토지를 취득한 후 고유의 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 연합회의 내부적인 결정절차 등 회관신축공사를 시행하는데 불가피하게 소요되는 기간 때문에 유예기간을 도과하였으므로, 1년의 유예기간 이내에 토지를 고유업무에 사용하지 못한 데에는 정당한 이유가 있다.

1. 처분의 경위

신용협동조합의 업무를 지도감독하고 신용협동조합의 공동이익의 증진과 건전한 발전을 도모할 목적으로 신용협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인인 원고가 자신의 회관을 건축하기 위하여 1992. 9. 30. 소외 재단법인 한국천주교사레지오회로부터 광주 북구 신안동 213의 27 학교용지 1,769.1㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 대금 2,675,000,000원에 취득하고 1992. 10. 30.

구 지방세법(1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의4 제1항 제22호에 의하여 같은 법 제112조 제1항이 정한 세율 1,000분의 20에 의하여 산출한 세액의 50%를 경감한 취득세 금 26,750,000원을, 같은 달 15.

같은 법 제128조의3 제1항에 의하여

같은 법 제131조 제1항 제3호 (2)목에서 정한 세율 1,000분의 30에 의하여 산출한 세액의 50%를 경감한 등록세 및 그에 따른 교육세 금 48,060,000원을 자진신고․납부한 후 등록세의 신고납부세액이 위 규정에 의한 세액에 미달되었다는 이유로 등록세 및 교육세 합계 금 106,500원(가산세 포함)의 부과처분을 받아 1993. 2. 27. 이를 납부한 사실, 그런데 피고는 1996. 6. 7. 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 같은 법 제110조의4 제1항 단서, 제128조의3 제1항 단서의 규정에 의하여 위 취득가액에 위 각 법조항 소정의 세율을 젹용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 금 449,400,000원, 등록세 48,150,000원, 교육세 금 8,827,500원(각 가산세 포함)을 부과하였다가 1996. 12. 26. 등록세에 대한 가산세 금 8,025,000원, 교육세에 대한 가산세 금 802,500원을 감액하는 내용의 경정처분(당초의 위 부과처분 중 위 경정처분에 의하여 취소되지 아니하고 남아 있는 부분을 이하에서는 이 사건 처분이라 한다)을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1,2호증, 을제1호증의 1,2,4,5,6,7호증, 을제3호증의 1,2,3호증, 을제4호증의 1,2,3, 을제7,8호증의 각 기재를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

2. 이 사건 처분의 적법성 여부

가. 원고의 주장

피고는 원고가 이 사건 토지의 취득후 1년의 유예기간 이내에 이 사건 토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 않았고, 위 유예기간 이내에 이 사건 토지를 그 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 하지도 않은 만큼 위 유예기간을 넘긴 점에 정당한 사유가 있다고도 볼 수 없으므로 위 법령에 따른 이 사건 처분은 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 정부의 건축허가제한조치가 해제된 날인 1993. 1. 1.전에는 건축허가신청을 할 수 없었으며, 1992. 11. 12.-13.에 회원조합 이사장 연수회를 갖고 회관건축을 위한 증자방법과 건축규모에 관하여 협의하고 1993. 1. 21.의 원고 연합회 이사회 및 1993. 2. 17.의 정기총회를 거쳐 회관건축자금의 조성일정 등을 확정하고 같은 해 5. 10. 회관건축위원회를 구성한 후 건축자금수납, 설계감리자 선정, 설계감리용역계약체결, 지질조사계약체결 및 그 조사종료보고서 수령 등 준비절차를 거쳐 1993. 8. 30. 피고에게 건축계획심의신청을 하였고 이에 피고가 같은 해 9. 13. 건축계획 일부를 수정하라는 건축위원회심의결과를 통지하여 이에 따라 같은 달 16. 피고에게 이 사건 토지상에 연면적 4,302.32㎡ 지하 1층, 지상 5층 규모의 건축허가신청을 하였던 바, 피고가 1993. 10. 8. 위 건축을 허가하여 이 사건 취득일로부터 1년이 지난 1993. 10. 19. 비로소 위 건축공사를 착공하게 된 만큼, 이 사건 토지를 유예기간인 1년내에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있음에도 위 유예기간 이내에 이 사건 토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 않았다는 이유로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 인정사실

갑제1호증, 갑제3호증의 1 내지 17, 갑제4호증의 1,2, 갑제5호증의 1 내지 5, 을제1호증의 8,9의 각 기재와 증인

윤영섭의 증언에 변론의 전취지를 더해보면 다음에서 보는 각 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 신용협동조합법상 의무적으로 가입하도록 되어 있는 신용협동조합으로 이루어진 단체로 회원 조합의 납입출자금을 그 자본으로 하고 있으며, 그 최고의사결정기관으로서 총회를, 집해이관으로서 이사회 및 회장 등을 두고 있는데, 이 사건에서와 같은 회관건립사업은 이사회에서 그 기본방침을 정하여 총회의 결의에 의하여 결정한 후 시행하도록 되어 있다.

(2) 원고의 이 사건 토지의 취득 당시는 건설부장관이 1990. 6. 5.부터 원고가 이 사건 토지를 취득한 후인 1992.12.31.까지 건축경기과열 및 건설자재수급불균형을 조절하기 위하여 전국에 걸쳐 연면적 5,000평방미터 이상의 상업용건물(일반업무시설) 등의 신축 및 증축을 금지하는 건축허가제한조치를 하여 시행되고 있었으며 원고가 이 사건 토지의 매수에 앞서 1991. 11. 1. 회관신축부지로 광주 광산구 매월동 494의 12외 4필지 4,331㎡를 매수하였다가 위 토지가 도시재정비지역에 포함되어 있어 회관부지로 사용하기에 적합하지 못하여 그 매매계약을 해제하였으나 이에 따른 계약금 등을 반환받지 못하여 회관신축자금의 조달계획도 확정하기 어려웠고 아직 건축규모에 관한 원고 내부적인 의견수렴도 되지 아니한 관계로 이 사건 토지상에 어느 정도의 규모로 건축을 할 것인지에 관하여 정하기 곤란한 상태이었다.

(3) 이후 원고는 이 사건 토지에 회관을 신축하기 위하여 1992. 11. 12. 원고 회원 조합 이사장 연수회를 개최하여 회관건물의 규모와 자금마련방안을 논의하고 이를 토대로 공청회등을 거쳐 의견을 수렴한 다음 1993. 1. 21. 이사회를 개최하여 기본계획안을 수립하고 1993. 2. 17. 정기총회에서 건축규모는 지하 1층, 지상 5층 연면적 1,130평 정도로 하고 건축자금은 원고 연합회의 신용사업 예탁금상환준비금 지급이자를 출자금으로 전환, 충당하며 부족분은 신용사업에서 부담하기로 결정한 후 같은 해 5. 10. 이사회를 개최하여 회관건축위원회를 구성하였다.

(4) 그리고 같은 해 5. 31. 위 총회결의에 따라 회원 조합의 예탁금상환준비금 지급이자가 츨자금으로 전환되어 건축자금이 조성되자 원고 이사회에서 1993. 6. 25. 소외 강남구를 회관건축의 설계 및 감리자로 선정하였고 이후 원고는 1993. 7. 5. 위 강남구와 연건평 1,300평, 지하 1층, 지상 5층, 철근콘크리트조슬래브지붕, 용도는지하층 주차장, 창고, 식당, 기계실, 1층 임대영업장, 2층 유통센터, 3,4층 사무실, 5층 회의실의 회관건물에 대한 건축설계 및 감리용역계약을 체결하고, 1993. 8. 18. 주식회사 호남지질공사와 이 사건 토지에 관한 지질조사용역계약을 체결하였다.

(5) 이와 같은 준비작업을 거쳐 원고가 1993. 8. 30. 피고에게 위 회관신축에 대한 건축계획심의신청을 하자, 피고는 같은 해 9. 13. 위 건물의 정면 삼각돌출부분을 좌우와 일치되게 원형으로 하고 보․차도 개설을 최소화하며, 지상, 지하 주차장 진입로를 한곳에 배치하라는 내용의 건축계획심의결과통지를 하여 원고는 이에 따라 건축계획을 수정한 후 같은 달 16. 피고에게 위 회관건물에 대한 건축허가신청을 하는 한편, 그 허가를 받으면 곧 건축공사에 착수하기 위하여 같은 달 13. 건축추진위원회를 열어 공사입찰방법, 그 기준을 정하고 같은 달 21. 소외 금강엔지니어링주식회사와 전기와 소방, 통신공사에 관한 도급계약을 체결하였던 바, 피고가 1993. 10. 8. 이를 허가하여 원고는 부득이 이 사건 취득일로부터 1년이 지나서야 소외 남화토건주식회사와 위 회관신축공사에 관한 도급계약을 체결하고 같은 달 19. 위 공사를 착공하여 1994. 12. 8. 사용검사를 거쳐 마침내 이를 완공하였다.

다. 판단

구 지방세법 제110조의4 제1항,

제128조의3 제1항에서 원고 등 특정 법인이 그 고유의 업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 경감하나 이들 법인이 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 사용하지 아니하는 경우 감면된 세액을 추징하는 취지는 이들 법인의 공익적 성격을 감안하여 이를 세제적으로도 뒷받침하여 그 육성을 기하되, 이를 악용하여 법인이 토지를 장기간 취득․보유함으로 인한 비생산적인 투기의 조장은 방지하려는 데에 있다 할 것인 만큼, 여기서의 ‘정당한 사유'란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 위와 같은 추징의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이며, 특히 건물신축을 위한 업무추진과정에서 사소한 절차상의 하자가 있더라도 그 과정을 전체적으로 관찰하여 보면 정상적인 노력을 하였다고 볼 여지가 있다면 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것인 바(대법원 1996.3.12. 선고 95누18314 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원고는 신용협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로 회원 조합의 출자금을 자본금으로 하고 있어 그 의사결정 및 사업에 소요되는 자금조달 등의 절차가 일반 법인에 비하여 복잡하고 시일을 요하는 점, 원고 연합회의 회관건물을 신축하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였으나 당시는 아직 구체적인 건물규모나 자금조달계획 등이 수립되지 아니한 상태이었고 이를 위하여는 회원 조합들의 의견수렴 및 총회의 결의 등의 절차가 필요하여 이를 확정하는 데에 상당한 시간이 소요되었으며, 그럼에도 불구하고 위 취득일로부터 1년 이내인 1993. 9. 15.에 건축허가신청을 하기에 이르렀고 그 신청이 반려되거나 함이 없이 그대로 허가되었던 점, 또한 위 건축허가가 나기 이전에 이미 신축공사의 도급업체를 선정하거나 일부 공사에 대한 도급계약을 체결하는 등 공사착수를 준비해 왔던 점 등을 참작하여 보면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 그 고유의 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 원고 연합회의 내부적인 결정절차 등 위 회관신축공사를 시행하는데 불가피하게 소요되는 기간 때문에 그 유예기간을 도과하였고 봄이 상당하고 따라서 원고가 1년의 유예기간 이내에 이 사건 토지를 그 고유업무에 사용하지 못한 데에는 정당한 이유가 있다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고가 정당한 사유없이 이 사건 토지를 1년 이내에 그 고유업무에 사용하지 아니하였음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.