부동산은 구 지방세법 제127조 제1항 제1호 , 구 지방세법시행령 제94조 제1항 및 제79조 제1항 제1호 소정의 종교를 목적으로 하는 비영리사업자인 교회가 그 사업에 사용하기 위한 부동산이고 납세의무자와 소외 연합회 사이의 매매계약의 내용 및 부동산에 관하여 납세의무자 명의의 가등기를 경료하게 된 경위 등에 비추어 볼 때, 가등기는 채권담보의 목적으로 경료된 담보가등기가 아니라 소유권이전등기청구권을 보전하기 위한 것이므로, 부동산에 관한 가등기가 등록세 및 교육세의 부과대상이라고 보고 한 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증의 1, 2, 갑제4호증, 갑제8호증, 갑제9호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

(1) 원고교회는 1997. 3. 22. 소외 대한니트공업협동조합연합회(이하 소외 연합회라 한다)로부터 소외 연합회 소유의 별지목록 기재 부동산(이하 이 사건 부동산이라 한다)을 매수하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 후, 같은 해 7. 9. 위 부동산에 관하여 원고 명의의 소유권이전청구권가등기를 경료하기에 앞서 같은 달 5. 피고에게 위 가등기에 대한 등록세 금 13,479,530원 및 교육세 금 2,699,500원을 신고납부하였다.

(2) 그 후 원고는 이 사건 부동산에 관한 위 가등기가 종교단체인 원고교회가 종교목적에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기로서

구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법'이라 하며, 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정된 지방세법을 '신법'이라 한다) 제127조 제1항 제1호 에 의하여 등록세가 비과세되며, 또한 원고가 등록세 납세의무자가 아닌 이상 교육세도 비과세되어야 한다는 이유로, 1998. 2. 19. 피고에게

신법 제82조 및

국세기본법 제45조의2 의 규정에 의하여 기 납부한 위 등록세 및 교육세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 같은 달 23. 이 사건 부동산에 관한 가등기가 등록세 등의 부과대상임을 들어 원고의 위 경정청구를 받아들이지 아니하는 거부처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.

2. 주위적 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 먼저, 피고가 1997. 7. 5. 등록세 및 교육세의 부과대상이 아닌 위 가등기에 대하여 위 등록세 등의 부과처분을 하였음을 전제로, 주위적으로 위 부과처분의 취소를 구한다고 주장한다.

나. 관계 법령

구법 제130조 제2항 은 부동산 등에 관한 등록세의 과세표준은 원칙적으로 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의하도록 규정하고,

제150조의2 제1항 은 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는

제130조 의 규정에 의한 과세표준액에

제131조 내지 제149조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 등기 또는 등록을 하기 전까지 신고납부하여야 한다고 규정하고 있으며,

제151조 는 등록세 납세의무자가

제150조의2 의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이

제130조 내지 제149조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는

제130조 의 규정에 의한 과세표준에

제131조 내지 제149조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다.

한편,

교육세법 제3조 제5호 는 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납세의무자는 교육세를 납부할 의무를 진다고 규정하면서,

제9조 제2항 은

제3조 제2호 내지 제11호 의 규정에 의한 납세의무자는 당해 세법의 규정에 의하여 당해 세액을 신고·납부하는 때에는 그에 대한 교육세를 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있다.

다. 판단

위 관계 법령의 규정내용에 비추어 보면, 등록세와 등록세납세의무자가 납부하는 교육세는 신고에 의하여 일단 그 과세표준과 세액이 확정되는 신고납세방식의 조세이고, 신고에 의하여 과세관청이 결정을 함으로써 비로소 과세표준과 세액이 확정되는 부과납세방식의 조세라고 볼 것은 아니라 할 것이며, 한편, 납세의무자가 세금을 자진신고납부하는 경우 그 납부시에 과세관청의 확인적 부과처분이 존재한다고 보는 것은 부과납세방식의 조세에 한하는 것이고, 신고납세방식의 조세에 있어서 자진신고납부한 세금을 과세관청이 수령하는 행위는 단순한 사실행위에 불과하며 확인적 부과처분의 존재를 인정할 여지가 없다고 할 것이다(

대법원 1989. 9. 12. 선고 88누12066 판결 참조).

그런데, 앞에서 채택한 증거와 갑제7호증의 1 내지 7의 각 기재 및 증인

최병천의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고교회는 1997. 6. 초순경 이 사건 가등기를 경료하기 직전에 피고에 대하여 위 가등기를 위한 등록세 등에 대한 비과세신청을 하였으나 피고로부터 그 서류를 반려당하였고, 또 서울특별시장과 내무부장관에게 위 등록세 등의 비과세에 관한 질의를 하였으나, 모두 원고의 비과세신청을 거부하는 취지의 회답을 받게 되자, 이 사건 부동산에 관한 가등기를 경료하기 위하여 일단 피고로부터 등록세의 부과처분을 받아 이를 납부하기로 결정한 사실, 그런데, 원고교회의 사무처장인

소외 최병천은 1997. 7. 5.경 피고의 등록세 담당공무원을 만나 그로부터 이 사건 등록세 등의 납부서 용지(자납분, 갑제1호증)를 교부받고 위 등록세와 교육세를 신고납부한 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는바, 부과납세방식이 아닌 자진신고납세방식에 의하여 위 등록세 등을 납부한 이 사건에 있어, 피고가 이 사건 등록세 및 교육세를 수령한 행위를 부과처분으로 볼 수는 없으므로, 이 사건 주위적 청구의 대상이 되는 부과처분은 존재하지 않는다 할 것이다.

따라서, 이 사건 등록세 및 교육세의 부과처분이 존재함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 주위적 청구부분의 소는 더 살필 필요없이 부적법하다.

3. 예비적 청구에 관한 판단

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계 법령 등을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 예비적으로, 이 사건 부동산에 관한 위 가등기는 종교단체인 원고가 종교목적에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기이므로

구법 제127조 제1항 제1호 에 의하여 등록세가 비과세되며, 또한 원고가 등록세의 납세의무자가 아니므로 교육세도 비과세되어야 함에도, 피고가 위 등록세 및 교육세 환급을 구하는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계 법령

(1)

구법 제127조 제1항 은 다음 각호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항 의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하면서, 그 제1호에서 제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기를 들고 있으며,

구법시행령 제94조 제1항 은

법 제127조 제1항 제1호 본문 에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은

제79조 의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고,

제79조 제1항 은

법 제107조 제1항 에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다고 규정하면서, 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 들고 있다.

또한,

구법 제131조 제1항 은 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정하고, 제3호에서 제1호(상속으로 인한 소유권의 취득) 및 제2호(제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득) 이외의 원인으로 인한 농지 이외의 부동산소유권 취득의 경우 세율을 부동산가액의 1,000분의 30으로 정하고, 제7호에서 가등기의 경우 세율을 부동산가액의 1,000분의 2로 정하고 있다.

한편,

교육세법 제3조 제5호 는 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납세의무자를 교육세의 납세의무자로 규정하고 있다.

(2)

신법 제82조 는 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다고 규정하고 있고,

국세기본법 제45조의2 제1항 은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하면서, 제1호에서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때를 들고 있다.

(3)

부동산등기법(1996. 12. 30. 법률 제5205호로 개정된 것) 제2조 는 등기는 구분건물의 표시와 소유권, 지상권, 지역권, 전세권, 저당권, 권리질권 및 임차권등 권리의 설정, 보존, 이전, 변경, 처분의 제한 또는 소멸에 대하여 이를 한다고 규정하고,

제3조 는 가등기는

제2조 각호의 1 에 해당하는 권리의 설정, 이전, 변경 또는 소멸의 청구권을 보존하려 할 때에 이를 한다.…고 규정하고 있으며,

제6조 제2항 은 가등기를 한 경우에는 본등기의 순위는 가등기의 순위에 의한다고 규정하고 있다.

다. 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바(

대법원 1994. 2. 22. 선고 92누18603 판결 등 참조),

구법 제127조 제1항 이 그 각호의 1에 해당하는 부동산등기에 대하여는 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있을 뿐, 소유권이전등기와 가등기를 구별하고 있지 않은 점 및

구법 제131조 제1항 이 부동산등기의 세율을 정하면서 '부동산에 관한 등기'로 소유권이전등기와 소유권보존등기, 경매신청·가압류·가처분 및 가등기 등을 함께 열거하고 있는 점 등에 비추어 보면,

구법 제127조 제1항 제1호 소정의 비과세 대상인 '부동산에 대한 등기'에는 부동산에 관한 소유권이전등기뿐만 아니라 소유권이전청구권 보전을 위하여 경료된 가등기도 포함된다고 보아야 할 것이다.

그런데, 앞에서 든 갑제2호증의 1, 2, 갑제4호증의 각 기재와 증인

최병천의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, ① 원고교회는 기독교의 보급, 교화 및 자선 등을 목적으로 설립된 종교단체로서 대한예수교장로회 서울노회 소속 교회인 사실, ② 그런데, 원고교회는 교육관 및 집회장 등 종교목적으로 사용할 목적으로 1997. 3. 22. 소외 연합회로부터 위 연합회 소유로서 원고교회의 예배당 건물과 인접한 이 사건 부동산을 대금 6,748,769,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하면서, 계약금 20억원은 계약당일 지급하고, 제1차 중도금 20억원은 1997. 7. 31., 제2차 중도금 23억원은 1998. 6. 30., 제3차 중도금 448,769,000원 중 금 2억원은 1998. 12. 31. 각 지급하기로 하며, 나머지 금 248,769,000원은 이 사건 부동산 임차인들에 대한 소외 연합회의 임대차보증금 반환채무금 248,769,000원을 원고가 인수하여 원고가 직접 위 임차인들에게 지급하기로 하되, 소외 연합회는 위 계약금을 지급받은 후 원고 앞으로 소유권이전등기청구권보전을 위한 가등기를 경료하고, 제3차 중도금을 지급받음과 상환으로 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부하기로 약정한 사실, ③ 이에 따라 원고는 앞서 본바와 같이 같은 해 7. 9. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의의 소유권이전청구권가등기를 경료하였고, 1998. 1. 현재 이 사건 부동산 4층 건물 중 1층을 제외한 나머지 부분을 인도받아 이를 원고교회 주일학교, 선교회 사무소, 복지재단 사무실 등으로 사용하고 있는 사실 등을 인정할 수 있고, 반증이 없다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 부동산은

구법 제127조 제1항 제1호 ,

구법시행령 제94조 제1항 및

제79조 제1항 제1호 소정의 종교를 목적으로 하는 비영리사업자인 원고교회가 그 사업에 사용하기 위한 부동산이라 할 것이고, 한편, 원고와 소외 연합회 사이의 위 매매계약의 내용 및 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의의 가등기를 경료하게 된 경위 등에 비추어 볼 때, 위 가등기는 채권담보의 목적으로 경료된 담보가등기가 아니라 소유권이전등기청구권을 보전하기 위한 가등기라 할 것이므로, 결국 위 가등기는

구법 제127조 제1항 제1호구 상속세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14862호로 개정되기 전의 것, 이하 법시행령이라 한다) 제40조의6

따라서, 피고가 이 사건 부동산에 관한 위 가등기가 등록세 및 교육세의 부과대상이라고 보고 한 이 사건 처분은 위법한 것임을 면하지 못한다 할 것이니, 이점을 지적하는 원고의 위 주장은 이유있다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 주위적 청구부분에 관한 소는 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 예비적 청구는 이유있어 이를 인용하기로 하며, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1998. 5. 6.