전체 대출 중 각 대출별로 그 대출금이 사용된 용도를 구분하여 고양식사 1구역 토지와 그 지상에 건축된 아파트의 취득가액 등으로 안분하여 계산하여야 하고, 위 감정평가수수료는 제외되어야 할 것이므로, 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가.

프라임산업 주식회사(이하 주식회사 명칭을 생략하여 ‘

프라임산업’이라고 한다, 이하 주식회사의 경우는 같다)는 1999. 7. 29. 고양시

일산동구 식사동 657-12 토지 일원 약 30만 평에서 도시개발사업을 하기 위하여 그 일대 토지 소유자로서 지주 대표 역할을 하고 있던

최수섭,

차경문과 그들이 토지개발추진위원회를 발족시키고

프라임산업이 그 일원 토지를 약 3,155억 원에 매수하기로 하는 내용의 부동산 매매약정서를 작성하고 고양시

일산동구 식사동 657-12 토지 일원에서 아파트를 지어 분양하는 내용의 도시개발사업을 추진하였다.

나.

프라임산업은 2002. 7. 19.경

최수섭,

차경문과 도시개발사업 면적 약 30만 평 중 약 20만 평에 대한 사업권을 포기하고 약 10만 평에 대하여 사업을 진행하기로 하였고, 2002. 7. 24.경 약 10만 평 부지에 대한 도시개발사업을 단일 개발사업으로 진행할 경우 시간이 지연될 것을 우려하여, 고양시

일산동구 식사동 344 토지 일원 998,094㎡를 대상으로 하는 고양

식사 1구역과 같은 동 621 토지 일원 236,124㎡를 대상으로 하는

고양식사 2구역으로 나누어 개발사업을 진행하기로 하였다.

프라임산업이 사업권을 포기한 약 20만 평은 그 무렵부터

디에스디삼호(당시에는 명칭이

삼호건설 주식회사였다)가 사업을 진행하게 되었다.

다. 원고와

대양산업개발 주식회사(이하 ‘

대양산업개발’이라 한다)는 2002. 12. 28. 고양식사구역 도시개발사업에 원고 70%,

대양산업개발 30%의 지분 비율로 사업에 참여하는 것을 내용으로 하는 공동사업약정을 체결한 후, 2002. 12. 28.

프라임산업과

프라임산업으로부터 고양식사 1, 2구역과 관련하여

프라임산업이 추진하여 온 기존의 부동산 매매약정, 사업추진약정 등에 따른 일체 권한을 이전받고, 원고가 56억 원,

대양산업개발이 24억 원을

프라임산업에 지급하기로 하는 내용의 사업권 이양에 관한 합의를 하였다. 원고는 그 무렵

프라임산업에 56억 원을 지급하고 법인장부에 선급금으로 계상하였다.

라. 경기도지사는 2004. 8. 28.

고양식사 1구역과

고양식사 2구역을 도시개발구역으로 지정하였다.

마. 원고는 2005. 10. 6.부터 2008. 6. 13.까지 피고에게 고양식사 1구역 내 토지를 96,411,443,418원에 취득하였다는 이유로 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다(원고는

대양산업개발에게 고양식사 2구역 내 토지 일체를 매도하였다).

바. 피고는 2010. 11. 9. 원고에게, 고양식사 1구역 토지 중 부과 제척기간이 경과하지 않은 기간에 취득된 토지에 대한 취득세 등과 관련하여, 신고한 취득가액 외에 토지비 4,363,820,200원(사업권 취득대가 56억 원 중 부과처분 제척기간이 경과되지 않은 부분), 대출취급수수료 1,487,211,320원(대출취급수수료, 인지대 및 자문수수료 합계액 중 부과처분 제척기간이 경과되지 않은 부분), 감정평가수수료 182,000,000원, 이자비용 및 기타비용 7,009,247,568원을 합한 13,042,279,088원의 추가취득가액이 있다고 보아 취득세 413,765,710원을, 농어촌특별세 30,601,020원을, 등록세 419,477,950원을, 지방교육세 78,672,480원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9, 19, 20, 23호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 이 사건 처분 당시 이 사건 토지 취득가액으로 본

프라임산업 사업권 양수비, 대출취급수수료 및 감정평가수수료 등은 이 사건 토지 취득가액으로 볼 수 없음에도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분 중 위 부분이 취득가액으로 포함된 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1)

프라임산업은 1999. 7. 29. 고양식사구역 내의 토지소유자인

최수섭,

차경문과 그들이 고양시

일산동구 식사동 657-12 일원에서 토지개발추진위원회를 발족하고

프라임산업이 이 사건 토지를 약 3,155억 원에 매수하기로 하되, 계약금 10%는 토지개발 추진위원회 발족일에 지급하고 중도금 40%는 사업승인 후 2개월 이내에 지급하며, 잔금은 분양승인 후 2개월 이내에 지급하기로 하고 개별토지 소유지 지상건축물 보상금 50억 원을

프라임산업이 부담하며, 사업부지 내 지상건축물 철거작업 등은

최수섭,

차경문이 하기로 하는 내용의 계약을 체결하였고, 그 이전인 1999. 7. 28.

최수섭에게 아파트 사업부지 재개발을 위한 약정체결비용으로 50,000,000원을 지급하였다.

1999년 말경

최수섭 등은 고양식사 구역 토지개발추진위원회를 발족하여 그 무렵

최수섭이 위원장이 되었고, 2004. 11. 2.

최수섭은 고양식사 구역 도시개발사업조합 조합장이 되었다.

2)

프라임산업은 2000. 1. 24. 무렵

최수섭이 위원장이 된 고양식사 구역 토지개발추진위원회에 23억 원을 대여하면서 그 위원회로 하여금 도시개발사업 구역 내 소유자들과 부동산매매계약을 체결하도록 하였다.

3) 원고와

대양산업개발은 2002. 12. 28.

프라임산업과

프라임산업이 해 온 기존의 부동산 매매약정, 사업추진약정 등에 따른 일체의 권한을 이전받고, 원고가 56억 원,

대양산업개발이 24억 원을

프라임산업에 지급하기로 하되, 본 계약 체결 후 6개월 이내에 전체 사업대상부지 30% 이상의 토지에 관한 매매계약을 체결하지 못하는 경우와 3년 이내에 도시개발사업 개발계획승인을 얻지 못한 경우에는 원고와

대양산업개발이 약정을 해제할 수 있다는 내용의 사업권 이양에 관한 합의를 하였다.

프라임산업은 위 계약 이전에 고양식사 구역 토지개발추진위원회에 나환자 복지기금으로 지급하기로 하였던 33억 원 중 26억 원을 지급한 상태였는데, 나머지 7억 원은 원고와

대양산업개발로부터 받은 사업권 양수비에서 지급하기로 하였다. 원고는 위 약정을 체결한 후 고운농장 등 도시개발사업 구역 내에 있는 토지 소유자와 부동산매매계약을 체결하였다.

4) 원고는 2002. 12. 27.

프라임산업으로부터 사업권을 이양받는 것을 전제로

벽산건설에 고양식사 1구역 토지 위에

벽산아파트를 신축하는 공사를 도급하면서, 토지대금과 사업비 조달은 금융기관 등을 통한 프로젝트 파이낸싱 형태로 하기로 합의하였다. 원고는 고양식사 1구역 토지 위에

벽산아파트를 짓는 사업 등과 관련하여 2002. 12. 27.부터 2003. 1. 2.까지

벽산건설로부터 약 130억 5,000만 원을 빌렸다.

5) 고양식사 1구역에서는 2010. 10.경부터 아파트 입주가 시작되었다.

6) 원고는 2004. 5. 27.부터 2007. 11. 15.까지

신한캐피탈,

조흥은행,

신한은행 등으로부터

고양식사 1구역 토지개발사업과 관련하여 프로젝트 파이낸싱 방법으로 대출을 받았는데, 차입금액은 합계 3,009억 원 가량이고, 그 대출과 관련하여 취급수수료 3,186,800,000원, 인지대 1,400,000원, 자문수수료 17,000,000원 합계 3,205,200,000원을 지급하였다.

그 중 가장 대출액수가 많았던 대출은 원고가 2005. 9. 27.

신한캐피탈로부터 980억 원을 대출받았던 것인데(이하 ‘이 사건 최대대출’이라고 한다), 이 사건 최대대출은 원고와

대양산업개발이 ‘고양식사지구 도시개발

벽산건설컨소시엄 아파트 신축사업 프로젝트’에 필요한 사업자금을 마련하기 위한 것으로서 도시개발계획 승인에 따른 사업부지 매입을 위한 잔금 지급과 초기 사업비 등에 쓰일 예정이었다. 이 사건 최대대출을 위하여 작성한 사업 및 대출약정서상 사업의 개요는 고양시

일산동구 식사동 344일원(고양식사 1구역에 해당한다)에 아파트 총 8,213세대를 짓는 것이고(제1-2조), 차주의 업무로 사업부지의 소유권 확보 및 이를 위한 소요 자금의 조달, 본 건 사업에 지장을 초래할 가능성이 있는 저당권, 지상권 등 사업부지에 대한 일체의 법적, 사실적 제한 조치의 말소, 제거 및 관련 행정처리, 분양, 광고, 홍보 업무, 견본주택 건립 및 운영 업무, 본 건 사업 관련 행정처리, 본 건 사업 시행 시 발생하는 일체의 비용 부담 및 자금조달과 보존등기비용, 본 건 사업과 관련된 지방세, 각종 부담금 납부 등으로 되어 있으며(제1-4조 제1항), 대출원금 상환은 대출약정금 최초 대출취급일부터 36개월로 하고, 차주는 본 건 사업 분양계약금 납입분으로부터 상환 개시하여 매 중도금 및 잔금 입금 시 분할상환 일정에 따라 상환하기로 되어 있고(제3-2조), 사업자금 집행은 ‘1. 조세, 공과금 등 사무처리비용, 2. 본 건 사업대출 관련 수수료, 3. 지급기일이 도래한 대출이자, 4. 지급기일이 도래한 대출원금, 5. 시공사의 건설공사비, 6. 기타비용’ 순으로 집행하기로 되어 있다(제6-2조). 원고는 이 사건 최대대출을 위하여 대출수수료 1,890,000,000만 원, 인지대 700,000원, 자문수수료 3,000,000원을 지급하였으며, 원고의 계정별 원장에는 위 대출수수료가 취급수수료로 적혀 있다.

10) 원고는 이 사건 최대대출로 받은 980억 원의 대출금으로

벽산과

조흥은행 등에 대한 기존 차입금 약 847억 9,000만 원을 갚았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 20호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 사업권 양수비를 취득가액으로 볼 수 있는지에 관한 판단

1)

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제1항,

제2항 본문에 따르면, 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 취득자가 신고한 가액에 의하는 것이 원칙이나,

구 지방세법 제111조 제2항 단서,

제5항 제3호,

구 지방세법 시행령(2010. 1. 11. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의2 제1항 제2호에 따르면, 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서에 따라 취득가액이 증명되는 경우에는 그 취득가액을 과세표준으로 한다. 또한, 취득세 등의 과세표준을 산정할 때 건물과 토지는 별개로 취급하여야 하므로 건물 취득 비용을 토지 취득 비용에 포함할 수 없고(

대법원 1999. 12. 20. 선고 98두6364 판결,

대법원 2002. 6. 14. 선고 2000두6404 판결 등 참조), 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(

대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2) 앞서 본 대로, 원고 법인장부에

프라임산업 사업권 양수비와 청원건설 사업권 양수비가 이 사건 토지 취득가액으로 적혀 있지 않으나, 피고는 원고가 법인장부에 분양금액 선급금 등으로 계상한

프라임산업 사업권 양수비는 법인장부상 이 사건 토지 취득가액으로 볼 수 있다고 보아 이 사건 처분을 하였다. 그러나 앞에서 인정할 사실만으로는 위 사업권 양수비를 이 사건 토지 취득가액이라고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려,

프라임산업은 1999.경 무렵부터 상당한 비용과 노력을 들여 고양시 일산동구 식

사동 657-12 토지 일원에서 도시개발사업을 추진하기 위하여 노력하였고, 그 과정에서 지주 대표와 긴밀한 관계를 맺어왔으며, 지주 대표의 협조 없이는 도시개발사업 자체의 추진이 어렵고,

프라임산업도 1999. 7. 29.자 계약(갑 제3호증)에서 분양승인 후 잔금 지급을 하기로 하는 등 아파트 분양사업 추진을 전제로 계약하였으며,

프라임산업이 도시개발사업에 따라 아파트를 분양하는 경우 상당한 이익도 얻을 수 있었을 것이고, 원고와

대양산업개발 또한 2002. 12. 28.

프라임산업으로부터 사업권 이양에 관한 합의를 할 때 도시개발사업 개발계획승인을 얻지 못할 경우에는 계약을 해제할 수 있다고 하는 등 도시개발사업을 전제로 사업권을 양수하였으므로, 원고는 2002. 12. 28.

프라임산업으로부터

프라임산업이 고양시

일산동구 식사동 657-12 토지 일원에서 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용ㆍ명성ㆍ거래선과 같은 영업상의 이점과 사업 시행 등에 있어 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 도시개발사업 지역 내의 토지와 별도로 양수하였다고 보아야 한다.

따라서

프라임산업 사업권 양수비를 이 사건 토지 취득가액으로 본 것은 위법하다(설령, 원고가

프라임산업에 지급한 56억의 일부를 이 사건 토지 취득가액으로 볼 여지가 있다고 하더라도, 아파트 분양이익이 예상되는 도시개발사업의 성격과

프라임산업이 고양식사 구역 토지개발추진위원회에 지급한 나환자 복지기금은 사업 자체를 추진하기 위한 비용으로 보아야 한다는 점에서 56억 원 전부를 이 사건 토지 취득가액이라고 볼 수는 없고, 56억 원에는 사업권 양수비와 이 사건 토지상에 건축된 아파트 취득가액도 포함되어 있다고 보아야 한다. 이 경우 과세관청은 56억 원 중 얼마를 이 사건 토지 취득가액으로 보아야 하는지도 주장ㆍ증명하여야 하는데, 피고가 제출한 자료만으로는 수백 필지에 달하는 이 사건 처분 대상 토지에 관하여 개별 필지별로 적법한 세액을 산정하는 것은 불가능하거나 부적당하다. 따라서 이 사건 처분 중 사업권 양수비 56억 원에 관한 부분 전체를 취소할 수밖에 없다).

마. 취급수수료등 및 감정평가수수료을 취득가액으로 볼 수 있는지에 관한 판단

피고가 제출한 증거만으로 이 사건 처분 당시 원고가 지출한 취급수수료등 1,487,211,320원 및 감정평가수수료 182,000,000원을 이 사건 토지 취득가액이라고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 앞서 본 대로 이 사건 최대대출을 위하여 원고가 지급한 대출수수료 1,890,000,000원, 인지대 700,000원, 자문수수료 7,000,000원은 고양식사지구 도시개발

벽산건설컨소시엄 아파트 신축사업 프로젝트에 필요한 자금을 대출하기 위하여 지출되었고, 대출자금 일부는 토지 잔금 지급을 위하여 사용하고 일부는 초기 사업비로 사용할 예정이었으며, 차주의 업무에 사업부지의 소유권 확보 외에 사업 관련 행정처리 등의 업무가 있고, 대출원금 상환 시기도 아파트 분양계약금 납입과 연계하여 설정되어 있으며, 사업자금 집행 내용에 건설공사비 등도 포함되어 있고, 실제로 대출자금 대부분은 고양식사 1구역에서

벽산아파트를 짓는 사업과 관련하여 원고가 그 시공사인

벽산 등으로부터 빌린 기존 차입금을 갚는데 사용되었다. 또한 이미 원고가 취득을 완료한 토지에 대하여 추후 있을 환지계획에 대비한 사업진행과 관련하여 실시한 감정평가로 인하여 발생한 수수료 182,000,000원이 존재할 뿐이다.

따라서 이 사건 최대대출을 위한 취급수수료등을 비롯하여 원고가 고양식사 1구역 토지개발사업과 관련하여 프로젝트 파이낸싱 방법으로 대출을 받으면서 지급한 취득수수료등은 토지취득, 사업권 확보, 아파트 공사 등을 비롯한 도시개발사업 전체를 위한 대출 과정에서 지급되었으므로, 전체 대출 중 각 대출별로 그 대출금이 사용된 용도를 구분하여 고양식사 1구역 토지와 그 지상에 건축된 아파트의 취득가액 등으로 안분하여 계산하여야 하고, 위 감정평가수수료는 제외되어야 할 것이다. 이와 달리 한 이 사건 처분은 위법하고, 특히 이 사건 처분 당시 과세표준으로 본 취급수수료등에서 얼마가 이 사건 토지의 취득가액에 해당하는지에 관한 증명도 없으므로, 이 사건 처분 중 위 취급수수료등 및 감정평가수수료에 관한 부분 전체를 취소할 수밖에 없다.

바. 소결론

이 사건 처분 중

프라임산업 사업권 양수비, 대출취급수수료 및 감정평가수수료 등을 포함한 부분으로 인하여 발생한 취득세는 189,532,770원, 농어촌특별세는 14,249,170원, 등록세는 193,844,410원 및 지방교육세는 36,343,280원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을 제3호증의 기재에 의하여 인정된다.

따라서 이 사건 처분 중 취득세 413,765,710원 부과처분 중 224,232,940원(= 413,765,710원 - 189,532,770원)을, 농어촌특별세 30,601,020원 부과처분 중 16,351,850원(= 30,601,020원 - 14,249,170원)을, 등록세 419,477,950원 부과처분 중 225,633,540원(= 419,477,950원 - 193,844,410원)을, 지방교육세 78,672,480원 부과처분 중 42,329,200원(= 78,672,480원 - 36,343,280원)을 각 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.