교회의 청소년수련시설의 운영은 지방세법 규정에서 말하는 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없고, 시설물은 지방세법상 취득세, 등록세 및 재산세 비과세대상에 해당한다. 따라서 교육세 및 공동시설세 비과세대상에 해당한다고 할 것이므로 처분 중 취득세, 등록세, 재산세, 교육세 및 공동시설세 부과처분은 위법하다.

1. 이 사건 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제8호증의 1, 2, 3, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1 내지 4, 을 제1호증, 을 제3호증의 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증없다.

가. 원고는 기독교대한감리회 중부연회 부천남지방 소속 교회로서, 1997. 2. 17.

소외 인천광역시장으로부터

인천 강화군 화도면 문산리 260유원지 4,695㎡와 같은 리 266 유원지 4,115㎡ 합계 8,810㎡(이하 이 사건 토지라고 한다) 지상에 지하 1층, 지상 2층 연면적 885.52㎡ 규모의 청소년수련시설인 청소년야영장을 설치․운영하도록 허가를 받고, 같은 해 6. 17. 교인으로서 이 사건 토지의 소유자인 소외 한윤종으로부터 청소년수련시설을 설치할 목적으로 이 사건 토지를 증여받은 후 이에 관하여 같은 해 8. 5. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤으며, 1998. 3월경 위 청소년수련시설 신축공사를 완료한 후(이하 이 사건 토지 및 위 청소년수련시설을 합하여 이 사건 시설물이라고 한다) 위 건축물에 관하여 같은 달 23. 원고 명의로 소유보존등기를 마치고, 같은 해 4. 13. 이 사건 시설물에 관하여 청소년수련시설등록을 마쳤다.

나. 피고는 이 사건 시설물이 종교를 목적으로 하는 비영리사업자인 원고가 청소년기본법에 의하여 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득한 부동산임을 이유로

구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 구 지방세법이라 한다.) 제273조 제7항의 규정에 의하여 취득세, 등록세 및 재산세 등을 비과세 또는 면제하였다가, 청소년수련시설의 건립․운영은 원고의 목적사업에 직접 사용하는 것이 아니고 수익사업에 사용하는 것이어서 취득세 등 추징대상에 해당한다는 이유로 이 사건 시설물의 취득가액을 금 523,796,623원으로 산정한 후

구 지방세법 제112조 제1항,

제131조 제1항,

제188조 제1항의 세율을 적용하여 1998. 12. 8. 원고에 대하여 취득세 금 12,571,110원, 농어촌특별세 금 1,152,340원, 등록세 금 5,085,550원, 교육세 금 1,016,380원, 재산세 금 420,230원, 공동시설세 금 201,120원을 부과․고지하였다(이하 이 사건 처분이라고 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는, 이 사건 시설물은 종교를 목적으로 하는 비영리사업자인 원고가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호,

제184조 제1호에 의하여 취득세 등의 비과세대상인데 피고가 이 사건 처분을 한 것은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 시설물을 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산이 아니고,

같은 법 제107조 본문 단서,

제127조 제1항 단서,

제184조 본문 단서 소정의 수익사업에 해당하므로 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관계법령

구 지방세법 제107조에는 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다.)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하면서, 그 제1호에서 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 들고 있고, 그에 따른 구 지방세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것, 이하 구 지방세법 시행령이라 한다.) 제79조 제1항에는 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다고 규정하면서, 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 규정하고 있다.

또한 구 지방세법 제127조 제1항에는 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다.)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하면서, 그 제1호에서 종교 등 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기를 규정하고 있고, 그에 따른 구 지방세법 시행령 제94조 제1항에는 같은 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다.

구 지방세법 제184조에는 다음 각호의 부동산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다.)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 다음 각호의 부동산을 유료로 사용하거나 당해 부동산의 일부를 그 목적에 사용하지 아니하는 경우의 그 일부 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하면서, 그 제1호에서 종교 등 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산을 들고 있고, 그에 따른 구 지방세법 시행령 제136조에는 법 제184조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다.

한편, 구 지방세법 제239조 제1항에는 시․도는 소방시설, 오물처리시설, 수리시설, 기타 공공시설에 필요한 비용에 충당하기 위하여 그 시설로 인하여 이익을 받는 자에 대하여 공동시설세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고, 그 제242조 제1항에는 재산세 부과징수 등에 관한 규정 중 제184조의 규정은 건축물 및 선박분 공동시설세에 준용한다고 규정하고 있으며, 그 제2항에는 종합토지세의 부과징수 등에 관한 규정 중 제234조의 12의 규정에는 토지분 공동시설세에 이를 준용한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제234조의 12에는 다음 각호에 규정하는 토지(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다.)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하면서, 그 제2호에서 종교 등 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지를 들고 있고, 그에 따른 구 지방세법 시행령 제194조의 6 제2항에는 법 제234조의 12 제2호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다.

한편, 구 교육세법(1999. 12. 28. 법률 제6050호로 개정되기 전의 것) 제3조에는 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교육세를 납부할 의무를 진다고 규정하면서, 그 제5호에서 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납부의무자를, 그 제8호에서 지방세법의 규정에 의한 재산세의 납부의무자를 각 들고 있고, 제5조 제1항 본문은 교육세는 다음 각호의 과세표준에 해당세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서, 그 제5호에서 지방세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액의 100분의 20을, 그 제8호에서 지방세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 재산세액의 100분의 20을 각 들고 있다.

3. 판단

가. 이 사건 시설물을 그 사업에 직접 사용하는지 여부와 그 사용이 수익사업에 해당하는지 여부

앞에서 채택한 증거들 및 갑 제11호증의 1, 2, 3, 갑 제12, 15호증, 갑 제16호증의 1, 2, 갑 제17호증의 1, 2, 갑 제18호증의 1, 2, 갑 제19호증의 1, 2, 갑 제20호증의 1, 2, 갑 제21호증의 1, 2, 갑 제22호증의 1 내지 7, 갑 제23호증, 갑 제24호증의 1, 2, 을 제3호증의 2, 3의 각 기재와 원심증인 이해우의 증언(다만 뒤에서 믿지 아니하는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 기독교대한감리회 중부연회 부천남지방 소속 교회로서 그 규약에 복음 전도와 모든 선교사업에 필요한 토지 및 건물, 비품 등을 소요관리, 처분함 등을 목적으로 정하고 있으며, 원고가 속한 기독교대한감리회에서는 전교사업의 일환으로 영, 유아 및 그 부모를 대상으로 한 교육 및 신앙생활 등의 지도, 아동 및 청소년을 대상으로 한 학습, 여가선용과 종교생활 등의 지도 및 각종 청소년 문제 해결, 청․장년을 대상으로 한 신앙 및 결혼생활, 자원봉사 등의 지도, 노인을 대상으로 한 노인상담, 신앙, 불우노인에 대한 봉사 등을 사회사업 프로그램으로 마련하고 있고, 그 소속 교회인 원고도 위 사회사업 프로그램을 실현하기 위하여 청소년수련시설을 마련하여 어린이, 청소년 신자들의 수련, 세미나, 기도회 등에 사용하기로 하고 교인인 위 한윤종으로부터 이 사건 토지를 증여받아 그 지상에 위 청소년수련시설을 설치하고, 1999. 4. 16.경부터 이 사건 시설물을 주로 경기도 지역 교회 또는 신학대학 소속 초․중․고등부 또는 청년부 신자 및 기타 다른 교인들의 기도 및 수련회, 세미나 또는 휴양 등을 위한 수련장소, 숙박시설, 야영장으로 사용하여 왔고, 교인들이 사용하지 아니하던 1998. 5. 20.경 강원도 가곡고등학교 학생 60명, 1999. 5. 18.경 강원도 신철원중학교 학생 150명에게 수학여행 숙박장소로 이를 이용하게 하였으며, 그 밖에 2회 정도 가족단위로 기도회를 갖는 신자들에게 이를 이용하게 한 적이 있는 사실, 원고는

구 청소년기본법 제32조 제2항같은 법 시행규칙 제24조 제1항의 규정에 따라 피고로부터 위 청소년수련시설의 이용료 및 수련비용으로 3식의 식사를 제공하는 1박의 수련시 금 13,500원, 1박의 야영 및 부대시설 사용시 금 2,000원, 1식의 식대 금 3,000원, 생활관 이용시 금 5,000원으로 승인받고, 이 사건 시설물 이용자로부터 대체로 위 기준에 부합되는 이용료를 받아 이를 위 시설물의 유지, 관리비에 충당하였으며, 간혹 위 기준보다 높은 식대를 받는 경우도 있었으나 이는 위 시설의 식단에 맞추어 제공되는 식사가 아니라 이용자들의 주문에 따라 특별히 고가의 음식을 마련함에 따른 것인 사실, 원고는 위 청소년수련시설을 건립함에 있어 청소년육성기금 융자담당 금융기관인 소외 농업협동조합중앙회 부천 원미동 지점으로부터 합계 금 500,000,000원을 대출받아 건물신축자금에 사용하였고, 그 나머지 건축비용 및 위 시설이용료로 충당되지 아니하는 유지, 관리비 및 융자금에 대한 이자는 원고 교회 신자들의 헌금으로 충당하여 오고 있는 사실을 인정할 수 있고 이에 어긋나는 위 증인 이해우의 일부 증언은 믿지 아니하고 반증없다.

나. 판단

위 인정사실에 의하면, 원고는 구 지방세법 및 그 시행령에서 정한 종교를 목적으로 하는 비영리사업자에 해당하고, 원고의 규약 및 원고가 속한 기독교대한감리회에서 정한 사업목적 및 위와 같은 이 사건 시설물의 취득목적, 이 사건 시설물의 그 간의 사용경위 및 용도 등에 비추어 보면 원고는 이 사건 시설물을 교인들의 기도회, 세미나, 수련회 등 원고의 종교 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였고, 취득 이래 현재까지 그 사업에 직접 사용하고 있다 할 것이고, 한편 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부는 그 사업이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하면서 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 할 것인바, 원고는 이 사건 시설물을 대부분 교회 소속 어린이, 청소년 등 신자들의 세미나, 기도회 등의 수련장소, 숙박시설로 사용하였고, 위와 같은 목적으로 이용되지 아니하는 기간 중 극히 짧은 기간 동안 부수적으로 수학여행 온 학생들의 숙박장소로 이를 사용하게 하여 왔을 뿐이고, 이 사건 시설물의 이용료를 받았다고 하더라도 이는 실비변상의 의미에 불과한 것으로서 이를 가리켜 원고의 위 청소년수련시설의 운영이 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 하는 것이라 보기 어렵고 그 밖에 달리 이를 인정할 증거도 없으므로 원고의 청소년수련시설의 운영을 위 지방세법 규정에서 말하는 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없고, 따라서 이 사건 시설물은 지방세법상 취득세, 등록세 및 재산세 비과세대상에 해당하고, 그에 따라 교육세 및 공동시설세 비과세대상에 해당한다고 할 것이므로 이 사건 처분 중 취득세, 등록세, 재산세, 교육세 및 공동시설세 부과처분은 위법하다고 할 것이다.

(원심이 원고의 농어촌특별세 부과처분취소 청구부분에 대하여 원고의 청구를 인용하였으나 원고가 항소를 하지 아니하였으므로 따로 판단하지 아니한다.)

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 농어촌특별세 부과처분은 적법하고, 이를 제외한 나머지 세금의 부과처분은 위법하여 취소되어야 할 것인바, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.