1. 원심은, 원고가 1992. 4. 15. 부천시로부터 이 사건 토지를 할부로 매수하여 1995. 4. 15.까지 할부원금 및 이자를 완납한 후, 부동산등기특별조치법에 따라 대금완납일로부터 60일 이내에 소유권이전등기를 신청하기 위하여 법무사 홍석정에게 등기업무를 위임하면서 1995. 6. 13. 홍석정에게 그가 계산해 준 등록세 및 교육세(다음부터는 '등록세 등'이라 한다) 합계 115,896,600원을 액면으로 하는 자기앞수표 1장을 교부한 사실, 법무사 사무실 직원 전영재는 홍석정의 지시에 따라 같은 날 위 자기앞수표를 가지고 부천시 원미구청 세무과에 찾아가 세액을 신고하면서 등록세납부서 발급을 요청하였으나, 당시 구청 전산시설에 장애가 발생하여 등록세납부서 발급이 지연되다가 은행업무 마감시간에 임박하여 담당공무원으로부터 등록세 등의 합계액이 신고세액보다 4,561,150원 더 많은 120,457,750원으로 기재된 등록세납부서를 수기로 발급받게 되자, 전영재로서는 부족한 돈을 바로 마련하는 것이 사실상 불가능하여 그 날 등록세 등을 납부하지 못한 사실, 홍석정은 전영재가 등록세 등을 납부하였으리라고 생각하고 같은 날 17:00경 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기신청서를 인천지방법원 부천지원 등기과에 접수시켰으나, 등록세 등이 납부되지 못한 사실을 알게 되자, 그 다음날 오전에 위 등록세납부서에 의하여 등록세 등 합계 120,457,750원을 납부하고 등록세 영수필통지서를 위 등기과에 제출하여 등기신청의 흠결을 보정하였으며, 이에 따라 등기공무원이 접수일자를 1995. 6. 13.로 하여 이 사건 토지의 소유권이전등기에 관한 사항을 등기부에 기입한 사실, 그 후 피고는 1997. 4. 7. 이 사건 토지의 취득가액이 할부원금 및 이자를 합산한 3,688,587,370원이라고 하여 등록세 등의 세액을 산출하고 원고의 신고납부세액을 차감하여 원고에게 납부할 세액을 고지하면서, 원고의 신고납부세액 부분도 등기하기 전까지 신고납부된 것이 아니라는 이유로 이 사건 가산세의 납세고지를 한 사실을 인정한 다음, 원고가 등기신청서의 접수일까지 등록세 등을 신고납부하지는 아니하였으나 허용된 보정기간 내에 등록세 등 합계 120,457,750원을 신고납부하여 흠결을 보정한 이상 그 신고납부세액 부분은 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 다음부터는 '법'이라고만 한다) 제150조의2 제1항에 따른 신고납부의무를 적법하게 이행한 것이므로 이 사건 가산세의 납세고지처분 부분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 법 제150조의2 제1항은 등기 또는 등록을 하고자 하는 사람은 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 등기 또는 등록을 하기 전까지 신고납부하여야 한다고 규정하고, 법 제151조는 등록세 납세의무자가 제150조의2 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 20/100을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다고 규정하며, 법시행령 제91조 제1항은 등기 또는 등록을 하고자 할 때에는 등록세 영수필통지서 1통과 영수필확인서 1통을 등기 또는 등록에 관한 서류에 첨부하여야 한다고 규정하고, 구 부동산등기법(1996. 12. 30. 법률 제5205호로 개정되기 전의 것) 제55조는 등기공무원은 다음 각 호에 게기한 경우에 한하여 이유를 기재한 결정으로써 신청을 각하하여야 하되, 신청의 흠결이 보정될 수 있는 경우에 신청인이 즉일(卽日) 이를 보정하였을 때는 그러하지 아니하다고 규정하면서 제9호에서 등록세를 납부하지 아니하거나 등기신청과 관련하여 다른 법률에 의하여 부과된 의무를 이행하지 아니한 때를 들고 있으므로, 등기 또는 등록을 하고자 하는 사람이 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지 등록세를 신고납부하지 아니할 경우에는 특별한 사정이 없는 한 법 제151조에서 정한 가산세의 적용대상이 되고, 등기공무원이 등기신청서의 접수일 다음날까지 등록세 등의 보정을 허용한다고 하여 달리 볼 수 없다.

그럼에도 원심은 등기신청서의 접수일까지 등록세 등을 신고납부하지 않더라도 허용된 보정기간 내에 등록세 등을 신고납부하여 흠결을 보정하면 법 제151조에서 정한 가산세의 적용대상이 될 수 없다고 판단하였으니, 원심판결에는 법 제150조의2 규정에 의한 신고납부에 관한 법리를 오해한 위법이 있다.

3. 그런데 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 이유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없는 것인바(대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결 참조), 이 사건에서 원심이 확정한 사실관계에 의하더라도 원고의 위임을 받은 법무사 사무실 직원이 1995. 6. 13. 등록세 등 합계 115,896,600원을 액면으로 하는 자기앞수표 1장을 가지고 관할 과세관청에 찾아가 등록세 등 세액을 신고하면서 등록세납부서의 발급을 요청하였으나, 전산시설 장애로 등록세납부서 발급이 지연되다가 은행업무 마감시간에 임박하여 수기로 발급되면서, 담당 공무원이 납부세액을 신고세액대로 기재하지 않고 임의로 120,457,750원으로 기재하여 등록세납부서를 발급해 준 탓에, 부족한 금액을 은행에서 인출하기가 사실상 불가능하여 그 날 등록세 등을 납부하지 못하였는데, 법무사는 직원이 등록세 등을 납부하였을 것으로 생각하고 그 날 17:00경 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기신청서를 접수시켰다가, 위 등록세납부서에 의한 등록세 등 120,457,750원을 그 다음날 오전에 납부하게 되었다는 것이므로, 원고가 등기신청서 접수일까지 등록세 등 합계 120,457,750원을 신고납부하지 못한 데에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 이유가 있다.

결국 이 사건 가산세의 납세고지처분 부분이 위법하다는 원심의 결론 자체는 정당하고, 위에서 본 원심의 위법은 판결에 영향이 없다. 따라서 상고이유는 받아들이지 아니한다.

4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 1998. 10. 1. 선고 98누3312 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 1997. 4. 7. 원고에 대하여 한 등록세 32,407,680원 및 교육세 4,268,380원의 부과처분 중 등록세 금 12,331,390원 및 교육세 금 2,260,760원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 이 사건 부과처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 1호증, 갑 2호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 반증이 없다.

가. 원고는 1992. 4. 15. ○○시로부터 ○○시 원미구 ○○ 1131의 5 대 960.5㎡(이 사건 토지라 한다)를 할부로 매수하여 1995. 4. 15.까지 그 할부대금(할부원금 3,219,350,000원과 할부이자 금 469,237,370원 합계 금 3,688,587,370원)을 완납하였다.

나. 원고는 1995. 6. 13.자로 이 사건 토지에 관하여 1992. 4. 15. 환매특약부 매매를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 경료하였고, 같은 달 14. 위 소유권이전등기에 따른 등록세의 과세표준을 위 할부대금 3,688,587,370원에 미치지 못하는 금 3,346,048,760원으로 하고 이에 지방세법(이하 법이라 줄인다) 제131조 제1항 제3호 제2목 소정의 세율(30/1,000)을 적용하여 산출한 금 120,457,750원(등록세 100,381,460원 + 교육세 20,076,290원)을 자진납부하였다.

다. 그러나 피고는 1997. 4. 7. 이 사건 토지의 취득가액 금 3,688,587,370원과 자진신고한 등록세 과세표준액 금 3,346,048,760원과의 차액 금 342,538,610원(3,688,587,370 - 3,346,048,760)에 위 세율을 적용하여 산출한 등록세 10,276,160원, 교육세 2,055,230원과 과세표준에 부족하게 신고납부하였음을 이유로 한 가산세 2,260,750원(등록세 2,055,230원, 교육세 205,530원) 및 위와 같이 소유권이전등기일 이후 등록세를 납부하였음을 이유로 한 가산세 22,083,920원(등록세 20,076,290원, 교육세 2,007,620원)을 합한 등록세 32,407,680원(10,276,160 + 20,076,290 + 2,055,230) 및 교육세 4,268,380원(2,055230 + 2,007,620 + 205,530)의 각 부과처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 관계법령

(1) 지방세법 관련 법령

법 제1조 제1항 제7호 는 『신고납부 : 납세의무자가 그 납부할 지방세의 과세표준과 세액을 신고하고 동시에 신고한 세금을 납부하는 것을 말한다.』고, 법 제150조의2 제1항 은 『등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조 의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제149조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 등기 또는 등록을 하기 전까지 신고납부하여야 한다.』고, 법 제151조 는 『등록세 납세의무자가 제150조의2 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 제130조 내지 제149조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조 의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 … 의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다.』라고 각 규정하고, 법 시행령 제91조 제1항 은 『등기 또는 등록을 하고자 할 때에는 영수필통지서 1통을 등기 또는 등록에 관한 서류에 첨부하여야 한다.』고 규정하고 있다.

또한 법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제130조 제1항 은 『부동산 … 에 관한 등록세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.』고, 제2항은 『제1항의 규정에 의한 과세표준액은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. …』고 각 규정하고, 법 시행령(1995. 8. 21. 대통령령 제14753호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제2항 은 『제1항의 규정에 의한 취득가격은 … 당해물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용( … 취득에 소요된 직·간접비용을 포함하고, 법인이 아닌자가 취득하는 경우에는 연체료, 할부이자 및 부가가치세를 제외한다)을 말한다. 다만, … 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.』라고 규정하고 있다.

(2) 부동산등기법 관련 법령

부동산등기법 제55조 는 『등기공무원은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 이유를 기재한 결정으로서 신청을 각하하여야 한다. 그러나 신청의 흠결이 보정될 수 있는 경우에 신청인이 당일 이를 보정하였을 때는 그러하지 아니하다. … 9. 등록세 또는 … 등기신청과 관련하여 다른 법률에 의하여 부과된 의무를 이행하지 아니한 때』라고 규정하고 있고, 부동산등기법시행규칙 제49조 제1항 은 『등기를 신청할 때에는 신청서에 그 등기를 신청함에 필요한 사항 이외에 등록세 등 등기신청과 관련하여 납부하여야 할 세액 및 그 과세표준액을 기재하여야 한다.』라고, 같은 규칙 제50조 제1항 은 『등기원인 및 등기의 목적이 동일한 것으로서 「지방세법」제131조 제1항 제6호와 제8호 의 규정에 의하여 등록세를 납부할 경우에 … 권리의 등기를 신청하는 때에는 최초 등기를 신청함에 있어 등록세의 전액을 납부하여야 한다.』라고 각 규정하고 있다.

나. 인정사실

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 위에서 든 각 증거에, 을 1 내지 6호증의 각 기재, 이 법원의 인천지방법원 ○○지원장에 대한 사실조회 결과에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 반증이 없다.

(1) 원고는 이 사건 토지를 매수한 후 부동산등기특별조치법에 따라 대금완납일로부터 60일 이내(실제는 1995. 6. 14.임에도 원고는 같은 달 13.로 알고 있었다)에 위 토지의 취득에 따른 소유권이전등기를 마치기 위하여 위 등기업무를 법무사인 소외 ○○에게 위임하였다. 위 ○○은 위 등기와 관련하여 원고가 납부할 등록세 등을 합계 금 115,896,600원(교육세 19,316,100원 포함)이라고 원고에게 통보하였고, 이에 따라 원고는 등록세 등의 납부를 위하여 위 금액의 자기앞수표 1장을 위 ○○에게 교부하였다.

(2) 위 ○○은 1995. 6. 13. 이 사건 토지에 대한 등기신청을 위하여 자신은 소유권이전등기신청서류를 구비하여 관할 등기소로 가기로 하고, 자신의 사무원인 소외 ○○로 하여금 위 자기앞수표를 가지고 피고의 세무과에 가서 동록세 납부고지서를 발급받아 등록세를 납부하도록 하였다. 위 ○○는 같은 날 피고의 세무과를 방문하였는데, 담당공무원은 구비서류가 미비되었다는 이유로 등록세납부고지서를 발부하여 주지 아니하였다. 그 후, 위 ○○가 미비한 서류를 구비하여 피고의 세무과를 다시 방문하였을 때는 피고의 전산시설에 장애가 발생하여 납부고지서 발급이 늦어진데다가, 피고의 담당공무원이 발급한 납부고지서상의 금액은 당초 준비한 금 115,896,600원을 금 4,561,150원 초과한 합계 금 120,457,750원(등록세 100,381,460원 + 교육세 20,076,290원)이었고, 준비한 금원으로는 결국 위 금 4,561,150원이 부족하게 되었다.

그런데, 위와 같이 납부고지서가 발급된 시각은 은행마감시간에 임박한 상태였기 때문에 부족한 금원을 인출하는 것이 사실상 불가능하여 소외 ○○는 같은 달 13. 등록세 등을 납부하지 못하였고 그 다음날인 같은 달 14. 아침 일찍 위 납세고지서 상의 금 120,457,750원을 납부하였다. 한편, 위 ○○은 위 ○○가 등록세 등을 같은 달 13.자로 납부하였을 것으로 생각하고 등기신청서를 같은 날 17:00경 부터 18:00경 사이에 관할 등기소인 인천지방법원 ○○지원 등기과에 접수하였다.

(3) 한편, 부동산등기법규의 취지에 따라 등기공무원들은 등기신청이 흠결이 있어 보정통지를 한 경우 및 등기신청사건이 복잡사건, 집단사건, 또는 법률적으로 판단이 어려운 사건에 해당하는 등 특별한 사정이 있어서 접수 후 24시간 이내에 등기를 완결할 수 없는 경우를 제외하고 등기신청의 접수번호 순서대로 조사·기입·교합하여 접수 후 24시간 이내에 등기필증을 작성교부하고, 등록세를 납부하지 아니하거나 납부액에 부족이 있는 경우는 등기신청일의 다음날 오후까지(다만, 토요일에 등기신청된 사건은 월요일 오후까지) 보정하게 하여 흠결이 보정된 후에 등기신청을 등기부에 기재하고 있다(위 인천지방법원 ○○지원장에 대한 조실조회 결과).

⑷ 이에 따라 위 ○○은 같은 달 13. 위와 같이 이 사건 등기신청서를 접수한 후 위 ○○로 하여금 다음날인 같은 달 14. 오전에 납부한 위 금 120,457,750원(등록세 100,381,460원 + 교육세 20,076,290원)의 영수필통지서를 첨부하여 흠결을 보정하였고, 등기공무원은 이 사건 등기의 등기일자를 같은 달 13.로 하여 등기부에 기입하였다.

다. 판단

위 인정사실을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 토지에 관하여 처음 등기신청을 할 당시에는 위 등록세 중 금 120,457,750원 부분은 이를 납부하지 않았다 하더라도 허용된 보정기간내에 납부하여 그 흠결을 보정하였으므로 결국 위 등록세 부분에 대하여는 원고가 「지방세법」제150조의2 제1항 에 따른 납부의무를 적법하게 이행하였다고 보아야 할 것이다. 따라서 위 납부세액 금 120,457,750원에 대한 가산세 부분(이 사건 부과처분의 등록세 32,407,680원 및 교육세 4,268,380원의 부과처분 중 등록세 금 12,331,390원 및 교육세 금 2,260,760원을 초과하는 부분)은 이를 원고에게 부과할 수 없음에도 부과한 위법이 있다고 할 것이므로 이 사건 부과처분 중 위 부분은 취소를 면할 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제150조의2 제1항 , 제151조 , 지방세법시행령 제91조 제1항