토지를 취득한 이후 유예기간인 3년 내에 건물의 건축을 위한 착공신고서를 제출하고 기초공사를 시작하려고 땅을 파보니 지하에 예상치 못한 사업장폐기물이 대량으로 매립되어 있어 대구광역시장과 협의하여 이를 처리할 수밖에 없어 공사를 시행하지 못하였으므로 토지를 취득한 후 3년의 유예기간 내에 즉시 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 토지를 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 않았다 하여 한 취득세 등 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

원고는 화물자동차운송사업, 자동차운송알선사업 및 복합운송주선사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 1996. 10. 30. 화물터미널을 건립하기 위하여 대구광역시장으로부터 대구광역시 종합유통단지 내에 소재한

대구 북구 산격동 1605 대 2,858.1㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 금 1,200,894,330원에 취득한 사실, 피고는 이 사건 토지가 별지 3. 구 대구광역시세감면조례(이하 조례라 한다) 제23조 제1항 본문 제1호, 제2항 제4호 소정의 입주시설을 건립하기 위하여 최초로 취득한 토지에 해당한다고 보아 이 사건 토지의 취득에 대하여 취득세 등을 면제하였으나, 2000. 3. 10. 원고가 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 입주시설용에 사용하지도 않았고 별지 1.

구 지방세법(이하 법이라 한다) 제112조 제2항 소정의 법인의 비업무용 토지가 되었다고 보아 조례 제23조 제1항 단서,

법 제112조 제2항 제6호, 별지 2.

구 지방세법시행령(이하 영이라 한다) 제84조의 4 제1항 제1호를 적용하여, ① 이 사건 토지의 취득가액 금 1,200,894,330원에

법 제112조 제2항 소정의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 금 144,107,280원 및 농어촌특별세 금 13,209,830원, ② 등록세 과세표준 금 1,200,894,330원에

법 제131조 제1항 제3호 (2)목 소정의 세율을 적용하여 산출한 등록세 43,232,180원 및 교육세 금 7,925,890원을 원고에 대하여 부과․고지(이하 이 사건 처분이라 한다)한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계 법령 및 원고가 유예기간이 지난 1999. 11. 15.에야 터파기공사를 시작하였다는 점 등을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 유예기간 내인 1999. 10. 18. 착공신고서를 제출하고 같은 달 25. 기초공사에 착공하였으므로 이 사건 토지는

영 제84조의 4 제2항 제6호의 규정에 따라 법인의 비업무용 토지에 해당되지 아니하고, 가사 유예기간이 지난 1999. 11. 15. 터파기공사를 시작하였다고 하더라도 그 지연기간이 10여일에 불과한 점, 이 사건 토지 취득 후 건축시공업자를 선정하며 정상적으로 화물터미널신축을 위해 노력하던 중 예상치 못한 IMF사태, 이 사건 토지에 연접한 소외 주식회사 한진 소유의 토지 매수노력 무산, 이로 인한 설계변경, 이 사건 토지에 잔재한 산업폐기물의 처리 등으로 인하여 부득이 공사가 지연되었던 점 등을 고려하면 원고가 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1, 2, 제4호증의 1, 2, 제6호증, 제9호증, 제11호증의 1 내지 5, 제12호증의 1, 2, 제13호증의 1, 2, 제14호증, 제15호증의 1 내지 3, 제17호증, 제19호증의 1 내지 3, 제20호증의 1, 2, 제21호증, 제22호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 3, 제3호증, 제5호증의 각 기재(다만, 갑 제21호증의 기재 중 뒤에서 믿지 않는 부분 제외)와 갑 제18호증의 1 내지 9의 각 영상 및 증인 김진호의 증언(다만, 뒤에서 믿지 않는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제21호증의 일부 기재와 증인 김진호의 일부 증언은 믿지 아니하고, 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 1997. 말경 예상치 못한 IMF 사태가 발생하여 국내경기가 극도로 위축되어 원고 역시 경영사정이 악화되어 어려움을 겪다가 1998. 7. 28. 건축사무소 이데아를 운영하는 소외 최혁준과 사이에 이 사건 토지상에 지하 1층, 지상 4층의 연면적 2,753㎡인 대구터미널 및 집배송센타(이하 이 사건 건물이라 한다) 건립공사를 위한 설계 및 감리계약을 체결하였다.

(2) 한편, 이 사건 토지의 양옆에는 원고와 마찬가지로 화물터미널 부지로 사용하기 위하여 대구광역시로부터 분양받은 주식회사 한진 소유의 같은 동 1604 대 3,354㎡와 소외 현대물류 주식회사 소유의 토지 약 1,000평이 소재하고 있었는데, 원고를 비롯한 위 화물업체 3개사가 위 3필지를 각기 화물터미널로 사용하기에는 협소하여 차량통행상의 애로와 교통혼잡 등의 불편이 초래될 것으로 예견된 관계로, 원고는 주식회사 한진과 사이에 1998.경부터 1999. 6.경까지 수 차례에 걸쳐 위 각 소유 토지를 서로 매입하는 방안을 협의하다가 결국 원고가 주식회사 한진 소유의 위 토지를 매수하여 이 사건 토지와 합필하고, 그 대신 주식회사 한진은 대구광역시장으로부터 다른 토지를 분양받기로 합의하고 대구광역시장과 협의가 이루어져 이를 추진하던 중, 1999. 6. 중순경 주식회사 한진의 내부사정으로 인하여 위 합의가 전면 백지화되었다.

(3) 그 뒤 원고는 1999. 7. 6. 최혁준과 사이에 이 사건 건물의 연면적을 1,925㎡, 지하 1층, 지상 2층으로 감축하는 설계변경계약을 체결하였고, 같은 달 13.경 소외 주식회사 세경으로부터 이 사건 토지에 대한 지질조사 결과를 제출받았으며, 같은 해 10. 12. 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료한 뒤, 같은 달 13. 피고로부터 이 사건 건물의 신축을 위한 건축허가를 받았고, 같은 달 18. 피고에게 이 사건 건물의 신축을 위한 착공신고를 하였으며, 같은 달 25. 소외 남주건설 주식회사와 사이에 이 사건 건물 신축공사 중 토공사 부분에 관하여 착공일을 같은 달 26.로 하는 하도급계약을 체결하였다.

(4) 그런데, 원고는 그 무렵 이 사건 토지에 대한 기초공사를 시행하기 위하여 최종적으로 현지를 답사한 결과 이 사건 토지에 콘크리트 잔해, 철근, 비닐 등의 사업장폐기물이 다량으로 발견됨에 따라 공사를 진행하지 못하고 1999. 11. 18. 및 같은 해 12. 9. 이 사건 토지를 조성하였던 대구광역시장에게 폐기물의 적법한 처리방법 및 절차를 문의하였고, 같은 해 12. 16. 대구광역시장으로부터 폐기물량을 측정하여 관할 구청에 신고한 후 반출증을 발급받아 쓰레기매립장에 매립하여야 한다는 등의 내용을 포함한 회신을 받은 뒤, 계속하여 대구광역시장에게 폐기물처리절차에 대하여 협의한 결과 2000. 6. 14. 이 사건 토지의 매립당시 관계 회사인 소외 경해건설로부터 폐기물처리비용을 부담하겠다는 확인을 받고 같은 달 20.경 소외 주식회사 청백건설에게 의뢰하여 이 사건 토지에 매립된 사업장폐기물 38t을 모두 처리하였다.

(5) 한편, 원고는 1999. 11. 15.경 이 사건 토지에 터파기공사를 시작한 이래 위와 같은 폐기물처리절차를 완료한 뒤 지하 1층, 지상 3층의 연면적 1,942.49㎡인 이 사건 건물을 완공하여 2001. 1. 15. 피고로부터 이 사건 건물의 사용승인을 받았다.

라. 판단

조례 제23조 제1항 단서 소정의 “부동산을 취득한 날로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 입주시설용에 사용하지 아니하는 경우”란 그 규정형식이나 내용에 비추어 같은 항에서 규정하고 있는 “

지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우”와 동일하게 해석함이 상당하다고 할 것이고, 한편, 취득세가 중과되는 법인의 비업무용 토지인지 여부의 판단 기준이 되는

영 제84조의 4 제1항 제1호 소정의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비업무용 토지에 대한 취득세 중과취지가 법인이 고유목적 이외의 토지를 취득․보유함으로 인한 비생산적인 투기의 조장을 방지하여 토지의 효율적인 이용을 꾀하려는 데에 있다는 것을 충분히 고려하면서 해당법인이 영리법인인지, 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 유예기간 경과 후의 토지이용현황 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이며, 특히 건물신축을 위한 업무추진과정을 전체적으로 관찰하여 정상적인 노력을 하였다고 볼 여지가 있다면 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이고(

대법원 2000. 5. 26. 98두15696 판결 등 참조),

영 제84조의4 제3항 제6호에 의하면, 동조항이 개정되기 전의 규정과는 달리, 토지를 취득한 후 착공일이 불분명할 경우 유예기간 종료일 현재 건축물의 착공신고서를 제출하면 일응 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 착공 후 건축공사를 중단하였을 경우 그 기간이 1년을 초과하는 경우에는 정당한 사유가 없는 것으로 보고 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 유예기간인 3년 내에이 사건 건물의 건축을 위한 착공신고서를 제출하고 기초공사를 시작하려고 땅을 파보니 이 사건 토지 지하에 원고 임의로 처분할 수 없는 예상치 못한 사업장폐기물이 대량으로 매립되어 있어 대구광역시장과 협의하여 이를 처리할 수밖에 없어 본격적인 공사를 시행하지 못하였으므로

영 제84조의4 제3항 제6호본문 소정의 요건을 충족하고 있는 점, 원고는 2001. 1. 15. 이 사건 건물의 사용승인을 얻어 결국 이 사건 토지를 목적사업에 직접 사용하고 있는 등 앞서 본 바와 같은 이 사건 건물 신축공사의 전체적인 진행과정과 아울러 법인의 비업무용 토지에 대하여 취득세를 중과하는 것이 법인이 고유목적 이외의 토지를 취득․보유함으로 인한 비생산적인 투기의 조장을 방지하여 토지의 효율적인 이용을 꾀하려는 데에 있는 점 등을 종합하면, 원고로서는 이 사건 토지를 목적사업에 사용하기 위하여 그 나름의 진지한 노력을 다하였다고 할 것이고, 전체적으로 보아 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 3년의 유예기간 내에 즉시 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.

따라서, 원고가 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 않았다 하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.