교회는 구 지방세법 제107조, 구 지방세법시행령 제79조 제1항 제1호 소정의 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 그 사업에 직접 사용하기 위하여 물건을 취득하여 교회의 고유목적사업에 직접 사용하여 왔다고 할 것이므로, 물건 또는 부동산에 관하여는 구 지방세법 제107조 본문과 제127조 본문이 각 적용되어 취득세와 등록세를 부과할 수 없다. 따라서 이와 달리 물건 부동산이 취득세 또는 등록세의 과세대상임을 전제로 하여 이루어진 취득세 등 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1 내지 4, 갑 제6, 18호증, 을 제1호증의 2 내지 9, 14 내지 22, 을 제2호증의 1, 2, 5 내지 7의 각 기재 또는 영상과 증인

김용식의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고 교회는 1995. 9. 19. 경상남도 산청교육청 교육장과 사이에 단계초등학교 율현분교의 교정 및 교사로 사용되었던 별지 제1목록 기재 각 토지와 건물, 수목 등(이하 ‘이 사건 각 물건’이라고 한다)을 대금 112,000,000원(= 토지대금 64,160,000원 + 건물대금 42,339,150원 + 수목대금 5,500,850원)에 매수하기로 계약하고, 계약 당일 계약금 12,000,000원, 같은 해 11. 17. 잔금 100,000,000원을 지급하여 이를 취득한 후, 위 각 토지와 건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라고 한다)에 관하여는 1996. 1. 20. 원고 교회 명의의 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 피고는 1999. 5. 1. 원고 교회에 대하여, 원고 교회가 이 사건 각 물건을 취득하거나 그에 관한 소유권이전등기를 마친 후 3년 이내에 정당한 사유없이 원고 교회의 사업에 직접 사용하지 아니하였고, 또한 별지 제1목록 제1항 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)는

구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4,995호로 개정되기 전의 법률, 이하 같다) 제112조 제2항 소정의 법인의 비업무용 토지에 해당함을 이유로, 별지 제2목록 기재 산출내역에 따라 취득세 10,580,800원과 그에 대한 가산세 2,116,160원, 등록세 3,360,000원과 그에 대한 가산세 672,000원, 농어촌특별세 1,058,080원과 그에 대한 가산세 105,800원, 교육세 672,000원과 그에 대한 가산세 67,200원을 각 부과하였다.

다. 원고 교회는 1999. 7. 15. 경상남도지사에게 위 각 부과처분에 대한 이의신청을 하였으나, 경상남도지사는 같은 해 8. 26. 위 이의신청을 기각하는 결정을 하였고, 이에 원고 교회가 불복하여 같은 해 11. 23. 행정자치부장관에게 심사청구를 하자, 행정자치부장관은 2000. 1. 26. 이 사건 각 토지 중 일부인 521㎡(1998. 7. 22. 경남 산청군 신등면 모례리 366의 6으로 분할된 부분이다)와 그 지상에 있는 별지 제1목록 제2항 기재 각 건물 중 1동(90㎡)이 각 도로부지에 편입됨으로써, 이에 관하여는 원고 교회가 취득 후 3년 이내에 그 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정된다는 이유를 들어, 위 각 부과세액을 취득세 11,468,020원, 등록세 3,609,260원, 농어촌특별세 1,051,220원, 교육세 661,690원(각 가산세액 포함)으로 감액하는 결정을 하였다.

라. 이에 피고는 위 결정의 취지에 따라 2000. 2. 26. 원고에 대하여, 별지 제3목록 기재 산출내역에 따라 이 사건 각 물건에 관한 취득세 및 그 가산세를 각 9,556,670원과 1,911,350원으로, 농어촌특별세 및 그 가산세를 각 955,670원과 95,550원으로, 등록세 및 그 가산세를 각 3,007,710원과 601,550원으로, 교육세 및 그 가산세를 각 601,540원과 60,150원으로 감액경정하여 고지하였다(이하에서는 위 1999. 5. 1.자 각 부과처분 중 감액경정되어 남은 위 각 세액에 관한 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고 교회는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 각 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(가) 원고 교회는 이 사건 각 물건을 취득한 후 매년 야외예배와 하기 수련회 등의 종교행사를 개최하는데 이용함으로써 이를 원고 교회의 목적사업에 직접 사용하여 왔으므로, 구 지방세법상의 비과세규정에 의하여 취득세 및 등록세 등의 과세대상으로 될 수 없다.

(나) 원고 교회는 법인 또는 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단 또는 재단이 아니므로, 그와 같은 법인 또는 단체의 비업무용 토지에 한하여 적용되는 구 지방세법 제112조 제2항 소정의 취득세 중과세 대상으로 될 수 없다.

(다) 이 사건 각 물건은 토지와 건물, 수목의 각 개별 가액을 특정하지 아니한 채 일괄하여 대금 112,000,000원에 매매되었으므로, 각 과세대상물건별로 과세표준 및 그에 따른 취득세와 등록세의 세액을 산정하는 것이 불가능하다.

(2) 이에 대하여 피고는 위 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 각 처분이 적법하다고 주장한다.

나. 관계법령의 규정

별지 제4목록 기재와 같다.

다. 판단

(1) 갑 제7호증, 갑 제11호증의 1 내지 5, 갑 제12호증의 1 내지 4, 갑 제14호증의 1, 2, 갑 제16호증의 1 내지 8, 갑 제17호증의 1, 2, 을 제1호증의 12, 13의 각 기재 또는 영상과 증인 김용식의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 원고 교회는 이 사건 각 물건에 관한 매매계약을 체결한 후 1995. 11.경 피고에게, 별지 제1목록 제2항 기재 각 건물(이하 ‘이 사건 각 건물’이라고 한다)은 내부구조를 변경하고 보일러시설을 갖추어 청소년합숙소로 활용하고, 이 사건 각 토지상에는 교회 청소년수련장 및 수양관 시설을 설치하겠다는 취지의 토지이용계획서를 제출하였다.

(나) 원고 교회는 이 사건 각 부동산에서 교회 신도들을 상대로, 1995. 10. 19. 야외예배를, 1996. 8. 14.부터 같은 달 15.까지 사이에 하기 수양회를, 1997. 4. 1. 야외예배를, 같은 해 8. 4.부터 같은 달 6.까지 사이에 수양회를 개최하였고, 1998. 7. 6.부터 같은 달 28.까지 사이에 합계 2,879,500원의 비용을 들여 이 사건 각 건물에 관한 전기공사, 난방공사, 세면장공사 등의 보수공사를 시행하여, 1998. 7. 27.부터 같은 달 29.까지 사이에 이 사건 각 부동산에서 중․고등부 여름수련회를 개최하였다.

(다) 한편 원고 교회는 1999. 3. 11. 피고로부터 이 사건 각 건물 중 2개동에 관한 증축공사허가(합계 358.41㎡)를 받아, 같은 달 20. 그 착공신고를 하였다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 원고 교회는

구 지방세법 제107조,

구 지방세법시행령 제79조 제1항 제1호 소정의 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 그 사업에 직접 사용하기 위하여 1995. 11. 17. 이 사건 각 물건을 취득하고, 1996. 1. 20. 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 후, 1996년부터 1998년까지 사이에 교회 신도들을 대상으로 매년 야외예배 또는 수련회 등의 종교행사를 개최하는데 제공함으로써 이를 원고 교회의 고유목적사업에 직접 사용하여 왔다고 할 것이며, 이 사건 각 물건의 용도가 원고 교회의 청소년수련장 또는 수양관이라는 특정한 기능목적에 국한되어 있는 이상, 이 사건 각 물건이 원고 교회의 경내에 있지 아니하고 상당히 멀리 떨어져 있으면서 종교행사에 일시적․간헐적으로 이용되었을 뿐이라고 하여 위와 달리 볼 것은 아니라고 할 것이다.

따라서 이 사건 각 물건 또는 이 사건 각 부동산에 관하여는

구 지방세법 제107조 본문과

제127조 본문이 각 적용되어 취득세와 등록세를 부과할 수 없으므로, 이와 달리 이 사건 각 물건 또는 이 사건 각 부동산이 취득세 또는 등록세의 과세대상임을 전제로 하여 이루어진 이 사건 각 처분은, 원고 교회의 나머지 주장에 관하여는 더 살펴볼 필요없이 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.