상고이유를 판단한다.

1. 원고의 상고이유에 대하여

가. 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)은 농업법인의 운영을 지원하고 장려하기 위하여 ‘농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 경우, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.’ 라고 규정하고 있다.

이 사건 조항의 입법취지와 문언의 내용 및 관련 규정의 체계 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 농업법인이 재산세 과세기준일 현재 그 소유 토지 중 일부를 영농에 직접 사용하고 있는 경우 그 일부에 대해서는 이 사건 조항에 따라 재산세의 100분의 50이 경감된다고 봄이 타당하다.

1) 재산세는 보유하는 토지 등에 담세력을 인정하여 부과되는 조세로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하므로 과세표준도 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 토지의 현황이나 실제 이용상황에 따라 구분하여야 한다.

2) 구 「지방세특례제한법」제178조 제1호는 ‘부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서만 감면된 취득세를 추징’하도록 규정하고 있는데, 토지 중 일부만을 해당 용도로 직접 사용한 경우의 재산세 감면에 관하여도 위와 같은 취득세 감면의 경우와 달리 볼 이유가 없다.

3) 구 「지방세특례제한법」제22조 제2항 등은 ‘사회복지법인등이 과세기준일 현재 해당사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하되 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 면제하지 않는다.’ 라고 규정하고 있고, 이와 같이 지방세특례제한법은 토지 중 일부만 재산세 감면요건에 해당하는 경우 그 일부에 대해서만 재산세를 감면하도록 하고 있는데, 이는 확인적 규정으로 볼 수 있다.

나. 원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

1) 농업회사법인인 원고는 이 사건 토지에 관한 청주지방법원 2011타경4288호 임의경매절차에서 2011. 11. 14. 대금 2,230,000,000원을 납입하여 그 소유권을 취득하였다.

2) 원고는 이 사건 조항에 따라 이 사건 토지에 관한 2012년 및 2013년 귀속 재산세의 각 100분의 50을 감면받았는데, 위 각 재산세 과세기준일 당시 이 사건 토지의 일부분에 호박 등의 농작물을 경작하였다.

3) 피고는 위 각 재산세 과세기준일 당시 원고가 이 사건 토지를 영농에 직접 사용하지 않았다는 이유로 2014. 11. 5. 원고에게 2012년 귀속 재산세 등과 2013년 귀속 재산세 등을 부과·고지하는 이 사건 재산세 등 처분을 하였다.

다. 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 농업법인인 원고가 위 각 재산세 과세기준일 현재 이 사건 토지 중 일부를 영농에 직접 사용하고 있는 경우 그 일부에 대해서는 이 사건 조항에 따라 재산세의 100분의 50이 경감된다고 보아야 한다.

그런데도 원심은, 이 사건 조항의 ‘해당 용도에 직접 사용하는 부동산’에 해당하려면 과세 대상 부동산 면적 중 상당 부분을 해당 용도로 사용하여야 하고 일부분을 해당 용도로 사용하는 데에 그치는 경우에는 이 사건 조항이 적용될 수 없음을 전제로, 원고가 이 사건 토지의 상당 부분을 영농에 직접 사용하였다고 볼 수 없어 이 사건 조항이 적용될 수 없다는 이유로 이 사건 재산세 등 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 조항에 따른 재산세 감면요건에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

2. 피고의 상고이유에 대하여

가. 이 사건 토지가 영농에 사용되었다고 볼 수 없다는 주장에 대하여

피고의 이 부분 상고이유의 요지는, 원고가 취득일부터 1년 이내에 이 사건 토지에 농작물을 경작한 사실이 없거나 설령 경작한 사실이 있더라도 경작한 면적이 극히 일부에 지나지 않아 실질적으로 이 사건 토지 전부를 영농을 위하여 사용하지 않았다고 보아야 함에도 원심이 잘못된 사실인정을 하고 이를 기초로 이 사건 취득세 등 처분 중 영농에 직접 사용한 토지에 관한 부분이 위법하다고 판단하였으므로, 원심판결에 법리오해 등의 잘못이 있다는 취지이다.

그러나 사실의 인정과 그 전제로서 행하는 증거의 취사선택은 자유심증주의의 한계를 벗어나지 않는 한 사실심법원의 전권에 속하는 것인데, 피고의 이 부분 상고이유 주장은 이러한 원심의 사실인정을 다투는 것에 불과하여 적법한 상고이유라고 볼 수 없고, 나아가 기록에 비추어 살펴보더라도 앞서 본 원심의 판단에 논리와 경험의 법칙을 벗어나 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원심이 인정한 사실과 다른 사실관계를 전제로 한 법리오해의 주장 역시 받아들일 수 없다.

피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.

나. 증명책임에 관한 법리 오해 등 주장에 대하여

원심은, 이 사건 취득세 등 처분 중 영농에 직접 사용한 토지 부분에 대한 부과처분은 위법하고, 직접 사용하지 아니한 토지 부분에 대한 부과처분은 적법하다고 할 것이지만, 제출된 모든 자료에 의하더라도 영농에 직접 사용하지 않은 부분의 면적이 특정되지 않으므로, 결국 이 사건 취득세 등 처분은 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에 해당하여 모두 취소할 수밖에 없다고 판단하였다.

관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 취득세 등 감면요건에 관한 증명책임 및 과세처분의 취소범위에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙을 위배하는 등의 잘못이 없다.

3. 결론

그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-대전고등법원 2018. 4. 11. 선고 (청주)2017누3312 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

피고가 2017. 3. 8. 원고에게 한 2012년 귀속 취득세 94,148,370원, 지방교육세 5,830,550원, 농어촌특별세 6,276,550원(각 가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 10%는 원고가, 나머지 90%는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위, 2. 이 사건 처분의 적법 여부 중 가. 원고의 주장, 나. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 제1심판결 이유의 해당 부분 중 제2쪽 10행의 "합병되었음"을 "합병되었고, 위 토지에서 다시 2015. 6. 29. 같은 동 156-1 답 41㎡와 같은 동 156-2 답 5,175㎡가 분할되었으며, 나머지 토지는 2016. 9. 28. 같은 동 156 대 3,950㎡로 지목 변경되었음"으로, 제3쪽 7행의 "이하 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 한다"를 "이하 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 하고, 2014. 11. 5.자 처분은 ‘이 사건 재산세 등 처분’, 2017. 3. 8.자 처분은 ‘이 사건 취득세 등 처분’이라 한다"로 각 고치고, ‘인정 근거’ 기재 부분(제3쪽 8행)에 갑 30호증의 1부터 7까지를 추가하는 것 외에는 제1심판결과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

다. 이 사건 취득세 등 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 영농에 직접 사용한 토지 부분에 관한 판단

가) 관련 법리

구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1호는 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 위 법률 규정의 문언에 의하면, 해당 용도로 직접 사용하지 않음을 이유로 감면된 취득세를 추징하기 위해서는 해당 용도로 직접 사용하지 않는 부분을 정하여야 하고, 그러한 부분이 실질적으로 토지 전부가 아니라면 그 부분에 해당하는 취득세만을 추징할 수 있다.

나) 원고의 주장에 관한 판단

이 사건 토지를 영농에 직접 사용하였는지 보건대, 갑 9, 10, 15호증(가지번호 있는 것은 가지번호 모두 포함, 이하 같다), 을 3호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 취득일부터 1년 이내에 이 사건 토지의 일부를 개간하고, 일부 토지 위에 농작물을 경작한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 해당 면적을 적절한 방법으로 특정하여 제외하지 아니한 채 이 사건 토지 전체를 영농에 직접 사용하지 아니하였다고 보는 전제에서 내려진 이 사건 취득세 등 처분은, 그중 원고가 영농에 직접 사용한 토지 부분에 한하여 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) 피고의 주장에 관한 판단

이에 대하여 피고는, 원고가 경작한 면적이 극히 일부에 지나지 않아 실질적으로 이 사건 토지 전부를 영농을 위하여 사용하지 않았으므로 이 사건 토지 전부에 대한 이 사건 취득세 등 처분이 적법하다고 주장한다. 살피건대, 경작한 면적이 극히 일부에 불과하거나 다른 특별한 사정이 있으면 일부 경작한 사정이 나타난다고 하더라도 실질적으로 해당 토지 전부를 영농을 위하여 사용하지 않았다고 평가하여 토지 전부에 관한 취득세를 추징할 수도 있다. 그러나 원고가 비록 일부이기는 하나 그러한 정도를 넘어 이 사건 토지의 일부를 개간하거나 경작한 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 그 외에 원고가 농작물 수익금내역을 제출하지 못하였다거나, 취득세 감면신청 당시 제시한 형태와 다른 형태의 영농을 하였다고 하여 달리 볼 것도 아니다.

2) 영농에 직접 사용하지 않은 토지 부분에 관한 판단

가) 관련 법리

영농에 직접 사용하지 아니한 부분에 관하여 ‘정당한 사유’가 있는지 본다. 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1호에서 정하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 농업법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유 여부를 판단함에 있어서는 농업법인에 의하여 수행되는 영농사업의 성격을 고려하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 해당 용도에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비 기간의 장단, 해당 용도에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 부동산을 해당 용도에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.

나) 판단

(1) 갑 5 내지 13, 20 내지 25호증의 각 기재 및 영상에 의하면 이 사건 토지 취득 당시 그린이 위 토지를 무단으로 주차장과 적치장으로 점유·사용하고 있어 원고의 민원 제기로 청주시에서 그린에 2012. 2.경 원상복구 명령을 하였고, 원고는 청주지방법원에서 그린을 상대로 2012. 2. 14.자 부동산점유이전금지가처분, 2012. 3. 15.자 부동산인도명령을 받은 사실, 이 사건 토지에는 그○ 대표이사 김○희 소유토지와 주○회○ 우○상○(이하 ‘우○상○’라 한다) 소유토지를 지나는 2개의 통행로가 있었는데 김○희 소유토지의 통행로는 2012. 3.경 1m 이상 성토되어 사실상 통행로가 폐쇄되었고, 우○상○ 소유토지의 통행로는 우○상○가 2012. 6.경 통행로 위에 컨테이너를 설치하여 폐쇄된 사실, 이에 원고는 2013. 4. 8. 우○상○를 상대로 주위토지통행권확인을 구하는 소를 제기하여 청주지방법원(2013가단8458)에서 2014. 2. 7. 원고의 청구가 인용되었다가, 항소심(청주지방법원 2014나1394)에서 2017. 1. 31.까지 원고의 무상통행권을 인정하는 화해권고결정이 2015. 1. 28. 내려져 그 무렵 확정된 사실, 원고는 2014. 1. 20. 이 사건 토지 내에 농산물판매장 등으로 사용할 지상 2층 근린생활시설을 건축하는 건축허가를 받은 후 위 토지와 공로를 연결하는 다리를 건설한 사실, 원고는 이 사건 토지 내에 지하수개발을 하여 2012. 7. 11. 청주시청으로부터 지하수 시설 준공확인을 받은 사실을 인정할 수 있다.

(2) 그러나 을 3, 6, 9호증, 갑 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 토지를 취득할 당시 위 토지 위에 주차장과 적치장이 존재하여 당장 경작하기 어렵다는 사정을 이미 알고 있었던 점, ② 위 적치물을 수거한 2012. 5.경 이후에는 위 토지의 경작이 가능했음에도 2014. 8.경까지도 여전히 상당한 부분에서는 경작이 이루어지지 않은 것으로 보이는 점, ③ 설령 원고 주장과 같이 2012. 6.경 우○상○가 통행로 위에 컨테이너를 설치한 후 이 사건 토지에 농기계 등의 출입이 불가능해졌다고 하더라도, 원고가 우○상○를 상대로 2013. 4. 8.에 비로소 주위토지통행권확인을 구하는 소를 제기하는 등 소송의 경과나 원고가 2014. 1. 20. 이후에 비로소 공로로 통하는 다리를 건설한 점(원고는 다리 건설을 위한 토지 매입에 시간이 많이 들었다고 주장하나, 원고가 주장하는 바와 같이 인접토지의 매도인을 찾기 어려웠고 매도인을 찾더라도 그들이 시세보다 매우 높은 가격을 요구하였던 등의 사정을 고려하더라도 농기계 등의 출입이 불가능해진 2012. 6.경부터 다리 건설에 필요한 토지를 매입한 2013. 7. 11.까지 1년이 넘는 시간이 경과되었다) 등을 보면 원고가 즉시 통행로를 확보하여 위 토지를 영농에 사용하기 위한 진지하고 충분한 노력을 다한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 이 사건 토지 중 영농에 직접 사용하지 않은 부분에 대하여 영농에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3) 소결

그러므로 이 사건 취득세 등 처분 중 영농에 직접 사용한 토지 부분에 대한 부과처분은 위법하고, 직접 사용하지 아니한 토지 부분에 대한 부과처분은 적법하다. 그런데 법원에 제출된 모든 자료에 의하여도 영농에 직접 사용하지 않은 부분의 면적이 특정되지 않아 정당한 부과금액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 취득세 등 처분의 전부를 취소할 수밖에 없다.

라. 이 사건 재산세 등 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것과 2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2항에 의하면, 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 경우, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다. 위 법률 규정의 "해당 용도에 직접 사용하는 부동산"에 해당하려면 과세 대상 부동산 면적 중 상당 부분을 해당 용도로 사용하여야 하고, 일부분을 해당 용도로 사용하는 데에 그치는 경우에도 전체 부동산에 대한 재산세를 경감하는 것으로 해석할 수는 없다.

2) 판단

갑 15호증의 1 내지 5, 을 3호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 재산세 과세기준일 현재 이 사건 토지의 일부분을 영농에 직접 사용한 사실을 인정할 수 있을 뿐이고, 이 사건 토지의 상당 부분을 영농에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 토지가 위 법률 규정에 해당하지 않음을 이유로 하는 이 사건 재산세 등 처분은 적법하고, 그 취소를 구하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 이와 결론을 일부 달리한 제1심판결 중 위 인정 부분을 초과하는 피고 패소 부분은 부당하므로 이를 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 피고의 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-청주지방법원 2017. 7. 20. 선고 2016구합11228 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 원고에 대하여 2017. 3. 8. 한 2012년 귀속 취득세 94,148,370원, 지방교육세 5,830,550원, 농어촌특별세 6,276,550원(각 가산세 포함)의, 2014. 11. 5. 한 2012년 귀속 재산세 4,597,600원, 지방교육세 695,170원 및 2013년 귀속 재산세 4,642,210원, 지방교육세 702,030원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 11. 18. 농·축산물의 생산, 유통 및 가공 등을 목적으로 설립된 농업회사법인으로 합병 전 청주시 청○구(구 상○구) 주○동 ○ 답 572㎡, 같은 동 157-1 답 4,446㎡, 같은 동 157-2 전 684㎡, 같은 동 174 답 1,025㎡, 같은 동 175 답 3,123㎡ 합계 9,850㎡(이후 157-2 토지를 제외한 나머지 토지는 주성동 156 답 9,166㎡로 합병되었음. 이하 통칭하여 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 청주지방법원 2011타경4288호 임의경매절차에서 2011. 11. 14. 대금 2,230,000,000원을 납입하여 그 소유권을 취득하였다.

나. 원고는 이 사건 토지가 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득한 부동산에 해당한다고 하면서 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항에 따라 취득세를 면제받았고, 농업법인이 영농에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 하면서 위 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따라 2012년 귀속 재산세의, 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2항에 따라 2013년 귀속 재산세의 100분의 50을 감면받았다.

다. 한편 피고는 이 사건 토지에 대한 2012. 11. 14.자 및 2014. 8. 12.자 현지조사 와 2012년 항공사진 판독결과 원고가 이 사건 토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 그리고 위 각 재산세 과세기준일(2012. 6. 1., 2013. 6. 1. 이하 ‘이 사건 재산세 과세기준일’이라 한다) 현재 정당한 사유 없이 영농에 직접 사용하지 않았다고 보아 감면된 세액으로 원고에게 2014. 11. 5. 2012년 귀속 재산세 4,597,600원, 지방교육세 695,170원 및 2013년 귀속 재산세 4,642,210원, 지방교육세 702,030원을, 2017. 3. 8. 2012년 귀속 취득세 94,148,370원, 지방교육세 5,830,550원, 농어촌특별세 6,276,550원(각 가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 20, 26, 27호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2012년 초부터 이 사건 토지에서 농토 개선 등 각종 기초작업을 하였고, 2012. 6.경부터 본격적으로 농작물을 경작하여 위 토지를 영농에 직접 사용하였는데 피고는 현지조사를 한 특정시점(2012. 11. 14. 및 2014. 8. 12.)에 위 토지를 관찰한 모습에만 근거하여 영농을 하지 않았다고 단정하였다. 설령 원고가 영농에 직접 사용한 부분이 이 사건 토지의 일부에 불과하다고 하더라도 영농에 직접 사용하지 않은 부분에 한하여 추징하지 않고 위 토지 전체를 기준으로 부과한 것은 위법하다.

나아가 영농에 직접 사용하지 아니한 부분이 있더라도 이 사건 토지를 취득할 당시 주○회○ 그○(이하 ‘그○’이라 한다)이 위 토지를 무단 점유·사용하고 있어 이를 해결하는 동안 불가피하게 사용할 수 없었던 점, 위 토지의 통행로 2개가 주위 토지 소유자들의 방해로 농기계 등의 출입이 불가능하게 된 점, 위와 같은 장애사유를 해소하기 위하여 진지한 노력을 다하였고 농기계 등의 출입이 안되는 상황에서도 위 토지에 관하여 기초작업을 한 뒤 수작업으로 현재까지 농사를 짓고 있는 점 등을 고려하면 원고가 영농에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1호에 의하면 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것과 2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2항에 의하면 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

2) 우선 이 사건 토지를 영농에 직접 사용하였는지 보건대, 갑 제9, 10, 15, 19호증, 을 제3호증의 각 기재 또는 영상에 의하면 원고는 취득일부터 1년 이내에 이 사건 토지의 일부를 개간하여 그 위에 농작물을 경작하였고 이 사건 재산세 과세기준일 무렵까지도 경작한 사실을 인정할 수 있으므로, 해당 면적을 특정하여 제외하지 아니한 채 이 사건 토지 전체를 영농에 직접 사용하지 아니하였다고 보는 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하고, 경작한 면적이 일부에 지나지 아니하고, 원고가 농작물 수익금내역을 제출하지 못하였다거나 취득세 감면신청 당시 제시한 영농의 형태와 다른 형태의 영농을 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 나아가 영농에 직접 사용하지 아니한 부분에 관하여 ‘정당한 사유’가 있는지 보건대, 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1호에서 정하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 농업법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 농업법인에 의하여 수행되는 영농사업의 성격을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 해당 용도에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 해당 용도에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 부동산을 해당 용도에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다.

살피건대, 갑 제5 내지 13, 20 내지 25호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상에 의하면 이 사건 토지 취득 당시 그○이 위 토지를 무단으로 주차장 및 적치장으로 점유·사용하고 있어 원고의 민원 제기로 청주시에서 그○에게 2012. 2.경 원상복구명령을 하였고, 원고는 청주지방법원에서 그○을 상대로 2012. 2. 14.자 부동산점유이전금지가처분, 2012. 3. 15.자 부동산인도명령을 받은 사실, 이 사건 토지에는 그○ 대표이사 김○희 소유토지와 주○회○ 우○상○(이하 ‘우○상○’라 한다) 소유토지를 지나는 2개의 통행로가 있었는데 김○희 소유토지의 통행로는 2012. 3.경 1m 이상 성토되어 사실상 통행로가 폐쇄되었고 우○상○ 소유 토지의 통행로는 우○상○가 2012. 6.경 통행로 위에 컨테이너를 설치하여 폐쇄된 사실, 이에 원고는 우○상○를 상대로 주위토지통행권확인을 구하는 소를 제기하여 청주지방법원(2013가단8458)에서 2014. 2. 7. 원고의 청구가 인용되었다가, 항소심(2014나1394)에서 2017. 1. 31.까지 원고의 무상통행권을 인정하는 화해권고결정이 2015. 1. 28. 내려져 그 무렵 확정된 사실, 원고는 2014. 1. 20. 이 사건 토지 내에 농산물판매장 등으로 사용할 지상 2층 근린생활시설을 건축하는 건축허가를 받은 후 위 토지와 공로를 연결하는 다리를 건설한 사실, 원고는 이 사건 토지 내에 지하수개발을 하여 2012. 7. 11. 청주시청으로부터 지하수시설 준공확인을 받은 사실을 인정할 수 있다.

그러나 을 제3, 6호증, 갑 제15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 토지를 취득할 당시 위 토지 위에 주차장과 적치장이 존재하여 당장 경작하기 어렵다는 사정을 이미 알고 있었던 점, ② 위 적치물을 수거한 2012. 5.경 이후에는 위 토지의 경작이 가능했음에도 2014. 8.경까지도 여전히 상당한 부분에서는 경작이 이루어지지 않은 것으로 보이는 점, ③ 설령 원고 주장과 같이 2012. 6.경 우○상○가 통행로 위에 컨테이너를 설치한 후 이 사건 토지에 농기계 등의 출입이 불가능해졌다고 하더라도 원고와 우○상○ 사이의 소송경과나 원고가 2014. 1. 20. 이후에 비로소 공로로 통하는 다리를 건설한 것 등을 보면 원고가 즉시 통행로를 확보하여 위 토지를 영농에 사용하기 위한 진지하고 충분한 노력을 다한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 이 사건 토지 중 영농에 직접 사용하지 않은 부분에 대하여 영농에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 그러므로 이 사건 처분 중 영농에 직접 사용한 부분에 대한 부과처분은 위법하고, 직접 사용하지 아니한 부분에 대한 부과처분은 적법하나, 제출된 자료만으로는 영농에 직접 사용하지 아니한 부분의 면적이 특정되지 아니하여 정당한 부과금액을 산출할 수 없으므로 결국 이 사건 처분 전체를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

▣ 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제11조(농업법인에 대한 감면)

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2012년 12월 31일까지 경감한다.

▣ 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

제11조(농업법인에 대한 감면)

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다.

▣ 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제94조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

▣ 지방세법

제114조(과세기준일)

재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

【참조조문】

구 지방세특례제한법 제11조 제2항