부동산 취득에 대하여 취득세를 면제받기 위해서는 부동산을 취득하기 이전에 벤처기업집적시설로 지정을 받아야 하므로, 처분은 적법하다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 1. 9. 설립되어 그로부터 3년 이내인 2008. 4. 28.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 ‘벤처기업육성법’이라 한다) 제25조에 의하여 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업이다.

나. 원고는 2009. 7. 21. 서울 구로구

구로동 103-5 대 284.7㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하면서 이 사건 토지가 원고의 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 해당한다는 이유로

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항에 따라 피고에게 취득세 및 등록세 감면신청을 하였고, 피고는 감면요건에 해당한다고 판단하여 취득세 및 등록세를 면제하였다.

다. 이후 원고는 이 사건 토지 위에 지하 3층, 지상 15층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 2011. 9. 30. 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 피고는 2012. 2. 7. 이 사건 건물의 사용현황을 조사한 결과, 원고가 이 사건 건물의 업무시설 면적(2,164.24㎡) 중 일부(1,684.65㎡)를 다른 업체에 임대하고 있는 사실을 확인하고, 이 사건 토지 중 다른 업체에 임대하고 있는 건물의 부속토지에 해당하는 면적인 221.61㎡{= 284.7㎡ × 77.84%(= 1,684.65㎡/2,164.24㎡ × 100, 소수점 셋째자리 이하는 버림, 이하 같다), 이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다}에 대하여 원고가 그 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분하였다고 판단한 후, 이 사건 토지의 취득가액(19억 원) 중 이 사건 쟁점토지에 해당하는 가액인 1,478,964,902원을 과세표준으로 하여 2012. 7. 10. 원고에 대하여 취득세 37,784,570원(가산세 8,205,280원 포함), 농어촌특별세 3,778,440원, 등록세 37,784,570원(가산세 8,205,280원 포함), 지방교육세 6,965,310원을 결정ㆍ고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2012. 8. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2012. 11. 15. 기각되었다.

바. 피고는 이 사건 소송 계속 중인 2013. 6. 20. 이 사건 건물 2층의 음식점은 원고가 제3자에게 임대한 것이 아니라 직접 운영하고 있는 곳이라는 이유로 취득세 37,784,570원 중 3,176,800원, 농어촌특별세 3,778,440원 중 317,680원, 등록세 37,784,570원 중 3,176,800원, 지방교육세 6,965,310원 중 585,620원을 각 취소하는 감액결정을 하였다{이하 위 감액결정에 따라 감액되고 남은 2012. 7. 10.자 취득세 34,607,770원(= 37,784,570원 - 3,176,800원), 농어촌특별세 3,460,760원(= 3,778,440원 - 317,680원), 등록세 34,607,770원(= 37,784,570원 - 3,176,800원), 지방교육세 6,379,690원(= 6,965,310원 - 585,620원)의 각 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다}.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3, 6, 7, 8, 15 내지 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 처분이 아래와 같은 사유로 위법하다고 주장한다.

1) 첫 번째 주장

원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 이미 원고의 사업 목적에 부동산 임대업이 포함되어 있었으므로, 원고가 이 사건 건물 중 일부를 임대하였다고 하더라도 이 사건 쟁점토지를 원고의 사업에 직접 사용하지 않았다고 볼 수 없다.

또한, 원고는 이 사건 건물을 신축하여 사옥으로 사용할 경우 임대차보증금과 차임을 절약할 수 있고, 절약한 금원으로 더 많은 인원을 고용할 수 있을 것이라는 생각에 이 사건 건물을 신축하기로 하였으나, 원고의 규모와 재정 여건상 이 사건 건물 전체를 사용할 수 없어 부득이 2011. 1. 18. 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받은 후 일부를 벤처기업 등에게 임대하게 된 것이므로, 원고가 이 사건 쟁점토지를 원고의 사업에 직접 사용하지 않거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분한 데에 정당한 사유가 있다.

2) 두 번째 주장

원고는 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받았는바, 원고는 벤처기업집적시설의 사업시행자로서 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 임대할 목적으로 이 사건 토지를 취득하였고, 현재 이 사건 건물은 벤처기업집적시설로서의 요건을 갖추고 있으므로, 피고는 지방세법 제276조 제3항을 적용하여 원고에게 취득세 및 등록세를 면제하여야 한다.

3) 세 번째 주장

원고가 당초

지방세법 제276조 제3항에 따라 취득세 및 등록세를 감면받았다면 이 사건 처분이 이루어지지 않았을 것인 점, 조세특례제한법에 의한 취득세 및 등록세 감면과 지방세법에 의한 취득세 및 등록세 감면은 동일한 효과를 가지는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분은 과세의 형평성, 실질과세의 원칙, 비례의 원칙에 위반된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2009. 11. 5. 피고로부터 이 사건 건물의 신축에 관하여 건축허가를 받고 이 사건 건물을 신축하던 중 2011. 1. 17. 서울특별시장으로부터 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받았다.

2) 원고는 이 사건 건물의 신축공사를 완료한 후 2011. 9. 26. 피고로부터 사용승인을 받고, 2011. 9. 30. 그 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

3) 원고는 2011. 9.경 이 사건 건물이 벤처기업육성법에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로

지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것, 이하 같다) 제58조 제1항에 따라 피고에게 취득세 감면신청을 하였고, 피고는 감면요건에 해당한다고 판단하여 취득세를 면제하였다.

4) 원고는 이 사건 토지를 취득하기 전인 2009. 7. 13. 사업 목적에 부동산 임대업을 추가하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제4, 5, 8, 12, 13, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항은 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 벤처기업으로 확인받은 날로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산 및 그 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 위 취득일 또는 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 않거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다, 이하 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 않고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다.

살피건대, ①

구 조세특례제한법 제6조 제3항은 ‘창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 영위하는 중소기업으로 한다’라고 규정함으로써 창업벤처중소기업의 업종 범위를 제한하고 있는데, 부동산 임대업은 위 규정에서 규정한 창업벤처중소기업의 업종 범위에 해당하지 않는 점, ②

구 조세특례제한법 제119조 제3항,

제120조 제3항은 면제받은 등록세액 및 취득세액을 추징하여야 하는 사유의 하나로 ‘다른 목적으로 사용ㆍ처분하는 경우’를 규정하면서 위 ‘처분’에 ‘임대’가 포함된다고 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 취득하기 전에 원고의 사업 목적에 부동산 임대업이 포함되어 있었다고 하더라도 그러한 사정만으로는 원고가 이 사건 건물 중 일부를 임대한 것이 ‘창업벤처중소기업이 당해 재산을 당해 사업에 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분하는 경우’에 해당하지 않는다고 할 수 없다.

또한,

구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항에서 말하는 '정당한 사유'란 그 취득 재산을 해당 사업에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 재산을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당 사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 재산의 취득자가 그 자체의 자금 사정이나 수익상의 문제 등으로 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분한 경우는 이에 포함되지 아니한다고 할 것인바(

대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두9978 판결,

대법원 2013. 3. 28. 선고 2012두14620 판결 등 참조), 원고가 주장하는 사유는 그 자체로 원고의 자금 사정이나 수익상의 문제 등에 해당할 뿐 행정관청의 사용 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유나 내부적으로 그 재산을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당 사업에 사용할 수 없는 경우에 해당하지 않고, 달리 원고에게 이 사건 건물을 해당 사업에 사용할 수 없었던 외부적인 사유나 기타 객관적인 사유가 있었다고 인정할 증거가 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

가) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거가 둘 이상 존재하고, 그 중 어느 하나의 규정에 따라 감면이 이루어진 후 추징처분이 이루어진 경우 그 추징처분이 위법한지 여부는 당초 감면결정의 근거가 된 감면규정에 종속하는 추징규정에 따라 판단되어야 하고, 당초 감면결정의 근거가 되지 않은 다른 감면규정에 종속하는 추징규정은 적용되지 않는다고 할 것이다.

살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가

구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항에 따라 취득세 및 등록세를 감면받았다가 위 각 규정에 따라 추징처분인 이 사건 처분을 받았고, 위 각 규정에서 정한 추징사유가 인정되는 이상 이 사건 처분은 적법하다.

나) 설령 원고에게

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제3항이 적용될 수 있다고 하더라도 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 위 규정은 건물에 대하여 벤처기업집적시설 지정을 받은 후 부동산을 취득하는 경우에 적용된다고 봄이 상당하므로, 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받지 않은 원고는 위 규정에 의한 취득세 및 등록세 면제대상에 해당되지 않는다고 할 것이다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.

②

구 지방세법 제276조 제3항은 ‘벤처기업육성법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’고 규정함으로써 그 주체를 ‘벤처기업집적시설의 사업시행자’로 정하고 있으므로, 위 규정에 따라 부동산 취득에 대하여 취득세와 등록세를 면제받기 위하여는 그 부동산의 취득 이전에 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정되어 있을 것이 요구된다고 할 것이다.

③ 지방세법이 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전면 개정됨에 따라 지방세 비과세 및 감면 규정은 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 지방세특례제한법으로 통합되었는데,

구 지방세법 제276조 제3항과 동일한 취지의

지방세특례제한법 제58조 제2항은 ‘벤처기업육성법에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 (중략) 취득세를 면제한다’라고 규정함으로써, 위 규정에 따라 부동산 취득에 대하여 취득세를 면제받기 위해서는 부동산을 취득하기 이전에 벤처기업집적시설로 지정을 받아야 한다는 점을 명확히 하였다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 관하여

살피건대, 앞서 본 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 자신의 판단에 따라

구 지방세법 제276조 제3항이 아니라

구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항을 근거 규정으로 하여 취득세 및 등록세 감면신청을 한 후 취득세 및 등록세를 면제받은 점, ② 원고는

구 지방세법 제276조 제3항에 의한 취득세 및 등록세 면제대상에 해당되지 않는 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 이 사건 처분이 과세의 형평성, 실질과세의 원칙, 비례의 원칙에 위반된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.