창고업 등록이 위 령 제101조 제1항 제9호 소정의 유통산업근대화촉진법의 규정에 의한 유통산업에 해당된다 할지라도, 창고업 등록은 앞서 살핀 원고의 부산지점 설치일이나 위 매립토지에 관한 취득 등기일로부터 1년이 훨씬 경과한 1993.5.15. 이라는 것이므로, 처분은 적법하다.

1. 이 사건 처분의 경위

아래사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

가.

원고(1990.6.20. 변경전 상호 주식회사 대한준설공사)는 1983.11.11. 해운항만청으로부터 부산 서구

암남동 124 지선에 준설장비 적치부지 조성을 위한 공유수면 매립면허를 얻어 매립공사를 시행하여, 1989.12.28. 매립준공인가를 받아 부산 서구

암남동 123-12 잡종지 334㎡(준공인가시 1,953㎡이었으나 인가조건으로 그 중 1,619㎡는 1990.5.23. 123-25로 분할되어 국가에 귀속됨), 123-14 잡종지 25,467㎡, 123-15 잡종지 38,966㎡(준공인가시 41,776㎡이었으나 1990.5.23. 그 중 1,117㎡는 123-26으로, 2,810㎡는 123-27로 각 분할됨), 124-24 잡종지 55㎡ 등 합계 67,632㎡에 대하여 그 소유권을 취득하였고, 한편 원고는 1990.5.25. 부산 남구

감만동 588-3에 부산지점을 설치하고 1990.10.19. 위 매립지 67,632㎡에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 위 매립토지 67,632㎡중 위 123-14,15 토지 가운데 18,140㎡ 부분은 1993.11.24. 도시계획시설(교통광장)로 결정 및 지적고시되었고, 한편 나머지 토지 49,492㎡(67,632㎡ - 18,140㎡)중 123-27 2,810㎡(이하 매각토지라고 한다)는 원고가 위 매립지 취득일로부터

지방세법시행령 제84조의 4 제4항 제9호 에 정해진 유예기간 4년 이내인 1992.11.25. 부산시

수산업협동조합에 매각하였고 그 나머지 46,682㎡(이하 보유토지라고 한다)는 원고가 이를 보유하면서 위 유예기간 4년이 경과하도록 원고가 보유업무에 직접 사용하지 아니하였다.

다. 피고는 위 토지 49,492㎡가

지방세법시행령 제84조의 4 제1항 ,

제4항에 의하여 법인의 비업무용토지에 해당한다고 보아 그 과세표준에 금 4,513,356,903원(전체토지 취득가액 6,167,610,000원×49492/67632)에

지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제112조 제2항 의 세율 등을 적용하여 취득세액을 산출하고 여기에서 원고가 이전에 자진납부한 세액을 차감하여 취득세로 금 704,083,660원을 결정하고, 또한 위 매립지 67,632㎡에 대한 소유권보존등기를 원고의 부산지점 설치 이후의 부동산 등기로 보아 이에 대하여

법 제138조 제1항 의 세율 등을 적용하여 등록세액과 방위세액을 산출하고 여기에서 이미 자진납부한 세액을 차감하여 등록세로 금 236,836,230원(가산세 금 39,472,700원 포함) 및 방위세로 금 47,367,240원(가산세 금 7,894,540원 포함)을 결정하여 1994.6.16. 이들을 원고에게 부과, 고지하였다가, 그 후 감사원의 심사결정에 따라 위 등록세와 방위세에 대한 가산세를 삭감하여 위 등록세를 금 197,363,530원으로, 방위세를 금 39,472,700원으로 감액하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 취득세 부분

① 원고는 위 공유수면 매립면허를 받음에 있어 매립을 행하고자 하는 공유수면에 관하여 부산시 수산업협동조합의 어업권을 가지고 있어, 원고는 매립에 동의를 얻기 위하여 같은 조합과 간에 부득이 공유수면 매립준공 후 매립토지 일부를 매각하기로 약정을 하였고, 원고는 이에 따라 위 매각토지를 매각하였다.

② 원고는 위 매립공사를 시행하면서 이로 인하여 취득할 토지상에 종합관광, 유통, 레저단지를 건설하기 위하여 가칭 '

Pusan Sea World' 사업계획을 마련하고 위 매립준공인가후 이를 추진하였으나, 부산시는 1989.3. 해상신도시 및 도심순환도로 건설계획을 구상하고 1990.1. 부산도시기본계획변경안을 입안하여 같은해 11.15. 건설부장관으로부터 그 승인을 얻은 다음, 1991.11.14. 도심순환도로 해안구간 개발행위 통제계획을 수립하면서 위 도시기본계획변경안에 의한 도시계획결정시까지 도심순환도로 통과 계획도로 예정구간 및 주변토지에 대하여 건축 및 건설 등의 개발행위를 행정지도에 의하여 제한하도록 산하 각 구청에 시달하였고, 위 도시기본계획변경안에 의하면 도심순환도로의 일부가 위 매립토지의 일부 지상을 관통하도록 계획되어 있어 위 보유토지에 대하여는 교통광장으로 도시계획결정고시가 있었던 1993.11.24.까지 사실상 건축 및 건설 등의 개발행위가 제한되어 왔다.

원고는 그 간 위 도시기본계획변경안에 포함된 원고의 위 매립토지상을 관통하는 도로의 위치를 변경하여 줄 것을 수차 부산시에 요청하였으나 그 신청은 모두 거절되어, 원고는 1993.5.6.에 위 도로부지를 제외한 나머지 토지에 대하여 위 사업계획을 추진하기 위하여 위 매립토지에 대한 도시계획법상의 용도구역인 준공업지역을 상업지역으로 변경하여 줄 것을 신청하였으나 이 역시 받아들여지지 아니하여, 원고는 위 사업계획을 포기하고 부산시에 대하여 1993.7.5. 위 매립토지의 이용가능 여부를 문의한 즉 1993.7.14. 부산시로부터 위 토지의 이용 허가신청 등이 건축관련 제반규정에 적합할 경우 건축허가 등이 가능하다는 회신을 받았다.

이에 따라 원고는 위 매립토지상에 아파트 건설사업을 위하여 1993.11. 부산시에 주택건설사업계획안 심의신청을 하였으나, 이마저 도심순환도로 건설계획에 의한 교통광장이 위 매립토지상을 관통하고 있다는 이유로 위 신청서가 같은달 19. 반려되었고, 원고는 다시 위 도시계획결정고시 후인 같은해 12.28. 보유토지상에 아파트를 건축하는 내용의 주택건설사업계획 승인신청을 하였으나, 부산시는 1994.3.7. 위 승인신청이 공유수면 매립면허조건에 부적합하고 신청지는 도심순환도로 건설과 제2부산재료 건설계획이 검토되고 있는 지역으로 세부노선계획이 확정되지 않았을 뿐만 아니라 도시기본계획상 용도지역을 준공업지역에서 상업지역으로 변경추진 중에 있으므로 현시점에서는 위 사업계획을 승인할 수 없다 하여 위 신청이 거부되었다.

③ 또한 원고의 공유수면 매립 당시 매립목적이 준설장비 적치부지 조성을 위한 것이었다 하여도 위 매립토지의 매립면허는 매립목적 변경사용을 금하는

고유수면매립법 제21조의 2 규정이 신설되기 이전에 이루어진 것으로서 이 사건 매립토지에는 위 규정이 적용되지 아니하여 원고는 위 매립토지를 그 매립목적 이외의 용도로도 이를 사용할 수 있는 것이고, 나아가 위 매립토지를 위 준설장비 적치부지로의 사용은 매립토지주위의 환경 등에 비추어 지역주민의 반발 등으로 사실상 불가능하며 또한 행정관청에서도 위와 같은 용도로서 사용은 반대하여 원고로서는 위 매립토지를 위 용도로도 사용할 수 없었다.

④ 위 주장사실에 나타난 일련의 사정을 종합하면 원고는 매각토지를 매각한 것이나 보유토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것에는

법시행령(이하 령이라 한다) 제84조의4 제1항 에 정해진 정당한 사유가 있다고 보아야 할뿐만 아니라, 그

제4항 제6호에 의하면 건축 등이 금지된 토지로서 금지가 해제된 날로부터 1년을 경과하지 아니한 토지는 비업무용토지로 보지 아니하는 바, 이 사건 취득세 부과처분이 이루어질 당시에는 위 도시계획결정고시가 있어 건축 또는 건설 등의 개발행위의 제한이 해제된 1993.11.24., 또는 원고가 부산시로부터 건축허가 등이 가능하다는 회신을 받은 1993.7.14.부터 1년이 경과하지 아니하여 보유토지는 비업무용 토지에 해당하지 아니하므로, 비업무용 토지임을 전제로 한 피고의 위 취득세 부과처분을 위법하다.

(2) 등록세 부분

피고가 이 사건 등록세 부과처분의 근거로 한

법 제138조 제1항 은 그 단서에서 대통령령이 정하는 업종에 사용하기 위한 등기에 대하여는 등록세를 중과하지 아니하도록 규정하고 있고,

령 제101조 제1항 9호 는 위 업종의 하나로 유통산업근대화촉진법에 의한 유통산업을 규정하고 있으며,

유통산업근대화촉진법 제3조 제7호 는 유통산업의 하나로 창고 등 보관시설의 설치와 이에 부대되는 사업을 규정하고 있는 바, 원고는 위 매립지 67,632㎡중 64,272㎡에 대하여 1993.5.15. 창고업 등록을 마쳐 이를 창고용지로 사용하고 있으므로, 위 64,272㎡에 대한 등록세 중과는 위법하다.

나. 관계법령 등

원고가 매립토지를 취득하고 4년이 경과한 때에 시행되던

법 제112조 제2항 은 법인의 비업무용 토지를 취득한 경우의 취득세율은 제1항 세율의 100분의 750으로 한다고 규정하고 있고,

령 제84조의 4 제1항 은

법 제112조 제2항 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있으며, 그

제4항 제6호는 토지를 취득한 후 관계법령의 규정에 의하여 건축 또는 사용이 금지된 토지로서 그 금지가 해제된 날로부터 1년을 경과하지 아니한 토지,

제9호는 공유수면매립지에 의하여 매립된 토지로서 취득한 날로부터 4년이 경과되지 아니한 토지를 각 비업무용 토지에서 제외하고 있다.

그리고

법 제138조 제1항 은 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 등록세율은

제131조 및

제138조 에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하면서 그 제3호로 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 규정하고 있고,

령 제102조 제2항 은

법 제138조 제1항 제3호 에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있으며,

령 제101조 제1항 제9호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 는

법 제138조 제1항 단서 에 의한 대도시지역내 법인 등기 등의 중과가 적용되지 아니하는 업종의 하나로 유통산업근대화촉진법의 규정에 의한 유통산업을 규정하고 있다.

한편

령 제101조 제2항은제1항 각호의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기, 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는

법 제138조 제1항 본문 의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 판단

(1) 취득세 부분

① 원고의 ②항 주장사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 피고가 이를 명백히 다투지 아니하므로 살피건대, 원고의 위 매립토지의 사용이 그 매립목적에 구애받지 아니한다 하여도 그 매립목적은 비업무용 토지 여부를 판정함에 있어 중요한 기준이 되어야 할 것이고, 위 주장사실에 의하면 원고는 위 매립토지를 취득한 후 위 매립면허 당시 정하여진 목적이나 도시계획법상 지정된 구역(준공업지역) 용도 등에 적합하게 이를 직접 사용하기 위한 노력이나 추진을 함이 전혀 없이, 위 매립목적과는 무관하게 매립공사 시행 중 수립한 사업계획만을 실현하기 위하여 위 매립토지 취즉 직후부터 위 매립토지상에 계획된 도로 위치의 변경 및 도록계획법상의 지정구역의 변경등을 위하여만 노력하여 오다가, 이들이 모두 무산되지 위 매립토지의 취득일로부터 4년이 거의 다 지나갈 무렵인 1993.11.경에 이르러서야 뒤늦게 주택건설사업계획안 심의신청을 하기에 이른 사실을 알 수 있고, 한편 원고가 원래 면허받은 매립목적대로 위 매립지를 준설장비 적치부지로의 사용은 지역주민들의 반발이나 부산시 등 관계관청의 반대로 당초부터 불가능하였다는 원고의 위 ③항 주장사실에 대하여는 이 법원이 믿지 아니하는 증인

이득의 일부증언 외에는 이를 인정할 아무런 자료가 없고 을 제31호증의1,2의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족한 바, 그렇다면 피고가 위 매립토지 일대에 관하여 행정지도에 의하여 건축 등의 행위를 제한하여 왔다 할지라도 원고가 위 매립토지 중 보유토지를 그 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 그 유예기간을 도과한 것이라고는 볼 수 없어 위 보유토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

또한 원고의 위 ②항 주장사실에 나타난 바에 의하면, 부산시의 행정지도에 의하여 1991.11.14.경부터 1993.11.24.까지 도심순환도로 통과 계획도로 예정구간 및 그 주변토지에 대하여 제한하는 행위는 건축 또는 건설 등의 개발행위에 한하고 그 토지 자체의 사용까지를 금지하는 것이라고 볼 아무런 자료없으며, 나아가 원고의 위 보유토지의 고유업무에의 직접사용이 그 지상에 건축 또는 건설 등의 개발행위에 의하여만 가능한 것은 아니므로 위 보유토지에 대하여 위와 같은 건축 또는 건설 등의 개발행위에 제한이 있었다 하여 위 보유토지가 관계법령의 규정에 의하여 건축 또는 사용이 금지된 토지로서 비업무용 토지에 해당하지 아니한다고 할 수도 없다.

② 다만 을 제2호증의 기재 및 증인

이득인 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는

공유수면매립법 제5조 제1항 제1호 ,

제6조 제2호 ,

제16조 ,

제17조 의 각 규정에 의하여 어업권을 가진 부산시

수산업협동조합과 사이에 원고의 매립공사로 인하여 위 조합이 입을 손실보상에 관하여 합의한 끝에, 1983.10.11. 위 조합과 간에 그 손실보상으로 매립준공 후 매립토지 중 1,000평을 위 조합에 양도하되 그 중 150평은 무상으로, 나머지는 평당 금 300,000원에 양도하기로 협의가 성립되어, 원고는 이에 따라 1992.11.25. 매립토지 중 850평에 상당하는 위 매각토지를 위 조합에 양도한 사실을 인정할 수 있고 반증없는 바, 위와 같이 매립면허 등을 받기 위하여 손실보상 협의에 따라 토지를 매각하는 경우에는 그 매각에 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.

③ 따라서, 이 사건 취득세 금 704,083,660원의 부과처분은 위 매각토지 2,810㎡에 대한 부분에 한하여 위법하고 이 부분을 제외한 나머지 보유토지에 대한 취득세는 금 664,108,005원[금 704,083,660원×(49,492㎡-2,801㎡)/49,492㎡]이 됨이 계산상 명백하므로, 원고의 취득세 부분에 대한 주장은 위 금액을 초과하는 부분에 대하여만 그 이유있다.

(2) 등록세 부분

앞서 본

법 제138조 제1항 단서 및

제3호,

령 제102조 제2항 ,

제101조 제1항 제9호 ,

제2항의 규정취지를 종합하면, 대도시내에서 지점을 설치할 당시나 부동산 취득 등기를 할 당시에는 중과대상 제외 업종의 요건을 갖추지 못하였으나 그 후 그 요건을 갖춘 경우에도 그것이 위

령 제101조 제2항 소정의 유예기간내에 이루어지는 한 중과 제외대상이 된다 할 것이나, 이 경우 위 령 소정의 1년의 유예기간은 위 지점 설치일 또는 부동산 취득 등기일 중 후에 이루어진 일자를 가산점으로 삼아야 한다(

대법원 1994 . 5 . 10. 선고 93누22135 판결 참조).

따라서 원고 주장의 창고업 등록이

위 령 제101조 제1항 제9호 소정의 유통산업근대화촉진법의 규정에 의한 유통산업에 해당된다 할지라도, 원고의 위 창고업 등록은 앞서 살핀 원고의 부산지점 설치일이나 위 매립토지에 관한 취득 등기일로부터 1년이 훨씬 경과한 1993.5.15. 이라는 것이므로, 원고의 주장은 더 나아가 살필 것도 없이 그 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 피고의 취득세 부과처분 중 금 664,108,005원을 초과하는 부분에 한하여 그 이유있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1996. 6. 13.