상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)에 대하여 판단한다.

1. 구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의12 제1항은 과세예고통지 등을 받은 자는 당해 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장(이하 ‘세무서장 등’이라 한다)에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제7항의 위임에 따라 과세전적부심사의 방법과 범위 등을 정하고 있는 구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의9 제4항은 과세전적부심사청구서를 제출받은 세무서장 등은 그에 대한 결정이 있을 때까지 과세처분을 유보하되, 다만 법 제81조의12 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있도록 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법 제81조의12 제2항 제1호는 과세전적부심사를 청구할 수 없는 사유의 하나로 ‘국세징수법 제14조에 규정하는 납기 전 징수의 사유가 있는 경우’를 규정하고 있는데, 구 국세징수법(2011. 4. 4. 법률 제10527호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세징수법’이라 한다) 제14조 제1항은 제1호에서 납기 전 징수의 사유의 하나로 ‘국세의 체납으로 체납처분을 받을 때’를 들고 있다.

2. 원심판결 이유 및 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, 원심은 ① 피고가 2006. 6. 7. 퇴비의 제조·판매사업 등을 하는 원고에게 2001년 제1기분부터 2005년 제1기분까지의 부가가치세에 대한 과세예고통지를 하고, 2006. 7. 3.에 2001년 제1기분 부가가치세 80,829,002원의 부과처분을 한 사실, ② 원고는 2006. 7. 5. 피고에게 위 과세예고통지에 대하여 과세전적부심사를 청구한 사실, ③ 피고는 원고가 2001년 제1기분 부가가치세를 체납하자 2006. 9. 29. 원고 소유의 김포시 대곶면 (이하 생략) 소재 토지 지분 등을 압류한 사실, ④ 피고는 위 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전인 2007. 1. 3.에 2001년 제2기분 부가가치세 86,424,963원의 부과처분을 하고, 2007. 6. 1.에 2002년 제1기분 부가가치세 67,495,411원의 부과처분을 한 사실, ⑤ 피고는 2007. 10. 19.에 이르러 2001년 제1기분 부가가치세를 34,093,316원으로, 2001년 제2기분 부가가치세를 27,422,864원으로, 2002년 제1기분 부가가치세를 8,950,560원으로 각 감액경정한 사실 등을 인정하였다(이하 당초의 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분 중 감액경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).

원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, 당초의 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분은 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 절차적 위법이 있고 그 하자가 중대·명백하므로 이 사건 과세처분은 무효라고 판단한 다음, 당초의 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분 당시 원고가 국세의 체납으로 체납처분을 받아 납기 전 징수의 사유가 있었으므로 과세전적부심청구에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있었다는 피고의 주장을 아래와 같은 이유로 배척하였다. 즉 피고가 2001년 제1기분 부가가치세에 대한 조세채권을 보전하기 위하여 2006. 9. 29. 원고 소유의 토지 지분 등을 압류한 사실 등은 인정되지만, 원고가 2001년 제1기분, 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 등에 관한 과세예고통지를 받고 피고에게 과세전적부심사청구를 하였음에도 피고는 이에 대한 아무런 결정을 하지도 아니한 채 일방적으로 체납처분을 진행하여 원고의 사전권리구제 기회를 완전히 박탈한 점과 피고가 2007. 10. 19.에 당초의 2001년 제1기분, 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분에 따른 세액을 대폭 감액경정한 사정을 고려하면, 설령 피고가 위와 같은 체납처분을 진행하였다고 할지라도 당초의 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분 당시 국세징수법 제14조에 규정하는 ‘국세의 체납으로 체납처분을 받을 때’에 해당되어 납기 전 징수의 사유가 있었다고 보기 어렵다는 것이다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아닐 뿐만 아니라 납세자에게 신용실추, 자력상실 등의 사정이 발생하여 납기 전 징수의 사유가 있는 경우에도 조세징수권의 조기 확보를 위하여 그 대상이나 심사의 범위를 제한할 필요가 있다. 이에 따라 구 국세기본법 제81조의12 제1항, 제2항, 구 국세기본법 시행령 제63조의9 제4항 등은 과세전적부심사를 청구할 수 없는 사유 또는 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있을 때까지 과세처분을 유보하지 않아도 되는 사유의 하나로 ‘납기 전 징수의 사유가 있는 경우’를 규정하고 있는데, 과세전적부심사청구 당시에는 납기 전 징수의 사유가 발생하지 아니하여 과세전적부심사청구가 허용된 경우라도 그 후 납기 전 징수의 사유가 발생하였다면 세무서장 등은 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있다고 할 것이고, 세무서장 등이 구 국세기본법 제81조의12 제3항에서 규정한 과세전적부심사청구에 대한 결정 및 통지의 기한(과세전적부심사청구를 받은 날부터 30일)을 넘겨 그 결정이나 통지를 하지 않던 중 납기 전 징수의 사유가 발생한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다.

앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 과세전적부심사를 청구한 2006. 7. 5. 이후 원고의 2001년 제1기분 부가가치세 체납으로 원고 소유의 토지 지분 등이 적법하게 압류된 이상 원고에게는 국세징수법 제14조에 규정하는 납기 전 징수의 사유가 발생하였다고 할 것이므로, 피고가 과세전적부심사청구에 대한 결정을 하지 아니한 채 2007. 1. 3.에 2001년 제2기분 부가가치세 부과처분을, 2007. 6. 1.에 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분을 한 것에 절차상 위법이 있다고 할 수 없다. 그리고 피고가 2007. 10. 19.에 이르러 당초의 2001년 제1기분, 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분에 따른 세액을 감액경정한 사정은 당초의 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분 당시 원고에게 납기 전 징수의 사유가 발생하였는지 여부나 이 사건 과세처분에 절차상 위법이 있는지 여부를 판단함에 있어 고려할 것은 아니다.

그럼에도 원심은 이와 달리 당초의 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분 당시 납기 전 징수의 사유가 발생하였다고 보기 어렵다는 이유로 이 사건 과세처분이 위법·무효라고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 납기 전 징수의 사유에 관한 법리 등을 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2010. 8. 19. 선고 2009누34473 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 이 법원의 심판범위

원고는 제1심에서 피고에 대하여 별지 처분목록 기재 각 부가가치세 부과처분에 대하여 주위적으로는 위 각 부과처분의 무효확인을 구하고, 예비적으로는 위 각 부과처분의 취소를 구하였는바, 제1심 법원은 원고의 주위적 청구 중 별지 처분목록 순번 2, 3 기재 각 부가가치세 부과처분 부분을 인용하고, 순번 1 기재 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 예비적 청구 부분을 각하하며, 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각하였다. 이에 대하여 피고만이 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 위 인용 부분에 한정된다.

2. 제1심 판결 이유의 인용

제1심 판결의 이유는 타당하므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이 판결의 이유로 인용하고, 항소심에서 추가로 주장한 부분에 대한 판단을 아래 2항과 같이 덧붙이고 별지 기재와 같이 관계 법령을 추가한다.

3. 추가 판단 부분

가. 과세전 적부심사 청구에 대한 결정 이전에 과세처분을 한 경우에 해당하지 않는다는 주장에 대한 판단

⑴ 피고는 과세전 적부심사 청구(이하 ‘적부심청구’라 한다)가 있었던 경우에도, 그에 대한 결정 이전에 과세처분을 하면 적부심청구는 실효된다고 보아야 하고, 그렇지 않다 하더라도 적부심청구에 대한 결정 전에 과세처분을 하면 그 과세처분의 고지로써 적부심청구에 대한 불채택의 통지를 한 것으로 보아야 할 것이므로, 피고가 별지 처분목록 순번 2, 3 기재 부과처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다)을 한 것은 적부심청구에 대한 결정이 있을 때까지 과세처분을 유보하도록 정한 국세기본법 시행령 제63조의9 제4항에 위배되지 않는다고 주장한다.

⑵ 그러나 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호, 같은 법 시행령 제63조의9 제4항에 의하면, 적부심청구서를 제출받은 세무서장 등은 그 청구부분에 대하여 결정이 있을 때까지 원칙적으로 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 하도록 되어 있는바, 위와 같은 규정에도 불구하고 그에 대한 결정 이전에 과세처분을 하면 적부심청구가 실효된다고 새길 아무런 법적 근거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

⑶ 또한 국세기본법 제81조의12에 의하면 적부심청구를 받은 세무서장 등은 과세전 적부심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 하며, 적부심청구에 대하여 청구가 이유 없다고 인정되는 경우에는 ‘채택하지 아니한다는 결정’을 하여야 하고, 과세전 적부심사위원회의 설치·구성 및 운영과 과세전 적부심사의 방법 등은 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 위 규정의 내용 및 입법 취지에 비추어 보면, 피고의 이 사건 과세처분이 관계 법령에 의하여 구성된 과세전 적부심사위원회의 심사를 거쳐 청구가 이유 없다고 인정되는 경우에 하도록 되어 있는 불채택 결정이라고 보기는 어렵고, 달리 그와 같이 새길 아무런 법적 근거도 없다.

나. 적부심청구에 대한 결정 전 과세처분이 허용되는 경우라는 주장에 대한 판단

⑴ 피고는 먼저 과세처분 일자를 기준으로 부과 제척기간까지의 기간이 3개월 미만인 경우에는 적부심청구에 대한 결정 전이라도 과세처분을 할 수 있다고 주장한다. 그러나 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호는 과세전 적부심사청구가 적용되지 않는 경우로서 "과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우"를 규정하고 있는바, 원고가 피고로부터 과세예고통지를 받은 2006. 6. 7.부터 이 사건 과세처분의 부과제척기간 만료일인 2007. 1. 25. 및 2007. 7. 25.까지의 기간이 3월을 초과함은 역수상 분명하므로, 원고의 위 주장은 위 조문의 문언에 반하는 독자적 견해에 불과하여 받아들일 수 없다.

⑵ 피고는 원고가 이 사건 과세처분 당시 국세체납 처분을 받은 상태로 납기전 징수의 사유가 있었으므로, 국세기본법 시행령 제63조의9 제4항 단서, 국세기본법 제81조의12 제2항 제1호에 의하여 적부심청구에 대한 결정 전이라도 과세처분을 할 수 있는 경우에 해당한다고 주장한다.

을 14, 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 피고는 원고에게 부과한 2001년 제1, 2기분 부가가치세에 대한 조세채권을 보전하기 위하여 2006. 9. 29. 피고 소유의 김포시 대곶면 (이하 1 생략)(대법원판결의 이하 생략) 소재 토지 지분 등을, 2007. 3. 7. 피고 소유의 제주 서귀포시 (이하 생략) 소재 토지를 각 압류한 사실은 인정된다. 그러나 원고가 2001년 제1기분 부가가치세 부과처분(별지 처분 목록 순번 1기재 처분) 및 이 사건 과세처분에 관한 과세예고통지를 받고 피고에게 과세전 적부심사청구를 하였음에도 불구하고 피고는 이에 대한 아무런 결정을 하지도 아니한 채 일방적으로 체납처분을 진행한 것으로 인정되는바(다툼 없는 사실 및 갑 8호증, 을 14, 15호증), 이는 납세자의 사전권리구제 기회를 완전히 박탈하는 것인 데다가, 당초의 2001년 제1, 2기 및 2002년 제1기에 대한 과세처분은 2007. 10. 19. 대폭 감액경정결정이 된 사정을 고려하면(제1심 판결 3쪽의 표 중 순번 1, 2, 3 기재), 설령 피고가 위와 같은 체납처분을 진행하였다고 할지라도 이 사건의 경우 국세징수법 제14조가 정한 ‘국세의 체납으로 체납처분을 받을 때’에 해당되어 납기전 징수의 사유가 발생하였다고 보기는 어렵다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

⑶ 또한 피고는, 부가가치세법 제23조 제2항은 ‘사업장 관할세무서장은 사업자가 예정신고를 하지 아니하는 때, 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 기타 대통령령이 정하는 사유가 있는 때에는 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하고 국세징수의 예에 의하여 징수할 수 있다’고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제70조의2는 제68조 제2항이 규정한 ‘영세율 등 조기환급신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때’ 등을 위 부가가치세법 제23조 제2항에 의한 수시부과를 할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 원고는 과세사업자로 전환하기 이전 사업기간에 대하여는 부가가치세를 신고하지 아니하다가 2005. 4. 20. 과세사업자로 전환함과 아울러 2005년 제1, 2기 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 하면서 영세율에 의한 조기환급신고를 하였으나, 이는 영세율 등 조기환급신고 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 해당하므로, 이 사건 과세처분은 국세기본법 제81조의12 제2항 제1호에서 정한 "세법에 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우"에 해당하고, 따라서 국세기본법 시행령 제63조의9 제4항 단서, 국세기본법 제81조의12 제2항 제1호에 의하여 적부심청구에 대한 결정 전이라도 과세처분을 할 수 있는 경우에 해당한다고 주장한다. 그러나 피고의 위 주장 자체에 의하더라도 원고가 한 영세율에 의한 조기환급신고는 2005년 이후의 부가가치세에 관한 것으로서 과세전 적부심사청구의 적용이 문제되는 이 사건 과세처분과는 관련이 없다 할 것이므로, 피고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하다. 이에 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-인천지방법원 2009. 10. 8. 선고 2009구합748 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 이 사건 소 중 별지 처분목록 순번 1 기재 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 예비적 청구에 관한 부분을 각하한다.

2. 원고의 주위적 청구 중 별지 처분목록 순번 2, 3 기재 각 부가가치세 부과처분은 무효임을 확인한다.

3. 원고의 나머지 주위적 청구 및 나머지 예비적 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 4. 30.경부터 김포시 대곶면 (이하 2 생략)에서 ‘ ○○○○’이라는 상호로 부가가치세 면세사업인 축산업(양돈업)을 영위하던 중 1998. 4. 6. 폐기물중간처리업 허가를 받아 축산업과 생활폐기물수집중간처리업 등을 겸업하게 되었고, 2005. 4. 6. 비료관리법에 의한 비료생산업 등록을 한 후 2005. 4. 21. 과세사업인 비료제조업을 추가하여 과세·면세 겸업을 이유로 과세사업자로 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 위와 같이 과세사업자로 사업자등록을 하기 전까지의 과세기간(2001년 제1기부터 2005년 제1기까지)에 퇴비(비료, 이하 ‘이 사건 퇴비’라고 한다)를 제조·판매한 매출부분을 면세대상으로 보아 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

다. 이에 대하여 피고는 이 사건 퇴비의 제조·판매는 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당한다고 보아 2006. 6. 7. 원고에 대하여 과세예고통지를 한 후 아래 표 기재와 같이 부가가치세를 결정·고지하였다[피고는 당초 2001년 제1기부터 2002년 제1기까지의 과세기간에 대하여 이 사건 퇴비의 제조·판매 뿐만 아니라 지방자치단체에 대한 폐기물처리 용역의 공급도 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 그 용역대가도 과세표준에 포함하여 아래 표의 ‘당초 처분’란 기재와 같이 부가가치세를 결정·고지하였다가(아래 표의 순번 1 내지 3의 ‘당초 처분’란 기재 2006. 7. 3.자, 2007. 1. 3.자 및 2007. 6. 1.자 각 부과처분), 이후 폐기물처리 용역의 공급대가를 과세표준에서 제외하여 아래 표의 ‘감액경정결정’란 기재와 같이 경정결정을 하고, 이를 고지하였다(이하 ‘감액경정처분’이라 한다). 이하 아래 표의 ‘당초 처분’(다만 순번 1 내지 3 기재 각 처분은 위와 같이 감액되고 남은 부분)을 ‘이 사건 처분’이라 한다(이는 별지 처분목록 기재 각 부가가치세 부과처분과 같다)].

라. 원고는 2007. 12. 31. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2008. 11. 24. 위 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 6, 8, 9, 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장하면서 이 사건 처분에 대하여, 주위적으로 무효확인을, 예비적으로 그 취소를 구한다.

가. 절차적 위법

(1) 원고는 2006. 6. 7.자 과세예고통지를 받은 후 2006. 7.경 피고에게 과세전적부심사청구를 하였는데, 피고는 위 과세전적부심사청구에 대한 결정을 하기 전에 2001년 제1기분(2006. 7. 3.), 2001년 제2기분(2007. 1. 3.), 2002년 제1기분(2007. 6. 1.) 각 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1, 2, 3기재 각 부과처분)을 하였는바, 위 각 부과처분은 원고의 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 것으로 국세기본법 제81조의12 및 같은 법 시행령 제63조의9 제4항에 반하는 것으로서 그 하자가 중대·명백하여 무효이다.

(2) 따라서 위 각 부과처분의 처분일은 무효인 위 각 부과처분의 처분일이 아니라 감액경정처분일인 2007. 11. 10.로 보아야 할 것인데, 위 처분일은 이미 신고납부기한(2001년 1기분 : 2001. 7. 25, 2001년 2기분 : 2002. 1. 25, 2002년 1기분 : 2002. 7. 25.)의 다음날부터 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로, 위 각 부과처분은 위법하다.

나. 부가가치세가 면제되는 축산업 또는 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급에 해당

축산업(양돈업)과 생활폐기물(음식물폐기물)의 수집·운반 및 처리용역(의료보건용역)은 부가가치세법 제12조 제1항 제1호, 제4호, 부가가치세법 시행령 제28조 제3항, 제29조 제11호 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급에 해당하고, 지방자치단체와 사이에 체결한 폐기물 위·수탁 처리계약의 내용에 수집·운반한 생활폐기물(음식물폐기물)을 사료(퇴비)화 처리하여야 한다는 내용이 포함되어 있어 원고로서는 수집·운반한 생활폐기물을 반드시 퇴비(사료)화 처리를 하여야 하므로, 돼지의 분뇨 및 음식물폐기물을 이용하여 생산한 이 사건 퇴비는 부가가치세 면제대상인 양돈업에 필수적으로 부수되는 재화(또는 단순가공재화)의 공급 또는 의료보건용역(생활폐기물 수집·운반 및 처리용역)의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 해당한다. 따라서 이에 대하여는 부가가치세법 제12조 제3항에 의하여 부가가치세가 면제되어야 한다.

한편, 피고는 법규로서의 효력이 없는 부가가치세법 기본통칙 12-29-1에 근거하여 이 사건 처분을 하였는바, 이 점에 있어서도 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

주위적 청구 및 예비적 청구에 대한 주장내용은 거의 동일하므로 뒤에서 살펴보는 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분에 대한 피고의 본안전 항변에 관한 판단부분을 제외하고는 주위적 청구와 예비적 청구를 함께 판단하기로 한다.

가. 절차적 위법(별지 처분목록 순번 1, 2, 3 기재 각 부과처분) 주장에 대한 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

(가) 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의12 제1항, 제3항에 의하면, 과세예고통지 등을 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있고, 과세전적부심사청구를 받은 세무서장 등은 과세전적부심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하여 그 결과를 청구인에게 통지하여야 하며, 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호, 같은 법 시행령 제63조의9 제4항에 의하면, 과세전적부심사청구서를 제출받은 세무서장 등은 그 청구부분에 대하여 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 하되, 다만 과세예고통지를 하는 날부터 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우 등 국세기본법 제81조의12 제2항 각호의 1에 해당하는 경우에는 과세전적부심사청구에 대한 결정 전에 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 할 수 있다.

위 각 규정내용을 종합하면, 과세전적부심사절차는 납세자의 사전권리구제절차로서 과세전적부심사청구에 대한 결정이 없이 국세를 부과하는 것은 납세자의 사전권리구제 기회를 박탈하는 것이므로 원칙적으로 위법하다고 할 것이고, 다만 국세기본법 제81조의12 제2항 각호의 1에 해당하는 경우에는 예외적으로 과세전적부심사청구에 대한 결정 없이 부과할 수 있다고 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 피고가 이 사건 처분 전인 2006. 6. 7. 원고에게 과세예고통지를 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고가 위 과세예고통지를 받은 후 30일 이내인 2006. 7. 5. 피고에게 위 통지내용에 대하여 과세전적부심사를 청구하였는데, 피고는 위 과세전적부심사 청구에 대한 결정을 하기 전인 2006. 7. 3. 2001년 1기분 부가가치세, 2007. 1. 3. 2001년 2기분 부가가치세, 2007. 6. 1. 2002년 1기분 부가가치세의 각 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으며, 한편 위 각 부과처분 중 2001년 1기분 부가가치세는 과세예고통지일(2006. 6. 7.)부터 부과제척기간의 만료일인 2006. 7. 25.까지의 기간이 3월 이하인 시점에서 부과된 반면, 2001년 2기분 부가가치세 및 2002년 1기분 부가가치세의 각 부과처분은 과세예고통지일부터 각 부과제척기간의 만료일인 2007. 1. 25. 및 2007. 7. 25.까지 각 3월이 넘는 기간이 남아 있는 시점에서 이루어졌음은 역수상 명백하다.

그렇다면 위 각 부가가치세 부과처분 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분은 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호, 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 단서에서 정한 과세예고통지를 하는 날부터 그 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우에 해당하여 적법하다고 할 것이나, 2001년 2기분 부가가치세 및 2002년 1기분 부가가치세 각 부과처분은 위 각 규정에서 정한 과세적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 과세표준 및 세액의 결정을 할 수 있는 경우에 해당하지 아니하므로, 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 위법이 있고, 이러한 절차상 위법은 국세기본법이 보장하고 있는 납세자인 원고의 사전 권리구제의 기회를 박탈하는 것으로서 그 하자가 중대하고, 이러한 하자의 존재는 위 규정 자체에 의하여 객관적으로 명백하므로, 위 2001년 2기분 및 2002년 1기분 각 부가가치세 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 당연무효라고 할 것이다.

(다) 이에 대하여 피고는, 원고가 2007. 10. 23. 과세전적부심사청구를 취하함으로써 과세전적부심사청구를 하지 않았던 것과 마찬가지의 결과가 되어 과세전적부심사청구에 대한 결과통지를 할 필요가 없었으므로, 위와 같은 절차상 하자가 치유되었다는 취지로 주장하므로 살피건대, 원고가 위 2001년 2기분(2007. 1. 3.) 및 2002년 1기분(2007. 6. 1.) 각 부가가치세 부과처분이 있고 이 사건 감액경정결정(2007. 10. 19.)까지 있은 이후인 2007. 10. 23.에 이르러 위 과세전적부심사청구를 취하한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 앞서 본 바와 같은 절차상 하자가 존재하는 상태에서 당초 처분이 이루어진 이상, 원고가 당초 처분 이후에 스스로 과세전적부심사청구를 취하하였다고 하여 그 절차상 하자가 치유된다고 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장(2001년 1기분 부가가치세 부과처분에 대한 부과제척기간 도과)에 대한 판단

과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 감액경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부, 제소기간 및 부과제척기간의 준수 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 할 것인바( 대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결 등 참조), 위 2001년 1기분 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1기재 부과처분)이 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어졌다고는 하나 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호, 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 단서에서 정한 과세예고통지를 하는 날부터 그 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우에 해당하여 적법함은 앞서 본 바와 같고, 그 신고납부기한인 2001. 7. 25.의 다음날부터 5년의 부과제척기간이 만료되기 전인 2006. 7. 3. 부과·고지되었음은 역수상 명백하므로, 위 부과처분이 무효임을 전제로 부과제척기간이 도과된 이후에 위 감액경정처분이 이루어져 위법하다는 취지의 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. 부가가치세가 면제되는 축산업 또는 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 해당한다는 주장에 대한 판단

(가) 원고는, 이 사건 퇴비의 제조 및 판매가 면세사업인 축산업(양돈업) 또는 생활폐기물(음식물폐기물)의 수집·운반 및 처리용역(의료보건용역)의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급으로서, 부가가치세법 시행령 제3조 제2호 소정의 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 제3호 소정의 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화에 해당하고, 따라서 이 사건 퇴비의 공급에 대하여도 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장하므로, 원고의 이 사건 퇴비의 제조 및 판매가 면세사업인 양돈업 또는 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 해당하는지에 관하여 본다.

부가가치세법 제12조 제1항 제1호, 제4호, 같은 법 시행령 제28조 제3항, 제29조 제11호에 의하면 생활폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역(의료보건용역) 및 축산업자(양돈업자)의 축산물 공급에 대하여는 부가가치세가 면제되고, 부가가치세법 제1조 제4항, 같은 법 시행령 제3조 제2호, 제3호에 의하면, 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보도록 하고 있으며, 이러한 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역으로는 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역( 부가가치세법 시행령 제3조 제2호), 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역( 제3조 제3호) 등을 규정하고 있다.

그러므로 살피건대, 갑 제5호증, 을 제3 내지 6, 8, 9, 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 1998. 4. 6. 폐기물중간처리업 허가를 받은 후 면세사업인 양돈업과 생활폐기물수집 중간처리업 등을 겸업하면서, 지방자치단체와 사이에 폐기물 위·수탁 처리계약을 체결하고 생활폐기물(음식물폐기물)의 수집·운반 및 처리용역을 제공하여 왔고, 이 사건 퇴비는 위와 같은 생활폐기물 처리과정에서 음식물폐기물 등을 이용하여 생산된 것인 사실, 한편 원고와 서울특별시 강서구청, 김포시 등의 지방자치단체들과 사이에 체결된 각 폐기물처리계약 중에는 원고가 수집·운반한 생활폐기물을 퇴비(비료)로 처리하여야 한다는 내용이 포함되어 있는 경우도 있는 사실, 그러나 위 폐기물처리계약에는 위와 같이 생산된 퇴비(비료)의 처리에 관하여는 별도로 계약내용이 정하여져 있지 않고, 이 사건 퇴비는 위 지방자치단체들이 아닌 농장 등에 공급된 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 퇴비는 생활폐기물 처리 공정 후 발생하는 부산물로 생활폐기물 수집·운반 및 처리용역의 제공 과정에서 필연적으로 발생하는 재화에 해당한다고 볼 수 있으나, 원고가 폐기물 수집·운반 및 처리용역을 제공하는 상대방은 폐기물처리계약을 체결한 지방자치단체들인 반면 이 사건 퇴비는 위 폐기물처리용역 등과는 아무런 관계가 없는 농장 등에 별도로 공급한 것인 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 퇴비의 공급이 면세대상인 양돈업 또는 생활폐기물 수집·운반 및 처리용역에 부수하여 공급되는 재화라거나 위 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화라고 보기는 어렵다.

따라서 이와 달리 이 사건 퇴비의 공급이 부가가치세가 면제되는 양돈업 또는 의료보건용역(생활폐기물 수집·운반 및 처리용역)의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 포함됨을 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

한편, 이 사건 처분의 근거는 부가가치세법 제1조 제1항 제1호에 근거한 것으로서 원고가 주장하는 바와 같이 부가가치세법 기본통칙 12-29-1(면세하지 아니하는 기타 의료보건위생용역)에 직접 근거한 것이 아니고, 위 기본통칙 조항은 단지 면세되는 의료보건위생용역의 공급에 필수적으로 부수한다고 보는 재화 또는 용역의 공급의 범위에 관한 관세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준을 삼은 것에 불과하므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 처분이 조세법률주의에 위배되어 위법하다는 취지의 원고의 주장 역시 이유 없다.

다. 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분에 대한 본안전 항변에 관한 판단

(1) 당사자의 주장

피고는, 이 사건 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분에 대하여는 원고가 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다고 항변하고, 이에 대하여 원고는 앞서 주장한 바와 같이 위 처분에는 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 부과고지된 절차상 하자가 있어 납세고지로서의 효력이 있다고 할 수 없으므로 위 처분일인 2006. 7. 3.이 아니라 감액경정처분일인 2007. 11. 10.을 기준으로 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부를 판단하여야 한다고 하면서 감액경정처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내인 2007. 10. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였으므로 적법한 전심절차를 거쳤다고 주장한다.

(2) 판단

과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초의 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 아직 취소되지 않고 남은 부분이고, 그 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 함은 앞서 본 바와 같고, 한편 국세기본법 제56조 제2항, 제68조 제1항에 의하면 국세처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항, 제3항의 규정에 불구하고 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없으며, 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하는바, 국세처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐야 하는 필요적 전치주의가 적용되고, 이 경우 심사청구 또는 심판청구는 제소기간 등의 적법요건을 갖추어야 하므로 이와 달리 심사청구 또는 심판청구가 제소기간을 도과하는 등으로 부적법하다면 그것은 국세기본법이 정한 필요적 전치절차를 거친 것으로 볼 수 없다.

위 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 위 2001년 1기분 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1기재 부과처분)이 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어졌다고는 하나 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호, 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 단서에서 정한 과세예고통지를 하는 날부터 그 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우에 해당하여 적법함은 앞서 본 바와 같고, 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2001년 1기분 부가가치세 부과처분이 있음을 알게 된 후 90일이 훨씬 지난 2007. 12. 31. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 한 사실이 인정되므로, 위 심판청구는 그 청구기간을 도과하여 청구한 것으로서 부적법하다고 할 것이고, 따라서 이 사건 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 결국 필요적 전치절차를 거치지 아니한 것으로 부적법하다고 할 것이다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1 기재 부과처분)의 취소를 구하는 예비적 청구에 관한 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 주위적 청구 중 2001년 2기분, 2002년 1기분 각 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 2, 3 기재 각 부과처분)의 무효확인을 구하는 부분은 이유 있으므로 이를 인용하며, 나머지 주위적 청구 및 나머지 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제81조의12 제1항(현행 제81조의15 제1항 참조), 제2항 제1호(현행 제81조의15 제2항 제1호 참조),