토지는 임대목적물에서 제외된 부분은 모두 일반인의 사용이 제한되는 보세창고나 보세장치장으로서 설영특허권자인 대한통운협진이 계속하여 전부를 사용하여 왔고, 처분 이전까지 실제로 사용한 바가 없으므로 비업무용토지에 해당하는 이상, 비업무용토지에 해당하는지 여부는 토지의 비업무용토지 판단에 아무런 영향을 미치지 아니한다.

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 을제3호증, 을제4호증의 1 내지 9, 을제5호증의 27 내지 29의 각 기재에 변론의 전취지를 보태어 보면 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가. 원고는 1994. 12. 10.경

소외 한국연료주식회사(이하

한국연료라 한다.)로부터 부산 영도구

동삼동 201의 2잡종지 16,789㎡(이하 이 사건 토지라 한다.)와 그 지상의 철근콘크리트조 슬레이트지붕 단층 창고 1동 4,792.13㎡, 철근콘크리트조 슬래브지붕 단층 관리사무소 183.06㎡ 합계 4,975.19㎡(이하 이 사건 지상정착물이라 한다.)을 총대금 8,250,000,000원(토지대금 7,319,000,000원＋지상정착물대금 931,000,000원)에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 1995. 8. 25. 이 사건 토지 및 지상정착물에 관한 소유권이전등기를 경료한 후, 그 시경 이 사건 토지 및 지상정착물의 취득세(토지에 대한 취득세 146,380,000원, 지상정착물에 대한 취득세 20,482,000원)와 농어촌특별세(위 각 취득세의 10%에 해당하는 금액)를 각 자진신고․납부하였다.

나. 그런데, 피고는 1996. 9. 6. 원고가 부동산임대업을 주업으로 하지 아니한 법인으로서 지상정착물이 있는 이 사건 토지를 그 지상정착물과 함께 전부 타에 임대하고 있음을 들어 이 사건 토지가 지방세법시행령(1996. 12. 31 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것, 이하 법시행령이라 한다.)

제84조의4 제3항 제1호 다목 소정의 비업무용토지에 해당한다고 보고

지방세법(1997. 1. 13. 법률 제5291호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다.) 제112조 제2항 소정의 중과세율에 의하여 산출한 세액에 위 기납부세액을 차감한 취득세 951,470,000원 및 이에 대한 가산세 190,294,000원 합계 금 1,141,764,000원과

농어촌특별세법 제5조 제1항 제6호에 의한 농어촌특별세 95,147,000원 및 이에 대한 가산세 9,514,000원 합계 금 104,661,700원을 원고에 대하여 부과․고지(이하 이 사건 처분이라 한다.)하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, (1) 원고가 이 사건 토지와 지상정착물을 취득한 이후 위 지상정착물의 100분의 10 이상에 해당하는 497.69㎡와 그 부속토지 부분을 직접 사용하고, 그 나머지 부분만을 타에 임대하였으므로 이 사건 토지는 위

법시행령 제84조의4 제3항 제1호 다목 소정의 비업무용토지에 해당하지 아니하고, (2) 이 사건 토지는 화물유통촉진법에 의한 물류시설용 토지이므로 위

법시행령 제84조의4 제1항 제1호 다목에 의하여 그 취득한 날로부터 2년 동안은 고유 업무에 사용되는지 여부에 관계없이 비업무용 토지로 볼 수 없는데도, 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득한 날로부터 2년이 경과하기도 전에 이 사건 토지를 비업무용토지로 단정하고 취득세를 중과하였으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

법 제112조 제1항은 “취득세의 세율은 취득물건의 가격 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.”고, 제2항은 “대통령령으로 정하는 별장․골프장․고급주택․고급오락장․법인의 비업무용토지․고급선박을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다.”고 각 규정하고 있고, 법시행령 제84조의4 제1항은 “법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.”고 규정하면서, 제1호 다목에서 “화물유통촉진법에 의한 물류시설용 토지 등은 법인이 그 토지를 취득한 날로부터 2년 내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직법 사용하지 아니하는 경우”를 들고 있고, 제3항은 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하면서, 제1호 다목에서 “내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지로서, 부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지 등”을 들고 있고, 지방세법시행규칙(1996. 12. 31. 내무부령 제701호로 개정되기 전의 것) 제46조의8 제1항은 “영 제84조의4 제3항 제1호에서 ‘내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지’라 함은 부동산을 대여하고 그 대가를 받을 목적으로 취득하여 임대용에 공여하는 토지를 말한다.”고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 관한 판단

(가) 인정사실

앞서 든 증거들 및 갑제3, 4호증의 각 1 내지 3, 갑제9호증, 갑제10호증의 1, 2, 을제4호증의 10 내지 19, 을제5호증의 2, 3, 31, 33, 57 내지 62, 을제6호증의 2, 을제8호증의 2, 4, 을제9호증의 1 내지 3, 을제12호증의 1, 2의 각 기재와 이 법원의

한화에너지프라자주식회사, 부산세관장에 대한 각 사실조회결과에 변론의 전취지를 보태어 보면 다음의 사실을 인정할 수 있고, 이에 어긋나는 갑제11호증, 을제5호증의 70 내지 99, 109 내지 120의 각 기재와 증인 김수명, 장재익의 각 증언은 믿을 수 없으며, 갑제5호증의 1 내지 12, 을제5호증의 35, 100 내지 108, 121 내지 279의 각 기재는 위 인정에 방해가 되지 아니하고, 달리 반증이 없다.

①

소외 대한통운협진주식회사(이하

대한통운협진이라 한다.)는 원고가 이 사건 토지 및 지상정착물을 취득하기 이전인 1990.경 위

한국연료로부터 이 사건 토지 및 지상정착물을 1995. 8. 31.까지로 임차하여, 그 시경부터 위 지상정착물 중 창고 1동의 일부인 991.74㎡와 야적장 991.74㎡ 합계 1,983.48㎡를 보세창고로, 위 창고 1동의 나머지 부분인 3,800.39㎡ 및 사무실 183.06㎡, 야적장 7,489.12㎡, 작업장 3,332.95㎡ 합계 14,805.52㎡를 보세장치장으로 하여 관할 세관장의 보세구역설영특허(특허종료기간 1995. 8. 15.)를 받아 사용하여 왔다(다만, 설영특허된 위 보세구역 중 이 사건 토지의 외곽지역 일부인 416.5평에 해당하는 약 1,376.86㎡를

소외 미창석유공업주식회사가 그 이전부터 사용하고 있어, 위

대한통운협진이 실제 보세구역으로 사용하고 있는 부분은 위 미창석유공업주식회사가 사용하는 부분을 제외한 나머지 부분이다.).

② 원고는 자동차운송사업, 자동차운송알선사업, 창고업 및 창고 하역업, 통관업, 수출입화물운송주선업, 항만하역업, 트럭터미널 및 화물터미널사업, 자동차정비사업, 부동산임대업 등을 목적사업으로 하되 운송사업을 주업으로 하는 법인으로서, 향후 화물운송․보관의 효율화와 복합운송 수송체계 구축계획에 따른 물류시설의 확충 필요성에 대비하여 1994. 12. 10. 위

한국연료로부터 이 사건 토지 및 지상정착물을 총대금 8,250,000,000원(부가가치세 별도)에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 계약당일 계약금 2,343,100,000원을 지급(그 중 금 1,050,000,000원은 위

한국연료가 위

대한통운협진에게 반환해야 할 이 사건 토지 및 지상정착물에 대한 임차보증금채무를 인수하는 것으로 갈음)한 후, 중도금은 1995. 3. 20., 잔금은 같은 해 6. 30.에 각 지급하기로 하되, 그 사용․수익은 1994. 12. 30.부터 할 수 있는 것으로 약정하였다.

③ 원고는 이 사건 토지와 지상정착물을 위 취득 이후 바로 위 물류시설로 사용해야 할 긴급한 필요성이 없는 터라 이를 종래와 마찬가지로 계속 임대하기로 하고, 위 사용․수익권을 부여받은 1994. 12. 30. 종래의 임차인들인 위

대한통운협진과

미창석유공업주식회사와의 사이에 새로운 임대차계약을 체결하였는데, 부동산임대업을 주업으로 하지 않는 원고가 위 지상정착물 중 100분의 10 이상을 직접 사용하지 아니하고 이 사건 토지 및 지상정착물 전부를 임대하는 경우 이 사건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당되는 것을 피하기 위하여, 위 대한통운협진과의 사이에서는 위 보세구역 중에서 위 지상정착물의 100분의 10이상에 해당하는 497.82㎡와 그 부속 토지(위 각 부분의 구체적인 위치는 계약서상 특정되어 있지 않다)를 제외한 나머지 지상정착물 4,477.37㎡(1,354.4평)과 부속 토지 중 13,732.95㎡(4,154.2평)만을 임대목적물로 하고, 그 임대기간은 1997. 12. 31.까지로 하는 임대차계약을, 위 미창석유공업주식회사와의 사이에서는 같은 회사가 종래 사용하고 있던 위 부분을 임대목적물로 하고, 그 임대기간은 1995. 12. 29.까지(위 임대기간은 그 후 1999. 6. 30.까지로 연장)로 하는 임대차계약을 각 체결하고, 1995. 1. 4. 관할 영도세무서장에게, 상호를 원고의 영도사업소, 개업연월일을 1994. 12. 30., 사업장 소재지를 이 사건 토지로 하는 임대사업자등록을 하였다.

④ 그런데 원고가 직접 사용하기로 한 위 부분은 설영특허를 받은 보세창고 및 보세장치장 부분으로서, 이 곳에는 세관장의 허가를 얻지 아니하고는 수출입화물이 아닌 일반화물이나 제3자의 화물을 장치할 수 없도록 되어 있어, 원고는 위와 같은 내용의 계약만을 체결하여 둔 채 직접 이를 사용함이 없이 위 대한통운협진이 종전과 마찬가지로 이를 보세창고나 보세장치장으로 계속 사용하는 것을 용인하여 왔다(다만, 원고는 취득세 중과에 대비하여 1996.에 이르러 위 지상정착물 중 497.9㎡에 관하여 사업소세와 주민세를 납부하였다.).

⑤ 이에

대한통운협진은 종래와 같이 위 보세창고 및 보세장치장 전부를 자신의 사업장으로 사용하여 왔고, 위 설영특허기간이 1995. 8. 15. 종료함에 따라 같은 해 7. 13. 관할 세관장에게 위 보세구역에 관하여 그 위치와 면적은 종래 설영특허된 보세창고 및 보세장치장과 동일한 것으로 하고, 그 특허기간만을 위 임대차기간 만료일인 1997. 12. 31.까지로 연장하는 내용의 갱신신청을 하여(다만, 위 신청 과정에서 위

대한통운협진은 당시까지 이 사건 토지 및 지상정착물에 대한 소유권이전등기가 원고 앞으로 경료되어 있지 아니하여 부득이 종래와 같이 등기부상의 소유명의자인 위 한국연료로부터 이 사건 토지 및 지상정착물을 임차하여 사용하는 것처럼 관계서류를 만들어 첨부하였다.), 같은 달 7. 28. 세관장의 승인을 받은 후, 계속하여 이 사건 토지와 지상정착물을 보세창고와 보세장치장으로 사용하였고, 그 사업소세도 이 사건 지상정착물 전체에 관하여 납부하여 왔다.

⑥ 원고가 직접 사용하고 있다고 주장하는 위 지상정착물 부분은 위 보세장치장 중 제6호 창고로서, 위 제6호 창고는 그 면적이 약 551.7㎡(위 임대차계약서상 임차목적물에서 제외된 지상정착물의 면적은 497.82㎡에 불과하다.)이고, 그 옆의 제5호 창고인 보세창고와는 그 사이에 설치된 고정된 벽체와 철제 셔터문으로 구분되는데, 바깥으로의 출입문이 지상보다 높게 설치되어 있어서 위 제5호 창고로 통하는 철제 셔터문을 통하지 않고는 지게차 등의 출입이 어렵고, 위 부분만을 독립적으로 사용할 수 있도록 하는 별도의 전기시설 등의 영업시설도 갖추어져 있지 아니하며, 이 사건 처분 이전까지 위 창고부분을 포함하여 원고가 점유․사용하였다고 주장하는 위 부속토지에 관하여 그 점유․사용을 나타내는 아무런 표지도 설치된 바가 없다[원고는 이 사건 처분 이후에야 위 제6호 창고부분에 “

삼희통운주식회사(원고의 변경전 상호) 영도창고”라는 표시판을 부착하고, 그 부속대지상에는 “

삼희통운 야적장”이라는 표시판을 세운 후 그 경계 부분에 철주 및 쇠줄을 설치하였다].

⑦ 한편, 위 대한통운협진은 이 사건 처분 이후인 1997. 9. 9.경 위 보세장치장 중 위 제6호 창고에 해당하는 551.7㎡와 야적장 1,692.1㎡, 작업통로 등 866.11㎡ 합계 3,109.91㎡에 관하여 보세장치장 감소신청을 하여 관할 세관장의 승인을 받은 바 있고, 위 임대차기간의 종료에 따라 1997. 12. 31. 이 사건 토지와 지상정착물을 원고에게 명도하였으며, 원고는 그 이후부터 이를 자신의 보세장치장으로 사용하고 있다.

(나) 판단

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 취득하면서 앞으로 이를 그 목적사업인 물류시설로 사용할 것을 예정하기는 하였지만, 이 사건 토지는 위 취득 이전부터 보세창고 및 보세장치장 등 물류시설로 사용되어 오던 것이어서 원고가 이를 취득하여 바로 자신의 물류시설로 사용하는 데에 별다른 장애가 없는데도, 원고는 위 잔금을 지급하기도 전에 그 사용․수익권을 부여받아 종래의 임차인들에게 이를 그대로 임대하였고, 그 임대기간도 3년 이상으로 정한 점, 위 임대사업자등록이 그 시경 바로 이루어진 점 등의 제반 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 토지를 앞으로 물류시설로 사용할 필요가 있을 때까지 상당한 기간에 걸쳐 임대용으로 사용하기 위하여 취득하였다고 할 것이어서 이 사건 토지는 위 시행규칙 소정의 부동산임대용으로 취득한 토지에 해당한다고 할 것이고, 한편 원고는 위 대한통운협진과의 사이에 위 지상정착물 중 10% 이상에 해당하는 497.82㎡와 그 부속토지 부분을 제외한 나머지 부분만을 임대하는 것으로 임대차계약을 체결하기는 하였으나, 위 임대목적물에서 제외된 부분은 모두 일반인의 사용이 제한되는 보세창고나 보세장치장으로서 그 설영특허권자인 위 대한통운협진이 계속하여 그 전부를 사용하여 왔고, 원고는 이 사건 처분 이전까지 실제로 이를 사용한 바가 없으므로, 이 사건 토지는 위

법시행령 제84조의4 제3항 제1호 다목 소정의 법인의 비업무용토지에 해당한다고 할 것이어서, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 위 둘째 주장에 관한 판단

법시행령 제84조의4 제1항,

제3항의 규정에 의하면, 당해 토지가 위 제3항 소정의 비업무용토지에 해당하는 경우에는 위 제1항 소정의 비업무용토지에 해당하는지 여부와 관계없이 그 토지는 법인의 비업무용토지에 해당한다고 할 것인바(1996. 5. 28. 선고 95누18642 판결 등 참조), 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지가 위 제3항 제1호 다목 소정의 비업무용토지에 해당하는 이상, 위 제1항 소정의 비업무용토지에 해당하는지 여부는 이 사건 토지의 비업무용토지 판단에 아무런 영향을 미치지 아니하므로(따라서 제3항 소정의 비업무용토지에 해당하면, 제1항 소정의 유예기간도 그 적용이 없다.), 원고의 위 주장은 더 나아가 판단할 필요없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.