1. 원고의 상고이유를 판단한다.

원심판결 이유에 의하면 원심은 그 인용증거에 의하여 원고가 1994. 8. 10. 이 사건 부동산을 매수하여 같은 해 9. 23. 소유권이전등기를 하고, 1995. 1. 16. 서대문세무서에 이 사건 부동산의 소재지를 사업장 소재지로 한 사업자등록을 하였으며, 같은 달 20. 이 사건 부동산 중 건물 1층 33.26㎡ 부분에 '뉴딜이대점'이라는 판매점을 개설한 사실을 인정하고, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2, 3, 갑 제5호증의 1, 2의 각 기재 및 증인 홍기우의 증언은 위 사실인정을 방해하지 아니하며 달리 반증이 없다고 설시한 다음, 원고가 이 사건 부동산의 일부에 설치한 판매점은 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사업이 행해지는 사업장으로서 지방세법(이하 법이라 약칭한다) 제138조 제1항 제3호, 법시행령 제102조 제2항 후단, 법시행규칙 제55조의2 소정의 "지점 등" 또는 "사업장"에 해당하므로, 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기는 법 제138조 제1항 제3호, 법시행령 제102조 제2항 소정의 지점 등의 설치와 관련하여 취득하는 등기로서 등록세 중과세 대상이 된다고 판단하고 있다.

법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점, 주사무소, 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고, 법시행령 제102조 제2항은 위 법 제138조 제1항 제3호에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점, 주사무소, 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립, 설치, 전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립, 설치, 전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로, 그 부동산의 전부가 반드시 당해 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되는 것이어야 한다거나 취득 당시 전부를 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용할 의사가 있을 것을 요하지는 아니한다 하더라도 그 설립, 설치, 전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산을 그 후 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 등기까지 포함하는 것은 아니라고 보아야 할 것이다 ( 대법원 1989. 1. 31. 선고 87누556 판결, 1993. 7. 16. 선고 92누15611, 92누15628 판결, 1994. 6. 14. 선고 92누15796 판결, 1995. 4. 28. 선고 94누11804 판결 등 참조).

그런데 이 사건 원고의 주장사실에 의하면 원고는 이 사건 부동산 전부를 법인의 목적사업인 부동산임대업에 공할 목적으로 취득하여 소외 일경식품 주식회사와의 사이에 임대계약까지 체결하였으나 건물 1층 중 33.26㎡ 부분을 점유하고 있던 소외인의 명도거부로 위 소외 회사와의 사이에 그 부분을 제외한 나머지 부분만을 임대하는 것으로 계약을 변경하고, 뒤늦게 명도받은 위 건물 부분을 타에 임대할 때까지 원고가 한시적으로 판매장으로 사용하였던 것일 뿐이므로, 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기는 등록세 중과세 요건을 충족하지 못하였다는 것이고, 원심이 사실인정에 방해가 되지 아니한다고 하여 배척한 위 각 증거는 바로 원고의 위 주장사실을 입증하기 위하여 제출된 자료임이 기록상 확인되는바, 증거의 존재가 사실인정에 방해가 되지 않는다고 함은 그 증거에 의하여 입증하고자 하는 사실이 인정되더라도 과세요건의 존부를 판단하는 요건사실의 인정에 지장이 없으므로, 증거에 대한 가치판단을 유보한다는 취지라 할 것이나 만일 원고의 위 주장사실이 사실로 확인될 경우에는 앞서 본 법리에 비추어 이 사건 부동산의 취득과 지점 등의 설치 사이의 관련성을 인정할 수 없는 사유에 해당된다고 보아야 할 것이고, 따라서 원심으로서는 원고가 주장사실을 입증하기 위하여 제출한 증거가 신빙성이 있는 증거인지의 여부를 심리하여 그 결과에 따라 이 사건 부동산의 취득이 등록세 중과세의 요건에 해당되는지를 판단하였어야 할 것임에도 이에 이르지 아니한 채 원고의 주장사실을 배척하고 만 것이므로, 원심판결에는 필요한 심리를 다하지 아니하여 결과적으로 등록세 중과세 요건에 관한 법리를 오해한 위법이 있고, 이러한 위법은 판결의 결과에 영향이 있는 것으로서 파기사유에 해당된다 할 것이다.

그리고 이 점을 다투는 상고이유의 주장이 이유 있는 이상 나머지 상고이유의 당부를 판단할 필요 없이 원심판결 중 원고 패소 부분은 파기를 면할 수 없다.

2. 피고의 상고이유를 판단한다.

원심판결 이유에 의하면 원심은 대도시 내에서의 부동산등기 이후 그 곳에 지점 등을 설치함으로써 등록세의 중과세 요건이 충족되는 때에는 그 지점 등이 설치되었을 경우에 비로소 납세의무가 성립되는 것이고, 중과되는 등록세에 대한 가산세를 부과하기 위하여는 납세의무자에게 자진신고납부의무가 있음이 전제로 될 것인데, 법 제124조에서 "등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기, 등록하는 경우에 그 등기, 등록을 받은 자에게 부과한다."고 규정하고, 법 제130조 제2항에서 " 제1항에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기, 등록자의 신고에 의한다."고 규정하고, 법 제138조 제1항에서 "다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 세율의 5배로 한다."고 규정한 다음, 법 제151조에서 "등록세 납세의무자가 제130조 제2항의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 다만 보통징수방법에 의한 납기는 15일로 한다."고 규정하고 있을 뿐 취득세 중과에 대한 자진신고의무를 규정한 법 제120조 단서와 같은 규정이 없으므로, 위와 같은 법 규정만으로는 부동산의 취득등기 이후에 지점설치 등으로 요건이 충족되어 등록세를 중과하는 경우에 있어 등록세의 납세의무자에게 그 등록세를 자진신고 납부할 의무를 부과하였다고 볼 수 없음에도 피고가 이러한 경우에도 납세의무자가 그 중과되는 등록세를 자진신고 납부할 의무가 있다고 보아 원고에 대하여 가산세를 부과한 부분은 위법하다고 판단하고 있다.

대도시 내에서의 법인의 지점 설치에 따른 부동산등기에 대하여 중과하는 등록세의 과세요건은 대도시 내에서의 부동산등기 및 이후 지점설치의 2가지라 할 것이고, 따라서 대도시 내에서 부동산등기를 먼저 경료하였다 하더라도 이후 지점이 설치되었을 경우에 비로소 중과되는 등록세의 과세요건이 충족되어 그 때 납세의무가 성립하는 것이며( 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누10619 판결 참조), 세금의 부과는 납세의무의 성립시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이다.

그런데 종전의 법은 부동산등기 후 지점이 설치된 경우 중과되는 등록세의 자진신고 납부의무에 관한 규정을 두고 있지 않았고, 원심이 인용한 대법원의 판례( 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누10619 판결)도 이 점을 지적한 것이나, 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 신설 또는 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행된 법 제150조의2 제2항은 "등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제132조의2 제3항 또는 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제132조의2 제3항 또는 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하여야 한다."고 규정하고, 제151조는 "등록세 납세의무자가 제150조의2의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 제130조 내지 제149조의 규정에 의하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다."고 규정함으로써 이러한 경우에도 자진신고납부의무를 부과하고 이를 해태한 경우 가산세를 부과하도록 하고 있으며, 원고가 이 사건 부동산에 사업장을 설치한 일자는 1995. 1. 20.로서 위 법이 개정·시행된 이후이므로, 원고의 이 사건 사업장의 설치가 등록세의 중과세 요건을 충족하는 한 중과세되는 등록세를 자진신고 납부할 의무가 있다고 할 것이니, 이와 달리 판단한 원심은 적용할 법령을 그르친 위법이 있다고 할 것이고 이 점을 다투는 상고이유의 주장은 이유 있으므로, 원심판결 중 피고 패소 부분 역시 파기를 면할 수 없다.

그러므로 원고와 피고의 상고는 모두 이유 있어 원심판결 전부를 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 1997. 5. 16. 선고 96구18061 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 1995. 7. 10. 원고에 대하여 한 등록세 금308,880,000원, 교육세 금56,628,000원의 각 부과처분 중 등록세 금257,400,000원, 교육세 금51,480,000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 5분하여 그 4는 원고의, 나머지는 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 이 사건 과세처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1,2호증, 을제1내지5호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 달리 반증 없다.

가. 원고는 1985. 9. 25. 서울 송파고 ○○동 309의 3을 본점으로 하여 완구류 제조 및 판매 등을 사업목적(1994. 7. 25. 부동산매매, 임대업 등이 사업 목적으로 추가등기 되었다.)으로 설립된 법인으로서 1994. 8. 10. 소외 김덕배로부터 별지 1. 부동산 목록 기재 각 부동산(이하 '이 사건 부동산'이라 한다.)을 매매대금 2,145,000,000원에 매수하고, 1994. 9. 23. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 그런데 원고는 1995. 1. 20. 이 사건 부동산중 건물의 1층 33.26평방미터 부분에 '뉴딜이대점'이라는 판매점을 개설하였다.

다. 피고는 1995. 7. 10. 원고의 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 지방세법(이하 '법'이라 한다.) 제138조제1항제3호 , 지방세법시행령(이하 '법시행령'이라 한다.) 제102조제2호 소정의 등록세 중과세 사유인 대도시내에서의 지점등의 설치에 따른 부동산등기에 해당한다 하여, 등록세율을 통상 세율의 5배로 적용하여 산출한 세액에서 원고가 이미 자진신고 납부한 세액을 차감한 후 원고가 위 중과세 등록세를 자진신고 납부하지 아니하였다 하여 가산세를 가산하여, 별지 2 과세내역 기재와 같이 등록세 금308,880,000원(가산세 51,480,000원 포함)와 그에 따른 교육세 금56,628,000원(가산세 5,148,000원 포함)의 각 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다.)을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 1994. 7. 25. 원고 회사 정관상의 설립목적으로 '부동산 매매 및 임대업'을 추가하여 등기를 마친 후 이 사건 부동산 전부를 부동산 임대업에 공할 목적으로 취득하였다가 위 건물 1층33.26평방미터 부분을 점유하고 있던 소외인의 명도 거부로 그 부분을 제외한 나머지 부분만 소외 일경식품 주식회사에 임대하고, 뒤늦게 명도 받은 위 건물 1층33.26평방미터 부분을 타에 임대할 때까지 원고가 한시적으로 판매장으로 사용하였던 것일 뿐, 애초부터 원고의 판매장을 설치하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것이 아닐 뿐만 아니라, 위 판매장은 계속적으로 판매장으로 사용하기 위하여 설치된 것이 아니라 임시적으로 설치한 것으로서 그 인적 물적 시설이 등이 미비되어 법 제138조제1항제3호 소정의 '지점', '분사무소'라 할만한 사업장소가 아니므로, 이 사건 부동산에 관한 원고 앞으로서의 소유권이전등기가 법 제138조제1항제3호 , 법시행령 제102조제2호 소정의 등록세 중과세 사유인 대도시내에서의 지점등의 설치에 따른 부동산등기라 할 수 없고, 나아가 지점등의 설치 후 5년 이내의 부동산 등기에도 해당하지 아니함에도 위 등기에 관하여 등록세를 중과세한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 설사 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 등록세 중과세 대상이 된다 하더라도, 이 사건과 같이 부동산 소유권이전등기 이후에 지점 설치 등으로 인하여 등록세 중과세 요건이 충족된 경우에는, 납세 의무자가 그 부동산 등기시 중과세되는 등록세등을 자진신고 납부하여야 한다는 법률상의 규정이 없음에도 이를 자진신고 납부할 의무가 있음을 전제로 하여 등록세 가산세 51,480,000원, 교육세 가산세 5,148,000원을 부과한 것은 위법하다.(원고는 위 가산세 부과 부분을 무효라고 주장하며 그 부분의 취소를 구하고 있다.)

나. 관계법령

법 제138조제1항 은 본문은 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 등록세율을 당해 세율의 5배로 한다고 규정하고, 그 각 호로서 ①대통령령으로 정하는 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기, ②대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기, ③대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기, ④대도시내에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기 등을 규정하고, 법시행령 제102조제2항 은, 법제138조제1항제3호 에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점· 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고, "지점등"이라 함은 내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고, 법시행규칙 제55조의2 에서는 법시행령 제102조제2항 후단 의 사무소 또는 사업장이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 다만 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소, 물품의 보관만을 하는 보관창고, 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장은 여기에서 제외한다고 규정하였다.

다. 판단

(1) 앞서 본 각 증거에 의하면, 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 1995. 1. 16. 서대문 세무서에 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 한 의류·잡화 판매 및 부동산임대업 등의 사업자등록을 하였으며, 앞서 본 바와 같이 1995. 1. 20. 이 사건 부동산중 건물의 1층 33.26평방미터 부분에 판매시설을 갖추고, 판매사원 2인을 두어 '뉴딜이대점'이라는 상호로 의류, 잡화 등을 판매하여 온 사실을 인정할 수 있고, 갑제3호증의 1,2, 갑제4호증의 1,2,3, 갑제5호증의 1,2의 각 기재 및 증인 ○○의 증언은 위 사실 인정을 방해하지 아니하며 달리 반증 없다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 부동산의 일부에 설치한 판매점은 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사업이 행하여 지는 사업장으로서 제138조제1항제3호 , 법시행령 제102조제2항 후단 , 법시행규칙 제55조의2 소정의 "지점등" 또는 "사업장"에 해당한다 할 것이고, 따라서 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기는 법 제138조제1항제3호 , 법시행령 제102조제2항 소정의 지점등의 설치와 관련하여 취득하는 등기로서 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이고, 비록 원고가 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산의 일부만을 그의 지점으로 사용하고 나머지 부분은 타인에게 임대하고 있다고 하더라도 등록세등을 중과하는 취지가 대도시로의 인구집중등을 막기 위한 것임에 비추어 그 전체의 부동산등기에 대하여 중과세할 수 있다 할 것이므로( 대법원 1994. 6. 14. 선고, 92누15796 판결 참조), 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 등록세중과세 대상이 되지 아니한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 다만 이 사건 처분중 각 가산에 부과부분에 관하여 살피건대, 대도시내에서의 부동산 등기 이후 그곳에 지점등을 설치함으로써 등록세의 중과세 요건이 충족되는 때에는 그 지점이 설치되었을 경우에 비로소 납세의무과 성립한다 할 것이고, 중과되는 등록세에 대한 가산세를 부과하기 위하여는 납세의무자에게 자진신고 납부 의무가 있음을 전제로 한다 할 것인데, 법 제124조 에서 "등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기, 등록하는 경우에 그 등기, 등록을 받은 자에 부과한다"고 규정하고, 법 제130조제2항 에서 "제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기, 등록자의 신고에 의한다"고 규정하고, 법 제138조제1항 에서 "다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조 에 규정한 세율의 5배로 한다"라고 규정한 다음, 법 제151조 에서 "등록세 납세의무자가 제130조제2항 의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나 제130조 내지 149조 의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제130조 의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 다만 보통징수방법에 의한 납기는 15일로 한다"라고 규정하고 있을 뿐 취득세 중과에 대한 자진신고납부의무를 규정한 법 제120조 단서 와 같은 규정이 없으므로, 위와 같은 법규정들만으로는 부동산취득등기 이후에 지점설치등으로 요건이 충족되어 등록세를 중과하는 경우에 있어서는 등록세의 납세의무자에게 그 등록세를 자진신고 납부할 의무를 부과하였다고 볼 수 없다 할 것임에도( 대법원 1992. 5. 12. 선고, 91누10619 판결 참조), 피고가 이러한 경우에도 납세의무자가 그 중과되는 등록세를 자진신고 납부할 의무가 있다고 보아 원고에 대하여 각 가산세를 부과한 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 앞서 본 각 가산세를 공제한 등록세 금257,400,000원(=308,880,000원-51,480,000원), 교육세 금51,480,000원(=56,628,000원-5,148,000원)의 범위안에서 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 정당한 세액을 넘는 부분에 한하여 이유 있어 이 부분 청구를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조제2항 , 민사소송법 제96조 , 제92조 , 제94조 를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.