교사도 ‘학교의 교육에 직접 사용’될 수 있음을 전제로 한 것으로서, 교사가 그 목적에 따라 사용되는 경우에는 ‘학교의 교육에 직접 사용’되는 것으로 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 부동산은 사업에 직접 사용되는 부동산에 해당한다고 할 것이므로, 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육을 실시하는 것을 목적으로 하는 비영리법인으로

성균관대학교(이하 ‘이 사건 학교’라고 한다)를 설립하여 운영하고 있다.

나. 원고는 이 사건 학교의 외국인 교수들에게 숙소를 제공하기 위하여 2007. 6. 29. 서울 서대문구

연희동 138-44 지상

지오빌프리미엄 제에이동 제101호 및 제201호를 매수하고 2007. 8. 1. 위 각 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였고, 2007. 10. 30. 위

지오빌프리미엄 제에이동 제301호 및 제401호를 매수하고 2007. 12. 18. 위 각 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다(이하 위 각 부동산을 ‘이 사건 부동산’이라고 한다).

다. 원고는 이 사건 부동산을 취득세ㆍ등록세 비과세 대상으로 신고하였으나, 피고는 이 사건 부동산이 비과세 대상에 해당하지 않는다고 판단하여 2012. 1. 10. 원고에게 이 사건 부동산 중 제101호, 제201호에 대한 취득세 15,971,400원(가산세 6,471,400원 포함), 농어촌특별세 4,791,420원(가산세 1,941,420원 포함), 등록세 16,119,600원(가산세 6,619,600원 포함), 지방교육세 3,033,920원(가산세 1,133,920원 포함), 농어촌특별세 3,223,920원(가산세 1,323,920원 포함), 이 사건 부동산 중 제301호, 제401호에 대한 취득세 15,561,000원(가산세 6,061,000원 포함), 농어촌특별세 4,668,300원(가산세 1,818,300원 포함), 등록세 15,629,400원(가산세 6,129,400원 포함), 지방교육세 2,935,880원(가산세 1,035,880원 포함), 농어촌특별세 3,125,880원(가산세 1,225,880원 포함)을 부과하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2012. 3. 26. 조세심판원에 심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2012. 11. 16. ‘2012. 1. 10.자 부과처분은 가산세를 제외하여 그 세액을 경정한다’는 취지로 결정하였고, 피고는 위 결정에 따라 2012. 1. 10.자 부과처분 중 가산세 부분을 취소하였다(이하 감액 경정된 2012. 1. 10.자 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 부동산은 원고가 학생들에 대한 지도, 강의 및 연구 등을 담당할 외국인 교수의 숙소로 사용하기 위한 것으로서,

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에서 규정한 원고의 목적 사업 자체에 직접 사용하기 위한 부동산에 해당하므로 취득세ㆍ등록세ㆍ지방교육세ㆍ농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다.

또한 서울특별시장은 서울특별시 종로구청장이 부과한 취득세ㆍ등록세 등에 대한 이의신청 절차에서 ‘외국인 교수의 숙소로 사용하기 위한 부동산은 취득세ㆍ등록세 등의 비과세 대상에 해당한다’는 취지로 결정하였는바, 이 사건 처분은 위와 같은 공적인 견해표명에 반하는 처분으로서 신뢰보호의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

구 지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호는 ‘제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하고 등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과하지 않는다’고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하는 것이다(

대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 참조).

살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 고등교육을 실시하기 위한 목적으로 이 사건 학교를 설립하였는바, 학생들에 대한 지도, 강의 및 연구 등을 담당할 교수는 원고의 사업을 영위함에 있어 필요불가결한 존재인 점, ② 우수한 교수를 확보하는 것은 원고의 사업 목적을 달성함에 있어 가장 중요한 요소의 하나이고, 외국인 교수를 확보하는 것은 원고의 국제화 수준을 평가함에 있어 중요한 기준의 하나라고 판단되는 점, ③ 원고는 외국인 교수의 숙소로 사용하기 위한 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였는바, 국내에 연고가 없는 외국인 교수를 유치하기 위해서는 당해 교수에게 숙소를 제공하여야 할 필요성이 인정되는 점, ④ 갑 제5, 12 내지 15호증의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 부동산을 취득할 무렵부터 현재까지 이 사건 부동산을 외국인 교수들의 숙소로 사용하고 있는 것으로 보이는 점, ⑤

사립학교법 제28조 제2항,

사립학교법 시행령 제12조 제1항 제2호는 교사(校舍)가 ‘학교의 교육에 직접 사용’되는 경우 이를 매도 또는 담보에 제공할 수 없다고 규정하고 있고, 대학설립ㆍ운영규정 제4조, [별표 2]는 교수의 주택 또는 아파트는 교사에 포함된다고 규정하고 있는바, 위와 같은 규정들은 교사도 ‘학교의 교육에 직접 사용’될 수 있음을 전제로 한 것으로서, 교사가 그 목적에 따라 사용되는 경우에는 ‘학교의 교육에 직접 사용’되는 것으로 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 이 사건 부동산은 원고의 사업에 직접 사용되는 부동산에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 부동산이 비과세 대상에 해당하지 않는다고 판단한 이 사건 처분은 위법하므로, 원고의 위 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.