공용면적 2,063㎡에 상응하는 토지부분 역시 구 지방세법 제282조에 정한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 등의 면제대상에 포함되므로, 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 차량의 제조 판매업 등을 영위하는 법인으로,

오토에버시스템즈 주식회사 등과 함께 2006. 8. 25.경 의왕시

삼동 460-30 외 6필지 토지 면적 합계 80,377㎡ 및 그 지상에 소재하고 있던 기존 건축물(연면적 25,760㎡) 중 각 일부(토지 64,450㎡, 건축물 20,560㎡)를 공동으로 취득하고, 2008. 10. 17.경 위 토지 지상에 건축물 4개동(연면적 합계 93,244.89㎡)을 공동으로 증축한 후(이하 위 기존 건축물과 증축된 건축물 4개동을 통틀어 ‘이 사건 건축물’이라 한다), 원고의 지분비율에 해당하는 토지 면적 합계 19,094㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 건축물(연면적 합계 31,497.55㎡, 이하 ‘원고 소유 건물’이라 한다)에 관하여

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조 규정에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 취득세 등을 면제받았다.

나. 원고는 2008. 12. 12.

구 기술개발촉진법 시행령(2011. 6. 24. 대통령령 제22977호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항,

구 기술개발촉진법 시행규칙(2011. 11. 25. 지식경제부령 214호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제3항에 따라

한국산업기술진흥협회장(이하 ‘협회장’이라 한다)으로부터 최초로 기업부설연구소 인정을 받았는데, 원고는 2011. 12. 16. 변경신고 전까지는 전용부분에 대해서만 인정을 신청하여 그 인정을 받았다.

다. 그 후 피고는 2010. 10. 25.부터 같은 달 29.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고 소유 건물 중 협회장으로부터 기업부설연구소용으로 인정받은 전용면적 4,307.12㎡ 및 이 사건 건축물의 전체 전용면적 중 위 전용면적이 차지하는 비율을 전체 공용면적에 곱하여 산정한 공용면적 2,063㎡, 합계 6,370.12㎡의 건물면적 및 위 6,370.12㎡가 원고 소유 건물에서 차지하는 비율(20.22%)을 이 사건 토지면적에 곱하여 산정한 토지면적을 감면대상으로, 나머지 건물면적 25,127,43㎡(원고 소유 건물 연면적 31,497.55㎡ - 6,370.12㎡) 및 위 건물면적이 원고 소유 건물에서 차지하는 비율(79.78%)을 이 사건 토지면적에 곱하여 산정한 토지면적을 과세대상으로 구분한 후 2010. 11. 22. 원고에게 그에 대한 취득세 등 합계 353,676,100원을 부과ㆍ고지하였다.

라. 이후 피고는 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소용 부동산의 범위는 교육과학기술부장관에게 인정받은 면적을 한도로 봄이 타당하다는 행정안전부장관의 질의회신(2011. 12. 27. 지방세운영과-5828호)에 따라, 이 사건 토지 중 2012. 8. 9. 위 다.항에서 감면대상으로 인정된 공용면적 2,063㎡에 상응하는 면적에 대하여 면제되었던 취득세 37,634,330원, 농어촌특별세 3,763,420원, 등록세 37,634,330원, 지방교육세 6,974,100원(각 가산세 포함)을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2012. 11. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 24. 위 심판청구를 기각하였다.

바. 이 사건 건축물 중 공용면적 부분은 연구동의 층별 엘리베이터 및 코아 등, 1층 로비, 지하1층 내지 지하3층의 주차장, 식당, 강당, 휴게실, 시험동 지층 기계실 등이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 5호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 건축물의 공용면적 중 앞서 본 2,063㎡ 부분은

구 지방세법 제282조의 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’에 해당하므로, 이 사건 토지 중 위 공용면적 2,063㎡에 상응하는 부분 또한 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 해당함에도, 기업부설연구소의 범위는 교육과학기술부장관에게 인정받은 면적을 한도로 봄이 타당하다는 이유로 한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1)

구 지방세법 제282조는 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 등을 면제하고, 연구소 설치 후 4년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고,

구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것) 제228조는 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”에 대해 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에

구 기술개발촉진법(2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것으로 규정하고 있다. 한편,

구 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항에 의하면,

구 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호에서 정하는 기업부설연구소는 구체적으로 일정한 인적ㆍ물적 시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 의미하고,

구 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 제2,

3항에 의하면, 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 법정서류를 첨부하여 교육과학기술부장관으로부터 위임을 받은 협회장에게 제출하여야 하며, 협회장은 위 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

위 관계 법령의 문언 내용과 입법취지 등을 고려해 보면, 구 지방세법 제282조 소정의 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이 반드시 협회장으로부터 인정받은 면적 자체로만 한정된다고 보기는 어렵고, 이 사건과 같이 협회장으로부터 인정받은 면적이 전용부분에 한정되어 있는 경우에는 전용부분의 이용에 필수적인 공용부분 역시 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보는 것이 타당하고, 그에 상응하는 토지부분 역시 그에 포함된다고 봄이 상당하다.

(2) 살피건대, 원고가 협회장으로부터 인정받은 면적 전부가 전용부분인 사실, 이 사건 건축물 중 공용부분이 연구동의 층별 엘리베이터 및 코아 등, 1층 로비, 지하1층 내지 지하3층의 주차장, 식당, 강당, 휴게실, 시험동 지층 기계실 등인 사실은 앞서 본 바와 같은바, 위 전용부분의 정상적인 이용을 위해서는 엘리베이터, 로비, 주차장 등 공용부분의 이용이 필수적이라 할 것이므로 앞서 본 공용면적 2,063㎡ 역시 기업부설연구소용에 직접 사용되고 있다고 보는 것이 타당하고, 사정이 그러한 이상 위 공용면적 2,063㎡에 상응하는 토지부분 역시

구 지방세법 제282조에 정한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 등의 면제대상에 포함된다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.