당초 구 지방세법 제282조 규정에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 취득세 등을 면제받았으나 취득일로부터 4년 이내에 한국산업기술협회장으로부터 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 제2, 3항소정의 ‘기업부설연구소인정서’를 교부받지 못하였다면 취득세 등은 추징되는 것이 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차 수입 및 수출업 등을 목적으로 설립된 법인인바, 2006. 6. 27.

화성시 북양동 75-24 임야 4,463㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하고 같은 해 12. 28. 그 지상에 건축물 1,174.59㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 함께 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)를 신축하였다.

나. 원고는 이 사건 각 부동산의 취득과 관련하여, 2007. 3.경 이 사건 건물 중 861.2㎡와 그 부속토지 3,272㎡(이하 ‘사용예정 부동산’이라 한다)에 관하여는

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조 규정에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 취득세 등을 면제받았고, 나머지 토지 및 건물 부분에 대하여만 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다.

다. 그 후 피고는 2011. 10. 28.경 이 사건 각 부동산에 대한 현지조사 결과 사용예정 부동산 중 2007. 3.경

한국산업기술협회장(이하 ‘협회장’이라 약칭한다)으로부터 인정받은 143㎡를 제외한 718.2㎡ 및 그 부속토지 2,728㎡(이하 ‘이 사건 쟁점부동산’이라 한다)에 관하여 그 취득일로부터 4년 이내에 협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받지 못하였음을 확인하고, 2012. 4. 9. 원고에게, 이 사건 쟁점부동산 취득과 관련하여 면제되었던 취득세 38,365,900원, 농어촌특별세 3,836,540원, 등록세 32,045,280원, 지방교육세 5,927,650원, 재산세 36,404,470원, 공동시설세 52,870원, 지방교육세 7,280,860원을 각 부과(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2012. 5. 22. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 같은 해 9. 17. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 쟁점부동산에 대하여 협회장으로부터

기술개발촉진법 시행규칙 제7조 제2,

3항소정의 ‘기업부설연구소인정서’를 교부받지 못한 것은 사실이나, 협회장이 2009. 3.경 이미 이 사건 쟁점부동산이 기업부설연구소로 사용되고 있다는 사실을 실질적으로 인정하였으므로 위 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 조세의 감면에 관한 규정은 조세의 부과ㆍ징수의 요건이나 절차와 직접 관련되는 것은 아니지만, 조세란 공공경비를 국민에게 강제적으로 배분하는 것으로서 납세의무자 상호간에는 조세의 전가관계가 있으므로 특정인이나 특정계층에 대하여 정당한 이유 없이 조세감면의 우대조치를 하는 것은 특정한 납세자군이 조세의 부담을 다른 납세자군의 부담으로 떠맡기는 것에 다름 아니므로 조세감면의 근거 역시 법률로 정하여야만 하는 것이 국민주권주의나 법치주의의 원리에 부응하는 것이다. 그런데, 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다(

헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2 결정 참조). 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(

대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

구 지방세법 제282조는"대통령령이 정하는 기업부설연구소"용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 등을 면제하고, 연구소 설치 후 4년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고,

구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것) 제228조는"대통령령이 정하는 기업부설연구소"를 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에

구 기술개발촉진법(2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서

교육과학기술부장관의 인정을 받은 것으로 규정하고 있다. 한편,

구 기술개발촉진법 시행령(2011. 6. 24. 대통령령 제22977호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항에 의하면,

구 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호에서 정하는 기업부설 연구소는 구체적으로 일정한 인적ㆍ물적 시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서

교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 의미하고,

구 기술개발촉진법 시행규칙(2011. 11. 25. 지식경제부령 214호로 폐지되기 전의 것) 제7조 제2, 3항에 의하면, 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 법정서류를 첨부하여

교육과학기술부장관으로부터 위임을 받은 협회장에게 제출하여야 하고, 협회장은 위 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

2) 살피건대, 위 각 법령규정과 갑 제3 내지 11호증, 을 제4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 등 면제에 관련된 각 법령규정들은 핵심 산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업을 지원하기 위한 목적으로 일정한 인적ㆍ물적 시설을 갖춘 기업부설 연구소를 설립하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 정책적으로 그 취득세 등을 면제하여 주는 전형적인 조세감면규정의 하나라고 할 것인데, 위 각 규정들에 의하면,"4년 이내에 연구인력ㆍ시설 등 일정한 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발 전담부서를 설립ㆍ신고하여 협회장으로부터 기업부설연구소로 인정"을 받지 않을 경우 면제받은 취득세 등을 추징하되, 협회장은 신고받은 시설을 기업부설연구소로 인정하는 때에는 기업부설연구소인정서를 교부하도록 하고 있으므로, 결국 면제받은 취득세 등이 추징되지 않으려면 취득 후 4년 이내에 법령이 요구하는 기업부설연구소 설립기준을 갖추어 협회장으로부터 인정서를 교부받는 절차가 필요할 것으로 보이는 점, ② 그런데 원고는 2009. 3. 30. 협회장에게 이 사건 쟁점부동산을 포함하여 이 사건 건축물 중 1036.2㎡ 및 그 부지에 대하여 기업부설연구소로 인정받기 위한 변경신고를 하였으나 같은 해 6. 12. 위 신고가 반려되었고, 달리 위 쟁점부동산에 대하여 그 취득일인 2006. 12. 28.경부터 4년 이내에 협회장의 기업부설연구소인정서가 교부된 적은 없는 점, ③ 가사 원고의 주장과 같이 협회장으로부터 기업부설연구소인정서를 교부받지 않더라도 실질적으로 협회장이 이 사건 쟁점부동산을 기업부설연구소로 인정한 때에는 추징요건에 해당하지 않는 것으로 본다 하더라도, 갑 제4 내지 11호증의 각 기재만으로는, 협회장이 2009. 3. 30. 원고로부터 신고를 받은 후 5차례에 걸쳐 보완을 요구한 다음 같은 해 5. 12.경 현지확인 후 원고에게 신고한 면적 중 이 사건 쟁점부동산 이외의 부분을 제외하여 보완ㆍ접수할 것을 안내한 사실이 인정될 뿐, 나아가 협회장이 위 쟁점부동산에 대하여 기업부설연구소임을 실질적ㆍ확정적으로 인정하였다고 보기는 어렵고(원고가 위 보완요구에 따라 위 쟁점부동산에 대하여만 수정신고를 하였다 하더라도 그에 대하여 기업부설연구소로 인정할 것인지 여부는 여전히 협회장의 판단사항일 뿐만 아니라, 실제로 원고가 2011. 11. 9. 수정신고를 하자, 협회장은 같은 달 17. 현지확인을 통해 위 쟁점부동산의 면적과 연구내용 등을 다시 확인한 다음 같은 달 22. 인정서를 교부하였다), 달리 이를 인정할 만한 자료가 없는 점, ④ 원고는 이미 위 쟁점부동산을 포함한 부동산 부분에 대한 신고가 있었음에도, 협회장이 기업부설연구소로 인정되는 일부 부분에 대하여도 인정서를 교부하지 않았는바, 위와 같은 인정서 교부의 해태로 인하여 원고가 취득세 등을 추징받게 되는 것은 부당하다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 협회장이 위 신고 당시 위 쟁점부동산이 기업부설연구소임을 인정하였다고 보기는 어려울 뿐만 아니라, 원고가 피고로부터 위와 같은 보완접수를 안내받은 후 반려처분을 받은 것은 2009. 6. 12.이므로 원고는 위 쟁점부동산을 취득한 지 4년이 되는 2010. 12. 28.경까지 약 1년 6개월간 위 쟁점부동산에 대하여 수정신고를 할 수 있었음에도 불구하고 그로부터 10여 개월이 경과한 2011. 11. 9.에서야 비로소 위 보완접수 안내에 따른 수정신고를 하였는바, 원고가 취득세 등을 추징받게 된 것이 피고의 귀책사유에 의한 것이라고는 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 지방세법 등 관련법령상 이 사건 쟁점부동산에 대한 취득세 등 추징요건이 갖추어졌다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.