1. 피고의 상고에 대한 판단

「지방세법」제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다 ( 대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결, 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 등 참조).

원심판결 이유에 의하면 원심은, 호원대학교를 경영하는 학교법인인 원고가 총장이 거주할 관사로 사용하기 위하여 이 사건 제3부동산을 취득한 후 실제로 총장이 그곳에 거주하면서 각종 업무를 보고 있는 사실을 인정한 다음, 총장이 원고 산하 대학교의 목적사업을 수행하는 데에 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 점 등에 비추어 보면, 이는 원고가 그 목적사업에 직접 사용하는 경우에 해당하는 것으로 보아야 한다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 소정의 ‘그 사업에 사용’되는 범위에 관한 법리 등을 오해한 위법이 없다.

2. 원고의 부대상고에 대한 판단

「지방세법」제107조와 제127조 제1항은 취득세 중과세대상이 되는 같은 법 제112조 제2항 제3호 소정의 ‘고급주택’에 대하여는 취득세(등록세) 비과세규정을 적용하지 아니한다고 규정하고, 「지방세법」제112조 제2항 제3호는 주거용 건축물(고급주택)을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우에는 고급주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우’라고 함은 단순히 건축물의 용도변경신고를 하거나 사업계획승인신청을 한 것만으로는 부족하고 구체적으로 용도변경공사에 착공한 것으로 볼 수 있을만한 건축행위가 이루어진 시점을 의미하는 것으로 보아야 한다.

원심이 같은 취지에서, 원고가 ‘고급주택’에 해당하는 이 사건 제1, 2부동산을 취득한 날로부터 30일 이내에 건축물 용도변경신청을 하고 유치원설립계획승인신청을 하였다고 하더라도 용도변경공사를 위한 도급계약을 체결한 것은 그로부터 90여 일이 경과한 때이고 실제로 공사에 착공한 것은 다시 그때부터 50일 정도가 경과한 후라면 이는 취득한 날로부터 30일 이내에 용도변경공사에 착공한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 취득세(등록세) 비과세대상에서 제외되는 ‘고급주택’의 범위에 관한 법리 등을 오해한 위법이 없다.

따라서 원고가 이 사건 제1, 2부동산의 취득 당시에 유치원의 설립인가를 받지 못하여 ‘비영리사업자’의 요건을 갖춘 것으로 인정할 수 없다는 원심의 판단 부분이 다소 적절하지 못하다고 하더라도, 이 사건 제1, 2부동산이 ‘고급주택’에 해당하는 이상 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 소정의 비과세규정을 적용할 수는 없는 것이므로 원심의 판단은 결론에 있어서 결국 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 부대상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그러므로 상고 및 부대상고를 각 기각하고, 상고 및 부대상고비용은 각자가 부담하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-광주고등법원 2004. 10. 6. 선고 2004나4569 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 원고 및 피고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 각자의 부담으로 한다.

【이유】

1. 기초사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 6, 갑 제 3호증의 1 내지 7, 갑 제4호증의 1 내지 3, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제9호증, 갑 제10호증, 을 제3호증의 3의 각 기재, 제1심 증인 이민희의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1977.10.20. 고등교육을 실시함을 목적으로 설립된 비영리학교법인으로 호원대학교를 운영하고 있다.

나. 원고는 산하 부속유치원으로 사용하기 위하여 2003.3.20. 별지 기재 제1 부동산의 소유권을, 2003.4.30. 같은 기재 제2 부동산의 소유권을 각 취득하였고, 호원대학교 총장관사로 사용하기 위하여 2003.5.16. 같은 기재 제3 부동산(이하 별지 기재 제1 내지 3의 각 부동산을 ‘이 사건 제1 내지 제3 각 부동산’이라 한다)의 소유권을 취득하여, 이 사건 제1, 2 부동산은 2004.3.부터 유치원 원사로, 이 사건 제3 부동산은 호원대학교 총장관사로 사용하여 오고 있다.

다. 원고는 이 사건 각 부동산의 소유권을 취득하면서 피고의 사무처리를 위임받은 소외 군산시에 취득세 및 등록세로, 2003.3.20. 이 사건 제1 부동산에 관하여 64,240,000원을, 2003.4.30. 이 사건 제2 부동산에 관하여 3,884,000원을, 2003.5.16. 이 사건 제3 부동산에 관하여 10,440,000원을 각 자진신고 납부하였다.

라. 원고는 2003.4.3. 이 사건 제1 부동산 중 일부에 관하여 주용도를 교육연구 및 복지시설(유치원)로 용도변경을 신고하여 신고필증을 교부받았고, 2003.5.27. 사립유치원 설립계획승인을 받은 다음 2003.7.25. 이 사건 제1 부동산 중 건물에 관하여 용도변경공사를 시작하였으며, 2003.11.4. 용도변경사용승인을 받은 후 2003.11.7. 사립유치원설립인가를 받았다.

2. 당사자의 주장 및 이에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

원고는 「지방세법」제107조 및 제127조가 규정하는 비영리사업자이고, 위 각 조항에 따르면 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에는 취득세 및 등록세가 비과세 되는데, 원고는 이 사건 각 부동산을 원고의 사업목적에 따라 사용할 의도로 취득하면서 이와 같은 규정을 모르고 각 취득세 및 등록세를 자진신고 납부하였으므로 이는 당연무효인 것이어서 피고는 원고가 납부한 위 취득세 및 등록세를 부당이득으로 반환하여야 한다.

나. 판단

(1) 취득세 및 등록세는 신고납세의 방식에 의한 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의해 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이다. 따라서 이러한 신고납세 방식의 조세에 있어서는 납세의무자의 신고행위에 중대하고도 명백한 하자가 있을 경우 당연무효로 되어, 지방자치단체는 그 납부받은 조세를 납세자에게 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

(2) 관련법령의 규정

지방세법(2003.7.29. 법률 제6956호로 개정되기 전의 것을 가리키고, 이하 ‘법’이라 한다) 제107조는 ‘다음 각호의 1에 해당하는 것( 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.’고 규정하고, 제1호는 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정한 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’을 규정하고 있다.

한편 법 제112조 제2항은 취득세의 중과세 대상으로서 제3호에서 ‘고급주택’을, 그에 해당하는 것으로 규정하고, 제3호 단서에서 ‘다만 주거용 건축물을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.

법 제127조는 등록세에 관하여 위 107조와 마찬가지로 규정하고 있다.

(3) 먼저, 이 사건 제1, 2 각 부동산과 관련하여 원고가 법 소정의 비영리사업자에 해당하는지에 관하여 살펴본다.

법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조는 법 제107조 제1호에서 규정한 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"로서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 규정하고 있고, 초·중등교육법 제4조 제2항은 사립학교를 설립하고자 하는 자는 특별시·광역시 또는 도 교육감의 인가를 받아야 하는 것으로 규정하고 있는바, 이를 종합하면, 유치원의 설립자가 유치원 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하여 등기하는 경우에 취득세와 등록세를 면제받기 위하여는, 그 등기명의자가 초·중등교육법에 따른 유치원의 설립자로 인가받은 자이어야 하고, 당해 부동산의 등기가 유치원 사업에 사용하기 위한 것이어야 하며, 이와 같은 요건의 충족 여부는 그 조세채무의 성립시기인 등기시를 기준으로 하여야 할 것인바, 원고가 이 사건 제1, 2 부동산을 취득한 후에야 유치원설립인가를 받은 사실은 위에서 본 바와 같으므로, 원고를 법 소정의 비영리사업자라 할 수 없다(원고는 이미 교육부로부터 법인설립허가를 받아 사업자등록을 마친 법인이므로 법 소정의 비영리사업자에 해당한다고 주장하나, 법 시행령 제79조의 ‘학교를 경영하는 자’는 취득세 등 부과대상이 되는 당해 학교를 경영하는 자를 의미하는 것으로 해석하여야 할 것이므로 원고가 호원대학교를 운영하고 있다고 하더라도 원고를 위 법 소정의 ‘학교를 경영하는 자’로 볼 수는 없다).

가사 ‘학교를 경영하는 자’의 범위를 확대하여 ‘학교를 경영하고자 하는 자’까지 포함하는 것으로 해석하여 원고가 위 법 소정의 비영리사업자에 해당하는 것으로 본다고 하더라도, 이 사건 제1, 2 부동산이 법 제112조 제2항 제3호에서 규정하는 고급주택에 해당하는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 원고의 위 각 부동산 취득행위는 비과세대상이 아니라고 할 것이어서 원고의 이 부분 주장은 결국 이유 없다.

한편, 원고는 이 사건 제1 부동산 중 29-2 대지 및 건물에 대하여는 취득 후 30일 전인 2003.4.3. 용도변경을 신고하여 신고필증을 교부받았고, 2003.5.27.에는 사립유치원 설립계획 승인을 얻었으므로 「지방세법」제112조 제2항 제3호 단서의 ‘주거용 건축물을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우’에 해당하여 비과세대상이라는 취지로 주장하나, 용도변경을 신청하였다거나, 유치원설립계획 승인을 얻은 사실만으로는 ‘용도변경공사에 착공하는 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

결국, 이 사건 제1, 2 부동산의 취득으로 인한 취득세 및 등록세는 비과세대상이 아니므로 비과세대상임을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유없다.

(4) 마지막으로, 이 사건 제3 부동산 취득과 관련하여 원고의 취득세 및 등록세의 신고행위가 중대하고도 명백한 하자가 있어 당연무효인지에 관하여 살펴본다.

위 부동산은 원고가 산하 호원대학교 총장관사로 사용할 목적으로 취득하여 그 용도로 사용하고 있는 사실은 위에서 본 바와 같고, 위 부동산과 관련해서는 원고는 ‘학교를 경영하는 자’로서 법이 정하는 비영리사업자라 할 것인바, 원고가 이 사건 제3 부동산을 호원대학교 총장 관사로 사용할 목적으로 취득한 것은 법 제107조 제1호( 제127조 제1항 1호)가 정하는 ‘비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’에 해당한다고 할 것이므로 법 제107조 및 제127조의 규정에 의하여 위 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세는 비과세대상이라 할 것이며, 한편, 원고가 위 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세가 모두 비과세대상임에도 이를 자진신고 납부하였다면 이는 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 규정을 모르고 납부한 것으로 보여지는바, 원고가 위 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세가 비과세대상임을 모르고 이를 자진신고 납부하였다면, 원고의 이러한 신고행위는 그 하자가 중대하고도 명백하다 볼 수 있어 당연 무효라고 할 것이다.

이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 제3 부동산을 호원대학교의 총장관사로 사용함은 원고의 사업목적에 직접 사용하는 것이 아니라고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 원고는 ‘학교를 경영하는 자’로서, ‘학교를 경영’함에는 비단 학생들의 교육뿐만 아니라, 학교의 유지·관리·운영 등의 사항을 함께 포함한다고 할 것이고, 호원대학교의 운영 등과 관련하여 원고가 총장 관사를 취득, 유지하는 것은 우수한 총장을 유치하기 위한 나름대로의 필요가 있는 것이므로 원고의 이러한 총장 관사의 취득이 원고의 사업목적에 직접 사용하는 것이 아니라는 피고의 위 주장은 이유 없다.

따라서 피고는 원고가 이 사건 제3 부동산에 관하여 자진신고 납부한 취득세 및 등록세를 법률상 원인 없이 이득하였고, 원고는 이로 인하여 손해를 입었다고 할 것이므로 피고는 원고에게 부당이득으로서 원고가 위 부동산을 취득하고서 납부한 취득세 및 등록세 합계 10,440,000원과 이에 대한 지연손해금을 반환할 의무가 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 이 사건 제1, 2 각 부동산에 관한 취득세, 등록세 납부로 인한 부당이득금반환청구는 이유 없어 이를 기각하고, 이 사건 제3 부동산에 관한 취득세, 등록세 납부로 인한 부당이득금반환청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고 및 피고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-전주지방법원 2004. 5. 14. 선고 2003가단28554 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 피고는 원고에게 10,440,000원과 이에 대하여 2003. 5. 17.부터 2003. 8. 30.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 8분의 7은 원고의, 그 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

4. 제1항은 가집행할 수 있다.

【이유】

1. 본안전항변에 관한 판단

가. 피고는, 전라북도세조례 제6조 제1항이 ‘도지사는 도세부과징수에 관한 사무를 따로 규정하고 있는 것을 제외하고는 당해 과세객체의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수에게 위임하여 처리한다.’고 규정하고 있으므로, 원고가 부당이득을 원인으로 하여 이미 납부한 취득세 및 등록세의 반환을 구하는 이 사건에 있어서의 피고는 위 취득세 및 등록세를 위 위임규정에 따라 납부받은 군산시장이 되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 위와 같이 도세의 부과징수를 시장, 군수에게 위임하여 이를 처리토록 하였다 하더라도, 시장, 군수는 위임에 따른 사무처리자에 불과하고, 도세의 부과, 징수로 인하여 이익을 받는 주체는 어디까지나 도라고 할 것이므로 피고의 위 항변은 이유없다.

나. 피고는 피고의 과세처분행위가 명백하고 중대한 하자가 없어 무효가 아닌데도, 원고가 피고의 과세부과처분에 관하여 이의를 제기하지 아니한 채 이 사건 청구를 함은 부당하다는 취지로 주장한다.

살피건대, 원고가 피고에게 자신신고 납부한 취득세 및 등록세에 중대하고도 명백한 하자가 있어 당연무효라고 주장하면서 피고를 상대로 부당이득의 반환을 구하고 있음은 기록상 명백하므로 피고의 위 항변도 이유없다.

2. 본안에 관한 판단.

가. 인정사실

(1) 원고는 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체인 지방세법시행령 제79조 제1항 제2호 소정의 비영리사업자이다.

(2) 원고는 원고학원 산하 부속유치원으로 사용하고자 2003. 3. 20. 별지목록 기재 제1 부동산의 소유권을, 2003. 4. 30. 같은 목록 기재 제2 부동산의 소유권을 각 취득하였고, 원고학원 산하 AA대학교 총장관사로 사용하기 위하여 2003. 5. 16. 같은 목록 기재 제3 부동산의 소유권을 취득하였다(이하 별지목록 기재 제1 내지 3의 각 부동산을 이 사건 제1 내지 3 각 부동산이라 한다).

(3) 원고는 이 사건 각 부동산의 소유권을 취득함에 있어 소외 군산시에 취득세 및 등록세로, 2003. 3. 20. 이 사건 제1 부동산에 관하여 64,240,000원을, 2003. 4. 30. 이 사건 제2 부동산에 관하여 3,884,000원을, 2003. 5. 16. 이 사건 제3 부동산에 관하여 10,440,000원을 각 자진신고 납부하였다.

인정근거: 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 6, 갑 제 3호증의 1 내지 7, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제3호증의 3, 변론의 전체취지

나. 원고의 주장과 이에 대한 판단

(1) 주장

원고는 「지방세법」제107조 및 제127조가 규정하는 비영리사업자이고, 위 각 조항에 따르면 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에는 취득세 및 등록세가 비과세 되는 것인데, 원고는 이 사건 각 부동산을 원고의 사업목적에 따라 사용할 의도로 취득하면서 이와 같은 규정을 모르고 각 취득세 및 등록세를 자진신고 납부하였으므로 이는 당연무효인 것이어서 피고는 원고가 납부한 위 취득세 및 등록세를 부당이득으로 반환하여야 한다고 주장한다.

(2) 판단

(가) 취득세 및 등록세는 신고납세의 방식에 의한 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의해 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이다. 따라서 이러한 신고납세 방식의 조세에 있어서는 납세의무자의 신고행위에 중대하고도 명백한 하자가 있을 경우 이는 당연무효로 되어, 지방자치단체는 그 납부받은 조세를 납세자에게 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

(나) 지방세법의 규정

「지방세법」제107조는 ‘다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.’고 규정하고, 제1호는 ‘제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정한 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’을 규정하고 있다.

한편 「지방세법」제112조 제2항은 취득세의 중과세 대상으로서 제3호에서 ‘고급주택’을 그에 해당하는 것으로 규정하고, 제3호 단서에서 ‘다만 주거용 건축물을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.

「지방세법」제127조는 등록세에 관하여 위 107조와 마찬가지로 규정하고 있다.

(다) 먼저, 원고의 이 사건 제1, 2 부동산에 대한 취득세 및 등록세의 신고 행위가 중대하고도 명백한 하자가 있어 당연무효인지의 여부에 관하여 살펴본다.

원고가 지방세법이 규정하는 비영리사업자로서 원고학원 산하 부속유치원으로 사용하기 위해서 이 사건 제1, 2 부동산을 각 취득한 사실은 위에서 인정한 바와 같으므로 특별한 사정이 없는 한 「지방세법」제107조 및 제127조의 규정에 의하여 위 각 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세는 비과세대상이라 할 것인바, 원고가 위와 같은 규정을 모르고 위 각 부동산에 관하여 취득세 및 등록세를 자진신고 납부하였다면, 그 하자는 중대하고도 명백하여 원고의 이러한 신고행위는 당연무효라고 할 것이다.

이에 대하여 피고는 원고가 취득한 이 사건 제1, 2 부동산이 「지방세법」제112조 제2항 제3호에서 규정하는 고급주택에 해당하므로 원고의 위 각 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세는 비과세대상이 아니라고 주장하므로 살피건대, 위 각 부동산이 고급주택에 해당하는 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로 피고의 위 주장은 이유 있다(이에 대하여 원고는 이 사건 제1 부동산 중 29-2 지번 대지 및 건물에 대하여는 취득 후 30일 전인 2003. 4. 3. 군산시에 용도변경을 신고하여 신고필증을 교부받았고, 2003. 5. 27.에는 전라북도 군산교육청으로부터 사립유치원 설립계획 승인을 얻었으므로 「지방세법」제112조 제2항 제3호 단서의 규정에 해당한다는 취지로 주장하나, 이러한 사실만으로 위 단서의 ‘주거용 건축물을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우’에 해당한다고는 볼 수 없으므로 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다).

결국, 이 사건 제1, 2 부동산의 취득으로 인한 취득세 및 등록세는 비과세대상이 아닌 것이므로 비과세대상임을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유없다.

(라) 다음으로, 원고가 지방세법이 정하는 비영리사업자로서, 원고학원 산하 AA대학교의 총장 관사로 사용하기 위하여 이 사건 제3 부동산을 취득한 사실은 위에서 인정한 바와 같고, 원고가 이 사건 제3 부동산을 위 AA대학교 총장 관사로 사용함은 「지방세법」제107조 제1호( 제127조 제1항 1호)가 정하는 ‘비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’에 해당한다고 할 것이므로 「지방세법」제107조및 제127조의 규정에 의하여 위 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세는 비과세대상이라 할 것이며, 한편, 원고가 위 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세가 모두 비과세대상임에도 이를 자진신고 납부하였다면 이는 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 규정을 모르고 납부한 것으로 보여지는바, 원고가 위 부동산의 취득에 따른 취득세 및 등록세가 비과세대상임을 모르고 이를 자진신고 납부하였다면, 원고의 이러한 신고행위는 그 하자가 중대하고도 명백하다 볼 수 있어 당연무효라고 할 것이다(이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 제3 부동산을 위 AA대학교의 총장관사로 사용함은 원고의 사업목적에 직접 사용하는 것이 아니라고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 원고는 ‘학교를 경영하는 자’인바, ‘학교를 경영’함에는 비단 학생들의 교육뿐만 아니라, 학교의 유지ㆍ관리ㆍ운영 등의 사항을 함께 포함한다고 할 것이고, 위 AA대학교의 운영 등과 관련하여 원고가 총장 관사를 취득, 유지하는 것은 우수한 총장을 유치하기 위한 나름대로의 필요가 있는 것이므로 원고의 이러한 총장 관사의 취득이 원고의 사업목적에 직접 사용하는 것이 아니라는 피고의 위 주장은 이유 없다).

따라서 피고는 원고가 이 사건 제3 부동산에 관하여 자진신고 납부한 취득세 및 등록세를 법률상 원인 없이 이득하였다고 할 것이고, 원고는 이로 인하여 손해를 입었다고 할 것이므로 피고는 원고에게 부당이득으로서 원고가 위 부동산을 취득하고서 납부한 취득세 및 등록세 합계 10,440,000원과 이에 대한 지연손해금을 반환할 의무가 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.