96년 귀속 법인세할 주민세액 중 구 법인세법 제38조의2의 결손금소급환급규정이 인정하는 만큼을 환급받아야 한다고 볼수 없으므로, 처분은 적법하다.

1. 기초사실

가. 원고는 건설업 등을 영위하는 법인으로서 1997. 3. 31. 1996년 귀속 법인세 금 767,669,730원을 남부산세무서장에게 신고납부하였고, 이어 지방세법 제72조 제4호, 제178조 제1항, 제176조 제2항, 부산광역시세 조례 제26조 제2항에 의거 1997. 4. 30. 위 법인세할 주민세로 위 법인세의 100분의 10에 해당하는 금 76,766,970원을 피고에게 신고납부하였다.

나. 그런데 그후 1996. 12. 30. 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 “대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에

제9조 제4항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다”는 제38조의2가 신설되고 원고 법인의 1997년도 결산 결과 1,937,366,991원의 결손이 발생되자 원고는 위 신설 조항에 의거 1998. 3.경 남부산세무서장에게 이미 납부한 1996년 귀속 법인세 중 542,462,760원을 환급신청하여 1998. 4. 20. 환급받았다

다. 이에 더 나아가 원고는 1998. 7. 27. 위와 같이 주민세의 과세표준인 법인세액이 사후에 환급되어 변경되었음을 이유로 구 지방세법(1998. 12. 31. 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제178조 제2항에 의거 이미 납부한 위 1996년 귀속 법인세할 주민세 76,766,970원 중 54,246,270원을 환급하여 줄 것을 피고에게 신청하였으나 1998. 7. 30. 피고로부터 환급불가를 통보받았다.

[증거] 갑1, 갑6, 갑7, 갑9, 갑10, 변론의 전취지

2. 원고의 주장 및 판단

가. 주장

원고는 이 사건 청구원인으로,

구 지방세법 제178조 제2항이 “소득세법․법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고한 소득세․법인세․농지세의 결정․경정으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정․경정세액에 따라 소득할의 세액을 환부 또는 추징한다”로 규정하고 있는데 위 신설된 구 법인세법 제38조의2(그후 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 구 법인세법이 전면 개정되면서 제72조로 이관됨)에 의하여 법인세액을 환급받는 것은 위 법인세할 주민세의 환급요건인 “법인세법의 규정에 의하여 신고한 법인세의 결정․경정으로 인하여 세액이 달라진 경우”에 해당하므로 피고는 이미 납부한 1996년 귀속 법인세할 주민세 76,766,970원 중 위 법인세액 환급분에 해당하는 54,246,270원을 부당이득으로서 원고에게 반환할 의무가 있다고 주장한다.

나. 관계법령

(1) 먼저, 법인세의 세액결정과 환급에 관하여 구 법인세법 제13조는 "내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다" 라고 규정한 다음 제1호에 "각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액"을 두고 있다가 앞서 본 바와 같이 이에 부가되어 1996. 12. 30. 제38조의2가 신설되었고 그에 의하면, "대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다"라고 규정되어 있는데 그후 위 제38조의2는 1998. 12. 28. 구 법인세법이 전면 개정되면서 제72조로 이관되어 “제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다”라고 일부 내용이 바뀌어 규정되었다.

(2) 다음으로, 주민세의 납부와 환급에 관하여 구 지방세법 제178조 제1항은 "소득할은 소득세법․법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고하거나 결정․경정된 소득세․법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다) 또는 농지세로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제176조 제2항의 세율을 적용하여 계산한다", 제2항은 “소득세법․법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고한 소득세․법인세․농지세의 결정․경정으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정․경정세액에 따라 소득할의 세액을 환부 또는 추징한다”라고 규정하고 있다가, 1998. 12. 31. 제5615호로 개정되면서(이하 개정 지방세법이라 한다) 위 제178조 제2항이 "소득세법․법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고한 소득세․법인세․농지세의 결정․경정 또는

소득세법 제85조의2와

법인세법 제72조의 규정에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정․경정 또는 환급세액에 따라 소득할의 세액을 환부 또는 추징한다"라고 일부 변경되었으며 아울러 위 개정

지방세법 제178조 제2항의 시행에 관하여 개정

지방세법 부칙 제1항은 “이 법은 1999. 1. 1.부터 시행한다",

제3항은 "

제178조 제2항의 개정규정은 이 법 시행후

소득세법 제85조의2 및

법인세법 제72조의 규정에 의하여 최초로 환급받는 분부터 적용한다"라고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 먼저, 구 법인세법 제38조의2는 일정요건을 갖춘 중소기업이 당해연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금을 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 하여 결손금 소급공제에 의한 환급을 인정하는 제도로서 적용 법인이 법인 전체이고 소급공제기간이 5년인 이전의

구 법인세법 제13조의 이월결손금공제와 병존하면서 중소기업에 대한 조세지원을 더욱 강화하기 위하여 신설된 것으로 그 적용 법인 및 기간이 극히 제한되어 있는바 따라서 그로 인하여 법인세액을 환급받는 것은 법인세의 과세표준에 오류나 변동사항이 있어서가 아니라 조세정책적으로 과세표준은 그대로 두고 직전연도의 법인세를 한도로 하여 당해연도의 결손금을 환급보충하여 주는 것일 뿐이다.

(2) 다음으로, 법인세와 법인세할 주민세는 모두 신고납부방식에 의한 조세이고 법인세할 주민세는 법인세의 납세의무자가 신고한 법인세의 총액, 신고하지 아니 하거나 잘못 신고된 것에 대하여 과세관청이 새로이 결정․경정한 법인세의 총액에 소정의 세율을 적용하여 산출한다는 점에서 과세표준이 서로 연관되어 있는 등 상호 밀접한 관계는 있지만, 법인세액은 어디까지나 법인세할 주민세의 과세표준이 됨에 지나지 않고 과세관청이 서로 다르며 처분을 다투는 것도 별도로 하여야 할뿐더러 법인세 부과처분이 취소되었다 하더라도 그에 따른 법인세할 주민세 부과처분이 당연히 취소된다거나 중대하고 명백한 하자가 있는 때에 해당하여 당연히 무효가 되는 것은 아니다.

(3) 이상의 법리를 바탕으로 이 사건의 쟁점인

구 지방세법 제178조 제2항이 법인세할 주민세의 환급요건으로 규정한 “법인세법의 규정에 의하여 신고한 법인세의 결정, 또는 경정으로 인하여 세액이 달라진 경우”에

구 법인세법 제38조의2에 의한 결손금소급환급결정도 포함되는지 여부를 보건대, 위에서 본

구 법인세법 제38조의2의 결손금소급환급규정의 신설취지, 법인세와 법인세할 주민세의 관계 등에 비추어 볼 때

구 지방세법 제178조 제2항이 규정하고 있는 위 법인세할 주민세의 환급요건은 법인세 납부의무자가 신고납부를 하지 아니한 경우 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 하는 결정(

구 법인세법 제50조 제1항), 신고를 한 내국법인이 그 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 당해 법인의 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액에 대하여 하는 경정결정

(같은 조 제2항), 과세관청이 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때 하는 재경정결정(같은 조 3항) 등 당해 법인세액의 부과결정 전에 발생한 익금․손금에 대한 추후 발견, 과세표준에의 산입 여부 및 금전적 평가를 둘러싼 견해차이 등 이른바 기초적 과세자료와 관련된 것만을 의미하지 이 사건의 경우와 같이 위 부과결정 후 조세정책의 변경으로 인한 것까지를 포함하는 것은 그 문리적 해석 내지 예측가능성 등의 점에서 보아 아니라고 봄이 상당하고, 비록 원고가 주장하는 바와 같이 구 법인세법 제38조의2에 의한 결손금소급환급결정이 국세기본법 제51조 제1항의 ‘세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 환급세액을 국세환급금으로 하는 결정’에 해당된다 하더라도 그것은 어디까지나 처분성을 일부 갖고 있다는 형식적인 것에 불과하므로 그로써 위 판단을 달리 할 수는 없다.

물론 법인세와 법인세할 주민세가 과세표준을 같이하고 중소기업에 대한 조세지원을 더욱 강화하기 위하여 법인세할 주민세에 대하여도 결손금소급환급규정을 마련하여 환급을 인정하는 것이 조세체계의 통일성 등의 측면에서도 바람직하다고 할 것이지만 구 법인세법과 조세목적, 부과관청, 사용처 등이 엄연히 다른 구 지방세법이 제178조 제2항에서 명문으로 구 법인세법 제38조의2와 같은 결손금소급환급규정을 도입하고 있지 아니한 이상 유추 및 확대해석에 의하여 도입한 것과 같은 효과를 거두게 하는 것은 조세법률주의의 원칙상 허용되지 아니하며, 그후 이러한 요청에 의하여 앞서 본 바와 같이 개정 지방세법 제178조 제2항이 "소득세법․법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고한 소득세․법인세․농지세의 결정․경정 또는

소득세법 제85조의2와

법인세법 제72조의 규정에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정․경정 또는 환급세액에 따라 소득할의 세액을 환부 또는 추징한다"라고 변경하고 아울러, 개정 지방세법 부칙 제1항이 “이 법은 1999. 1. 1.부터 시행한다", 제3항이 "

제178조 제2항의 개정 규정은 이 법 시행후

소득세법 제85조의2및

법인세법 제72조의 규정에 의하여 최초로 환급받는 분부터 적용한다"라고 규정하여 위 문제를 입법적으로 해결하였으나 이는 종전 규정의 불명확 또는 관행을 확인하여 명백히 한 것이 아니라 법인세만으로는 부족하다고 보아 법인세할 주민세에 대하여도 결손금소급환급을 함으로써 중소기업에 대한 지원이라는 입법취지를 더욱 강화하기 위하여 장래에 향하여 새로이 입법한 것으로 보아야 하는 만큼 이는 개정 지방세법 제178조 제2항의 시행 전에 이루어진 조세법률관계에 관한 위와 같은 해석을 달리할 근거라기 보다는 오히려 간접적으로 더욱 뒷받침하는 근거가 된다 할 것이다.

그러므로, 법인세법상의 결손금소급환급에 의하여 법인세만을 환급할 것인가 아니면 법인세할 주민세도 함께 환급할 것인가에 대하여는 입법정책상 재량이 인정되는 것이지 반드시 법인세할 주민세도 환급대상이 된다고 해석할 필연적 이유가 있다거나 위 입법적 해결을 두고 입법상의 과오를 인정하여 이를 분명히 하였다고 해석할 것은 더욱 아니다.

(4) 따라서,

구 지방세법 제178조 제2항,

구 법인세법 제38조의2를 비롯한 관련법령의 해석상 피고는 원고가 납부한 96년 귀속 법인세할 주민세액 중 구

법인세법 제38조의2의 결손금소급환급규정이 인정하는 만큼을 환급하여야 할 의무가 있다는 것을 전제로 하는 원고의 위 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.