원고가 당초의 교환 및 매매계약에 따라 형질변경을 해주고 정산금을 지급받는 과정에서 시간이 지체되고, 특수목적고등학교설립을 추진하는 과정에서 그 진입도로의 확보문제 때문에 토지위에 수위실을 짓지 못하였으나 토지의 취득으로부터 학생회관의 부속마당으로 쓰기로 방침이 확정된 때까지의 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때 원고는 일련의 절차를 진지하고 꾸준하게 밟아 나간 것으로 봄이 상당하다할 것이니 토지를 그 목적사업에 직접 사용한 것이거나 또는 그 취득일 및 등기일로부터 1년이내에 원래의 목적사업에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 따라서 토지가 그 목적사업에 직접 사용하지 아니한 것이거나 그 취득일 또는 등기일로부터 1년이내에 원래의 목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 없었다고 보아 한 취득세 등 부과처분은 위법하다.

1. 이 사건 부과처분의 경위

당사자 사이에 다툼이 없는 사실 및 갑제1호증의 1,2, 갑제2호증의 1,2, 갑제3호증의 1,2, 갑제4호증의 1,2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정되는 사실은 다음과 같다.

가. 원고법인은 중등보통교육과 고등보통교육 및 상업에 관한 전문 교육을 실시함을 목적으로 설립되어 경기 광주읍 송정리 소재 경화여자중학교 및 경화여자상업고등학교를 설치하여 운영해 오던 중, 1992.2.13. 경기 광주읍

송정리 44의 2대 627㎡ (이하 이 사건 토지라 한다)를 취득하여 같은 해 2.27. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 피고는 처음에는 학교법인인 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 것으로 보고 취득세를 과세하지 않고 있다가 원고가 위 부동산을 취득하고도 그 취득일로부터 1년이 지나도록 정당한 사유없이 이를 그의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였다 하여 법인의 비업무용토지에 대한 중과세율을 적용하여 1994.7.2. 원고에 대하여 주문기재의 취득세, 등록세 및 교육세를 부과(이하 이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고는 원고가 이 사건 토지를 그 취득일 및 등기일로부터 1년이 지나도록 아무런 정당한 사유없이 그의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였고 그와 같은 방치에 관하여 아무런 정당한 사유가 없었으므로 이 사건 부과처분은 관계법령에 비추어 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 이 사건 토지에 관하여 1992.2.2

7. 소유권이전등기를 경료받기 전부터 이 사건 토지를 사실상 고유사업에 직접 사용하여 왔고, 가사 그렇지 않더라도 원고가 이 사건 토지를 고유사업에 직접 사용치 못한데는 정당한 사유가 있으며, 원고법인은 비영리 학교법인으로서 이 사건 토지를 원고법인의 소유토지인 광주읍

송정리 43의 3 답 927㎡(이하 교환대상토지라 한다)와 교환취득하기로 하고, 경기도 교육감으로부터 교육용기본재산용도변경및처분(대체)허가를 받아 이 사건 토지와 교환대상토지를 교환하게 된 것인데 원고가 상대방에게 해주어야 할 교환대상토지의 형질변경과 상대방이 원고에게 지급하여야 할 토지 청산대금의 이행지체 등으로 인하여 경기도 교육감으로 부터 대체처분허가기간을 순차 연기받아 오다가 1994.5.경 위 허가사업을 완료하였으므로 이 사건 토지의 취득은 등기부상의 이전등기시가 아니라 허가 사업의 완료시인 1994.5.로 보아 그때부터 1년 이내에 고유업무에 사용하였는지 여부에 따라 취득세 등을 추징하여야 함에도 이 사건 토지의 소유권이전등기일을 취득일로 보아 취득세등을 중과한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령 등

지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조는 다음 각 호의 1에 해당하는 것(····)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 ···· 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하면서, 그 제1호에서 제사 · 종교 · 자선 · 학술 · 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득을 그 하나로 정하고 있고, 지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항은 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자” 라 함은 다음 각 호에 게기하는 자를 말한다고 하면서 제2호에서 교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인을 들고 있으며, 지방세법 제112조 제2항은 대통령령으로 정하는 별장 · 골프장 · 고급주택 · 고급오락장 · 법인의 비업무용 토지· 고급자동차 · 고급선박을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다. ···· 고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의 4 제1항은 법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(····) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제127조 제1항은 다음 각 호의 1에 해당하는 것(····)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만 ···· 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하면서, 그 제1호에서 제사 · 종교 · 자선 · 학술 · 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 대통령령으로 정하는 대도시내에서 등기하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

위 규정들의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 그 사업에 직접 사용하기 위한 취득에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되 1년 이상 이를 정당한 사유없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하고 방치하는 등의 경우에는 취득세 및 등록세를 부과함으로써 토지의 효용가치를 증대시키고 부동산투기 등을 근절하는데 있다고 할 것인데 위 지방세법 제107조 및 제127조에서 말하는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과세의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당할 것이다.

다. 판 단

앞에서 본 증거와 갑제5호증, 갑제6호증의 1,2, 갑제7호증, 갑제8호증의 1 내지 4, 갑제9호증의 1 내지 4, 갑제10호증의 1 내지 3, 갑제11호증의 1 내지 3, 갑제12호증의 1 내지 9, 갑제13호증, 갑제14호증, 갑제15호증의 1,2, 갑제16호증의 1 내지 4, 갑제17호증, 갑제18호증의 각 기재 및 영상과 증인 김규완의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고법인은 교육용 기본재산이었던 광주읍 송정리 43의 3 토지(교환대상토지)가 주변 사유토지의 개발로 인하여 학교용지로서는 실용성이 없게 되어 매각하거나 학교용지로 사용이 가능한 인접 토지와 교환하기로 방침을 정하고 적당한 대체토지를 찾던 중 인접한 이 사건 토지의 소유자인

소외 한창희,

박종한과 협의가 되어 1991.5.29. 위

한창희 등과 사이에 교환 및 매매계약을 체결하면서, 원고가 이 사건 토지의 소유권을 이전받고, 교환대상토지에 관하여 위 한창희측에 소유권을 이전해주되 그 중 약 258평에 관하여 원고측이 지목을 답에서 대로 형질변경해주기로 하고, 양토지의 면적차이(약 68평)에 대해서는 평당 금180만원으로 정산하여 정산금을 원고가 지급받기로 약정한 사실, 원고는 1991.12.3. 경기도 교육감으로부터 위 교환대상토지 및 광주읍 송정리 47 답 1,828㎡를 교육용에서 수익용으로 용도변경 및 처분하고 이 사건 토지 및 광주읍

송정리 53의 1학교용지 655㎡, 같은 리 산 24의 4 임야 2,479㎡를 대체재산으로 취득하여 교육용 기본재산으로 관리한다는 등의 학교법인 교육용 기본재산 용도변경 및 처분(대체)허가를 받있고, 위 허가 당시 처리기한은 1992.3.24.이었던 사실, 원래 이 사건 토지는 원고 법인이 운영하는 경화여상의 교정 진입로에 접한 토지로서 교문 바로 옆에 붙어 있었고, 그 지상에 문방구 등 점포가 입주한 건물이 있었는데, 원고는 이 사건 토지를 취득하여 교육용 기본재산으로 관리하면서 그 주변 진입로 주위를 정비하고 교문을 넓힌 다음 필요시 수위실 등을 설치할 계획었던 사실, 원고는 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 경료하기 전인 1991.9. 중순경 이 사건 토지를 인도받아 그 지상 건물을 철거하고 부지 정리를 마쳤으며, 1992.8.경 좁게 설치된 기존 교문을 철거하고 기존 진입로와 이 사건 토지의 일부를 연결하여 평탄화함으로써 진입로를 넓힌 사실, 원고법인이 이 사건 토지상의 문방구 건물을 헐고 주변정리를 해놓자 인접토지소유자가 집주변에 채소등을 재배하면서 1994년에 경계를 침범하여 이 사건 토지의 일부 모퉁이에 옥수수를 심었다가 수확후 정리한 사실, 위 교환 및 매매계약은 쌍방 동시이행되었어야 할 것이나 이 사건 토지에 관하여는 즉시 소유권이전이 가능하고, 원고로서도 정산금채무를 담보하려면 미리 이전등기를 받는 것이 안전할 것으로 판단하고 1992.2.27. 소유권이전등기를 경료받았으나, 원고측이 교환대상토지 중 258평을 형질변경하는데 상당한 시간이 소요되고, 또 이 사건 토지의 소유자들이 평수 차이에 대한 정산금 지급을 지체하여 원고는 1992.3.

23. 경기도 교육감으로부터 처리기한을 같은 해 3.24.부터 같은 해 9.30.까지로 연기허가를 받는 등 수차례에 걸쳐 처리기한을 연기받아 오다가 1994.5.28. 처리기한을 같은 해 3.30.에서 같은 해 9.30.로 변경허가를 받고 같은 해 8.9. 교환대상토지에 관하여 위 한창희측이 지정하는 소외 최재승에게 소유권이전등기를 경료해준 사실, 원고법인은 1991년 경부터 현재 있는 경화여상 옆에 특수목적고등학교 설립을 추진해 오고 있는데, 이를 위해서는 진입도로가 될 송정리 39 및 같은 리 39의 4 토지의 각 일부를 그 소유주인 같은 리 39의 4 소재 공장의 소유자로부터 양여받아야 할 입장이었으며 그 업무를 추진한 결과 1994.3.15. 원고법인과 소외 이태홍 사이에 원고 법인 소유의 같은 리 50의 3 토지 일부, 같은 리 39의 1 토지 일부, 같은 리 40의 4 토지 일부를 위

이태홍에게 양여하고, 위

이태홍은 같은 리 39의 3 토지 일부, 같은 리 39의 4 토지 일부, 같은 리 39 토지 일부를 원고에게 양여하기로 합의한 사실, 이에 따라 이 사건 토지를 끼고 있는 원래의 학교출입로(같은 리 44의 1, 41의 5, 40의 3, 39의 1, 39의 9)는 같은 리 39의 4 소재 공장주와 함께 사용하는 공도가 되어 이 사건 토지위에 수위실을 지을 수 없게 되자 원고법인은 이 사건 토지를 향후 계속 학생회관의 부속마당으로 사용하기로 방침을 바꾼 사실을 각 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 인도받아 그 지상건물을 철거하고 부지를 정리하여 진입로를 넓히고 학생회관의 부속마당 등으로 사용한 이상 이는 그 고유목적에 직접 사용(앞에서 본 관계법령의 규정을 종합해 볼 때 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지의 여부는 해당부동산의 형식적 용도에 관계없이 사실상의 사용형태에 따라 판단하여야 할 것이므로, 당초 수위실 등을 신축할 목적으로 이 사건 토지를 취득하였더라도 이 사건 토지상의 낡은 건물을 철거하고 부지를 정리하였고, 좁은 교문을 헐고 진입로를 확장하는 등 학교의 운영에 필요한 용도로 사용한 이상 이는 원고의 설립목적인 중등,고등보통교육을 실시하기 위한 사용에 포함된다고 할 것이다)한 것으로 볼 수 있는 한편, 원고가 이 사건 토지를 취득한 것은 오로지 그 존립목적인 중등,고등보통교육사업의 실시를 위하여 한 것이고 다만 원고가 당초의 교환 및 매매계약에 따라 형질변경을 해주고 정산금을 지급받는 과정에서 시간이 지체되고, 특수목적고등학교설립을 추진하는 과정에서 그 진입도로의 확보문제 때문에 이 사건 토지위에 수위실을 짓지 못하였으나 이 사건 토지의 취득으로부터 학생회관의 부속마당으로 쓰기로 방침이 확정된 때까지의 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때 원고는 일련의 절차를 진지하고 꾸준하게 밟아 나간 것으로 봄이 상당하다할 것이니 이와 같은 사정을 고려할 때 결국 원고는 이 사건 토지를 그 목적사업에 직접 사용한 것이거나 또는 그 취득일 및 등기일로부터 1년이내에 원래의 목적사업에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다고 할 것이다.

따라서 이 사건 토지가 그 목적사업에 직접 사용하지 아니한 것이거나 그 취득일 또는 등기일로부터 1년이내에 원래의 목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 없었다고 보아 한 이 사건 부과처분은 위법하다할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유있으므로 이를 인용하기로 하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.