당소득세 납부고지 중 본세에 관한 부분을 ‘이 사건 배당소득세 본세 징수처분’이라 하고, 감액되고 남은 납부불성실가산세 52,348,968원에 관한 부분을 ‘이 사건 배당소득세 가산세 부과처분’이라 한다).】

○ 4면 20행부터 5면 2행까지를 삭제한다.

○ 5면 11행의 "이 사건 납세고지 역시 무효이다."를 "이 사건 배당소득세 본세 징수처분 및 가산세 부과처분 역시 무효이므로 취소되어야 한다."로 고친다.

○ 4면 18행, 5면 18행 내지 19행, 7면 2행의 각 "이 사건 납세고지"를 각 "이 사건 배당소득세 본세 징수처분 및 가산세 부과처분"으로 고친다.

○ 관계 법령은 이 판결의 별지로 바꾼다.

2. 주위적 청구에 대한 판단

가. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

1) 절차적 하자 유무

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항은 "과세예고통지 등을 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다"고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 "과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다"고 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의14 제4항 본문은 "과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다"라고 규정하고 있다.

그런데 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되므로 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 된다. 그리고 원천징수의무자인 법인이 원천징수하는 소득세의 납세의무를 이행하지 아니함에 따라 과세관청이 하는 납세고지는 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분에 해당하므로 선행처분인 소득금액변동통지에 하자가 존재하더라도 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 후행처분인 징수처분에 그대로 승계되지 아니한다. 따라서 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고, 소득금액변동통지가 당연무효가 아닌 한 징수처분에 대한 항고소송에서 이를 다툴 수는 없다(대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 등 참조). 이러한 법리에 의하면 소득금액변동통지는 원천징수하는 소득세의 납세의무를 확정하는 행정처분이라고 할 것이므로, 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문의 ‘과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정’에 소득금액변동통지도 당연히 포함된다고 보아야 한다.

이 사건에서, 피고가 2013. 6. 25. 원고에게 이 사건 선급금 중 2010. 3. 17.까지 회수하지 아니한 6,491,687,500원을 소외 1에 대한 배당으로 소득처분하여야 함에도 이를 누락하여 위 배당소득에 관한 원천징수세액을 고지할 예정이라는 내용으로 이 사건 과세예고통지를 하고, 2013. 7. 10. 원고에게 위 6,491,687,500원을 소외 1의 배당소득금액으로 한다는 내용의 이 사건 소득금액변동통지를 한 사실, 원고가 2013. 7. 22. 서울지방국세청장에게 이 사건 과세예고통지에 관하여 과세전적부심사를 청구한 사실, 서울지방국세청장이 2013. 9. 12. 원고의 과세전적부심사청구에 대하여 불채택결정을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

우선 구 국세기본법 제81조의15의 규정과 앞서 본 법리에 의하면, 같은 조 제1항에서 정하는 ‘과세예고통지’에서의 예고된 대상 처분은 납세자의 납세의무 존부 및 범위에 영향을 미치는 과세처분이지 단순한 징수처분은 아니라 할 것이므로, 이 사건 과세예고통지에서 예고된 과세처분은 원천징수하는 소득세의 납세의무를 확정하는 이 사건 소득금액변동통지이지 징수처분에 불과한 위 배당소득세 납부고지는 아니라고 보아야 한다. 그런데 피고는 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문에 따라 과세전적부심사결정이 있었던 2013. 9. 12.까지 해당 과세처분을 유보하지 아니하고 원고가 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하지 아니하여 아직 그 청구를 하기도 전인 2013. 7. 10. 이 사건 소득금액변동통지를 하였다. 따라서 이 사건 소득금액변동통지에는 위 규정에 위반한 절차적 하자가 존재한다.

2) 중대·명백한 하자에 해당하는지 여부

가) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별함에 있어서는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규에 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다(대법원 1990. 11. 27. 선고 90다카10862 판결 등 참조).

나) 먼저, 앞서 본 인정사실에 과세전적부심사에 관한 관계법령의 내용 등을 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고가 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이 사건 소득금액변동통지를 한 절차적 하자는 구 국세기본법이 납세자에게 보장하고 있는 과세전적부심사의 기회를 실질적으로 박탈한 것으로서 중대한 하자라고 봄이 타당하다.

① 과세전적부심사제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993호로 국세기본법이 개정되면서 도입된 것으로, 과세처분을 하기 전에 과세할 내용을 미리 납세자에게 통지하고 그 내용에 이의가 있는 납세자로 하여금 과세관청에 적법심사를 청구할 수 있도록 함으로써 납세자 권리구제의 실효성을 제고하기 위하여 마련된 절차이다. 납세자는 과세전적부심사를 청구하여 과세처분 전에 자신의 의견을 진술할 기회를 가질 수 있고, 이에 따라 과세관청은 사전에 위법·부당한 과세처분을 스스로 시정할 수 있게 되는바, 이러한 과세전적부심사제도는 과세처분에 관한 사전적·예방적 권리구제절차라는 데에 중요한 의미가 있다.

② 물론 사후적 권리구제절차로서 이의신청·심판청구·행정소송 등의 불복방법이 마련되어 있기는 하나, 일단 위법·부당한 과세처분이 행해지면 설사 그 후에 과세처분이 취소·변경된다고 하더라도 쟁송비용의 부담, 시간·노력의 낭비 등의 불이익은 회복하기 어려운 점, 과세전적부심사는 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송에 비하여 권리 구제의 폭이 넓을 뿐만 아니라 그 결정이 30일 이내에 이루어져 신속하게 구제받을 수 있는 점(구 국세기본법 제81조의15 제3항) 등을 고려하면, 과세전적부심사제도의 독자적 의의를 부정할 수 없다. 따라서 구 국세기본법 제81조의15 제2항에서 정하고 있는 예외사유에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 과세처분에 앞서 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 실질적으로 보장하여야 한다. 이 사건에서 납기전 징수 사유 등 위와 같은 예외사유는 찾아 볼 수 없다.

③ 구 국세기본법 제81조의15 제8항은 "과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다"고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제63조의14 제4항 본문은 "과세관청은 과세전적부심사결정이 있을 때까지 과세처분을 유보하여야 한다"고 규정하고 있는바, 이는 과세전적부심사의 기회를 실질적으로 보장하고 그 실효성을 확보하기 위한 것이므로, 단순히 훈시규정이라고 보기는 어렵다. 이 사건 과세예고통지에서도 과세처분은 과세전적부심사결정 이후 그 결과를 반영하여 이루어지는 것으로 설명하고 있다(갑 제19호증).

만약 과세관청이 과세전적부심사결정이 있기 전에 과세처분을 할 경우 납세자로서는 그것이 과세전적부심사청구에 대한 결정인지 아니면 종국적인 과세처분인지 혼동할 우려가 있고 그 불복방법에 관하여도 혼란을 겪어 사후적 구제절차를 제대로 거치지 못할 위험성도 있다. 이 사건 소득금액변동통지서에는 이것이 미리 예고된 과세전적부심사절차와 어떠한 관계가 있는지 및 불복절차는 어떻게 취하여야 하는지에 대한 아무런 설명이 없어 위와 같은 위험성이 더욱 크다고 볼 수밖에 없다.

따라서 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 하는 것은 납세자의 사전적 권리구제절차에 관한 권리를 침해하고, 과세전적부심사제도 자체를 형해화할 뿐만 아니라 과세전적부심사결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차에 관한 법률관계를 불분명하게 할 우려가 있는 것으로서 중요한 법규의 위반에 해당한다.

④ 더구나 이 사건의 경우, 피고의 이 사건 소득금액변동통지는 단순히 과세전적부심사결정이 있기 전에 행해진 것이 아니라, 구 국세기본법 제81조의15 제1항에서 정하고 있는 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간(과세예고 통지 등을 받은 날부터 30일 이내)조차 경과하지 아니하여 원고가 그 청구를 하기도 전에 행해진 사실은 앞서 본 바와 같은데, 구 국세기본법상 과세전적부심사절차보다 후행단계에서 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 원고의 과세전적부심사청구 자체가 무의미하게 되었다고 할 것이므로, 이는 애초부터 과세전적부심사의 기회를 봉쇄한 것과 다르지 않다. 또한 구 국세기본법 제81조의15 제7항에 의하면 납세자는 위 과세전적부심사 청구 기간 내에 과세전적부심사청구와 선택적으로 과세표준 및 세액을 조기에 결정해 줄 것을 신청할 수도 있는데, 피고는 그 기간이 경과하기 전에 과세처분을 함으로써 위와 같은 납세자의 사전 선택권을 침해하였다고도 볼 수 있다. 이러한 위 사정들을 고려하면, 이 사건 소득금액변동통지에 있어서 그 절차적 하자는 결코 가볍지 않다.

⑤ 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되며, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 이러한 적법절차의 원칙은 마찬가지로 준수되어야 하는 점(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 등 참조), 구 국세기본법 제81조의15 제2항은 예외적으로 납세자가 과세전적부심사청구를 할 수 없는 경우를 제한적으로 열거하고 있는 점 등에다가 앞서 본 바와 같은 사전구제절차로서 과세전적부심사제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 과세전적부심사제도의 실효적 보장을 위하여 마련된 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문의 입법취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 설령 적법한 과세전적부심사절차를 거친 경우에도 동일한 과세처분이 내려질 수밖에 없는 상황이었다고 하더라도, 피고가 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 함으로써 원고의 사전권리구제의 기회를 박탈한 이상 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다.

다) 다음으로, 위와 같은 하자의 존재는 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문 규정 자체에 의하여 객관적으로 명백하다. 즉 소득금액변동통지가 원천징수하는 소득세의 납세의무를 확정하는 행정처분이라는 것은 대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 이후 일관된 법리라고 할 것이고, 이에 따르면 소득금액변동통지가 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문의 ‘과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정’에 해당한다는 것도 객관적으로 명백하다고 보아야 한다.

또한 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서는 "다만, 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제7항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다."라고 규정하고 있는바, 이 사건에서 납기전 징수 사유 등 위 단서가 정하는 예외적 사유가 있다는 사정은 외형상으로도 전혀 찾아 볼 수 없다.

라) 이에 대하여 피고는, 비록 이 사건 소득금액변동통지가 과세전적부심사결정 전에 행해지긴 하였으나, 이 사건 소득금액변동통지에 따른 이 사건 배당소득세 본세 징수처분은 과세전적부심사결정 후에 행해졌으므로 원고의 사전권리구제 기회가 박탈당하였다고 볼 수 없어 그 하자가 중대·명백하지 않다는 취지로 주장한다.

그러나 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문이 정하고 있는 과세전적부심사결정이 있을 때까지 유보하여야 할 처분은 ‘과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정’이지 그 징수처분이 아니고, 징수처분의 근거가 된 과세처분과 별도로 해당 징수처분에 대하여 납세의무 자체를 다툴 수 있는 것도 아니라 할 것이어서(대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 등 참조), 이 사건 소득금액변동통지에 따른 징수처분이 과세전적부심사결정 후에 행해졌다고 하여 이미 박탈된 원고의 이 사건 소득금액변동통지에 관한 사전권리구제 기회의 하자가 치유되었다거나 그러한 하자가 존재하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

3) 소결론

따라서 이 사건 소득금액변동통지는 그 하자가 중대·명백하여 당연무효라고 할 것이다.

나. 이 사건 배당소득세 본세 징수처분 및 가산세 부과처분의 적법 여부

1) 앞서 본 바와 같이 이 사건 소득금액변동통지는 그 하자가 중대·명백하여 당연무효이므로, 이에 기초하여 행해진 이 사건 배당소득세 본세 징수처분 및 가산세 부과처분 역시 아무런 근거가 없는 것이어서 무효이다.

2) 다만, 원고는 이 사건 배당소득세 본세 징수처분 및 가산세 부과처분의 각 취소를 구하고 있는데, 원고의 위 각 취소 청구에는 무효를 선언하는 의미의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 할 것이므로, 원고의 청구를 받아들여 이 사건 배당소득세 본세 징수처분 및 가산세 부과처분을 각 취소하여야 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 법원에서 교환적으로 변경된 부분을 포함하여 원고의 주위적 청구는 모두 이유 있어 이를 인용할 것인바(따라서 예비적 청구에 대하여는 나아가 판단하지 아니한다), 이와 결론을 달리한 제1심 판결을 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2015. 10. 16. 선고 2015구합53831 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 이 사건 소 중 피고의 2013. 7. 10.자 소득금액변동통지와 피고가 2013. 11. 12. 원고에 대하여 한 배당소득세 908,836,250원의 납세고지에 대한 취소를 구하는 예비적 청구 부분을 각 각하한다.

2. 피고가 2013. 11. 12. 원고에 대하여 한 납부불성실가산세 52,348,968원의 부과처분을 취소한다.

3. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 엠에이티 주식회사와 소외 1간의 주식매매계약 및 소외 1의 주식 인수

1) 원고는 2010. 4. 23. 코스닥상장법인인 엠에이티 주식회사(이하 ‘엠에이티’라 한다)와 비상장법인인 주식회사 세진전자가 합병한 법인으로, 엠에이티는 합병전인 2005. 12. 29. 쇼이스트 주식회사(이하 ‘쇼이스트’라 한다)의 대주주인 소외 1과 사이에 소외 1 소유의 쇼이스트 주식 50,600주(이하 ‘이 사건 쇼이스트 주식’이라 한다)를 8,602,000,000원에 매수하기로 하는 주식매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

2) 엠에이티는 이 사건 매매계약에 따라 2005. 12. 29. 계약금 및 중도금으로 73억 원(이하 ‘이 사건 선급금’이라 한다)을 소외 1에게 지급하고, 이 사건 선급금에 대한 담보로 이 사건 쇼이스트 주식에 질권을 설정하며, 잔금 1,302,000,000원은 2006 사업연도부터 2009 사업연도까지의 이익달성 정도에 따라 금액을 조정하여 지급하기로 하면서 잔금 정산과 동시에 이 사건 쇼이스트 주식을 인도하기로 약정하였다.

3) 한편, 소외 1은 엠에이티의 이사회 및 임시주주총회 결의에 따라 2005. 12. 29. 엠에이티의 유상증자에 참여하여 엠에이티의 신주 1,294,320주(이하 ‘이 사건 엠에이티 주식’이라 한다)를 합계 7,299,964,800원(주당 5,640원)에 인수하였고, 엠에이티는 이 사건 매매계약의 매매대금 감액 또는 계약해지의 경우에 대비하여 이 사건 엠에이티 주식의 85%인 1,100,172주에 대하여 질권을 설정하였다.

나. 이 사건 매매계약의 해제

1) 이 사건 매매계약 체결 이후 쇼이스트의 경영난 등에 따른 소외 1의 요청에 의하여 엠에이티와 소외 1은 2006. 4. 17. 이 사건 매매계약을 합의해제하였고, 소외 1은 위 합의해제에 따라 엠에이티에게 부담하는 이 사건 선급금 반환의무의 이행을 담보하기 위하여 2005. 12. 29. 엠에이티에게 담보로 제공한 엠에이티 주식 1,100,172주에 추가하여 나머지 엠에이티 주식 194,148주에 대해서도 엠에이티에게 질권을 설정해 주었다.

2) 이 사건 매매계약의 해지 후 엠에이티는 소외 1의 요구에 따라 이 사건 쇼이스트 주식에 대한 질권을 해제하고, 장부상 이 사건 선급금을 미수금으로 전환하였다.

다. 이 사건 엠에이티 주식의 압류 및 양도

1) 성동세무서장은 2009. 6. 12. 엠에이티에게 소외 1의 조세체납액 합계 206,379,970원을 징수하기 위하여 이 사건 엠에이티 주식을 압류하였음을 통지하였다.

2) 이후 엠에이티와 합병한 원고는 2010. 3. 17. 이 사건 엠에이티 주식을 소외 2에게 1,022,512,800원에 매도한 뒤, 소외 1의 체납세액 합계 214,200,300원(가산금 포함)을 대납한 다음 2010. 12. 31. 이 사건 선급금과 소외 1의 체납세액 대납금 합계 7,514,200,300원에서 이 사건 엠에이티 주식의 처분대금 1,022,512,800원을 차감한 6,491,687,500원을 대손충당금으로 처리한 후 세무조정시 손금불산입 유보처분하였다가 2011. 2. 18. 위 6,491,687,500원에 대하여 회수가능성이 없고 담보물인 이 사건 엠에이티 주식을 모두 처분하였다는 사유로 전액 제각처리하였다.

라. 피고의 과세처분 및 원고의 불복 경과

1) 피고는 이 사건 선급금 중 특수관계가 소멸한 때인 2010. 3. 17.까지 회수하지 아니한 6,491,687,500원은 소외 1에 대한 배당으로 소득처분하여야 한다는 광주지방국세청장의 감사지적에 따라 2013. 6. 25. 원고에게 과세예고통지(이하 ‘이 사건 과세예고통지’라 한다)를 한 후 위 6,491,687,500원을 소외 1에 대한 배당으로 소득처분하여 2013. 7. 10. 원고에게 그에 따른 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지‘라 한다)를 하였고, 원고가 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원천징수 배당소득세를 납부하지 아니하자 2013. 11. 12. 원고에 대하여 2010년 귀속 원천징수 배당소득세 합계 999,719,870원(납부불성실가산세 90,883,625원 포함)을 납부하도록 고지(이하 ’이 사건 납세고지‘라 한다)하였다.

2) 원고는 이 사건 과세예고통지를 받은 후 2013. 7. 22. 서울지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였으나 서울지방국세청장은 2013. 9. 12. 불채택결정을 하였고, 이후 이 사건 납세고지에 불복하여 2014. 2. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 11. 19. 원고의 청구를 기각하였다.

3) 한편 피고는 이 사건 소송 중인 2015. 8. 28. 위 배당소득세 합계 999,719,870원 중 납부불성실가산세를 90,883,625원에서 52,348,968원으로 감액경정하였다[이하에서는 이와 같이 감액되고 남은 961,185,218원(납부불성실가산세 52,348,968원 포함)의 납세고지를 ‘이 사건 납세고지‘라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6 내지 15, 18 내지 20호증, 을 제1, 2, 4, 5, 11, 14, 15호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 주위적 청구

피고는 2013. 6. 25. 원고에게 이 사건 과세예고통지를 한 후 원고의 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전인 2013. 7. 10. 이 사건 소득금액변동통지를 하였는바, 이는 국세기본법이 보장하고 있는 원고의 사전 권리구제기회를 박탈하는 것으로서 그 하자가 중대·명백하므로 무효이고, 이 사건 소득금액변동통지가 무효인 이상 원고에게 납세의무가 성립되지 않으므로, 이 사건 납세고지 역시 무효이다.

나. 예비적 청구

1) 설령 이 사건 소득금액변동통지와 납세고지의 하자가 중대·명백하지 않다고 하더라도, 이 사건 소득금액변동통지와 납세고지에는 아래와 같은 실체적 위법사유가 있어 모두 취소되어야 하는바, 원고는 피고가 제공한 과세예고통지서, 과세전적부심사청구에 대한 결정통지서, 과세전적부심사결정서 등으로 인해 불복방법을 혼동하여 이 사건 소득금액변동통지에 대한 전심절차를 경유하지 못하였고, 이 사건 소득금액변동통지와 기본적 사실관계 및 법률문제가 동일한 이 사건 과세예고통지 및 이 사건 납세고지에 대하여 전심절차를 거침으로써 국세청장과 조세심판원에 재판단의 기회를 부여하였으므로, 원고가 이 사건 소득금액변동통지에 대하여 전심절차를 거치지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

2) 실체적 위법사유

가) 주위적으로, 원고(합병 전 엠에이티)는 주식을 발행하면서 자기주식 취득에 관한 법률상 제한을 피하기 위하여 소외 1의 명의를 차용한 후 원고 소유의 금원으로 자기주식에 대한 주금을 납부하고 이를 제3자에게 전매할 때까지 그 명의를 명의대여자인 소외 1로 유지한 것인데, 2006. 4. 17. 이 사건 매매계약의 합의해제로 인하여 원고는 소외 1에게 이 사건 쇼이스트 주식을 반환하고, 소외 1은 원고에게 이 사건 엠에이티 주식 전부에 대해 질권을 설정해줌으로써 원고와 소외 1 사이의 교환계약관계는 사실상 모두 청산되었다. 또한, 이 사건 선급금은 원고가 자기주식인 이 사건 엠에이티 주식의 주금을 납부하기 위하여 소외 1의 명의만을 빌려 장부상 소외 1에게 이전되었다가 회복된 것으로 기재된 것에 불과하여 해당 금액이 사외로 유출된바 없고, 위와 같이 엠에이티와 소외 1 사이의 청산관계가 종료하여 단지 이 사건 엠에이티 주식의 형식적 명의만 소외 1로 되어 있는 상태에서 엠에이티가 2010. 3.경 이 사건 엠에이티 주식을 그 발행일인 2005. 12.경의 주식가치보다 하락된 금액으로 매도한 것에 대하여 그 하락으로 인한 차액이 소외 1에게 귀속된 이익이라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 선급금에서 이 사건 엠에이티 주식의 소외 2에 대한 양도대금을 제외한 나머지 금액(이하 ‘이 사건 매각 차액’이라 한다)은 사실상 존재하지 않는 채권의 장부상 처리에 불과하여 이를 익금에 산입할 가지급금이나 대여금으로 볼 수 없고, 원고가 대납한 소외 1의 체납세액 합계 214,200,300원(이하 ‘이 사건 대납세액’이라 한다)은 이 사건 엠에이티 주식에 대한 압류를 해제시키기 위한 목적으로 대납한 것에 불과하여 역시 가지급금이나 대여금으로 볼 수 없다. 그럼에도 피고는, 이 사건 매각 차액 및 이 사건 대납세액이 사외에 유출되어 명목상 주주인 소외 1에게 지급된 것으로 보아 이를 배당으로 소득처분하고 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 납세고지를 하였으므로, 이는 모두 위법하여 취소되어야 한다.

나) 예비적으로, 설령 이 사건 매각 차액 및 이 사건 대납세액이 가지급금에 해당한다고 하더라도 소외 1은 이 사건 매매계약의 합의해제시 이 사건 선급금에 상당하는 이 사건 엠에이티 주식에 질권을 설정하여 담보를 제공하였고, 소외 1에게 집행가능 재산이 없어 회수불능채권에 해당하므로 이 사건 매각 차액 및 이 사건 대납세액은 익금산입에서 배제되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 주위적 청구에 대한 판단

이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 납세고지의 효력에 관하여 보건대, 피고가 원고에게 이 사건 과세예고통지를 한 후 원고의 과세전적부심사청구 및 그에 대한 결정이 있기 전에 이 사건 소득금액변동통지를 하였음은 앞에서 본 바와 같다.

그러나, 과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아닌 점(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 참조), 원고가 과세전적부심사를 청구할 기회를 얻지 못하였다고 하더라도, 이 사건 소득금액변동통지 및 납세고지에 대하여는 사후적 구제절차로서 법령에서 규정한 이의신청·심판청구·행정소송 등의 절차를 통하여 불복할 수 있는 절차가 남아 있으며, 실제 원고는 조세심판원에 이 사건 납세고지의 취소를 구하는 심판청구를 하여 기각결정을 받고 이 사건 소송을 제기한 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 과세예고 통지에 대한 과세전적부심사결정이 있기 전에 이 사건 소득금액변동통지를 함으로써 결과적으로 원고에게 과세전적부심사청구의 기회를 주지 않았다고 하더라도 그러한 하자가 이 사건 소득금액변동통지를 무효로 할 정도로 중대·명백한 것이라고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 소득금액변동통지에 당연무효사유가 있다고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없고, 이 사건 소득금액변동통지가 무효임을 전제로 원고에게 납세의무가 성립하지 아니하여 이 사건 납세고지도 무효라고 하는 원고의 주장 역시 이유 없다.

5. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분의 적법 여부에 대한 판단

가. 이 사건 소득금액변동통지에 대한 취소청구 부분의 적법여부

1) 이에 대하여 피고는 본안 전 항변으로, 원고는 이 사건 소득금액변동통지에 대하여 심판청구 등의 불복절차를 이행하지 않았으므로, 그 취소 청구 부분은 전심절차를 경유하지 아니하여 부적법하다고 주장한다.

2) 국세기본법 제56조 제2항, 제68조 제1항에 의하면 국세처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항, 제3항의 규정에 불구하고 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없으며, 심사청구 또는 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하는바, 국세처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐야 하는 필요적 전치주의가 적용된다. 다만, 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결 등 참조).

3) 한편, 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되므로 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는데(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결), 이 사건 소득금액변동통지에 관하여 원고가 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구를 거치지 아니하였음은 당사자 사이에 다툼이 없다.

4) 이에 대하여 원고는, 피고가 원고의 과세전적부심사청구 후 그에 대한 결정이 있기 전에 이 사건 소득금액변동통지를 하였음에도 과세전적부심사를 함에 있어 원고에게 불복방법 선택에 관한 문제점을 알려 소득금액변동통지에 관한 불복방법을 선택할 기회를 주지 않았고, 과세전적부심사청구에 대한 통지를 함에 있어 그 표지에 ‘이의신청 결정 통지’ 내지 ‘이의신청에 대한 결과 통지’라고 기재하여 원고를 혼동하게 하였으며, 위 과세전적부심사결정서에서는 ‘청구한 내용이 불채택결정된 경우 추후 납세고지서를 받은 날로부터 90일 이내에 이의신청·심사청구 또는 심판청구 등의 불복청구를 할 수 있다’고 알림으로써 원고로 하여금 이 사건 소득금액변동통지에 대한 불복절차를 밟기 어렵게 하였는바, 원고는 피고의 위와 같은 절차 안내에 따름으로써 이 사건 소득금액변동통지에 대한 불복절차를 거치지 못한 것이므로 이 부분 소의 적법 요건을 갖추지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 주장한다.

살피건대, 행정소송법은 제18조 제1항에서 ‘취소소송은 법령의 규정에 의하여 당해 처분에 대한 행정심판을 제기할 수 있는 경우에도 이를 거치지 아니하고 제기할 수 있다. 다만, 다른 법률에 당해 처분에 대한 행정심판의 재결을 거치지 아니하면 취소소송을 제기할 수 없다는 규정이 있는 때에는 그러하지 아니하다’고 규정하고, 제2항에서 ‘제1항 단서의 경우에도 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 있는 때에는 행정심판의 재결을 거치지 아니하고 취소소송을 제기할 수 있다.’고 규정하면서 제4호에서 ‘그 밖의 정당한 사유가 있는 때’를 들고 있다. 갑 제20호증의 기재에 의하면 서울지방국세청장이 원고에게 과세전적부심사청구에 대한 결정서를 통지함에 있어 통지서의 제목을 ‘이의신청 결정 통지’라고 기재하였고, 결정서 표지에는 불복청구의 기간 등에 관하여 원고의 주장과 같은 내용이 기재되어 있는 사실이 인정된다. 그러나 통지서의 제목이 위와 같이 기재되어 있다고 하더라도 그에 첨부된 결정서에는 "과세전적부심사결정서"라는 제목 하에 원고의 과세전적부심사청구에 대한 판단 내용이 기재되어 있으므로 단순히 통지서의 제목이 잘못 기재되어 있다는 이유만으로 원고에게 어떠한 혼동을 일으켰다고 보기 어렵고(특히, 원고는 세무사를 대리인으로 선임하여 과세전적부심사를 신청하였고, 위 결정서 또한 대리인인 세무사에게 송달된 것으로 보이는 점을 고려하면 더욱 그러하다), 서울지방국세청장의 이 사건 과세예고통지에 대한 과세전적부심사결정이 있기 전에 피고가 이 사건 소득금액변동통지를 하였다고 하여 서울지방국세청장이 위 과세전적부심사 과정에서 원고에게 소득금액변동통지에 관한 불복방법을 별도로 알릴 의무가 있다고 볼 수도 없다. 또한, 과세전적부심사결정서에 위와 같은 내용이 기재되어 있다고 하더라도, 이는 과세전적부심사의 결정에 따른 후속 조치에 대한 일반적인 불복절차를 안내한 것일 뿐, 위와 같은 과세전적부심사결정서의 문구와 이 사건 소득금액변동통지에 대한 불복절차 사이에 직접적인 관련이 있다고 볼 수 없으며, 이로 인하여 원고가 이 사건 소득금액변동통지에 대한 전심절차를 거치는데 어떠한 지장이 있었다고 볼 수 없다.

결국, 원고가 주장하는 사유만으로는 이 사건 소득금액변동통지에 대하여 전심절차를 거치지 않은 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 또한, 설령 원고의 주장과 같이 정당한 사유가 있다거나 이 사건 소득금액변동통지에 대하여 별도의 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에 해당한다고 하더라도, 국세기본법에는 그 경우에 관한 별도의 제소기간 규정이 없으므로 원고로서는 행정소송법 제20조 제1항에 따라 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 이 사건 소득금액변동통지에 대한 취소를 구하는 소송을 제기하여야 한다. 그러나 이 사건 소득금액변동통지서가 2013. 7. 12. 원고에게 송달되었음은 당사자 사이에 다툼이 없고, 이 사건 소는 위 송달일로부터 90일이 경과한 이후인 2015. 2. 10. 제기되었음이 기록상 명백하다.

따라서 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 예비적 청구 부분은 전심절차를 거치지 아니한 채 제소기간 도과 후에 제기된 것으로서 부적법하다.

나. 이 사건 납세고지에 대한 취소 청구 부분의 적법 여부

직권으로 이 사건 납세고지에 대한 취소청구 부분의 적법여부에 관하여 본다.

앞서 본 바와 같이 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수하는 소득세의 납세의무는 원천징수의무자인 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 성립 및 확정되어 그 소득금액변동통지가 항고소송의 대상이 되고, 원천징수의무자인 법인이 원천징수하는 소득세의 납세의무를 이행하지 아니함에 따라 과세관청이 납세고지서를 발부하였다고 하더라도 이는 소득세 본세에 관한 한 이미 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분에 불과할 뿐, 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없다(대법원 1995. 2. 3. 선고 94누910 판결, 대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결 등 참조). 또한, 선행처분인 소득금액변동통지에 하자가 존재하더라도 그 하자가 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 후행처분인 징수처분에 그대로 승계되지 않으므로 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고 그 소득금액변동통지가 당연무효가 아닌 한 징수처분에 대한 항고소송에서 이를 다툴 수는 없다(대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 소득금액변동통지에 당연무효 사유가 존재하지 않는다는 점과, 피고가 2013. 7. 10. 원고에게 이 사건 소득금액변동통지를 한 후 원고가 그에 따른 원천징수 배당소득세를 납부하지 아니하자 2013. 11. 12. 원고에 대하여 원천징수 배당소득세 908,836,250원과 납부불성실가산세 90,883,625원(이후 52,348,968원으로 감액경정)을 납부하도록 고지한 사실은 앞에서 본 바와 같다. 그렇다면, 위 배당소득세 본세의 납세고지 부분은 이 사건 소득금액변동통지에 의하여 확정된 배당소득세를 징수하기 위하여 그 납부를 독촉하는 고지를 한 것에 불과하므로 항고소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 납세고지 중 배당소득세 908,836,250원의 납세고지에 대한 취소청구 부분은 부적법하다.

다만, 이 사건 납세고지 중 납부불성실가산세 52,348,968원에 대한 납세고지(이하 ‘가산세 부과고지’라 한다)의 경우 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의4 제1항 제1호에 따라 납부하지 아니한 배당소득세액에 대하여 본세와 별도로 성립한 납부불성실가산세를 결정·고지한 것이므로 취소소송의 대상이 되는 과세처분에 해당하고, 따라서 이 부분의 취소를 구하는 소는 적법하다.

6. 가산세 부과고지의 적법 여부

가. 이 사건에서 가산세 부과고지가 적법한지 여부는 결국 피고가 이 사건 선급금과 이 사건 대납세액의 합계 7,514,200,300원에서 이 사건 엠에이티 주식의 처분대금 1,022,512,800원을 차감한 6,491,687,500원(이하 ‘이 사건 미수금’이라 한다)을 소외 1에 대한 배당으로 소득처분하여 원고에게 이 사건 소득금액변동통지를 하고 그에 따른 배당소득세를 부과한 것이 적법한지 여부에 달려 있다고 할 것이므로, 이하에서는 이 사건 소득금액변동통지의 적법여부에 관하여 본다.

나. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제15조, 제28조 제1항 제4호 나목, 제67조, 같은 법 시행령(2011. 3. 2. 대통령령 제22687호로 개정되기 전의 것) 제11조, 제87조, 제106조에 의하면, 명칭여하에 불구하고 법인의 업무와 관련이 없이 주주 등의 특수관계자에게 대여한 자금(가지급금)으로서 그 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금 등은 익금에 포함되고, 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 귀속자가 주주(임원 또는 사용인인 주주는 제외)인 경우 그 귀속자에 대한 ‘배당’으로 소득처분 하도록 규정하고 있다.

다. 이와 관련하여 원고는, 소외 1은 이 사건 매매계약의 합의해제 전후를 불문하고 이 사건 엠에이티 주식의 명목상 주주에 불과하므로, 피고가 이 사건 미수금이 사외에 유출되어 소외 1에게 지급된 것으로 보고 이 사건 소득금액변동통지 및 납세고지를 한 것은 위법하다고 주장한다.

1) 살피건대, 소외 1이 이 사건 매매계약의 합의해제 전후에 이 사건 엠에이티 주식의 실질 주주에 해당하는지 여부는 원고와 소외 1간에 이루어진 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 구체적인 세법 적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장 내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 지급방법, 거래의 경과 등 그 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다(대법원 1993. 7. 27. 선고 1990누10384 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두19628 판결 등 참조).

2) 먼저 소외 1이 이 사건 매매계약이 합의해제되기 전에 이 사건 엠에이티 주식의 실질 주주였는지 여부와 관련하여 이 사건 매매계약 및 소외 1의 이 사건 엠에이티 주식인수에 관하여 보건대, 원고는, 원고가 자기주식을 발행하면서 법률상의 제한을 피하기 위해 소외 1의 명의를 차용하여 원고 소유의 금원으로 이 사건 엠에이티 주식을 인수한 것이고, 이후 이를 제3자에게 전매할 때까지 소외 1의 명의를 유지한 것이라고 주장한다. 그러나 갑 제5 내지 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 사업확장을 위해 영화 제작·배급사인 쇼이스트를 인수하고자 하였고, 인수 방법으로 포괄적 주식교환 방식을 고려하다가 쇼이스트의 주식 50.6%를 보유하고 있는 소외 1로부터 그 주식을 취득하면서 그 평가액에 상당한 엠에이티의 신주를 발행하여 소외 1에게 교부하는 방식으로 쇼이스트의 인수를 추진한 사실, 원고는 이를 위해 쇼이스트 주식에 대한 회계법인의 평가를 거친 후 소외 1 소유 주식의 평가액에 맞추어 엠에이티의 신주를 발행한 사실, 원고는 이 사건 매매계약과 동시에 이 사건 선급금을 담보하기 위한 질권설정계약을 체결하여 소외 1 소유의 이 사건 쇼이스트 주식에 대해 질권을 설정한 사실이 인정되는바, 이에 의하면 원고는 이 사건 매매계약을 통해 소외 1이 보유하고 있던 쇼이스트 주식을 취득하고, 소외 1은 그 매매대금으로 이 사건 엠에이티 주식을 인수함으로써 원고의 실질적인 주주가 되었다고 봄이 상당하고, 이 사건 매매계약에 전제조건(2006년 이내에 총 75억 원 이상의 유상증자를 유치하고, 2006년~2009년 회계연도까지 연평균 30억 원 이상의 당기순이익을 달성할 것) 및 해제권이 유보되어 있었다거나 소외 1이 사실상 원고로부터 받은 이 사건 선급금으로 이 사건 엠에이티 주식 인수 대금을 지급하였다는 사정만으로 이 사건 매매계약에 따른 원고의 쇼이스트 주식 인수가 그 효력이 없다거나 소외 1이 단순히 이 사건 엠에이티 주식의 명의수탁자에 불과하다고 볼 수는 없다.

3) 다음으로 이 사건 매매계약의 합의해제 이후에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들과 갑 제9호증, 을 제12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 이 사건 쇼이스트 주식 매수 및 소외 1의 이 사건 엠에이티 주식 인수는 형식적으로는 별개의 주식매매(인수)계약이지만 실질적으로는 원고가 소외 1에게 이 사건 선급금을 지급하여 이 사건 쇼이스트 주식을 취득하고 소외 1은 같은 날 이 사건 선급금으로 그에 상당하는 이 사건 엠에이티 주식을 취득한 것으로서, 사실상 별도의 자금 지출 없이 원고와 소외 1이 서로의 주식을 교환한 것이므로, 이 사건 매매계약의 해제에 따른 정산 역시 각자 취득한 주식을 반환하는 방법으로 이루어질 수 있는데, 코스닥상장법인의 경우 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제341조 및 구 증권거래법(2007. 7. 19. 법률 제8527호로 개정되기 전의 것) 제189조의2에서 일정한 경우에 일정한 방법에 의해서만 자기주식을 취득할 수 있도록 하고 있어 원고가 직접 그 명의로 이 사건 엠에이티 주식을 보유할 수 없는 관계로, 원고와 소외 1은 이 사건 엠에이티 주식에 관하여 형식적으로는 소외 1의 명의를 유지하되 원고가 그에 대한 질권을 설정하면서 유질계약을 체결함으로써 그 처분권한을 보유하는 형식을 취한 것으로 보이는 점, ② 실제로 2006. 4. 17. 이 사건 매매계약의 합의해제 이후 2010년경 원고가 이 사건 엠에이티 주식을 소외 2에게 매도할 때까지 소외 1이 원고의 주주로서 권리를 행사하거나 경영에 관여하였음을 인정할 자료가 없고, 이 사건 엠에이티 주식의 매도 역시 소외 1과의 협의 없이 원고가 단독으로 실행한 것으로 보이는 점, ③ 원고는 위와 같이 별도의 자금 지출 없이 소외 1과 주식을 교환하였다가 이 사건 매매계약의 해제에 따라 이 사건 쇼이스트 주식을 소외 1에게 반환하고, 소외 1로부터 이 사건 엠에이티 주식의 처분권을 취득함으로써 사실상 이를 반환받은 것으로 볼 수 있는데, 이와 같이 상호 정산이 완료되었음에도 이후에 원고가 소외 1에게 주주로서의 지위나 권한을 부여할 별다른 이유는 없는 것으로 보이는 점, ④ 원고가 이 사건 매매계약의 합의해제 이후 장부상 이 사건 선급금을 미수금으로 계상하였음은 앞서 본 바와 같고, 2007년경 금융감독위원회에 주요경영사항 신고를 하면서 주요주주명에 소외 1을 기재하였음은 피고의 주장과 같으나, 이는 위와 같이 이 사건 매매계약의 해제 이후에도 이 사건 엠에이티 주식의 명의를 소외 1로 유지함에 따라 그에 맞추어 이루어진 것으로 보이고, 그러한 사정만으로 원고가 소외 1을 이 사건 엠에이티 주식의 실질적인 소유자로 인정하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 매매계약의 합의해제 이후 소외 1은 이 사건 엠에이티 주식의 명의상 주주에 불과하여 원고의 특수관계자에 해당하지 않는다고 할 것이고, 따라서 이 사건 미수금이 소외 1에게 귀속된 이익이라고 볼 수도 없다.

4) 그러므로, 이와 달리 이 사건 미수금을 특수관계자에게 지급된 대여금 또는 가지급금으로 보아 이를 소외 1에 대한 배당으로 소득처분하여 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하고, 원고가 그에 따른 배당소득세를 납부하지 않았음을 이유로 한 가산세 부과고지 역시 위법하여 취소되어야 한다(실체적 위법사유에 관한 원고의 주위적 주장을 받아들여 가산세 부과고지를 취소하는 이상, 원고의 예비적 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).

7. 결론

원고의 주위적 청구는 이유 없으므로 이를 기각하고, 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지와 피고가 2013. 11. 12. 원고에 대하여 한 배당소득세 본세 908,836,250원의 납세고지에 대한 취소를 구하는 예비적 청구 부분은 부적법하므로 각 각하하며, 원고의 예비적 청구 중 피고가 2013. 11. 12. 원고에 대하여 한 납부불성실가산세 52,348,968원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

국세기본법 제81조의15 제1항