피고 소송대리인의 상고이유를 본다.

이 사건 과세요건 성립당시의 지방세법(1986.12.31. 법률 제3878호로 개정되기 전의 것) 제110조의3 제3항 제13호 및 제128조의2 제3항 제15호에 의하면, 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 그 취득세 및 등록세를 면제한다(다만, 건물바닥면적의 7배를 초과하는 부속토지는 그러하지 아니하다)라고 규정하고 있고 이에 따른 지방세법시행령(1984.4.6. 대통령령 제11399호로 개정되기 전의 것) 제79조의10 및 제98조의5에서는 위 지방세법 조항에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 독립된 연구용시설 및 기자재를 갖추고 30인 이상의 연구전담요원(자연계분야 학사이상의 학위를 가진 자이어야 한다)이 상시근무하는 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다고 정의하고 있는 바, 위와 같은 연구소용 부동산취득에 대하여 면세혜택을 주는 것은 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하는데 그 취지가 있다할 것이다.

원심이 적법히 확정한 사실에 의하면, 원고는 1975년경부터 서울 ○○구 ○○동 327의 23에다 ○○사 중앙연구소를 설치, 연구활동을 하여 오면서 1982.2.20 과학기술처장관으로부터 위 법령에 의한 지방세 면제대상연구소로 인정을 받아 운영하여 오다가 위 연구소가 공단내에 위치하고 있어 소음, 매연등으로 환경이 적합치 아니하여 적당한 장소로 이전하려던 중 마침 서울특별시장이 시행하는 서울 개포지구 택지개발사업지구내에 각종연구시설을 유치하여 연구단지로 조성할 계획이 책정되고 또 위 연구단지내의 부지를 직접 취득하지 아니하더라도 위 사업지구내의 임의의 토지를 취득하면 연구단지내의 토지로 집단이동환지를 받을 수 있다는 서울특별시장의 행정방침이 있었기 때문에 원고는 위 연구단지내로 기존의 위 ○○사 중앙연구소를 신축이전하기 위하여 그 부지를 취득하는 방법으로 이 사건 토지를 취득하게 된 것이고 사업시행자로부터 원래 목적한 바대로 연구단지내의 토지를 집단이동환지 받아 그 지상에 위 법령상의 면세요건에 적합한 연구소용건물을 건축 중에 있다는 것이다. 사정이 그러하다면 비록 원고가 당초 취득한 이 사건 토지상에 연구소용 건물을 건축하지 아니하고 이 사건 토지에 대하여 환지받은 위 연구단지내의 토지상에 연구소용 건물을 건축하게 되었다 하더라도 이 사건 토지취득의 목적이 궁극적으로 연구소용 건물부지로 사용할 연구단지내의 토지를 취득함에 있었고 결국 그 목적대로 이루어졌으므로 원고는 기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 것이라고 못볼바 아니고, 또한 과학기술처장관으로부터 지방세면세대상 연구소로 인정을 받아 연구활동을 하여오던 기존의 기업부설연구소를 위 인정과 같은 사정으로 그 인적ㆍ물적시설 일체를 그대로 이전하는 경우에는 위 면세규정의 입법취지로 볼 때 다시 과학기술처장관의 면세대상 연구소인정을 받아야 할 필요는 없다 할 것이니 같은 취지의 원심판단은 옳고, 거리에 소론과 같은 법리오해나 사실오인의 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고 소송비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 1985. 5. 2. 선고 84구383 판결】

【주문】 처분청패소

피고가 1983. 9. 14. 자로 원고에 대하여 한 등록세 금80,142,720원 및 동 방위세 금16,028,542원과 취득세 금84,543,156원의 부과처분은 이를 각 취소한다.

소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 원고가 1982. 12. 14.부터 1983. 2. 10. 사이에 서울 ○○구 ○○동 513의 3의 33필지의 토지 도합 67,399평방미터(이하 이사건 부동산이라 한다)를 매수하여 그 소유권이전등기를 마치자 피고는 1983. 9. 14. 원고에 대하여 주문기재의 등록세, 방위세 및 취득세의 각 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

원고는. 이 사건 부동산은 택지개발촉진법에 의하여 서울특별시장이 시행하는 서울, 개포지구(제3지구) 택지개발사업지구 내에 소재하고 있는데 원고는 「지방세법」제110조의3제3항제13호 , 제128조의2제3항제15호 , 동 시행령 제79조의10 및 제98조의5 에 규정된 과학기술처장관으로부터 지방세면세대상연구소인정을 받은 기업부설연구소를 운영하여 오는 법인으로서 기존의 연구소를 이전하여 그 부지로 사용하기 위하여 이사건 부동산을 취득한 것이므로 그 취득세, 등록세등이 면제되어야 하므로 이사건 각 부과처분은 위법하다고 주장한다.

살피건대 성립에 다툼이 없는 갑제9호증, 갑제10호증, 갑제14호증의1, 2, 갑제18호증, 갑제19호증의1, 갑제21호증, 갑제23호증의1 내지3, 갑제24호증의1, 2, 갑제27호증의1 내지 3, 갑제29, 30호증, 갑제40호증, 갑제49호증, 갑제50호증의1, 2의 각 기재에, 증인 곽○○의 증언에 의하여 각 진정성립을 인정할 수 있는 갑제33 내지 42호증, 갑제53호증의1 내지 62호증의 각 기재 및 갑제51, 52호증의 영상, 위 증인의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1975년경부터 서울 ○○구 ○○동 327의 23호에다가 ○○사 중앙연구소를 설치 130여명의 자연계분야 학사 학위이상의 학위소지자로 이루어진 연구진을 상근케하여 연구활동을 하여 오다가 1982. 2. 20. 과학기술처장관으로부터 위 법령에 의한 지방세 면제대상 연구소로 인정을 받은 연구소를 운영하는 법인체로서, 위 연구소가 위치하는 공단내의 소음, 매연, 진동등 환경이 적합치 아니하여 적당한 장소로 이를 이전하려던 중, 그 무렵 서울특별시장이 시행하는 서울 개포지구 택지개발사업지구내에 각종 연구시설을 유치하여 연구단지로 조성할 계획이 책정되고 또 원고가 위 연구단지내의 부지를 직접 취득하지 아니하더라도 위 사업지구내의 임의의 토지를 취득하면 연구단지내의 토지로 집단이동환지를 받을 수 있다는 서울특별시장의 행정방침에 따라 원고의 주거래 은행으로부터 연구소부지용 부동산을 취득하여도 좋다는 승인을 받고 이 사건 토지를 취득한 사실, 원고는 이사건 토지에 대하여 위 연구단지내의 토지를 집단이동환지를 해 달라고 요청하여 같은해 3. 30. 서울특별시장으로부터 연구단지내에 위치하는 별지도면 "A" 표시의 토지를 원고의 연구소용 부지로 집단환지해 주도록 환지계획이 수립되었다는 통지 및 공고를 접하게 되자 같은해 4. 1. 원고회사 내부에 "○○사 중앙연구소건설위원회"를 발족시켜 이전할 연구소의 건설업무를 전담케하는 한편, 일본, 서독 등의 저명한 건축전문회사등으로부터 연구소건축을 위한 자문을 받는 등 설계, 지질조사등 준비작업을 진행하여 왔는데 1983. 9. 24. 갑자기 원고의 연구소용 부지로 환지해 주기로 계획되었던 위 "A" 토지를 새세대 육영회가 주관하는 청소년회관 건설부지로 선정하게 되었다는 이유로, 같은 도면 "B"표시의 토지로 위치변경이 되어 그대로 환지예정지 지정이 된 사실, 이에 따라 원고는 새로이 "B"표시의 토지가 연구소 부지로서 적합한지의 여부를 조사한 결과 그 지상으로는 고압송전선이 통과하고 있고, 바로 경부고속도로와 인접하여 있는 관계상 지반의 진동, 소음이 있어 고도전자정밀기계 등의 설치 운용이 따르는 연구소용 부지로서는 적합하지 아니하다는 결론이 나게 되어 연구소 건설준비작업을 더 이상 진척시키지 못한 채 같은해 10. 경부터 수차에 걸쳐 서울특별시장에게 당초 원고에게 환지해 주기로 계획되어 공고까지 되었던 위 "A"표시의 토지로 환원하여 환지지정해 줄 것을 요청한 끝에 마침 위 청소년회관 건립계획이 취소되자 1984. 2. 13.에서야 서울특별시장으로부터 이 사건 토지에 관하여 감보율을 적용 감소된 서울 ○○구 우면동 개포지구 연구단지 B-1블록 내의 대지 34,876평방미터의 "A" 표시 토지로 환지가 변경되었다는 통지를 받기에 이른 사실, 원고는 그때로부터 위 연구소 건설을 위한 지질조사, 지하수개발공사, 지진진동조사등 기초 준비공사에 재착수하여 같은해 7. 경 준비공사를 마치고, 같은달 31. 자로 관할 구청으로부터 위 대지 34,876평방미터상에 건물 바닥 면적이 6,948.3평방미터인(따라서 대지의 면적이 건물바닥면적의 7배를 초과하지 아니한다)철근콩크리트조 지하 및 지상3층 옥탑 연건평 31,446.8 평방미터의 연구소용도의 건물 건축허가를 받고, 1984. 11. 1. 공사에 착수하여 공정을 진척시키고 있는 사실, 원고의 위 연구소 건설에는 예상 공사비만 금28,700,000,000원이 소요되고 그 준공에까지는 2년 정도가 소요되는 대규모 건축공사인 사실, 위 연구단지내의 토지는 사업시행자인 서울특별시장에 의하여 연구소용 이외의 건축이 규제되고 있는 사실을 각 인정할 수 있고 반증은 없다.

그런데 「지방세법」제110조의3제3항 에는 다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다 라고 면제대상을 열거하고 있고, 그 제13호에 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산, 다만 건물바닥면적의 7배를 초과하는 부속토지는 그러하지 아니한다 로 되어 있고, 같은 법 제128조의2제3항 에는 다음 각 호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다 라고 면제대상을 열거하고 있고 그 제15호에 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 관한 등기, 다만 건물바닥면적의 7배를 초과하는 부속토지는 그러하지 아니한다 라고 되어 있으며, 이사건 당시의 지방세법 시행령(1984. 4. 6. 대통령령 제11399호로 개정되기전까지의 영) 제79조의10 에선 법제110조의3제3항제13호 에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소라 함은 독립된 연구용시설 및 기자재를 갖추고 30인 이상의 연구전담요원(자연계분야 학사 학위 이상의 학위를 가진자 이어야 한다)이 상시 근무하는 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다 라고 되어 있고, 위 개정된 현행 대통령령에는 대통령령이 정하는 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 2년 이내에 독립된 연구용시설 및 기자재를 갖추고 30인 이상의 연구전담요원이 상시 근무하는 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다 라고 되어 있고, 같은 영 제98조의5 에서도 같은 취지의 규정을 두고 있는 바, 위 규정들의 취지와 그 개정경위 등을 종합할 때 기업의 과학기술연구를 장려하기 위한 정책적 고려하에 기업부실 연구소용으로 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 조세감면의 혜택을 부여하자는 뜻으로 새겨지므로 이 규정은 이 사건의 경우와 같이 이미 다른 장소에 기업부설연구소를 설치하고 그에 대한 과학기술처장관으로부터 지방세면제대상연구소인정을 받아 가지고 있던 기업이 이 사건에서와 같은 사정하에서 연구소를 이전, 확정하여야할 필요가 생겨 새 연구소를 신축하기 위한 부지인 부동산을 취득하는 경우에도 적용되는 취지라고 해석함이 상당하고, 또 피고 주장과 같이 바로 이 사건 토지자체에 관하여 과학기술처장관으로 부터의 면제대상연구소라는 인정을 별도로 받아야 한다고 보여지지도 않는다.

피고는, 원고가 서울특별시장으로부터 위 연구단지내의 토지를 환지받기 위한 수단으로 이사건 토지를 취득한 것이고, 이 사건 토지를 기업부설연구소용에 직접사용하기 위하여 취득한 것이 아니므로 지방세면제대상이 아니라는 취지의 주장을 하나, 원고는 당초부터 서울 개포(제3)지구 택지개발사업지구내에 소재하고 있는 연구단지내로 기존의 기업부설연구소를 신축이전하기 위하여 그 부지를 취득하는 방법으로 사업시행자로부터 연구단지내의 토지를 직접확보하지 아니하더라도 위 택지개발사업지구내의 임의의 토지를 취득 보유하면 이에 대하여 연구단지내의 토지를 집단이동환지해 주겠다는 말을 듣고 이 사건 토지를 취득한 것이고 원고가 사업시행자로부터 이 사건 토지에 대하여 위 연구단지내의 토지를 집단이동환지받아 그 지상에 연구소용건물을 건축중이라는 점등은 앞서 인정한 바와 같은바, 원고가 위 연구단지내의 토지를 바로 취득한 것과 택지개발사업이 시행되어 환지예정지 지정이 있기 전이었기 때문에 연구단지외의 다른 토지를 취득한 후 곧 그에 대하여 연구단지내의 토지로 환지받은 것과의 사이에 그 취급을 달리 하여야할 아무런 합리적인 근거가 없으므로 따라서 원고는 이 사건 토지를 기업부설연구소용으로 직접사용하기 위하여 취득한 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로 피고의 위 주장도 이유없다.

3. 따라서 면제대상인 원고의 이 사건 토지의 취득 및 그 등기에 관하여 이를 과세대상으로 보아 한 피고의 이사건 부과처분은 위법하여 각 그 취소를 면할 수 없다고 할 것인 즉 이를 구하는 원고의 이사건 청구는 이유있어 인용하고, 소송비용은 패소인인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

구 지방세법(1986.12.31 법률 제3878호로 개정전) 제110조의3 제3항 제13호