납세의무자가 건물을 취득하여 농산물포장상자 제조공장으로 사용하는 것은 농협법 제58조 제1항 제2호 및 그의 정관 제5조 제1항 제3호에서 그 목적사업으로 들고 있는 ‘조합원의 사업에 필요한 물자의 가공 등 구매사업’에 해당하여 그 고유목적에 직접 취득․사용하는 것으로서 취득세 등의 면제대상이다. 따라서 처분은 위법하다.

1. 이 사건 과세처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2, 5～7, 9～11호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1～3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1973. 9. 10. 농업협동조합법(이하 ‘농협법’이라 한다)에 의하여 조합원의 농업생산력의 증진과 사회적․경제적 지위향상을 도모함을 목적으로 설립되어,

농협법 제58조 제1항 제2호와 원고의 정관

제5조 제1항 제3호에서 사업의 종류로 들고 있는 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입, 운반, 보관, 가공 및 공급 등 구매사업 등의 일환으로 경남 창녕군 남지읍 성사리 942에 있는 성사초등학교 폐교부지를 매수하여 그 지상에 남지농협골판지상자공장을 세운 다음 1990. 5. 1. 조합장 추교식 명의로 사업자등록을 내고 골판지상자제조업을 하다가 1992. 9. 23. 공업배치및공장설립에관한법률 제16조에 의하여 남지농협박스공장(면적 2,450.66㎡)에 관한 공장등록을 마치고 1994년경 창고 450㎡를 신축하였으며 1995. 7. 22.에는 107,000,000원을 들여 창고건물을 500㎡ 증축하여 이를 취득하고 1996. 5. 10. 그 등기를 경료하였는데, 농협법에 의하여 설립된 농업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득․사용하는 부동산에 대하여 취득세, 등록세 및 재산세를 면제하도록 규정한

지방세법(1999. 12. 28. 법률 제6,060호로 개정되기 전의 법률, 이하 같다) 제290조 제2항 제1호 본문,

제3항 제1호에 의하여 원고의 위 1995. 7. 22.자 증축으로 인한 취득에 대한 취득세, 등록세 및 이에 따른 농어촌특별세, 교육세뿐만 아니라, 신․증축된 공장 및 창고건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 대한 재산세도 매년 면제받아 왔다.

나. 그런데, 경상남도지사가 1999. 6. 30.～7. 1. 양일간 원고에 대한 세무조사를 벌인 끝에, 피고는 1999. 8. 31. 원고가 이 사건 건물을 골판지생산공장으로 사용하는 것은 위 지방세법 조항들에서 정한 취득세 등의 면제대상이라고 볼 수 없다고 하여, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정한 같은법 제290조 제2항 단서에 의하여 1995. 7. 22.자 취득에 소요된 107,100,000원을 과세표준으로 한 취득세, 등록세 및 그에 따른 농어촌특별세, 교육세를 추징부과함과 아울러 제척기간이 미경과된 1995년도분부터 1999년도분까지의 재산세를 소급하여 부과하는 이 사건 과세처분을 하였다(별지 세금계산표 참조).

다. 원고는 위와 같은 내용을 담은 1999. 7. 7.자 세무조사 결정 통지서를 받고, 같은 달 19.과 같은 달 22. 각 경상남도지사 및 피고에게 과세전 적부심사 청구를 하였으나 같은 달 30.경 각 불채택결정이 내려지고 이 사건 과세처분이 이루어지자, 이에 불복하여 같은 해 10. 1. 심사청구를 하였는데 행정자치부장관은 같은 해 11. 30. 농협법 제5조 제2항에서는 조합은 영리를 목적으로 하는 업무를 하지 못하도록 규정하고 있는바, 원고가 제조한 골판지상자를 비조합원에게 판매하는지 여부도 불분명할 뿐만 아니라 그 소속 조합원 외에 전국의 조합을 대상으로 포장용 상자를 주문받아 생산판매하는 것(납품실적은 1997년에 7,716,000개의 42억 원, 1998년에 9,410,000개의 68억 원임)은 농협법 제58조 제1항 제2호의 구매사업이라기보다는 조합자체의 경제적 이윤을 얻기 위한 사업에 해당한다고 봄이 상당하다는 이유를 들어 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였고, 그 결정서를 같은 해 12. 9. 수령한 원고는 2000. 2. 26. 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 그러므로 과연 원고가 이 사건 건물을 골판지상자의 제조공장으로 사용하는 것이 원고가 고유업무에 직접 사용하는 것인지 여부에 관하여 본다.

나. 농협법 및 원고 정관의 관계규정

농협법은 제1조(목적)에서 “이 법은 농협인의 자주적인 협동조직을 통하여 농업생산력의 증진과 농업인의 경제적, 사회적 지위향상을 도모함으로써 국민경제의 균형있는 발전을 기함을 목적으로 한다”고, 제5조(최대봉사의 원칙) 제2항은 “조합과 중앙회는 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하지 못한다”고 각 규정하고 있는데, 제58조(사업의 종류) 제1항에서 “조합은 그 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업의 전부 또는 일부를 행한다. (중략) 2. 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입․운반․보관․가공 및 공급 등 구매사업(이하 생략)”고 규정한 다음 제59조(비조합원의 사업이용) 제2항에서 “조합원과 동일한 세대에 속하는 자와 다른 조합 및 다른 조합의 조합원의 사업이용은 이를 그 조합의 조합원의 이용으로 본다”고 규정하고 있고, 한편 원고의 정관(갑 제2호증) 제5조(사업의 종류) 제1항 제3호는 농협법 제58조 제1항 제2호와 같은 내용을, 제63조(비조합원의 사업이용) 제3항은 농협법 제59조 제2항과 같은 내용을 각 규정하고 있다.

다. 인정사실

갑 제4, 6호증, 을 제1호증의 각 기재와 증인 박희동의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, ① 원고는 1999년 한 해 동안 진주금곡농협 등 전국 117개 농협에 5,981,970,221원(98.5%), 심용문등 5명의 원고 조합원에 91,108,300원(1.5%) 등 합계 6,073,078,521원의 포장상자를 공급하였고, 한국골판지포장공업협동조합에서 1997. 11. 26. 중소기업청장에게 공법인인 농업협동조합의 중소기업 고유업종(골판지 및 골판지상자 제조)사업 중지조치를 건의함에 따라 중소기업청에서 조사를 벌인 결과, 원고가 1991. 4. 1. 사업을 개시하여 1996년에 6,369㎡, 3,356,000,000원, 1997년 11월 현재 3,356㎡, 3,765,000,000원의 골판지 등을 생산하여 100% 조합원에 납품하고도 중소기업의사업영역보호및기업간협력증진에관한법률에 의한 소정의 신고를 하지 아니하고 중소기업 고유업종인 골판지 및 골판지상자 제조업을 무단으로 참여하고 있음이 밝혀져, 1998. 1. 12. 뒤늦게 중소기업 고유업종 영위신고를 하였는데, 중소기업청장은 같은 해 4. 1. 원고가 WTO체제하에서 외국농산물로부터 우리 농산물의 경쟁력 강화를 위하여 농산물 포장재의 적기공급, 농산물의 포장 개선과 규격화 등을 통하여 농가소득 증대에 기여하여 왔고, 골판지 등 제조업의 영위와 관련하여 중소업계와 양해가 이루어진 점 등을 감안하여 현존 생산설비의 능력범위 내에서 생산하고, 조합원이 아닌 타기관 및 일반수요자에 대한 판매와 외주생산에 의한 판매를 금지하는 등 조건으로 원고의 중소기업 고유업종 영위신고를 수리한 사실, ② 한편 원고의 구역인 남지읍 일원은 낙동강과 남강이 합류하는 삼각주 지역으로 비옥한 강변의 하상 퇴적토, 풍부한 지하수원 및 긴 일조량 등 천혜의 자연조건으로 일찍부터 오이, 풋고추, 수박 등 시설채소 재배가 발달한 곳으로서, 그 조합원 2,487명 중 1,000여 명이 이를 통하여 연간 400억 원 이상의 소득을 올리고 있는데, 그 시설채소의 출하를 위하여는 많은 양의 포장용 골판지상자가 필요한데다가, 농민들이 개별적으로 소량생산된 농산물을 직접 시장에 출하하는 것보다는 거래물량의 규모화를 통한 농산물의 공동출하방식이 유통비용을 절감할 수 있어 농가소득을 증대하는 데 나을 뿐만 아니라, 정부로서도 공판장 등을 통한 제도권 중심의 농산물유통개혁 달성을 위하여 농산물 표준규격 출하를 적극 추진함에 따라 위와 같이 이 사건 건물을 신․증축하여 농산물 규격출하를 위한 포장상자 제조공장으로 사용하게 되었고, 그 포장상자도 원고의 조합원이나 원고와 같이 시설채소 등을 출하하기 위한 포장상자가 필요한 다른 농협에 판매하여 왔으며, 농산물 포장상자 이외에 다른 용도의 포장용 상자 등을 생산하지는 않은 사실 등을 각 인정할 수 있다.

라. 판 단

위 인정사실에 의하면, 비록 원고가 생산한 골판지상자 등이 대부분 원고 조합원이 아닌 다른 농협들에게 공급되고 있고 그 판매량, 금액과 이에 따른 원고의 수입 또한 적지 않지만, 원고가 이 사건 건물을 신․증축하여 골판지상자 제조공장으로 사용하게 된 목적과 경위, 원고는 농산물 포장을 위한 상자만을 생산․공급하였고, 나아가 원고 조합원이나 다른 조합 이외에 일반인에게는 판매하지 않고 있는 점, 만일 원고의 이 사업을 피고 주장과 같이 농협법 제58조 제1항 제2호나 원고의 정관 제5조 제1항 제3호의 ‘구매사업’의 범위를 넘는 것으로 해석할 경우 원고를 비롯하여 시설채소 등을 출하하는 농협으로서는 각기 그 필요로 하는 포장상자를 생산하는 공장을 마련하거나 포장상자를 생산하는 일반제조업자로부터 이를 공동구매하는 방법을 취할 수 밖에 없는데, 이는 농업인의 자주적인 협동조직을 통하여 농업생산력의 증진과 농업인의 경제적, 사회적 지위향상을 도모할 목적(제1조)으로 제정된 농협법의 취지나, 앞서 본

농협법 제59조 제2항과 원고의

정관 제63조 제3항에서 달리 제한이나 단서를 달지 아니한 채 단순히 “다른 조합 및 다른 조합의 조합원의 사업이용을 그 조합의 조합원의 이용으로 본다”고 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때 부당하다고 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 건물을 취득하여 농산물포장상자 제조공장으로 사용하는 것은 농협법 제58조 제1항 제2호 및 원고의 정관 제5조 제1항 제3호에서 그 목적사업으로 들고 있는 ‘조합원의 사업에 필요한 물자의 가공 등 구매사업’에 해당하여 그 고유목적에 직접 취득․사용하는 것으로서 취득세 등의 면제대상으로 봄이 상당하고, 피고 주장과 같이 이를 두고

농협법 제5조 제2항에 위배하여 조합원과 관계없이 조합자체의 영리를 도모하는 사업을 경영한다거나

농협법 제58조 제1항 제2호나 원고의

정관 제5조 제1항 제3호의 ‘구매사업’의 범위를 벗어난 것이라고는 보기 어렵다 할 것이다(

대법원 1993. 5. 14. 선고 92누10630 판결 참조).

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 건물의 취득․사용이 취득세 등의 면제대상이 아님을 전제로 하여 피고가 한 이 사건 과세처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.