상고이유를 본다.

구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의3 제2항 제1호는 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 … 안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역 안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지 취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물 … 에 대하여는 취득세를 면제한다."고 규정하고 있다.

위 규정은 위 법률 제4794호로 지방세법이 개정되면서 제276조 제1항 제1호로 옮겨져 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지 … 안에서 공장을 신축하고자 하는 자에 대하여는 공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일로부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물 등에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세 … 를 면제한다."라고 개정되었다가, 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 지방세법이 다시 개정되면서 같은 조에 "산업입지및개발에관한법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성한 후에 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 경우에는 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산 … 에 대하여는 취득세 … 를 면제한다."는 조항(제2항 제1호)이 추가되었다.

위 구 지방세법의 규정이 국가공업단지 안에서 최초로 취득하는 공장용 토지 등에 대한 취득세를 면제한다고 규정한 것은 그렇게 함으로써 국가공업단지에 공장을 유치하려는 데 그 입법의 취지가 있다고 할 것인바, 그 규정의 입법 취지와 그 후의 개정 경위 등에 비추어 보면, 그 규정에서 말하는 '국가공업단지 안에서의 공장용 토지의 취득'이라 함은 이미 조성된 공업단지의 토지 취득을 말하는 것으로 볼 것이고, 공업단지 조성사업의 시행자가 그 사업의 시행과정에서 취득하는 토지는 그 토지가 공업단지 조성사업의 완료에 의하여 공장용 토지로 변환된다고 하더라도 그 규정에서 말하는 공장용 토지에 해당하지 아니한다 할 것이다(대법원 1998. 6. 12. 선고 97누17254 판결 참조).

원심이 확정한 사실관계에 의하더라도, 원고가 공유수면을 매립하여 1993. 9. 20.에 준공인가 전 사용허가를 받음으로써 취득한 이 사건 매립토지는 공업단지 조성사업의 시행자인 원고가 그 사업의 시행과정에서 취득한 토지에 불과할 뿐 이미 조성된 공업단지의 토지를 취득한 것이 아님이 분명하여, 구 지방세법의 취득세 면제 규정에서 말하는 공장용 토지에 해당하지 않으므로 그 취득에 대하여는 취득세가 면제되지 않는다 할 것이고, 이에 따라 위 토지가 위 공장용 토지에 해당함을 전제로 그 취득세 면제 여부가 문제되는 나머지 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물의 취득에 대하여도 취득세가 면제되지 않는다 할 것이다. 원심판결의 이유설시에 적절하지 아니한 점이 없지 아니하나 그 결론은 결국 정당하므로 이와 다른 전제에 서서 원심판결을 비난하는 상고이유 제1, 4, 5점의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

그리고 원심이 그 판시의 회신 등에 의하여 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물의 취득에 대한 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없고, 원고가 그 회신을 신뢰하여 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물을 취득한 것은 아니라는 이유로, 이 사건 과세처분이 비과세관행이나 신의성실의 원칙에 위배되는 것이 아니라고 본 것은, 위 원칙의 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 위 원칙에 관한 법리를 오해한 위법이나 판례위반의 잘못이 있다 할 수 없으므로 이 점에 관한 상고이유 제2, 3점의 주장도 이를 받아들일 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산고등법원 1998. 7. 8. 선고 97구8670 판결】

【주문】 처분청승소

1.원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 갑 제5호증의 2, 갑 제9호증의 1 내지 11, 갑 제10호증의 1 내지 12, 갑 제11호증의 1, 2, 3, 을 제1, 2, 3, 5호증, 을 제10호증의 1, 2, 을 제11호증, 을 제14호증의 1 내지 43의 각 기재와 증인 정해규의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1974. 8. 5. 선박건조·수리·개조 및 판매업, 육·해상 철구조물 및 해상플랜트 제작·판매·설치·수리 및 임대업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인으로서 1993. 1. 1. ○○○ 소재 DDD 거제조선소를 경영하여 오던 DDD조선 주식회사를 흡수합병(이하 DDD조선 주식회사도 원고라고 한다)한 이래 위 거제조선소를 경영하여 왔다.

나. 건설부장관은 1974. 4. 1. 구 산업기지개발촉진법(1990. 1. 13. 법률 제4216호 산업입지및개발에관한법률에 의하여 폐지됨) 제5조에 의하여 ○○○ 일대의 공유수면을 포함한 923,000평을 조선소건설을 위한 산업기지개발지역으로 지정하고, 같은 날 같은 법 제7조 제2항에 의하여 소외 고려조선 주식회사를 위 산업기지개발사업의 시행자로 지정하였다.

다. 고려조선 주식회사는 같은 해 7. 20. 건설부장관으로부터 사업의 명칭을 "죽도지구 조선소기지 건설공사를 위한 산업기지개발사업", 총사업면적을 688,100평(해면매립 154,200평 포함), 사업시행기간을 1980. 12.까지로 하는 내용의 산업기지개발사업 실시계획에 대한 승인을 받아 사업을 일부 시행하던 중, 1977. 6. 13. 사업시행자를 원고로 변경하는 내용의 사업시행자 변경신청을 하여 그 승인을 받았다.

라. 건설부장관은 위 시행자변경승인을 받은 원고가 같은 해 7. 25. 위 산업기지개발구역을 종전의 923,000평에서 1,500,000평으로 확대하는 내용의 거제조선소 건설을 위한 산업기지개발지역 변경신청을 하여 오자 같은 해 12. 8. 위와 같은 내용으로 산업기지개발구역을 변경지정하고 1978. 2. 9. 산업기지개발구역 변경지정에 따른 사업시행자로 원고를 지정하였다.

마. 이에 따라, 원고는 사업면적을 확장하여 784,948평으로 하고, 사업시행기간을 연장하여 1981. 12. 31.까지로 하는 내용으로 실시계획을 변경하여 1978. 9. 27. 건설부장관으로부터 그 승인을 받았고, 1979. 8. 22. 사업면적을 831,385.8평으로, 사업시행기간을 1983. 6. 30.까지로 변경하는 내용에 대한 실시계획변경승인을 받았다.

바. 원고는 1980. 5. 22. 1차사업 부분인 1,106,140㎡(335,067.8평)와 그 지상의 제1도크 시설 및 부대공장 건물에 대하여 준공인가를 받았다.

사. 건설부장관은 1980. 12. 31. 같은 법 제6조에 따라, 조선공업육성을 위한 대형조선소의 건설과 이를 지원하기 위한 연관공업을 유치하여 국제경쟁력있는 종합조선공업단지로 개발하는 것을 목적으로 위 산업기지개발구역내 1,202,000평(3,974,000㎡) 지상에 죽도공업기지를 건설한다는 내용의 죽도공업기지 기본계획을 수립하여 고시한 후, 1985. 1. 7. 공업지역을 19,000㎡에서 1,941,000㎡로 확대하고 개발기간을 1988년까지로 연장하는 내용으로, 1988. 7. 5. 개발구역을 3,030,000㎡로 축소하는 내용으로, 1989. 3. 31. 공업지역을 당초의 1,941,000㎡에서 1,782,000㎡로 확대하는 대신 그만큼 녹지지역을 축소하는 내용으로, 1991. 12. 10. 개발기간을 1996년까지로 연장하는 내용으로, 수차례 위 기본계획을 변경하였고, 1993. 8. 31. 개발구역을 3,177,200㎡로, 그 중 공업지역을 종전의 1,782,000㎡에서 2,136,700㎡로 각 확대하는 내용으로 죽도국가공업단지(1990. 1. 13. 법률 제4216호 산업입지및개발에관한법률 부칙 제3조 제1항에 의해 종전의 산업기지개발촉진법에 의한 산업기지개발구역은 산업입지및개발에관한법률에 의한 국가공업단지로 보게 되었다) 개발구역을 변경하고 기본계획을 변경하였으며, 1995. 3. 9. 다시 개발구역을 3,493,000㎡로, 그 중 공업지역을 2,383,600㎡으로 각 확대하는 내용으로 죽도국가공업단지 개발구역을 변경하고 기본계획을 변경하였고, 1996. 6. 29. 개발면적을 3,574,000㎡으로 확대하는 내용으로 죽도국가공업단지 개발구역을 변경하였다.

아. 한편, 원고는 1981. 10. 15. 2차 사업의 대상면적을 종전의 500,539평(1,723,111㎡)에서 521,241평(1,887,140㎡)으로 확대하고, 그 중 공업지역을 종전의 743,571㎡에서 907,600㎡로 각 확대하는 내용으로, 1983. 12. 6. 사업시행기간을 1985. 6. 30.까지로 연장하는 내용으로, 1985. 6. 15. 사업면적을 2,198,312㎡로, 해면매립지를 종전의 347,051㎡에서 594,125㎡로, 각 확대하고 사업시행기간을 1988. 12. 31.까지로 연장하는 내용으로 각 실시계획을 변경하는 데 대한 승인을 받아 사업을 실시하여, 1985. 9. 25. 2차 1공구 지역 602,297㎡의 개발사업에 대한 준공인가를 받고 그 무렵 그 지상에 제2도크, 그 부대공장과 플랜트 등의 공장설비를 건축하였으며, 1988. 3. 7. 87,283㎡의 주택지 조성사업을 완료하고 이에 대한 준공인가를 받았고, 1988. 12. 30. 사업시행기간을 1990. 12. 31.까지로, 1990. 12. 15. 사업시행기간을 1991. 12. 31.까지로 각 연장하는 내용의 변경승인을 받고, 1991. 5. 31. 2차 사업면적을 종전의 2,198,312㎡에서 916,732㎡로, 공업지역을 종전의 1,424,332㎡에서 845,155㎡로 각 축소하는 내용으로, 1991. 12. 10. 사업시행기간을 1996. 12. 31.까지로 연장하는 내용으로 각 실시계획을 변경하는 데 대한 승인을 받고, 개발사업을 계속하여 이를 완료한 다음, 부산지방국토관리청장으로부터 1993. 9. 20. 별지 내역서 제1항 기재 공유수면 매립토지 122,903㎡를 포함한 239,815㎡에 대하여, 1994. 5. 17. 같은 내역서 제2항 기재 공유수면 매립토지 271,016㎡를 포함한 636,000㎡에 대하여, 1995. 5. 22. 같은 내역서 제15항 기재 공유수면 매립토지 92,800㎡에 대하여, 1995. 11. 18. 같은 내역서 제19항 기재 공유수면 매립토지 26,400㎡를 포함한 151,200㎡(이하 위 각 매립토지를 이 사건 매립토지라 한다)에 대하여, 각 준공인가전 토지사용허가를 받아, 위 매립토지상에 별지 내역서 제3 내지 14항, 16, 17, 18항 기재와 같은 제3도크, 부대공장 건물 및 기타 공장설비(이하 이 사건 건축물이라 한다)를 건축하여 같은 내역서취득일란에 그 준공검사를 받아 이를 각 취득하는 한편, 1995. 7. 12. ○○○ 산 183의 2 임야 20,060㎡를 같은 해 8. 11. 같은 리 산 186 임야 1,190㎡를 각 매수·취득하였는데, 위 산 183의 2 임야 20,060㎡ 중 16,256㎡와 위 산 186 임야 1,190㎡는 위 실시계획상 녹지지역내에 속해 있다(이하 위 산 183의 임야 중 16,256㎡와 산 186 임야 1,190㎡를 이 사건 임야라 한다).

자. 원고는 1993. 10. 20. 피고에게 같은 내역서 제1항 기재 매립토지에 대한 취득세를 자진신고납부하였다가, 1994. 6. 1. 위 토지의 취득은 그 준공인가전 토지사용허가 당시 시행되던 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 구 지방세법이라 한다) 제110조의3 제2항 제1호가 규정한 취득세 면제대상인 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역 안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물"에 해당한다는 이유로 기납부한 취득세액의 환급을 신청하여 같은 해 6. 22. 피고로부터 위 취득세액을 환급받고, 그후 같은 내역서 제2항 기재 매립토지의 취득 역시 위와 동일한 취득세 면세대상에, 같은 내역서 기재 나머지 토지 및 건축물의 취득은 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되고, 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 개정전 지방세법이라 한다) 제276조 제1항 제1호가 규정한 취득세 면제대상인 "산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 공업단지안에서 공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지 및 그 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물"에 각 해당한다는 이유로, 각 그 취득세의 면제신청을 하여, 별지 내역서 감면일란 기재 각 일자에 피고로부터 같은 내역서 취득세란 기재 금액의 각 취득세를 면제받았다.

차. 그런데 피고는, 원고가 산업입지및개발에관한법률에 의한 공업단지인 이 사건 죽도국가공업단지안에서 최초로 토지를 취득한 날은 거제조선소의 제1도크 부지로 사용중인 제1차 사업 부분 1,106,140㎡에 대하여 준공인가를 받아 이를 취득한 1980. 5. 22.이므로, 원고의 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물의 취득은 모두 위 최초취득일부터 2년 또는 5년이 경과한 뒤의 일이어서 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호 및 개정전 지방세법 제276조 제1항 제1호가 규정한 취득세 면제대상에 해당하지 않는다는 이유로, 면제된 취득세를 추징하기로 하여, 1996. 4. 1. 이 사건 토지와 임야 및 건축물의 취득가액인 금 186,852,277,931원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 금 3,737,045,500원을 원고에게 부과하는 처분(이하 이 사건 과세 처분이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 과세처분이 위법하다고 주장한다.

첫째, 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호 소정의 "최초로 취득하는 공장용 토지"와 개정전 지방세법 제276조 제1항 제1호 소정의 "공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지"의 개념은 모두 실질과세의 원칙에 비추어, 국가공업단지 안에서의 별도로 구획된 새로운 공장별로 해석되어져야 할 것인데, 선박건조작업은 도크를 중심으로 하여 이루어지고 있으며, 도크 주위에 개별공정을 위한 공장들이 설치되어 있는 점, 원고가 이 사건 매립토지와 임야를 취득한 후 그 지상에 설치한 제3도크 조선소지역은 대형선박인 최대 100만적재톤급 선박을 건조할 수 있는 공장으로서 골리앗 크레인이 설치되어 있는 데 비하여 제1, 2도크 조선소지역은 중·소형선박인 최대 30만적재톤급 선박을 건조할 수 있는 곳으로서 규모가 작은 크레인이 설치되어 있으며, 그 각개 공정의 공장이 기존의 제1, 2도크 조선소지역의 각개 공정의 공장과 완전히 분리되어 있고 그 공정의 흐름 또한 상호 물류교환 없이 별개로 진행되고 있는 점, 제1, 2도크 조선소지역과 제3도크 조선소지역은 모두 원고의 조선생산총괄에 속해 있으나 근로자와 관리자는 조선소지역 별로 완전히 분리되어 있으며 상호 비호환적인 점, 최초의 죽도국가공업단지개발 기본계획상으로는 제1, 2도크에 대한 건설계획만 수립되어 있었을 뿐 제3도크와 이에 따르는 공장의 건설계획은 전혀 없었는데, 1985. 1. 7.자 기본계획변경시 비로소 제3도크의 건설계획이 포함되었으며, 현재 규모의 제3도크 건설계획이 기본계획에 반영된 것은 1993. 8. 31.자로 변경된 기본계획인 점, 제1도크 조선소지역에 대한 준공검사일인 1980. 5. 22. 당시 제3도크 조선소지역에 관한 계획은 전혀 성립되어 있지 아니하였던 점, 제1, 2도크 조선소지역은 조선업계 불황에 따라 1993년말까지 조선시설의 신·증설을 억제한다는 내용의 1989. 9. 1.자 정부의 조선산업합리화계획의 영향 없이 건설된 데 반하여 제3도크 조선소지역은 위 합리화계획에 따라 공사가 중단되는 등 그 영향을 받았던 점 등을 고려하여 보면, 제3도크 조선소지역은 기존 조선소인 제1, 2도크 조선소지역과는 별도로 구획된 새로운 공장이라 할 것이므로, 별지 내역서 제1항 기재 매립토지는 제3도크 조선소지역 가운데 원고가 최초로 취득한 토지로서 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호 소정의 "최초로 취득하는 공장용 토지" 및 개정전 지방세법 제276조 제1항 제1호 소정의 "공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지"에 해당하고, 나머지 토지 및 건축물은 위 각 조항 소정의 "위 최초취득일부터 2년 내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물" 및 "위 최초취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물"에 해당하므로, 이 사건 토지 및 건축물은 모두 위 각 조항에 따라 이에 대한 취득세 금 3,737,045,500원 전액이 면제되어야 한다.

둘째, 가사 최초토지취득일의 개념을 별도로 구획된 새로운 공장별로 해석하지 아니하고 이 사건 공업단지 전체를 기준으로 해석한다 하더라도, 매립토지 및 매립토지 지상의 건축물에 대하여는 그 매립공사 준비기간 및 공사기간을 제외한 나머지 기간을 기준으로 최초토지취득일 이후 2년 또는 5년 이내에 이를 취득하였는지 여부를 가려야 할 것인데, 이 사건 매립토지와 그 지상에 건축된 별지 내역서 제3, 4, 5, 9, 10, 11, 12, 13, 14항 기재 건축물은 매립준비기간 및 매립사업시행기간을 제외하면 최초취득일인 1980. 5. 22.부터 2년 또는 5년 이내에 취득한 토지에 해당하므로 이에 대한 취득세 합계 금 3,509,390,630원이 면제되어야 한다.

셋째, 위 지방세법 취득세 면제조항 소정의 최초취득의 개념은 공업단지로 추가지정된 지역이나 동일 공업단지내에서 공업지역으로 추가지정된 지역이 있는 경우에는 추가지정된 지역 단위로 해석되어야 할 것인데, 이 사건 임야는 1995. 3. 9. 비로소 죽도국가공업단지에 편입되었고, 같은 내역서 제2항 기재 매립토지 중 77,250㎡(강재치장 부분), 같은 내역서 제15항 기재 매립토지와 제19항 기재 매립토지는 기존의 죽도국가공업단지내의 토지이나 1993. 8. 31. 비로소 공업지역으로 편입되었고, 위와 같이 공업단지 또는 공업지역으로 추가지정된 토지 중 위 제2항 기재 매립토지의 77,250㎡가 최초로 취득된 토지이고, 위 15항, 19항 기재 매립토지와 이 사건 임야 및 그 지상에 건축된 같은 내역서제12항, 제17항 기재 건축물은 위 최초취득일부터 5년 이내에 취득한 사업용 토지 및 건축물에 해당하므로, 이에 대한 취득세 637,968,420원이 면제되어야 한다.

넷째, 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호 소정의 "최초로 취득하는 공장용 토지"와 개정전 지방세법 제276조 제1항 제1호 소정의 "공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지"의 개념은 모두 국가공업단지 안에서의 별도로 구획된 새로운 공장별로 해석하는 것이 세법해석의 관행으로 성립되어 있는데, 원고는 1993. 10. 20. 별지 내역서 제1항 기재 매립토지에 대하여 취득세 납부의무가 있는 것으로 오인하여 그 취득세를 자진신고납부한 후 내무부에 위 취득세의 면제여부에 대하여 질의한 결과 내무부는 위 세법해석의 관행에 따라, 동일한 공업단지내라고 하더라도 별도 구획된 새로운 공장용 토지의 취득은 위 지방세법 조항 소정의 취득세 면제대상에 해당한다는 내용의 회신을 하였고, 원고는 이를 근거로 피고에게 위 기납부한 취득세의 환급 및 나머지 토지 및 건축물에 대한 취득세의 면제를 신청하였으며, 피고는 내무부의 위 견해를 확인한 다음, 원고의 조선소를 현지조사한 후 기납부한 취득세를 환급하고 나머지 취득세를 면제하기로 결정함으로써 위 세법해석의 관행과 동일한 견해를 명시적으로 표시하였음에도 불구하고 위 공적으로 표명한 견해에 반하여 위 면제한 취득세를 추징하기로 한 이 사건 과세처분은 신의성실의 원칙 또는 비과세관행의 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 관계법령

(1) 조세감면규제법(1971. 12. 29. 법률 제2332호로 개정되고, 1981. 12. 31. 법률 제3481호로 전문개정되기 전의 것) 제10조 제2항은 다음 각호의 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 하면서, 제13호에서 지방공업개발법 제6조의 규정에 의하여 입지지정을 받은 자가 개발지구안에서 사용할 목적으로 취득하는 사업용 부동산. 다만 입지지정을 받은 날로부터 1회에 취득하는 것에 한한다고 규정하였고, 지방세법(1981. 12. 31. 법률 제3488호로 개정되고, 1986. 12. 31. 법률 제3878호로 개정되기 전의 것) 제110조의3 제3항은 다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 하면서, 제5호에서 지방공업개발법 제6조의 규정에 의하여 입지지정을 받은 자가 개발지구안에서 사용할 목적으로 입지지정을 받은 날로부터 2년 이내에 취득하는 사업용부동산을 들고 있고, 같은 법(1986. 12. 31. 법률 제3878호로 개정되고, 1988. 12. 26. 법률 제4028호로 개정되기 전의 것) 제110조의3 제2항은 다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 하면서, 제1호에서 지방공업개발법 제6조의 규정에 의하여 입지지정을 받은 자가 개발지구안에서 사용할 목적으로 입지지정을 받은 날로부터 2년 이내에 취득하는 사업용부동산(입지지정일 이전에 취득한 부동산을 제외한다)을, 제2호에서 공업배치법의 규정에 의한 유치지역안에서 동법의 규정에 적합한 공장을 설립하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간내에 취득하는 사업용부동산을 들고 있고, 부칙 제2조는 제110조의3의 개정규정은 1991. 12. 31.까지 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법(1988. 12. 26. 법률 제4028호로 개정되고, 1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제110조의3 제2항 제1호는 지방공업개발법의 규정에 의한 공업개발장려지구와 공업배치법의 규정에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역 안에서 최초로 취득하는 공장용토지와 그 토지취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용토지 및 건축물(기존 건축물을 취득하는 경우를 제외한다)을 들고 있고, 이 규정의 "공장배치법"은 1990. 1. 13. 법률 제4212호로 개정된 공업배치및공장설립에관한법률 제7조 제3항의 규정에 의해 "공업배치및공장설립에관한법률"로, "지방공업개발법의 규정에 의한 공업개발장려지구"는 1990. 1. 13. 법률 제4216호 산업입지및개발에관한법률 제4조 제3항의 규정에 의하여 "산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 지방공업단지"로 각 개정되었으며, 구 지방세법(1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정되고, 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것)은 제110조의3 제2항은, 다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 하면서 제1호에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 및 지방공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 유치지역 안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지 취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물과 최초로 취득할 공장용 토지의 취득일전에 그 사용승인을 얻어 신축한 사업용 건축물을 들고 있고, 부칙 제2조는 제110조의3의 개정규정은 1994. 12. 31.까지 적용한다고 규정하고 있고, 개정전 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되고, 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제276조 제1항은 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세, 등록세, 재산세 및 종합토지세를 면제한다고 하면서, 제1호에서 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 가. 공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지, 나. 가목의 토지취득일로부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(기존 건축물을 취득하는 경우를 제외한다), 다. 가목의 토지취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 사업용 건축물을 들고 있고, 부칙 제2조는 위 276조를 포함한 제5장의 과세면제 및 경감에 관한 개정규정은 1997. 12. 31.까지 적용한다고 규정하고 있다.

(2) 지방세법시행령 제73조 제4항은 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일(사용검사필증교부일전에 사실상 사용하거나 가사용 임시사용검사를 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용 검사일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 하고, 제10항은 관계법령의 규정에 의하여 매립·간척등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다. 다만 공사준공인가일전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일을 취득일로 본다고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째, 둘째 및 셋째 주장에 대한 판단

(가) 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지내 입주공장에 대한 취득세의 감면을 규정한 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호와 개정전 지방세법 제276조 제1항 제1호 규정의 입법취지가 부족한 공업용지를 원할하게 공급함으로써 산업발전을 도모하려는 데에 있다고 해도, 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다 할 것인데, 위 각 조항에서 규정하고 있는 면제요건은 공장신축을 하고자 하는 자가 국가공업단지안에서 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지의 취득일로부터 2년 또는 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물로 한정하고 있을 뿐, 동일 국가공업단지내에서도 별도로 구획된 새로운 공장 단위로 공장용 토지의 최초취득 여부를 가린다거나, 매립토지 및 매립토지 지상의 건축물에 대하여는 그 매립공사 준비기간 및 공사기간을 제외한 나머지 기간을 기준으로 최초토지취득일 이후 2년 또는 5년 이내에 이를 취득하였는지 여부를 가린다거나, 공업단지로 추가지정된 지역이나 동일 공업단지내에서 공업지역으로 추가지정된 지역이 있는 경우에는 추가지정된 지역 단위로 최초취득 여부를 가린다는 사유가 위 면제요건으로 규정되어 있지 아니한 것이 조문자체에 의하여 명확한 이상, 위 각 조항의 법문 그대로, 동일 국가공업단지 가운데 어느 한 부분의 토지를 취득하게 되면 그것이 위 국가공업단지내 토지 전체에 대한 "최초로 취득하는 공장용 토지" 및 "공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지"가 되는 것으로 보아야 하고, 매립토지 및 매립토지 지상의 건축물에 대하여는 그 매립공사 준비기간 및 공사기간을 포함하여 최초토지취득일 이후 2년 또는 5년 이내에 이를 취득하였는지 여부를 가려야 하며, 공업단지로 추가지정된 지역이나 동일 공업단지내에서 공업지역으로 추가지정된 지역이 있더라도, 동일 국가공업단지내 토지 전체를 기준으로 공장용 토지의 최초 취득 여부를 가려야 할 것이다.

(나) 가사, 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호 소정의 "최초로 취득하는 공장용 토지"와 개정전 지방세법 제276조 제1항 제1호 소정의 "공장을 신축하기 위해 최초로 취득하는 토지"의 개념이 국가공업단지 안에서의 별도로 구획된 새로운 공장별로 가려져야 하는 것으로 해석되더라도, 앞서 든 각 증거와 갑 제6, 7, 8호증, 갑 제12호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 2, 3, 을 제8호증, 을 제12호증의 1, 2, 을 제13호증의 각 기재 및 을 제4호증의 영상과 당원의 현장검증결과에 변론의 전취지를 종합하면, 원고의 거제조선소는 뒤쪽으로는 임야를 절개하고 앞으로는 바다를 매립하여 조성된 죽도국가공업단지내의 약 100만평의 부지에 조성된 조선소로서 제1, 2, 3도크등 3개의 도크가 설치되어 있으며 제1, 2도크와 제3도크별로 도크를 중심으로 하여 강재하역부두, 강재치장, 녹제거공장, 강재절단공장, 조립공장, 선행의장설치공장, 도장공장, 블록접합공장 등 개별 공정에 따른 공장들이 각 설치(이하 1개 도크 및 그 주위에 설치된 개별공정을 위한 공장을 합쳐 도크 지역이라 한다)되어 있는 사실, 위 각 도크지역 사이에는 폭 약 30m인 도로가 설치되어 있을 뿐 담장이나 펜스가 설치되어 있지는 아니하고 도크별로 별도의 출입구가 있는 것도 아닌 사실, 제3도크 지역에서는 제3도크에 450톤급 대형 크레인이 설치되어 있고 블록생산공정에서 폭 22m의 대형블록을 생산하므로 최대 100만적재톤급 선박을 건조할 수 있으며, 제1, 2도크 지역에서는 제1, 2도크에 120톤급 및 200톤급의 크레인이 설치되어 있고 블록생산공정에서 폭 16m의 블록을 생산하므로 중·소형선박인 최대 30만적재톤급 선박을 건조할 수 있는 사실, 원고는 신조선박의 강재류를 제외한 주요기자재를 자재팀에서 일괄관리하고 있고, 선박설계, 인사, 재무, 자재팀은 도크 구분 없이 통합적으로 운영하고 있으며, 제1, 2도크에서 건조가능한 선박은 제3도크에서도 건조가능한 사실, 최초의 죽도국가공업단지개발 기본계획상으로는 제1, 2도크 지역에 대한 건설계획만 수립되어 있었을 뿐 제3도크 지역에 대한 건설계획은 포함되어 있지 아니하였는데, 1985. 1. 7.자 기본계획변경시 비로소 제3도크의 건설계획이 기본계획에 포함되게 되었는데, 이는 원고가 제1, 2도크 지역만으로는 선박수주물량을 감당할 수 없어 거제조선소의 선박건조능력을 증대시키기 위한 것이었던 사실, 이 사건 매립토지 및 임야를 포함한 제1, 2, 3도크지역은 모두 1974. 4. 1. 산업기지개발구역으로 지정되고 1980. 12. 31. 그 개발기본계획이 수립된 죽도국가공업단지(당초 죽도공업기지로 명명되었다가, )내에 속하며, 같은 내역서 제2항 기재 매립토지 중 77,250㎡(강재치장 부분), 같은 내역서 제15항 기재 매립토지와 제19항 기재 매립토지는 기존의 죽도국가공업단지내의 토지이나 1993. 8. 31. 비로소 공업지역으로 지정된 사실, 원고는 제1, 2도크지역과 제3도크지역을 구분하지 아니한 채 조선소 전체단위로 제조원가 등을 계상하여 회계처리를 하고 있는 사실, 원고는 제3도크 지역내 공장시설 설치시 공업배치법에 의한 공장신설신고를 하지 아니하고 공장설치 변경신고를 하였으며, 위 공장건물 건축시 증축허가를 받아 증축건물로 준공검사를 받은 사실을 인정할 수 있고 반증 없는바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 거제조선소 전체지역에 대한 산업기지개발사업 시행자로 지정받아 개발사업을 시행하여 온 것이지, 제1, 2, 3도크지역별로 별개의 산업기지개발사업 시행자로 지정받은 것이 아니었으며, 원고가 제1, 2도크 지역만으로는 선박수주물량을 감당할 수 없어 거제조선소의 선박건조능력을 증대시키기 위해 제3도크 지역에 대한 건설을 시작하게 되었고, 위 각 도크지역은 건조선박의 규모에 따라 작업을 분업화한 것일 뿐 선박설계, 인사, 재무, 자재 등의 중요업무는 도크 구분 없이 거제조선소 전체 단위로 운영되고 있다 할 것이어서, 이러한 사정들을 종합하면, 원고가 주장하는 여러 사정을 고려하더라도, 제3도크 지역은 1개의 공장인 DDD거제조선소의 일부일 뿐, 제1, 2도크지역과 별도로 구획된 새로운 공장이라고 할 수 없다 할 것이다.

(다) 따라서, 원고의 첫째, 둘째 및 셋째 주장은 각 이유 없다 할 것이다.

(2) 원고의 넷째 주장에 대한 판단

(가) 사실관계

앞서 본 증거들과 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1993. 10. 20. 별지 내역서 제1항 기재 매립토지에 대한 취득세를 자진신고납부한 후 1994. 4.29. 내무부에 위 매립토지의 취득이 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호 소정의 취득세 면제대상에 해당하는지 여부를 질의하였고, 이에 대하여 내무부는 같은 해 5. 17. 동일 국가공업단지내에서 기존 공장용 토지와는 별도로 구획된 새로운 공장용 토지를 취득하는 경우에 그 토지와 2년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물에 대하여도 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호의 규정에 의해 취득세가 면제된다 할 것인데, 기존 공장용 토지와는 별도로 구획된 새로운 공장인지 여부등에 대하여는 과세권자가 사실관계를 조사한 후 판단할 사항이라고 회신한 사실을 인정할 수 있고 반증 없으며, 원고는 위 회신을 받은 후인 같은 해 6. 1. 피고에게 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물이 취득세 면제대상에 해당한다는 이유로 위 기납부한 취득세의 환급 및 미납 취득세의 면제를 신청하였고, 피고는 별지 내역서 감면일란 기재 각 일자에 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물이 구 「지방세법」제110조의3 제2항 제1호 및 개정전 지방세법 제276조 제1항 제1호 소정의 취득세 면제대상에 해당한다는 이유로 같은 내역서 취득세란 기재 금액의 각 취득세를 환급하거나 면제하였다가, 1996. 4. 1. 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물은 공장용 토지의 취득일로부터 2년 또는 5년이 경과한 이후에 원고가 이를 취득한 것으로 인정하고, 그 면제된 취득세를 추징하는 이 사건 과세처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

(나) 신의성실의 원칙 위반여부

① 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다.

② 피고의 상급기관인 내무부의 위 회신과 이에 따른 피고의 취득세 환급 및 면제결정은 과세관청이 원고에 대하여 동일 국가공업단지내에서 동일인이 기존의 공장과 별도로 구획된 공장을 신축하고자 토지를 취득한 경우 위 토지와 그 취득일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 토지와 건축물도 구 「지방세법」제110조의3 제12항 제1호 소정의 취득세 면제대상에 해당한다는 내용의 공적인 견해를 표명한 것에 해당한다 할 것이나, 앞서 본 사실관계에 의하면, 원고는 위 회신 이전에 이미 계획된 죽도국가공업단지 개발사업 실시계획에 따라 제3도크 지역에 대한 개발사업을 시행하고 그 지상에 공장설비를 건축한 것일 뿐 위 회신과 환급 및 면제결정을 믿은 나머지 위 개발사업 및 건축사업을 시행한 것은 아니라고 할 것이고, 게다가 원고의 제3도크지역은 제1, 2도크지역과 별도로 구획된 새로운 공장도 아님은 앞서 본 바와 같아서 원고는 위 견해에 따른다고 하더라도 취득세 면제대상에 해당한다 할 수 없으며, 뿐만 아니라, 이 사건 과세처분은 이 사건 토지 및 건축물의 취득 당시 시행중이던 앞서 본 지방세법의 관계규정에 따른 정당한 것으로서 실질과세원칙에도 부합하므로 취득세 등의 면제요건을 잘못 판단하였다가 다시 올바르게 바로 잡은 것이므로, 이 사건 과세처분을 가리켜 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다 할 것이다.

(다) 비과세관행의 원칙 위반여부

① 비과세관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석된다.

② 내무부가 위 회신을 하고 피고가 이에 따라 이 사건 매립토지 및 임야와 건축물에 대한 취득세를 환급하거나 면제하기로 결정하였다는 사실만으로는 위 토지와 건축물에 대한 취득세의 비과세관행이 대외적으로 확립표명되었다고 할 수 없으므로, 이 사건 과세처분이 비과세관행의 원칙에 위반된다고 할 수 없다.

(라) 따라서, 원고의 넷째 주장 역시 이유 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 피고가 이 사건 매립토지와 임야 및 건축물이 취득세 면제대상에 해당하지 아니한다고 보아 취득세를 부과한 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이어서, 이 사건 과세처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여, 주문과 같이 판결한다.