1. 처분의 경위
가. 원고는 반도체 장비 부품, 제조장치 등의 제작·판매업을 영위하는 법인으로 외국인투자자인 독일의
CS Clean System AG사가 44.12%를, 일본의
Tomoe Shocai사가 9.8%를 각 출자하고 있는 외국인투자촉진법상의 외국인투자기업이다.
나. 원고는 용인시 처인구
포곡읍 금어리 415 외 7필지 7,298㎡ 지상에 연면적 합계 3,257.18㎡의 건축물(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다)을 증축하여 2012. 1. 13. 임시사용승인을 받았다. 원고는 2012. 3. 13. 및 2012. 3. 14., 2012. 4. 23. 이 사건 건축물에 대한 취득신고 및 수정신고를 통하여 증축된 건축물의 취득가액 6,381,518,594원을 과세표준으로 하여 산출된 취득세(가산세 포함) 179,079,930원, 농어촌특별세(가산세 포함) 12,774,170원, 지방교육세(가산세 포함) 10,222,620원 합계 202,076,720원을 신고·납부하고, 이 사건 건축물의 증축에 따라 그 지목이 공장용지로 변경된 용인시 처인구
포곡읍 금어리 420-1외 3필지 3,176㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 대하여 그 취득가액 116,271,800원을 과세표준으로 하여 산출한 지목변경 취득세 2,325,430원, 농어촌특별세 232,540원 합계 2,557,970원을 신고·납부하였다.
다. 원고는 2012. 6. 22. 이 사건 건축물 신축 및 이 사건 토지의 지목변경에 따른 취득은 경기도도세 감면조례 부칙 제3조의 경과규정에 따라 감면대상에 해당한다고 주장하면서 원고가 신고·납부한 이 사건 건축물 및 토지에 대한 세액 중 외국인투자비율에 해당하는 세액에 대한 취득세경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 6. 26. 경기도도세감면조례 제5조 제1호는
조세특례제한법 제121조의2 제1항 제2의2부터
제2의7까지와
같은 항 제3호의 사업에 대하여 적용하는 것으로 규정하고 있고,
조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호에 해당하는 원고의 사업은 거기에 열거되어 있지 않으며 원고가 종전 규정에 의한 조세감면을 신뢰하였다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과하여 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없으므로 지방세감면이 불가하다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
라. 원고는 이에 불복하여 2012. 9. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 11. 원고의 심판청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 14 내지 17호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고는
조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 나목에 따른 고도의 기술이 수반되는 사업을 영위하여 오면서 재정경제부로부터
조세특례제한법 제121조의2규정에 의한 감면대상에 해당한다는 내용의 조세감면 결정을 통보받았으며 실제로 이에 근거하여 피고로부터 공장부지 및 그 지상 공장건물에 대한 취득세등을 감면받기도 하였다. 이에 원고는 개정 전 경기도도세감면조례(2011. 12. 26. 경기도조례 제4295호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종전 조례’라고 한다) 제8조 제1호의 문언에 따라 사업개시일부터 15년간 취득세 면제혜택을 받을 수 있는 것으로 신뢰하여 공장부지상에 건물을 증설하고자 2009. 12. 23. 용인시장으로부터 건물증설승인을 받아 이 사건 건축물을 증축하였고, 경기도도세감면조례(2011. 12. 26. 경기도조례 제4295호로 개정된 것, 이하 ‘개정 조례’라고 한다) 부칙 제3조의 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 특별히 마련한 규정이므로, 원고에게는 위 경과규정에 의하여 종전 조례의 감면규정이 적용되어야 함에도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령
별지 기재와 같다.
다. 인정사실
(1) 재정경제부장관은 2006. 10. 30. 원고에게, 원고가 영위하는 사업이
구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 제1항 제1호에 의한 고도의 기술을 수반하는 사업에 해당하고(현행
조세특례제한법 121조의2 제1항 제1호 나목에 해당한다)
같은 법 시행령 제116조의2에 의한 조세감면의 기준을 충족한다는 이유로 취득세 등에 대한 감면결정을 하였다.
(2) 피고는 2009. 11. 23. 원고의 지방세 감면신청에 대하여
조세특례제한법 제121조의2및 구 경기도도세감면조례(2010. 12. 31. 조례 4116호로 개정되기 전의 것) 제33조에 의하여 외국인투자비율에 해당하는 취득세 및 등록세를 50% 감면하였고, 2012. 5. 4.자 원고의 환급청구에 따라 2012. 5. 11. 나머지 50%의 세액에 대하여도 환급을 해준 일이 있다.
(3) 용인시장은 2009. 10.경 원고에 대하여 용인시 처인구
포곡읍 금어리 415 외 3필지 지상에 기존 공장의 제조시설, 부대시설을 증설하고, 공장용지면적을 확장하는 내용의 증설승인을 하였고, 그 후 3차례의 설계변경을 거쳐 이 사건 건축물이 증축되었다.
(4) 원고는 2010. 5. 1. 및 2011. 2. 28. 이 사건 건축물의 증축을 위한 공사도급계약 및 변경공사도급계약을 각 체결하여 이 사건 건축물을 증축한 후, 2012. 1. 11. 용인시장에게 임시사용승인을 신청하였다.
(5) 한편, 원고의 사업개시일은 2002.경이다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 6 내지 11, 14호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 판단
(1)
조세특례제한법 제121조의2 제1항은 각 호에서 규정하는 사업을 하기 위한 외국인투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는
제2항 내지
제5항 및
제12항이 정하는 바에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면하도록 하고 있고, 위 사업 중 하나로서
같은 항 제1호 나목에서 고도의 기술을 수반하는 사업을 규정하고 있다. 또한,
같은 조 제4항에서는 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로(제1호) 규정하고, 단서에서 지방자치단체가
지방세특례제한법 제4조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다고 규정하고 있다.
그리고, 종전 조례는 제8조 제1호에서
조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 같은 항 단서에 따라 사업개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제한다고 규정하였다가, 개정 조례 제5조 제1호에서
조세특례제한법 제121조의2 제1항 제2의2부터
제2의7까지와
같은 항 제3호의 사업에 대하여 같은 조
제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 사업개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제한다고 규정하여, 조례에 의해 감면기간을 연장받는 대상사업을 한정함으로써 원고가 영위하는 사업인
조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 나목의 고도의 기술을 수반하는 사업은 그 감면기간 연장대상에서 제외되었다. 한편, 종전 조례 부칙 제2조는 종전 조례는 2011. 12. 31.까지 적용한다고 규정하고, 개정 조례 부칙 제1조는 그 시행일을 2012. 1. 1.로 정하면서, 제3조 제1항에서 개정 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.
(2) 개정 조례 부칙 제3조가 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정함으로써 위 개정 조례 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(
대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결,
2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 참조).
(3) 살피건대, 원고가 이미 종전 조례 규정에 따라 조세감면을 받은바 있고, 이 사건 건축물의 증축허가 및 공사도급계약 등의 원인행위가 개정 조례 시행 전에 있었음은 앞서 본 바와 같으나, 위 법리 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 종전 조례 제8조 제1호가 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 정한 규정이라고 볼 수 없다. 따라서 납세의무자인 원고가 개정 조례 시행일인 2012. 1. 1. 이전에 증축에 착수한 이상 비록 그 사용승인이 2012. 1. 1. 이후에 이루어진 경우에도 감면을 받을 수 있다거나 종전 조례에 따라 원고의 사업개시일로부터 15년간은 언제나 감면을 받을 수 있는 것으로 신뢰하였다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다고 할 것이다.
① 종전 조례 부칙 제2조가 그 적용시한을 2011. 12. 31.까지로 한정하고 있는 점에 비추어 같은 조례 제8조 제1호의 규정이 어떠한 경우에도
조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세에 대해 사업개시일로부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제하겠다는 내용으로 보기는 어렵고, 과세요건이 종전 조례의 시행 중에 충족되고, 그 과세요건 충족 시점이 사업개시일로부터 15년 이내라면 감면대상세액의 전액을 면제하겠다는 취지로 해석함이 상당하다.
② 위와 같이 종전 조례 제8조 제1호의 규정이 어떠한 경우에도 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세에 대해 사업개시일로부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제하겠다는 내용으로 볼 수는 없는 이상 개정 조례가 감면기간 연장 대상사업을 한정함으로써 원고가 영위하는 사업인 고도의 기술을 수반하는 사업을 그 대상에서 제외하는 것으로 규정을 개정하였다고 하더라도 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 신뢰가 침해되었다고 볼 수는 없다.
③ 종전 조례는 그 적용시한을 2011. 12. 31.까지로 한정하고 있었고, 조세특례제한법은 제121조의2 제4항 제1호에서 외국인 투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세의 감면기간을 사업개시일로부터 최대 7년으로 정하고 있었던 점에 비추어 원고로서는 종전 조례가 2011. 12. 31.까지 시행되고 그 이후에는 새로이 개정된 조례가 시행될 것이며, 세금의 감면규정도 변경될 수 있음을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 보인다. 또한 원고의 경우 그 사업개시일은 2002.경으로서 이 사건 건축물 증축시 위 조세특례제한법 제121조의2 제4항 제1호에서 정한 취득세 및 재산세의 감면기간은 이미 도과한 상태였다.
④ 원고는 이 사건 건축물을 2011. 8. 31. 무렵에 증축 완료하였다고 스스로 주장하는바, 그 주장에 따른다면 종전 조례 시행 중에 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받아 종전 조례의 적용을 받을 수 있었음에도 스스로 2012. 1. 11.에야 그 임시사용승인신청을 하였다. 비록 개정 조례 부칙 제3조를 법률불소급 원칙에 대한 예외로서 납세의무자에게 불리하게 개정된 개정 조례의 규정을 적용하지 아니하고, 납세의무자에게 유리한 개정 전 조례 규정을 적용한다는 특별규정이라고 볼 수 있다고 하더라도, 이 사건에서 원고는 개정 조례 시행일(2012. 1. 1.) 이후인 2012. 1. 11. 이 사건 건축물의 임시사용승인신청을 하여 2012. 1. 13. 그 승인을 받음에 따라 비로소 과세요건이 발생한 이상 특별한 사정이 없는 한 위 부칙 규정은 적용될 여지가 없다.
(4) 따라서 이 사건 건축물의 증축 및 이 사건 토지의 지목변경에 따른 취득세 부과에 관하여는 개정 조례가 적용되어야 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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