1. 처분의 경위
가. 원고는 2005. 1. 6. 의료기관의 설치운영, 노인성 질환과 만성질환자의 치료 및 요양 등을 목적으로 설립된 의료법인이다.
나. 원고는
원고 대표자 김재택의 처인
이정아로부터, 2006. 12. 18. 전남 화순군
화순읍 교리 249 대 1,244㎡ 및 그 지상 지하 1층, 지상 4층 규모의 근린생활시설(이하 ‘제1부동산’이라고 한다)을 출연받아 2006. 12. 20. 소유권이전등기를 마쳤고, 2008. 12. 3. 전남 화순군
화순읍 교리 249-4 답 1,285㎡(이하 ‘제2부동산’이라고 한다)을 출연받아 2008. 12. 11. 소유권이전등기를 마쳤다.
다. 원고가 제1, 2부동산에 관한 취득세 등의 감면신청을 하자, 피고는 제1, 2부동산이
구 지방세법(2007. 12. 31. 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제287조 제2항에서 정한 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 취득세 등을 면제하였다.
라. 그런데 피고가 2011. 10. 25. 전라남도와 공동으로 원고에 대한 세무조사결과 원고가 제1, 2부동산을 그 취득일부터 1년내에 의료업에 직접 사용하지 아니하였다고 보고,
구 지방세법 제287조 제2항 단서에 따라 2012. 2. 6. 원고에게 취득세 62,018,760원, 농어촌특별세 6,201,860원, 등록세 46,514,060원, 지방교육세 8,725,880원을 추징하였다(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다).
마. 한편 원고는 2011. 2. 9. 제2부동산 지상에 지하 1층, 지상 3층 규모의 건물 1,837.08㎡(이하 ‘제3부동산’이라고 한다)를 신축하고, 2011. 11. 8.
노인복지법 제31조 제2호에서 정한 노인의료복지시설인 현대노인요양원을 개원하였다.
바. 원고가
구 지방세법 제287조 제2항에 따라 제3부동산에 관한 취득세 등의 감면신청을 하자, 피고는 2012. 2. 6. 원고에게
구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라고 한다) 제20조 제2호에 따라 취득세의 50%를 감면하여 취득세 33,749,840원, 농어촌특별세 2,410,700원, 지방교육세 1,779,980원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 한다).
사. 원고는 이 사건 제1, 2처분에 대하여 이의신청 절차를 거친 다음 2012. 9. 6. 조세심판원에 행정심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2012. 12. 4. 원고의 청구를 기각하였다.
[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 24호증, 을 제4, 5호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
이 사건 제1, 2처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.
1) 원고는 전남 화순군
화순읍 교리 238-2에서
화순현대요양병원(이하 ‘기존 병원’이라고 한다)을 운영하고 있는데, 기존 병원의 주차장이 부족하여 제1부동산 중 주차장 부분과 나대지인 제2부동산을 출연받아 기존 병원을 위한 주차장으로 사용하였으므로, 제1부동산 중 주차장 부분과 제2부동산은 기존 병원을 위한 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다.
2) 원고는 2006. 12. 18. 근린생활시설인 제1부동산을 증축 및 용도변경하여 병원으로 사용하기 위하여 위 부동산을 출연받았는데, 제1부동산에 대한 임차인들의 임대차계약기간이 2007. 11. 30.까지 연장된 상태이고, 일부 임차인들은 위 임대차계약기간 만료 후에도 그 임차 부분의 명도를 거절하는 등 건물명도가 예상대로 이루어지지 않았다. 이러한 상황에서 원고는 임차인들을 상대로 명도소송을 제기하고, 2007. 10. 31. 증축 및 용도변경 관련 계약을 체결하는 등 정상적인 노력을 다하였으므로 제1부동산을 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다.
3) 원고는
노인복지법 제31조 제2호에서 정한 노인의료복지시설을 운영하기 위하여 제3부동산을 취득하였고, 노인의료복지시설은
의료법 제49조 제1항 제3호에 의하여 의료기관이 할 수 있는 부대사업에 해당하므로, 제3부동산도 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 인정 사실
1) 원고는 2006. 11. 13. 이사회를 개최하여
이정아로부터 제1, 2부동산을 출연받아 제1부동산 중 주차장 부분과 제2부동산을 기존 병원의 주차장으로 사용하고, 제1부동산 중 건물 부분을 증축 및 용도변경하여 병원으로 사용하기 위한 절차를 진행하기로 결의하였다.
2)
이정아는 2006. 12. 18. 원고에게 음식점, 노래연습장 등으로 사용되고 있던 제1부동산을 출연하였는데, 당시 제1부동산에는
이정아와 다음과 같은 내용으로 임대차계약을 체결한 임차인들이 있었다. 위 각 임대차계약 당시 "임대차계약기간 만료에 따른 재계약은 계약기간 만료 2개월 전까지 상대방에게 의사표시를 하여야 하며 쌍방의 의사표시가 없는 경우에는 계약기간의 정함이 없는 계약으로 간주하고 그 기간 중에는 상대방에게 1개월 전에 통보하여 계약을 해지할 수 있다"고 약정하였다.
3) 원고는 2007. 10. 29. 위 임차인들에게 임대차계약기간 만료를 이유로 임차목적물을 명도하라고 통보하였는데, 임차인
조관종,
박종화(이하 ‘
조관종 등’이라고 한다)가 명도를 거부하였다. 그러자 원고는 3회에 걸쳐 명도를 촉구하다가 2008. 5. 16.
조관종 등을 상대로
광주지방법원 2008가단41123호로 건물명도 등 청구소송을 제기하여 위 법원의 화해권고결정에 따라 2008. 9. 10.
조관종 등으로부터 각 임차목적물을 명도받았다.
4) 원고는 2007. 10. 31. 건축사 양주영과 사이에 제1부동산 중 건물 부분에 대한 증축 및 용도변경 공사에 대한 설계 및 감리계약을 체결하고, 2008. 6. 27. 피고로부터 증축 및 용도변경허가{지하 1층과 지상 1, 2층의 용도를 제1종 근린생활시설(의원)으로 변경, 지상 3, 4층의 용도를 의료시설(병원)으로 변경, 지상 5층을 198.51㎡ 증축}를 받았다. 이어서 원고는 2009. 2. 23. 증축 및 용도변경공사에 착수하여 2009. 10. 9. 사용승인을 받은 다음 현재 '
화순요양병원'(이하 '신규 병원'이라고 한다)으로 사용하고 있다. 그리고 원고는 2010. 4. 14. 피고로부터 제3부동산에 대한 건축허가를 받아 신축한 다음 2011. 2. 9. 사용승인을 받아 현재 '현대노인요양원'으로 사용하고 있다.
5) 제1부동산과 기존 병원 사이에 왕복 4차선의 도로가 있고 횡단보도를 이용하는 경우 거리상으로 170m가량 떨어져 있다. 제1부동산 중 주차장 부분에는 건물 앞쪽으로 약 10대, 뒤쪽으로 약 10대의 주차가 가능하다. 제1부동산 중 토지와 제2부동산은 접하여 있는데, 현재 제2부동산에 주차 가능한 대수는 10 ~ 15대이다(제2부동산은 2008. 12.경 출연 당시에는 나대지 상태이었는데, 2011. 2.경 그 지상에 제3부동산을 신축하고 현재와 같은 주차장을 설치한 것으로 보인다).
6) 피고는 2008. 11. 1.부터 2011. 2. 28.까지 기존 병원 바로 앞에 승용차 37대의 주차가 가능한 공용 무료주차장을 운영하였다.
[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제3 내지 23호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 이 법원의 현장검증결과, 변론 전체의 취지
라. 판단
1) 원고의 첫째 주장에 대하여
위 인정 사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면 원고가 제1부동산 중 주차장 부분과 제2부동산을 기존 병원의 주차장으로 사용하였다고 보기 어려우므로 원고의 위 주장은 이유 없다.
가) 제1부동산 중 주차장 부분에 관하여
원고는 2008. 9. 10.까지 제1부동산에 대한 임차인들로부터 임차목적물을 전부 명도받았고 그 이전에는 제1부동산에 대한 임차인들이 임차목적물에서 영업활동을 계속하였으므로 위 임차인들과 손님들이 제1부동산 중 주차장 부분을 임차목적물의 주차장으로 이용하였을 것으로 보이고, 원고가 제1부동산 중 주차장 부분을 기존 병원의 주차장으로 사용하기 위하여 따로 주차장 시설 공사를 하거나 제1부동산이나 기존 병원에 주차장 안내판 등을 설치하였다는 자료도 없다.
나) 제2부동산에 관하여
원고는 2008. 12.경 나대지 상태의 제2부동산을 출연받아 2011. 2.경 그 지상에 제3부동산을 신축하고 현재와 같은 주차장을 설치한 것으로 보이고, 피고가 2008. 11. 1.부터 2011. 2. 28.까지 기존 병원 바로 앞에 공용 무료주차장(제2부동산보다 훨씬 편리한 위치이다)을 운영하였으며, 제2부동산에 관하여 원고가 기존 병원의 주차장으로 사용하기 위하여 따로 주차장 시설 공사를 하거나 주차장 안내판 등을 설치하였다는 자료도 없다.
2) 원고의 둘째 주장에 대하여
가)
구 지방세법 제287조 제2항은 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하되, 취득일부터 1년 안에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 의료업에 직접 사용한다는 의미는 당해 부동산의 사용용도가 의료법인의 의료업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 하고, 부동산을 취득하여 의료업에 사용하기 위하여 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 부동산을 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하고(
대법원 1994. 10. 28. 선고 94누224 판결,
2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 등 참조), 같은 항에서 정한 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애 사유 및 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(
대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결,
2005. 1. 27. 선고 2003두10213 판결 등 참조).
나) 살피건대, 원고가 2006. 12. 18. 제1부동산 중 건물 부분을 증축 및 용도변경하여 병원으로 사용하기 위하여 위 부동산을 출연받은 후 2007. 10. 31. 건축사 양주영과 사이에 제1부동산 중 건물 부분에 대한 증축 및 용도변경 공사에 대한 설계 및 감리계약을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같으나 설계 및 감리계약을 체결한 것만으로는 원고가 위 부동산을 의료업 자체에 직접 사용하였다고 보기 어렵다.
나아가, 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부에 관하여 살피건대, 위 인정 사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고가 제1부동산을 출연받은 2006. 12. 18. 당시
조관종을 제외한 5명의 임차인들의 임대차계약기간이 2006. 11. 30.로 만료된 상태였고, 계약기간이 만료된 경우 별도의 의사표시가 없는 경우 계약기간의 정함이 없는 계약으로 간주되어 그 기간 중에는 1개월 전에 통보하여 계약을 해지할 수 있음에도, 원고는 그로부터 약 10개월이 지난 2007. 10. 29.에야 계약 해지 및 임차목적물의 명도를 요구하기 시작하고, 위 5명의 임차인들 중 명도를 거부한
박종화에 대하여 2008. 5. 16.에야 건물명도 등 청구소송을 제기하였던 점, ②
조관종의 경우 임대차계약기간이 2005. 12. 1.부터 2007. 11. 30.까지이지만 이는 원고가 제1부동산을 출연받을 당시 이미 알고 있었던 점, ③ 원고가 제1부동산 취득일로부터 약 10개월이 지나서야 제1부동산 중 건물 부분에 대한 증축 및 용도변경 공사에 대한 설계 및 감리계약을 체결하고, 그로부터 다시 약 1년 4개월이 지나서야 비로소 증축 및 용도변경공사에 착수한 사정만으로는 원고가 제1부동산을 목적 사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 제1부동산의 취득일부터 1년 내에 의료업에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3) 원고의 셋째 주장에 대하여
가)
구 지방세법 제287조 제2항은 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하는바, 원고가 노인요양시설인 제3부동산을 신축하여 이를 운영하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같으나, 의료법은
제3조에서 ‘의료업’을 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 하는 의료·조산의 업이라고 정의하고 있고, ‘의료기관’으로 의원, 치과의원, 한의원, 조산원, 병원, 치과병원, 한방병원, 요양병원, 종합병원을 열거하고 있을 뿐인 점, 노인요양시설은 노인복지법 제34조의 노인의료복지시설의 하나로서 노인복지법에 의하여 규율되는 것이고, 의료법은
제49조 제1항 제3호에서 노인의료복지시설의 설치·운영을 ‘의료업무 외에 부대사업’으로 운영할 수 있다고 정하고 있는 점, 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)은 의료법인 등에 대한 과세특례(
제38조)와 별도로
제20조에서 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세를 변제 또는 경감하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 보면 노인요양시설의 운영을 의료업이라고 볼 수 없다고 할 것이니, 원고가 노인요양시설을 건립하여 운영하고 있는 제3부동산이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라는 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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