상고이유를 판단한다.

1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 광주여자전문대학을 설치·운영하고 있는 원고 법인은 1991.4.1. 이 사건 토지 중 별지목록 1 내지 7 기재 토지를 처분하여 교사동 및 복지관 등 학교시설의 설치비용에 충당할 수 있도록 허가를 받은 후 같은 해 6.14.부터 1992.5.22.까지 사이에 이 사건 토지를 취득하여 등기한 사실, 이 사건 토지는 원고 법인의 교육용 기본재산 중 교지가 아닌 토지로서 광주여자전문대학의 교지와 떨어진 곳에 위치하고 있고, 실제로 전·답·임야 등으로서 원고 법인의 사업에 직접 사용되지 않고 있는 사실을 인정한 다음 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 취득이라 함은 학교법인인 비영리사업자가 학교 등의 시설 또는 부지로서 직접 사용하는 것에 한하고 비록 교육용 기본재산에 편입되어 있다 하더라도 이를 처분하여 그 대금으로 학교시설을 설치하는 데 사용하는 것은 그 사업에 직접 사용하는 것에 해당하지 아니한다는 이유로 이 사건 토지는 위 지방세법 소정의 비과세대상에 해당하지 아니한다고 판단하였다.

2. 구 지방세법(1991.12.14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항, 같은법시행령 제79조 제1항 제2호, 제94조 제1항에 의하면 교육을 목적으로 하는 학교법인이 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니하고, 다만 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과하도록 되어 있는바, 사립학교법 제28조와 같은법시행령 제12조 등 관계규정의 취지에 비추어 보면 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 토지를 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이다(당원 1984.7.24. 선고 84누224 판결 참조). 같은 취지의 원심판단은 정당하고 거기에 교육용 기본재산의 직접사용에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-광주고등법원 1993. 11. 25. 선고 93구1311 판결】

【주문】 처분청승소

원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 원고가 1991. 6. 14.부터 1992. 5. 22. 까지 사이에 걸쳐 별지 목록 기재의 토지(이하 사건 토지라 한다)를 취득하여 등기한 사실 및 이에 피고는 1992. 1. 6. 원고에 대하여 1992. 11. 수시분 취득세 금4,190,780원, 등록세 금1,676,310원 및 동교육세 금 335,260원의 각 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 피고는 원고가 이 사건 과세처분에 대한 이의신청 절차에서 피고로부터 보정기간 10일의 보정요구서를 수령하고도 위 보정기간의 경과한 후에 보정하여 피고는 위 이의신청을 각하하는 결정을 하였으므로 원고의 이 사건 소는 부적법하여 각하하여야 한다고 주장하므로 살피건대, 갑제10호증의 1, 2(이의 신청결정통지, 결정서), 갑제14호증의 1, 2(이의신청에 대한 보정요구, 보정요구회신), 을제16호증의 1, 2(의견서 및 접수증 송부, 불복사유 및 의견요지의 각 기재에 의하면, 피고는 1993. 1. 8. 원고에 대하여 보정요구를 받은 날로부터 10일 이내에 이의신청의 실질적인 내용에 대하여 입증할 서류를 제출하라는 보정요구서를 발부하여 원고가 같은 달 9. 이를 수령하였으나 위 보정기간이 경과한 같은 달 20. 이를 보정하자 위 보정기간을 경과하였다는 이유로 같은해 2. 8. 원고의 이의신청을 각하하는 결정을 한 사실을 인정할 수 있는 바, 이의신청의 서식 또는 절차에 결함이 있다는 경우가 아니고 불복사유를 입증할 증빙의 미비로 심의할 수 없다고 하여 그 이의신청을 각하하는 결정을 하였다면 그 다음의 구제수단인 심사청구나 행정소송을 제기할 수 있다고 해석할 것이므로( 대법원 1988. 9. 27. 선고 88누3758 판결 참조), 피고의 위 주장은 그 이유 없다.

3. 원고 소송대리인은 이 사건 토지는 원고 학교법인의 설립허가 당시부터 교육용기본재산에 명시되어 있었던 것으로서 이를 처분하여 교사동 및 복지회관등 학교시설을 하는데 그 비용으로 사용할 수 있도록 허가된 것이고 실재로 이를 처분하여 교사동건축대금으로 지급하거나 대물변제하였으므로 이 사건 토지의 취득 및 등기는 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 소정의 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득이나 등기로서 비과세대상임에도 불구하고 이를 과세대상으로 한 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장하므로 살피건대 갑제1호증의 1, 2( 학교법인 ○○설립허가, 설립허가서), 갑제4호증(도급계약서), 갑제17호증의 1, 2(의견서송부, 추가의견서)의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 전문대학교육을 실시함을 목적으로 하여 그 산하에 ○○전문대학을 설치, 운영하는 학교법인으로서, 1991. 4. 1 학교법인의 설립당시 교육용 기본재산 중 교지가 아닌 토지로서 이 사건 토지 중 별지 목록 기재의 제1 내지 7호 토지를 편입하여 위 각 토지를 처분하여 교사동 및 복지회관등 학교시설을 하는데 그 비용으로 사용할 수 있도록 허가를 받은 사실 및 위 ○○전문대학은 광주직할시 ○○ 165등에 위치하고 있는데 이 사건 토지는 위 교지와는 떨어진 곳에 위치하고 있고 , 실제로 전, 답 또는 임야 등으로서 원고법인의 사업에 직접 사용되지는 않고 있는 사실은 인정되나, 이 사건 토지 중 위 제1내지 7호 이외의 나머지 토지에 관하여는 이를 처분하여 학교시설을 하는데 그 비용으로 사용하기 위하여 취득 및 등기하였다는 점을 인정할 증거가 없는 바, 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 것이란 학교법인인 비영리사업자가 학교등의 시설 또는 부지로서 직접 사용하는 것에 한하고 비록 설립허가 당시에 교육용기본재산에 편입되어 있었다 하더라도 실제로 학교등의 시설 또는 부지로서 사용하는 것이 아니고 이를 처분하여 그 대금으로 교사동등 학교시설을 하는 데에 사용하는 것은 그 사업에 직접 사용하는 것에 해당하지 아니한다고 할 것이므로( 대법원 1977. 2. 8. 선고 76누194 판결 , 1987. 10. 13. 선고 87누641 판결 참조), 가사 원고가 이 삭건 토지를 처분하여 그 대가로 원고 학교법인의 학교시설을 사용하기 위하여 취득 내지 등기하였다 하더라도 이는 위 지방세법 소정의 용도구분에 의한 비과세 대상에 해당하지 아니한다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하고, 소송비용은 패소한 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.