상고이유 제1, 2, 3점을 함께 본다.

1. 「지방세법」제138조 제1항은 대도시 지역내 법인등기 등의 중과에 관하여, 그 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 중과세하되, 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 단서규정을 두고, 그 제3호는 중과대상의 하나로 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점의 설치 등에 따른 부동산등기와 그 설립, 설치 등 이후의 부동산등기를 들고 있고, 같은법시행령 제101조 제1항 제8호는 위 단서의 위임에 따라 중과대상에서 제외되는 업종의 하나로 "도·소매업진흥업의 규정에 의한 도·소매업"을 들고 있으며, 그 제2항은 제1항 각호의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 같은법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용하여 중과하도록 하고 있고, 같은법시행령 제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호에서 정하는 법인의 설립이나 지점의 설치 등에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인의 설립과 지점의 설치 등 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고, 그 설립, 설치 등 이후의 부동산등기라 함은 설립, 설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기를 말한다는 취지의 규정을 하고 있는바, 위의 규정에 의하면 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점의 설치 등에 따른 부동산등기에 있어서 등록세중과의 과세요건은 부동산등기와 법인의 설립 또는 지점의 설치 등이라는 두 가지 요건을 모두 갖추어야 충족되고, 이에 관한 요건을 모두 충족할 때에 납세의무가 성립된다고 할 것이고, 대도시 내에서 중과대상제외업종에 해당하는 법인을 설립하거나 지점 등을 설치한 법인에 대하여 중과제외를 배제하고, 같은 법 제138조 제1항 본문을 적용하여 등록세를 중과하기 위한 과세요건은 법인을 설립하거나 지점 등을 설치한 후 부동산을 취득한 경우에는 그 등기일로부터 기산하여 정당한 사유없이 1년의 유예기간내에 당해 업종에 직접 사용하지 아니한 경우에 충족된다고 볼 것이나, 부동산등기 후 지점을 설치한 이 사건과 같은 경우에 있어서는 위 법령규정의 취지에 비추어 볼때, 지점설치일을 유예기간의 기산일로 삼는 것이 상당하다고 할 것이다.

그리고 부동산등기 당시는 중과제외대상업종의 요건을 갖추지 못하였으나 그 이후 지점을 설치함에 있어 그 요건을 갖춘 경우나 인허가절차 등으로 인하여 지점설치 후에 그 요건을 갖춘 경우에도 그것이 같은법시행령 제101조 제2항 소정의 유예기간 내에 이루어지는 한 중과제외대상이 된다고 보아야 할 것이고, 이 경우 1년의 유예기간의 기산점은 위에서 본바와 같이 같은 법 제138조 제1항 제3호 후단의 지점설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 있어서는 등기 또는 등록일이라고 할 것이지만, 부동산등기가 선행되는 경우에는 직접 사용이 가능하게 되는 지점설치일이 그 기산점이 된다고 보아야 할 것이다.

왜냐하면 그렇지 아니하고 어느 경우이건 등기 또는 등록일을 기준으로 하여야 한다면 부동산등기 후 1년이상 경과한 때에 지점을 설치하는 경우에는 이미 유예기간이 경과하여 중과세의 대상에서 제외될 여지가 없게 되는바, 이는 위 지방세법과 시행령이 중과제외대상을 규정한 입법취지에 어긋나고, 지점설치 이후 부동산등기가 되는 경우와 형평에 어긋나며, 중과대상제외업종이 아닌 경우에 있어 그 중과요건은 부동산등기 이후 지점이 설치된 때에는 이때에 비로소 중과하는 등록세의 과세요건이 충족되는 것으로 해석되는 것(당원 1992. 5. 12. 선고 91누10619 판결 참조)에 비추어 보아도 불합리하고 균형이 맞지 아니하여 부당하기 때문이다.

2. 원심이 인정한 사실에 의하면, 원고는 수도권을 비롯한 지방에 백화점을 개설, 운영하기로 하여 그 일환으로 1987.경부터 1990.경까지 이 사건 토지를 그 부지로 확보한 후, 그 지상에 이 사건 백화점 건물을 신축하여 1991. 11. 18. 소유권보존등기를 마치고, 1991. 12. 1자로 수원세무서장에게 법인 사업자등록을 함으로써 지점을 설치하고 업무를 개시한 바 있는데, 원고는 백화점 경영에 대한 경험이 없어 독자적인 경영능력을 갖출 때까지 일정기간동안 주식회사 뉴코아에게 경영위탁의 형식으로 백화점 경영을 맡기기로 하여 위 회사는 도·소매진흥법 제15조 소정의 대규모소매점의 개설허가를 받아 수원 뉴코아백화점이라는 상호로 이 사건 백화점을 개장하였고, 그 경영형태는 처음에는 위 회사가 매장의 80%, 원고는 20%를 각 직영하기 시작하여 점차 위 회사 직영부분에 원고 소속 직원을 배치시켜 경영기법을 습득하여 오다가 1992. 6. 12. 원고가 위 회사로부터 위 백화점을 넘겨 받고 위 대규모소매점개설허가에 따른 모든 권리, 의무를 승계하여 같은 해 6. 24. 원고 명의로 대규모소매점개설허가를 받아 독자적으로 이 사건 백화점 전부를 경영하기에 이르렀다는 것이다.

3. 기록에 비추어 보면 원심의 이와 같은 사실인정은 정당한 것으로 수긍이 되고, 거기에 채증법칙을 어긴 위법이 있다고 할 수 없다.

4. 그리고 사실이 위와 같다면, 원고는 이 사건 토지와 건물에 대한 부동산등기 이후 대규모소매업 경영을 목적으로 지점을 설치하고 이어 그로부터 1년의 유예기간 내에 도·소매업진흥법의 규정에 의한 대규모소매점개설허가를 받아 이 사건 토지 및 건물을 당해 업종에 직접 사용한 경우에 해당한다고 할 것이므로, 위 제1항에서 본 바에 따라 「지방세법」제138조 제1항 본문단서 같은법시행령 제101조 제1항 제8호, 제2항에 의하여 등록세 등의 중과대상에서 제외되는 요건을 충족하게 되었다고 할 것이고, 그렇다면 피고가 원고의 이 사건 부동산에 관한 등기를 같은 법 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시 내에서의 법인의 지점설치에 따른 부동산등기로 보고 중과세율을 적용하여 한 이 사건 과세처분은 위법하다고 할 것이다.

5. 따라서 원심판결에 소론이 지적하는 바와 같이 토지부분에 관한 설시가 미흡하고, 또 원심의 설시 일부에 적절하지 못한 점이 있기는 하나, 이 사건 부동산등기 모두가 등록세중과세율의 적용대상이 아니라고 본 판단결과는 옳으므로 이는 이 사건 결과에 영향이 없는 것이고, 다른 견해에서 주장하는 논지는 이유 없음에 돌아간다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 1993. 9. 21. 선고 93구2379 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 1992. 5. 14.자로 원고에 대하여 한 별지기재 등록세 금1,247,395,700원과 방위세 및 교육세 금244,616,710원의 부과 처분은 이를 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 부과처분의 경위

원고가 1987. 12. 29.에 수원시 권선구 ○○동 755의 3대 1,729평방미터를, 1988. 2. 9.에 같은 동 754의 1 대 2,564평방미터와 같은 동 754의 25 도로 2,111평방미터를 각 취득한 후 (이하 위 3필지의 토지를 '이 사건 토지'라 한다),1991. 11. 18.경 위 같은 동 754의 1 지상에 지하 4층, 지상 12층, 연면적 25,938.58평방미터의 판매, 업무, 위락시설용 건축물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 원고 명의로 소유권보존등기를 마친 사실, 원고는 위 각 토지의 취득과 위 건물소유권의 보존에 따른 등록세로 합계 금242,283,910원을 신고, 납부하였으나, 피고는 이를 「지방세법」제138조 제1항 제3호 소정의 대도시내에서의 법인 지점등의 설치에 따른 부동산등기로 보고 같은 조항 에 정하여진 중과세율을 적용하여 산출한 위 각 토지 및 건물에 관한 등록세 합계 금1,281,780,330원에서 위 기납부세액을 공제한 나머지 금1,039,496,420원 및 여기에 가산세 금207,899,280원을 합산한 별지기재의 등록세 금1,247,395,700원과 방위세 및 교육세 금244,616,710원을 부과처분한 사실은, 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의1,2, 갑 제2,3호증의 각1,2, 갑 제4호증의1, 갑 제6호증의1,2,3, 갑 제7호증의1,2, 을 제6호증의1,2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

2. 부과처분의 적법여부

가. 「지방세법」제131조 제1항 은 부동산에 관한 등기를 받은 때의 등록세율을 취득원인과 취득하는 목적물 또는 권리의 내용에 따라 구분하여 정하고 있고 (농지가 아닌 부동산의 유상취득의 경우 부동산가액의 30/1000, 소유권 보존의 경우 8/1000 등), 위 법 제138조 제1항 제3호 에서는 대도시 ( 위 법 제138조 제1항 제1호 와 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제102조 제1항 및 제79조의 6 에 의하여, 서울특별시. 인천직할시. 수원시 등 수도권과 부산직할시 및 대구직할시 등이 이에 해당된다) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기 ( 위 법 시행령 제102조 제2항 에서 이러한 등기는, "당해법인 또는 지점 등이 그 설립.설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다"고 규정하고 있고, 또한 위 같은 조항 과 그 위임에 따른 위 법 시행규칙 제55조의 2 에서는 말하는 "지점 등"이라 함은 "법인세법.부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적.물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다"고 규정하고 있다)의 경우에는 위 법 제131조 제1항 에서 정한 당해세율의 5배를 적용하도록 하되, 다만 위 법 제138조 제1항 단서 에서 "대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다"고 규정함으로써 그러한 업종에 대하여는 위 중과세율을 적용하지 않도록 예외조항을 두고 있는데, 위 법조항 의 위임에 따른 같은 법 시행령 제101조 제1항 제8호 는 위와 같이 중과세율을 적용하지 않은 업종의 하나로서 "도.소매업진흥법의 규정에 의한 도.소매업"을 들고 있다.

또한, 도.소매업진흥법 제2조 제3호 에서는 "대규모소매점"이라 함은 일정구역안의 건물에서 소매업자가 근대적인 시설과 운영체제를 갖추고 직영 또는 임대의 형태로 상품을 소매하거나 용역을 제공하는 영업장을 말한다고 규정하고 있다.

나. 위 법의 관계규정에 비추어, 과연 원고회사 명의로 경료된 이 사건 부동산등기가 「지방세법」제138조 제1항 제3호 소정의 대도시내에서의 법인 지점등의 설치에 따른 부동산등기로서 중과세율이 적용되어야 할 부동산등기인지의 여부에 관하여 보건대, 앞서 든 각 증거와 갑 제4호증의2, 갑 제5호증의1,2, 갑 제8호증의1,2, 갑 제9,10,11호증의 각 1,2, 갑 제12호증의1 내지 4, 갑 제13,14호증, 을 제4,5호증, 을 제6호증의1, 을 제7호증의1,2의 각 기재 및 증인 김성화의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고회사는 원래 커튼, 카페트 기타 장식용구 등의 판매를 목적으로 1978. 1. 6. 설립된 법인인데 1986. 7.경 소외 주식회사 뉴-코아 (이하 '소외회사'라 한다)의 대주주인 소외 김의철이 이를 인수한 이래 사실상 소외회사의 계열회사화 된 사실, 소외회사는 이미 1985.에 서울 뉴-코아 백화점을 개설하여 위 김의철이 대표이사로서 1989. 4. 12.까지 경영을 맡아 보면서 백화점업계에서는 확고한 위치를 자치하게 되었는데, 위 김의철은 소외회사와는 별도로 원고회사로 하여금 소외회사 백화점의 체인점으로 수도권을 비롯한 지방에 백화점을 개설, 운영하기로 계획하고 우선 그 일환으로 수원에 백화점을 개설하기로 하여, 원고회사는 1987.경부터 1990.경까지 수원시 권선구 ○○동 754의 1외 17필지의 토지를 순차로 취득한 후 분할, 합병을 거쳐 이 사건 토지 3필지 합계 6,404평방미터의 부지를 확보한 후 지하 4층, 지상 12층, 연면적 25,938.58평방미터의 이 사건 백화점건물을 신축하여 1991. 11. 18. 소유권보존등기를 마침과 아울러, 같은날 사업장소재지를 이 사건 건물 소재지인 수원시 권선구 ○○동 754의 1로, 상호를 ' 하이웨이유통주식회사 수원백화점'으로, 사업자의 주소를 당시 원고회사의 본점 소재지인 '서울시 서초구 반포동 2의 8 신반포쇼핑'으로, 사업의 종류 중 업태를 '도소매, 써어비스, 부동산'으로, 종목을 '중개생필품, 임대, 주류'로 하여 수원세무장에게 법인 사업자등록을 한 사실, 그런데 원고회사는 대규모소매업을 사업목적으로 하고 있었으나 실제 이를 개설, 운영한 경험이 전혀 없었던 관계로 도.소매업진흥법 소정의 개설허가신청절차를 비롯하여 백화점 경영에 필요한 상품의 공급, 판매 등 상권의 장악, 인원 및 상품의 관리, 건물 등 시설관리, 광고 및 판촉 등 경영기법에 관한 노우-하우가 전혀 없어 경영은 물론이고 백화점개설 준비조차도 독자적으로 수행할 수 없는 상태였기에, 원고회사가 독자적인 경영능력을 갖출 때까지 이미 그 방면에 많은 경험을 축적한 소외회사에게 일정기간동안 경영위탁의 형식으로 백화점 경영을 맡기기로하여, 이 사건 건물이 완공되기 전인 1990. 3. 1.경 원고회사와 소외회사와 사이에 장차 위 건물이 완공되면 소외회사가 원고회사로부터 이를 임차하는 형식을 취하여 소외회사 명의로 대규모소매점 개설허가를 받아 위 백화점을 경영하되 그 동안 소외회사가 원고회사에게 백화점 경영기법을 전수하여 원고회사가 독자적인 경영능력이 갖추어 졌다고 판단될 때에는 약정된 임대차기간에 관계없이 임대차계약을 해지하고 소외회사 명의로 된 대규모소매점 개설허가를 무조건 원고회사에게 양도하기로 합의가 이루어진 사실, 위와 같은 합의에 따라 소외회사는 위 백화점 개설에 필요한 사업계획을 수립한 다음 건물준공에 앞서서 1990. 4. 25. 경기도지사로부터 위 사업계획에 따른 사전승인을 받고, 이 사건 백화점 건물이 준공되어 1991. 11. 18. 원고회사 명의로 소유권보존등기가 경료되자 그 직후인 같은 해 12. 1. 원고회사와 사이에 기간을 1991. 12. 3.부터 1993. 12. 31.까지 2년으로 하고 보증금을 금140억원으로 하는 임대차계약을 체결한 후, 같은 해 12. 3. 경기도지사로부터 도.소매업진흥법 제15조 소정의 대규모소매점 개설허가를 받아 그 무렵 ' 수원 뉴-코아 백화점'이라는 상호로 이 사건 백화점을 개장하기에 이른 사실, 개업 당시 이 사건 백화점의 직원은 소외회사 파견의 직원이 150여명으로서 전체 매장 중 약 80퍼센트를 직영형태로 경영하였으나, 그 밖에 지하 1층의 식품부, 슈퍼마켓 외에 층별 요소별로 나머지 약 20퍼센트 가량의 매장은 원고회사가 경영기법의 습득을 위하여 자영하였는데, 원고회사는 약70여명의 소속 직원으로 하여금 위 자영부분을 포함하여 소외회사의 경영부문 에 속한 의류 잡화 등 각 파트별 매장을 비롯한 총무, 경리, 청소, 보안 등 모든 시스템의 해당업무를 습득, 파악하도록 조치하는 한편, 그 후 업무가 정상화됨에 따라 소외회사 파견직원을 복귀시키고 그 자리에 원고회사 직원을 순차 배치함으로써 약 4개월이 경과한 1992. 3.에 이르러서는 원고회사 직원은 127명으로 증가한 반면에 소외회사 파견직원은 138명으로 상대적인 감소를 보이게 된 사실, 원래 원고회사가 소외회사와 이 사건 건물의 임대기간을 2년으로 정한 것은 원고회사가 독자적인 경영능력을 갖추는데는 넉넉잡아 2년정도 소요될 것으로 판단하였기 때문이었으나 위와 같이 경영기법의 습득이 빨라짐에 따라 원고회사는 이 사건 백화점의 개업이후 6개월여만에 독자적으로 이를 경영할 자신감을 갖게 된데다가, 어차피 원고회사는 소외회사와 사이의 위 임대차계약이 종료되면 대규모소매점 개설허가 명의를 반환받아 그 간의 위탁경영형식을 종료시킬 예정으로 있었기에 (물론 위 대규모소매점 개설허가가 원고회사가 아닌 소외회사 명의로 되어 있음을 이유로, 위에서 본 바와 같이 1992. 5. 14.에 이르러 피고가 이 사건 등록세 중과세처분을 한 것도 그 계기가 되었을 것이다), 원고회사는 1992. 6. 12. 당초의 약정에 따라서 소외회사와 사이의 위 임대차계약을 해지함과 동시에 소외회사로부터 위 대규모소매점 개설허가에 따른 모든 권리의무를 양도받는 형식으로 위 허가를 취득하기로 합의하고, 이에 따라 위 허가에 관한 무상의 양도, 양수절차를 거쳐서 같은 해 6. 24. 경기도지사로부터 원고회사 명의로 대규모소매점 개설허가를 받아 완전히 독자적으로 이 사건 백화점을 경영하기에 이른 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.

위에서 인정한 사실관계와 앞서 본 관계규정을 종합하여 보면, 우선 원고회사가 1991. 12. 1.자로 수원시 내에서 사업장소재지를 이 사건 건물 소재지로 하여 부가가치세법에 따른 법인사업자등록을 함으로써 지점을 설치하였고, 그 사업과 관련하여 위 지점설치 이전에 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기와 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료한 이상, 이는 '대도시 내에서 법인의 지점 등의 설치에 따른 부동산등기'에 해당하므로 일응 「지방세법」제138조 제1항 소정의 중과세율에 의한 등록세 납부대상이 된다 하겠으나, 한편 위에서 인정한 바와 같은 원고회사와 소외회사와의 관계, 이 사건 토지의 취득 및 이 사건 건물의 건립목적과 그 경위, 위 백화점건물의 건립후에 원고회사가 한 사업자등록의 등록내용, 원고회사가 소외회사에게 위 백화점경영을 위탁하게 된 동기와 그 경영위탁에 따른 건물임대차계약 등 합의내용, 위 백화점 개장후 원고회사가 그 경영에 관여한 정도 등 실질적인 경영실태, 소외회사가 위 백화점 개장후 6개월만에 위탁경영을 종료하고 대규모소매점 개설허가에 따른 모든 권리를 원고회사에게 무상으로 양도함으로써 원고회사가 대규모소매점 개설허가를 받기에 이른 점과 그간의 경위 등에, 위 업종을 등록세 중과세 대상에서 제외시킨 근본취지가 다 같은 대도시 지역내의 법인 등기 또는 부동산등기일지라고 그 중 대규모소매점 등 도.소매업진흥법 소정의 도.소매업은 가스업, 상수도업, 은행업 등과 함께 도시자체의 존속, 발전과 지역내 주민들의 소비생활의 향상을 위하여 필수적인 업종에 속하는 것이기 때문에 이를 적극적으로 유치하여 육성하고자 함에 있는 점 등 제반 사정을 종합하여 보면, 비록 위 백화점 개장후 약 6개월의 기간 동안 위 백화점운영에 관한 대규모 소매점 개설허가명의가 소외회사 앞으로 되어 있었다 하더라도, 원고회사는 실질적으로 도.소매업진흥법에서 정한 대규모소매업을 영위하여 온 소매업자로서, 원고회사가 위 영업을 영위하기 위하여 한 이 사건 부동산등기는 지방세법 제1항단서 및 같은 법 시행령 제01조 제1항 제8호 의 규정에 따라 등록세 중과세율의 적용대상에서 제외되는 부동산등기이라고 보아야 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부동산등기가 등록세 중과세율의 적용대상임을 전제로 하여 이루어진 피고의 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 할 것인바, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 정당하여 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

구 지방세법 (1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 , 지방세법시행령 제101조 제1항 제8호, 제102조 제2항 , 구 지방세법시행령 (1993.12.31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것) 제101조 제2항 , 도·소매업진흥법 제4조 , 제15조