토지의 취득이 감면규정에 해당하지 아니하는 이상, 감면규정의 입법 취지만으로 감면규정이 적용되어야 한다고 볼 수 없으므로, 처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

가. 건설교통부(현 국토교통부)는 2002. 5.경 한국토지공사(2009. 5. 22. 법률 제9706호로 제정된 한국토지주택공사법에 의하여 2009. 10. 1.

대한주택공사와 합병되어 원고가 설립되었다)의 공영개발로 김포매립지, 청라매립지 등 합계 542만 평을 주거ㆍ업무, 레저, 첨단농업기능을 고루 갖춘 복합도시로 개발한다는 내용의 ‘김포매립지 개발방안’을 발표하고, 재정경제부 등 21개 관계 부처는 2002. 7. 29. 김포매립지 등 542만 평을 위락ㆍ국제금융 단지로 개발한다는 내용의 ‘동북아 비즈니스 중심국가 실현방안’을 발표하여, 재정경제부장관은 2003. 8. 11. 재정경제부고시 제2003-19호로 인천 송도, 영종, 청라지구 일원을 ‘인천경제자유구역’으로 지정하였다.

나. 인천경제자유구역 청라지구 개발사업의 시행자로 지정된 한국토지공사는 2003. 12. 2. 농업기반공사(현 한국농어촌공사)로부터 인천 서구

경서동 518-1 외 1,234필지 10,348,426.6㎡를 793,134,700,000원에 매수하고(잔금지급일 2004. 5. 3.), 2004. 5.경 피고에게 위 토지가 ‘제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산’에 해당한다는 이유로

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제289조 제1항(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)에 따라 취득세 및 등록세 감면신청을 하여 이를 면제받은 후, 2004. 5. 20. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 재정경제부장관은 2005. 8. 24. 재정경제부고시 제2005-18호, 2006. 11. 21. 제2006-49호로 인천경제자유구역

청라지구 개발 1-①단계 실시계획, 위 실시계획변경 및 인천경제자유구역

청라지구 개발 1-②단계 실시계획을 각 고시하였는데, 위 1-②단계 실시계획에서는 외국인투자유치시설 용지의 처분조건 등에 관하여 ‘분양’ 외에 감정가격 이하 또는 조성원가 이하의 ‘임대’를 허용하고 있다.

라. 한국토지공사는 2006. 4.경 현안심의위원회의 논의를 거쳐 위 청라지구 외국인투자유치시설 용지에 관하여 임대 후 매각하는 방안으로 최종 결정하고, 2007. 6. 29. 테마파크형 골프장 사업을 시행하고자 하는 주식회사

블루아일랜드개발과 사이에 인천

서구 경서동 일원 투자3, 4블럭 1,390,012㎡(이하 ‘이 사건 골프장 용지’라 한다)에 관하여, 2008. 2. 20. 국제업무타운 사업을 시행하고자 하는

청라국제업무타운 사이에 같은 동 일원 투자5, 6블럭 783,556㎡(이하 ‘이 사건 국제업무타운 용지’라 하고, 이 사건 골프장 용지와 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)에 관하여 각 임대기간을 20년(종료 후 임대기간 10년 연장 가능)으로 하는 임대차계약을 체결하고 위 각 회사에게 이 사건 각 토지를 임대하였다.

마. 이후 피고는 이 사건 각 토지가 이 사건 감면규정에 따른 취득세 등 감면대상에 해당하지 않게 된 것으로 판단하고, 2011. 9. 14. 원고에게 이 사건 골프장 용지에 관하여 취득세 2,582,727,390원, 등록세 1,556,388,940원, 지방교육세 292,391,850원을, 이 사건 국제업무타운 용지에 관하여 취득세 1,679,632,000원, 등록세 839,815,990원, 지방교육세 157,317,100원을 각 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2011. 12. 5. 감사원에 심사청구를 하였으나, 2012. 11. 14. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 17호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 각 토지의 취득세 신고납부기한은 사실상의 잔금지급일인 2004. 5. 3.로부터 30일이 경과한 2004. 6. 2.이고, 등록세 및 지방교육세 신고납부기한은 소유권이전등기경료일인 2004. 5. 20.인데, 이 사건 처분은 그로부터 5년의 부과제척기간이 경과된 후에 이루어진 것이어서 위법하다.

2) 원고는 이 사건 각 토지의 임대기간이 경과한 후 이를 제3자에게 매각할 예정이므로 이 사건 각 토지는 이 사건 감면규정에서 정한 제3자에게 공급할 목적으로 ‘일시 취득’한 부동산에 해당하고, 설령 그렇지 않다 하더라도 위 규정에서 말하는 ‘공급‘에 ’임대‘도 포함되므로, 한국토지공사가 이 사건 각 토지를 임대한 것은 이 사건 각 토지를 제3자에게 공급한 것이 되어 여전히 이 사건 각 토지는 제3자에게 ’공급‘할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당한다.

3) 이 사건 처분은 국가나 지방자치단체를 대행하여 원고가 시행하는 공공사업을 지원하고자 하는 이 사건 감면규정의 입법 취지에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 부과제척기간 도과 여부

이 사건 감면규정은 한국토지공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하도록 정하고 있고,

구 지방세법 제120조 제3항(취득세) 및

제150조의2 제3항(등록세)은 각 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세 및 등록세를 비과세ㆍ과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 및 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유 발생일로부터 30일 이내에 세액을 신고ㆍ납부하여야 한다”고 규정하고 있는바, 위와 같은 법률 규정의 내용과 형식을 종합하면, 한국토지공사가 일정한 부동산의 취득에 관하여 당시 예정된 사업계획 등에 따라 이 사건 감면규정에 해당함을 주장ㆍ소명하여 지방세를 감면받았으나 그 후 사업계획 변경 등의 사정변경으로 그 부동산의 취득이 위 감면규정의 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 이 사건 감면규정의 대상에서 제외되어 그 시점부터 취득세 등의 부과 대상이 된다고 해석함이 상당하다.

한편

구 지방세법 제30조의4 제1항에 따르면, 이 사건 각 토지에 대한 취득세 등의 부과제척기간은 부과할 수 있는 날부터 5년이고,

같은 법 시행령 제14조 제2항 제3호는 ‘비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고ㆍ납부기한의 다음날’이 지방세를 부과할 수 있는 날이라고 규정하고 있는바, 이 사건의 경우 피고는 한국토지공사가 2007. 6. 29. 및 2008. 2. 20. 주식회사

블루아일랜드개발및

청라국제업무타운 주식회사와 이 사건 각 토지에 관한 임대차계약을 체결함으로써 이 사건 각 토지의 취득이 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 경우에 해당하지 아니하게 되어 취득세 등의 부과대상이 되었다는 이유로 이 사건 처분을 한 것이므로, 그 사유 발생일은 2007. 6. 29. 및 2008. 2. 20.이라고 할 것이다.

따라서 그로부터 신고ㆍ납부기한인 30일이 경과한 다음날부터 5년 이내에 행하여진 이 사건 처분은 부과제척기간을 도과하지 아니하였음이 명백하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

2) ‘제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산’에 해당하는지 여부

가) 이 사건 감면규정의 위임에 의한

구 지방세법 시행령(2009. 9. 21. 대통령령 제21744호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제225조 제1호는 이 사건 감면규정에서의 ‘대통령령이 정하는 사업’의 하나로 ‘

한국토지공사법 제9조 제1항 제1호(국가 또는 지방자치단체가 매입을 지시 또는 의뢰한 것에 한한다)의 규정에 의한 사업’을 들고 있고,

구 한국토지공사법(2009. 5. 22. 법률 제9706호로 제정되어 2009. 10. 1.부터 시행된 한국토지주택공사법 부칙 제2조에 의하여 폐지, 이하 같다) 제9조 제1항 제1호는 한국토지공사가 행하는 업무의 하나로 ‘토지의 취득ㆍ개발ㆍ비축ㆍ관리ㆍ공급 및 임대’를 열거하고 있다.

나) 먼저 원고가 일정한 임대기간이 경과한 후 이 사건 각 토지를 제3자에게 매각할 예정이라 하여 이 사건 각 토지를 제3자에게 공급할 목적으로 ‘일시 취득’한 부동산으로 볼 수 있는지에 관하여 살핀다.

갑 제10 내지 12호증의 각 기재에 의하면, 한국토지공사가 외국인투자유치시설 용지의 공급가격 결정방법에 따른 장단점을 검토하면서 매각, 20년 임대 후 매각, 20년 임대 후 기부 등의 방안을 검토하였고, 20년 임대 후 매각이 한국토지공사에게 유리하다는 결론을 도출한 후 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 토지를 임대한 사실은 인정되나, 한편 이 사건 기록과 변론에 나타난 다음과 같은 사정, 즉 ① 위와 같은 임대 후 매각 방안은 한국토지공사의 사업결정 과정에서 도출된 것으로 향후 계획이나 방침에 불과하고 임대기간 종료 후 원고가 이 사건 각 토지를 매각해야 할 법령이나 계약상 의무를 부담하고 있지 아니한 점(

구 한국토지공사법 제12조 제3항,

제5항,

제14조 제2항에 따르면, 한국토지공사는 매각을 전제로 하여 토지를 매입하여야 하고 매각할 때까지 이를 임대할 수 있기는 하나, 이는 한국토지공사의 토지 매입 및 관리에 관한 원칙을 정한 것에 불과하여 위 규정으로써 원고가 대외적으로 제3자에 대하여 해당 토지를 매각할 의무를 부담하게 되는 것은 아니다), ② 이 사건 각 토지의 임대기간이 20년이고 10년 연장도 가능함은 앞서 본 바와 같은데, 사회통념상 위와 같이 취득한 토지의 소유권을 장기간 보유하면서 관리ㆍ수익하는 것을 두고 일시적 취득이라고 하기는 어려운 점, ③ 원고가 대외적으로 이 사건 각 토지를 매각할 법적 의무를 부담하고 있지 아니하여 경우에 따라 임차인과의 계약을 통해 임대기간을 추가로 연장하는 것도 불가능해 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 위 인정 사실만으로는 한국토지공사가 이 사건 각 토지를 제3자에게 공급할 목적으로 ‘일시 취득’한 것이라고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

다) 나아가 이 사건 감면규정에서의 ‘공급’에 ’임대‘도 포함되므로 이 사건 각 토지가 위 규정에서 정한 제3자에게 ’공급‘할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당하는지에 관하여 본다.

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합하는 것인바(

대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9573 판결 등 참조), 이 사건 감면규정의 문언상 ’일시 취득‘이란 토지의 소유권을 취득하였다가 처분할 때까지의 일시적인 보유를 의미하고,

구 한국토지공사법 제9조 제1항 제1호에서 토지의 ‘공급’을 토지의 ‘임대’와 구분하고 있는 점을 고려하면, 이 사건 감면규정에서 말하는 ‘공급’에는 소유권 처분을 수반하지 않는 ‘임대’는 포함되지 않는다고 할 것이다(

대법원 2011. 12. 27. 선고 2011두5650 판결 등 참조).

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

3) 이 사건 감면규정의 입법 취지에 반하여 위법한지 여부

이 사건 감면규정의 입법 취지가 국가 등이 공공사업으로 시행하여야 할 사업을 한국토지공사에게 대행하도록 한 경우 당해 사업용 부동산에 관한 취득세 및 등록세를 면제함으로써 국가 등의 계획에 따른 공공사업을 원활히 추진하도록 지원하려는 것이기는 하나, 조세법규 엄격해석의 원칙상 이 사건 감면규정 역시 한국토지공사가 국가 등의 계획에 따라 취득하는 일정한 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제하는 특혜규정이므로 당연히 엄격하게 해석하여야 한다.

이 사건 감면규정이 한국토지공사가 공공사업의 시행을 위하여 취득하는 모든 부동산이 아닌 제3자에게 공급할 목적으로 일정한 사업을 위하여 일시 취득하는 부동산에 한하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 그 요건을 정하고 있으므로, 위 요건에 해당하지 아니하는 부동산의 취득은 공공사업의 시행을 위한 것이라 하더라도 이 사건 감면규정에 따라 취득세 및 등록세를 면제할 수는 없다.

이와 같이 이 사건 각 토지의 취득이 이 사건 감면규정에 해당하지 아니하는 이상 이 사건 감면규정의 입법 취지만으로 이 사건 감면규정이 적용되어야 한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.