구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제112조 제5항 제132조의2 제3항 구 지방세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것) 제84조의5 제1항 제99조의4

1995. 6. 15. 새로 구입한 승용자동차를 신규등록하였으나 "30일"의 기한이 훨씬 넘은 1995. 11. 4.에서야 구 자동차를 이전등록하였으므로, 예외사유가 인정되지 아니하는 한, 중과세 대상이 되는 1가구당 1자동차의 취득에 해당한다.

1. 부과처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1(을 제1호증의 1과 같다), 2, 3(을 제2호증의 1과 같다), 4, 을 제1호증의 2, 3, 을 제2호증의 2, 3, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

가. 원고는 중견직업인에게 필요한 외국어에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 하여 1993. 3. 16 설립된 비영리 학교법인인데, 1993. 3. 18.

소외 장종현으로부터 별지 제1목록 기재 각 부동산을,

소외 대한예수교 장로회 총회 신학원으로부터 별지 제2목록 기재 각 부동산을 각 증여받아, 위 각 부동산에 관하여 1993. 3. 29. 각 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 교육을 목적으로 하는 학교법인으로서 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산을 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하고 등기한 것이므로,

구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 본문 및

제1호,

같은 법 제127조 제1항 본문 및

제1호에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세된다는 이유로, 위 각 부동산의 취득 및 등기에 관하여 취득세 및 등록세를 자진신고납부하지 아니하였다.

다. 그러나 피고는, 원고가 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산의 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 별지 제1목록 기재 각 부동산 중 93.8%와 별지 제2목록 기재 각 부동산 중 89.51%를 원고의 목적사업인 교육사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로

구 지방세법 제107조 단서,

제127조 제1항 단서에 의하여 취득세와 등록세를 부과하기로 하고, 별지 제1목록 기재 각 부동산에 대한 취득세 및 등록세의 각 과세표준을 각 금 412,792,301원으로, 별지 제2목록 기재 각 부동산에 대한 취득세 및 등록세의 각 과세표준을 각 금 1,129,514,427원으로 각 계산하고, 대도시내에서의 법인 설립 후 5년이내의 취득하는 부동산등기에 해당한다는 이유로 등록세에 대하여는

지방세법 제138조 제1항 본문 및

제3호에 의하여 중과세율을 적용하여,1996. 4. 12. 원고에 대하여 별지 제1목록 기재 각 부동산에 대한 취득세(가산세 포함) 금 9,907,000원과 등록세(가산세 포함) 금 37,151,300원 및 별지 제2목록 기재 각 부동산에 대한 취득세(가산세 포함) 금 20,699,890원(이미 부과ㆍ납부된 취득세 금 6,408,440원은 공제하였다)과 등록세(가산세 포함) 금 108,029,840원을 각 부과하였다가, 1996. 6. 12. 별지 제2목록 기재 각 부동산의 등록세 과세표준 계산에 착오가 있었다는 이유로 별지 제2목록 기재 각 부동산에 대한 등록세(가산세 포함)를 금 99,092,930원으로 감액경정하였다.

라. 이에 대하여 원고가 서울특별시장에게 이의신청을 하자, 서울특별시장은 1996. 7. 22. 위 취득세 및 등록세에 관하여 각 가산세를 부과한 것이 위법하다는 이유로 별지 제1목록 기재 각 부동산에 대한 취득세를 금 8,255,840원으로, 등록세를 금 30,959,420원으로, 별지 제2목록 기재 각 부동산에 대한 취득세를 금 17,249,910원으로, 등록세를 89,597,650원으로 각 감액경정하였다.

마. 다시 원고가 내무부장관에게 심사청구를 하자, 내무부장관은 1996. 10. 30. 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산에 대한 등록세율을 적용함에 있어 피고는

구 지방세법 제131조 제1항 제2호 본문 소정의 등록세율인 1,000분의 15를 적용하였으나, 원고는

민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인에 해당하므로 같은 호 단서 소정의 등록세율인 1,000분의 8을 적용하여야 한다는 이유로, 별지 제1목록 기재 각 부동산에 대한 등록세를 금 16,511,690원으로, 별지 제2목록 기재 각 부동산에 대한 등록세를 금 49,152,540원으로 각 감액경정하였다{이하 위 1996. 4. 12.자 취득세 및 등록세 부과처분 중 위와 같이 수차에 걸쳐 감액되고 남은 취득세 금 25,505,750원(=8,255,840원+17,249,910원) 및 등록세 금 65,664,230원(=16,511,690원+49,152,540원) 부분을 '이 사건 각 부과처분'이라 한다}.

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는, 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 첫째,

구 지방세법 제107조 및

제127조 제1항이 규정하고 있는 학교법인이 부동산을 목적사업에 직접 사용한다는 것의 의미는, 그 입법취지에 비추어 보면 그 부동산을 직접 학교시설에 제공하는 것뿐만 아니라 학교를 설치ㆍ경영함에 필요한 비용을 충당하기 위하여 수익사업용으로 사용하는 것도 ·포함한다고 해석하여야 하므로, 원고가 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산을 제3자에게 임대하고 있다 하더라도 그 임대로 인한 수입을 모두 원고가 설립한 천안외국어전문대학 교사 건물의 신축공사비 및 위 전문대학 경영에 사용하고 있고, 또한

교육부장관으로부터 기채승인을 받아 별지 제2목록 기재 각 부동산을 담보로 제공하고 융자를 받아 그 융자금 전액을 위 교사 건물 신축공사비로 사용한 이상, 원고는 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산을 그 목적사업에 직접 사용하고 있다고 보아야 할 것이고, 가사 그렇지 않다 하더라도 원고는 위 각 부동산을 그 목적사업에 직접 사용하기 위한 모든 노력을 다하였으나 위 각 부동산의 특성 때문에 아무런 귀책사유 없이 위 각 부동산의 취득일 또는 그 등기일로부터 1년이내에 위 각 부동산을 그 목적사업에 직접 사용하지 못하고 있는 형편이므로, 위 각 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세가 비과세되어야 하고 따라서 이 사건 각 부과처분은 위법하여 취소되어야 하며, 둘째, 피고는 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산의 취득 당시의 이용 상황이 아닌 1995. 7. 1. 당시의 이용 상황을 토대로 하여 이 사건 각 부과처분을 하였고, 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산의 과세표준도 잘못 계산하였으므로, 이 사건 각 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

구 지방세법 제107조는 “다음 각호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”고 규정하면서, 그

제1호로 “제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”을 들고 있고,

지방세법시행령 제78조의2 제1항은 “

법 제107조 본문 단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은

법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다”고 규정하고 있으며,

법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제1조는 수익사업의 한 종류로 부동산업을 들고 있고(위와 같이 개정된

법인세법 제1조는 수익사업의 한 종류로 부동산ㆍ임대업을 들고 있다),

구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제2호는

법 제107조 제1호에서의 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’의 하나로 ‘교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인’을 들고 있다(위와 같이 개정된

지방세법 제79조 제1항 제2호는

법 제107조 제1호에서의 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’의 하나로 ‘교육법에 의한 각종 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체’를 들고 있다).

그리고

구 지방세법 제127조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”고 규정하면서, 그

제1호로 “제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”를 들고 있고,

지방세법시행령 제93조의2는 “

법 제127조 제1항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은

제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다”고 규정하고 있으며,

같은 시행령 제94조 제1항은 “

법 제127조 제1항 제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은

제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”고 규정하고 있다.

또한

구 지방세법 제111조 제1항은 “취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다”고,

같은 조 제2항은 “

제1항의 규정에 의한 과세표준액은 조례로 정하는 바에 따라 취득자의 신고에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 대통령령으로 정하는 바에 의한 과세시가표준액(이하 ‘시가표준액’이라 한다)에 미달하는 때에는 시가표준액에 의한다”고 규정하고 있고,

같은 법 제112조 제1항은 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”고 규정하고 있으며,

같은 법 제130조 제1항은 “부동산에 관한 등록세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다”고,

같은 조 제2항은 “

제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기ㆍ등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 경우에는 등기ㆍ등록 당시의 시가표준액에 의한다”고 규정하고 있고,

제131조 제1항 제2호 단서는

민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인(학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단)이 상속 이외의 사유로 무상으로 소유권을 취득하는 때의 등록세율은 부동산가액의 1,000분의 8로 한다고 규정하고 있으며,

지방세법 제138조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을

제131조 및

제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다”고 규정하면서, 그 제3호로 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기를 들고 있고,

지방세법시행령 제102조 제2항은

법 제138조 제1항 제3호에서의 ‘설립 이후의 부동산등기’라 함은 법인 설립 이후 5년이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

갑 제4호증의 3, 4, 갑 제5호증의 1, 4, 갑 제6호증, 갑 제7호증, 갑 제8호증(을 제11호증과 같다), 갑 제9호증(을 제12호증과 같다), 갑 제10호증, 갑 제11호증(을 제10호증의 1 내지 4와 같다), 갑 제12호증의 1 내지 3, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재와 증인

박종범, 같은

장종숙의 각 증언(다만 위 장종숙의 증언 중 뒤에서 믿지 아니하는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1993. 3. 11.

교육부장관으로부터 학교법인 설립허가를 받음에 있어 별지 제2목록 기재 각 부동산은 교육용 기본재산으로, 별지 제1목록 기재 각 부동산은 수익용 기본재산으로 허가를 받은 사실, 원고는 1993. 11. 18.

교육부장관으로부터 천안시

안서동 산 89의 1에서 1994. 3. 1.부터

천안외국어전문대학을 개교한다는 내용의 전문대학 설립 인가를 받은 사실, 원고는 교육용 기본재산인 별지 제2목록 기재 각 부동산을 매각하여 위 전문대학 설립비용으로 사용하고자 하였으나 부동산경기 침체로 인하여 위 각 부동산의 매각이 어렵게 되자, 1993. 10. 25. 및 1994. 6. 17.

교육부장관으로부터 위 각 부동산의 담보제공허가 및 기채허가를 받아 위 각 부동산에 관하여 근저당권자를

주식회사 대동은행으로 하는 근저당권설정등기를 마치고 위

대동은행으로부터 3,645,000,000원을 대출받아 위 대출금을 위 전문대학 교사 건물 신축공사비 및 교구ㆍ실험실습기자재 구입비 등 개교준비비용으로 사용한 사실, 원고는 1995. 7. 1. 당시 별지 제1목록 2기재 건물 중 6층 76.74㎡ 및 지하2층 주차장 266.4㎡ 가운데 위 6층의 주차장으로 사용되는 부분 21.35㎡(=266.4㎡×6층의 면적 76.74㎡/위 건물의 지하1층 내지 6층의 면적 합계 957.24㎡, 소숫점 둘째자리 이하는 버림, 이하 같다)와 별지 제2목록 2기재 건물의 2층 중 192㎡ 부분만을 원고의 사무실로 사용하고 있었으며, 그 밖에 별지 제1목록 2기재 건물 중 지하1층, 4, 5층의 전부는

기독교연합신문사(장종현)에게, 1, 2, 3층의 전부는

총신보육교사교육원(한진수)에게, 지하2층 주차장 중 원고가 사용하는 부분을 제외한 나머지 부분으로서 지하 1층 내지 5층의 주차장으로 사용되는 부분인 245.05㎡(=266.4㎡-21.35㎡)는 위 기독교연합신문사 및 총신보육교사교육원에게 각 임대하고 있었고, 별지 제2목록 2기재 건물 중 지하 1층 전부는

한국식품개발(이명순)에게, 1층의 일부는

판자로티피자(유혜선)에게, 1층의 그 나머지 부분은

이글문구사(김대규)에게, 2층 중 원고가 사용하는 부분 192㎡를 제외한 부분 중 일부는

서로섬유 주식회사에게, 그 나머지 부분은

주연상사(황혁주)에게, 3, 4층의 전부는

드림어학원(신태우)에게 각 임대하고 있었던 사실, 원고는 그 임대보증금 등 수입금은 위 전문대학의 설립비용 및 운영경비 등으로 사용한 사실, 원고는 별지 제1, 2목록 기재 각 부동산을 취득한 이래 1995. 7. 1.까지 원고의 위 직접 사용부분 이외의 부분을 직접 사용한 적은 없는 사실을 인정할 수 있고, 위 인정에 어긋나는 증인

장종숙의 일부 증언은 이를 믿지 아니하며 달리 반증이 없다.

위 인정사실에 의하면, 원고는 별지 제1목록 2기재 건물 중 직접 사용하는 8.01%{=(21.35㎡+76.74㎡)÷1,223.64㎡×100}를 제외한 91.99%(=100-8.01)와 별지 제2목록 2기재 건물 중 직접 사용하는 10.49%(=192㎡÷1,829.35㎡×100)를 제외한 89.51

%를 제3자에게 임대함으로써 부동산임대업을 영위하고 있다 할 것이므로(갑 제5호증의 3의 기재에 의하면, 원고의 정관 제32조는 원고 법인이 설치하는 학교의 운영을 위하여 수익사업으로 부동산임대업을 한다고 규정하고 있다), 원고는 별지 제1목록 기재 각 부동산 중 91.99%와 별지 제2목록 기재 각 부동산 중 89.51%를

구 지방세법 제107조 단서 및

제127조 제1항 단서가 규정하는 ‘수익사업’에 사용하고 있다 할 것이며(별지 제1목록 기재 각 부동산은 그 자체가 원고의 수익용 기본재산이기도 하다), 또한

구 지방세법 제107조,