조합원의 의료보험사업을 위하여 설립된 공법인인 조합으로서는 그 목적사업의 원활한 수행을 위하여 의료보험업무 이외에 일정한 범위 내에서의 수익사업으로서 그 소유의 부동산에 대한 임대사업을 할 수 있고, 임대사업은 조합의 고유업무라고 할 것이므로, 조합의 건물 중 타인에게 임대한 2,073.7㎡는 관계 법령 등에 따라 고유업무에 직접 사용하는 부동산이라 할 것이다. 따라서 다른 전제에서 한 취득세 등 처분은 위법하다.

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 1976. 8. 7. 부산시장으로부터 도시계획법상 준공업지역에 위치한 부산 사상구

삼락동 398의 2 대 8131.6㎡(이하 이 사건 토지라 한다) 지상에 목재방부처리공장 612.03㎡(방부공장 331.5㎡, 보일러실 62.2㎡, 건조실 218.33㎡)의 신축허가를 받고 1978. 4. 20. 그 일부에 대한 변경허가를 받아 목재방부처리공장 808.53㎡(전체 1동의 건물로서 허가받은 방부공장 331.5㎡, 보일러실 62.2㎡, 건조실 218.33㎡ 외에 천공실 180㎡, 계량실 16.5㎡로 되어 있다. 이하 이 사건 공장건물이라 한다)를 완공하였는데, 그 중 천공실 180㎡와 계량실 16.5㎡는 건축법상의 허가를 받지 않고 건축하였고, 나머지 건축물은 건축법상의 준공검사 및 사용승인을 받지 아니한 채 사용하여 왔다.

나. 피고는, 이 사건 토지를 지방세법시행규칙 소정의 공장입지기준면적 범위 내에 있는

지방세법 제234조의 15 제2항 소정의 공장용지로 보아 종합토지세를 분리과세, 징수하여 오다가 1999. 11. 19. 이 사건 공장건물이 무허가 건축물 및 위법시공 건축물이므로 이 사건 토지는 종합합산과세대상토지로 보아야 한다는 이유로 원고에 대한 1995년 분부터 1998년 분까지의 종합토지세를 다시 산정하여 그 중 이미 부과, 납부된 세액을 제외한 차액을 추징하기로 하여 종합토지세 75,430,960원 및 이에 따른 교육세 15,086,200원, 농어촌특별세 10,749,200원을 각 부과, 고지하였다.

다. 그런데 원고가 1999. 12. 11. 부산광역시장에게 이 사건 토지는 공장용지에 해당하므로 분리과세대상토지로 보아야 한다며 심사청구를 하자, 부산광역시장은 1999. 12. 27. 이 사건 공장건물은 무허가 건축물 및 위법시공 건축물이지만 이 사건 토지상에는 그 외에도 위험물 일반취급소 설치허가에 따라 설치된 옥외유류탱크 4개가 있으므로 그 수평투영면적 84.8㎡를 공장건축물 연면적에 포함시켜 이에 따른 공장입지기준면적 1,865.6㎡를 공장용지로서 분리과세하고 나머지 면적은 종합합산과세하여야 한다고 하여 위 각 과세처분을 종합소득세 50,268,290원, 교육세 10,053,660원, 농어촌특별세 6,805,360원으로 감액경정하면서 이와 관련하여 도시계획세 596,260원이 과오납되었다고 결정하였다.

라. 그리하여 피고는 2000. 1. 13. 원고에게 감액경정된 종합소득세 50,268,290원에 과오납된 위 도시계획세 596,260원 및 1999년분 종합소득세부과시에 과오납된 도시계획세3,086,130원을 각 충당하여 위 종합소득세 부분은 다시 46,585,950원(50,268,290원 - 596,260원 - 3,086,130원)으로 감액경정하였다.

[증거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증, 을 제5호증의 1 내지 5, 을 제6, 7, 8호증, 변론의 전취지

2 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 위 과세처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 지방세법은 종합소득세 분리과세대상토지인 공장용지의 범위를 대통령령에 위임하고 있고 지방세법시행령은 그 범위를 공장입지기준면적 범위안의 토지에 한정하면서 공장입지기준면적의 범위는 다시 지방세법시행규칙에 재위임하고 있는바, 그 재위임은 지나치게 포괄적이어서 과세요건법정주의 및 과세요건명확주의에 반하므로 무허가 건축물 및 위법시공 건축물의 연면적을 공장입기기준면적 산출상의 공장건축 연면적에서 제외시킨 지방세법시행규칙의 규정은 모법규정에 위반하여 무효이므로 이 사건 공장건물의 부속토지를 전부 종합합산과세대상토지에 포함시켜서 한 위 과세처분은 위법하다.

(2) 이 사건 공장건물 중 건축허가를 받았으나 준공검사를 받지 아니한 612.03㎡ 부분은 무허가 건축물이나 위법시공건축물에 해당하지 아니하여 그 면적은 공장입지기준면적 산출에 있어 공장건축물의 연면적에 포함시켜야 하므로 이를 포함시키지 아니한채 행한 위 과세처분은 위법하다.

(3) 이 사건 토지상에는 이 사건 공장건물과 유류저장탱크 외에도 시멘트 싸이로, 방부공장 레일시설, 콘크리트 제조시설 베드, 보일러 연돌, 수성저장탱크, 변전탑 등의 부대시설용 옥외 건축물이 있으므로 이들 시설의 수평투영면적을 공장건축물의 연면적에 포함시키지 아니한 위 과세처분은 위법하다.

(4) 이 사건 공장건물 안에는 유성주약관, 보일러, 화실, 천공기, 계중기 등의 시설이 설치되어 있고 이는 이 사건 공장건물의 허가 여부나 위법시공 여부에 관계 없는 독립된 시설이므로 피고가 그 수평투영면적을 공장건축물의 연면적에 포함시키지 아니하고 위 과세처분을 한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

지방세법

제234조의 15【과세표준】① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준․별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.

② 종합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 공장용지․전․답․과수원 및 목장용지의 가액

④ 분리과세표준은 제2항 제3호 내지 제6호의 가액으로 한다.

지방세법시행령

제194조의 15【분리과세 대상토지】① 법 제234조의 15 제2항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 공장용지․전․답․과수원 및 목장용지”라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지

행정자치부령으로 정하는 공장용 건축물(건축중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월이상 공사가 중단된 경우를 제외한다)의 부속토지[특별시․광역시(군지역을 제외한다)․시지역(읍․면지역을 제외한다)안에서는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지 및 도시계획법에 의하여 지정된 공업지역안에 위치한 공장용 건축물의 부속토지에 한한다]로서 행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위안의 토지. 다만, 공장입지기준면적을 초과하는 토지는 종합합산과세대상토지로 한다.

지방세법시행규칙

제104조의 10【공장용 건축물의 정의】영 제194조의 15 제1항 제1호에서 “행정자치부령으로 정하는 공장용 건축물”이라 함은 영업을 목적으로 물품의 제조․가공․수선이나 인쇄등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 제조시설용 건축물과 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역안에 설치되는 다음 각호의 부대시설용 건축물과 공업배치및공장설립에관한법률 제33조의 규정에 의한 산업단지관리기본계획에 의하여 공장경계구역밖에 설치된 종업원의 주거용 건축물을 말한다.

1. 사무실․창고․경비실․전망대․주차장․화장실 및 자전거 보관시설

2. 수조․저유조․싸이로․저장조등 저장용 옥외구축물

3. 송유관․옥외주유시설, 급․배수시설 및 변전시설

4. 폐기물처리시설 및 환경오염 방지시설

5. 시험연구시설 및 에너지이용 효율증대를 위한 시설

6. 공동산업안전시설 및 보건관리시설

7. 식당․휴게실․목욕실․세탁장․의료실․옥외체육시설 및 기숙사등 종업원의 복지후생증진에 필요한 시설

제104조의 11【공장입지기준면적】영 제194조의 15 제1항 제1호에서 “행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적”이라 함은 별표 4에 의한 공장입지기준면적을 말한다.

[별표 4] 공장입지기준면적

1. 공장입지기준면적=공장건축물 연면적 × 100/업종별 기준공장면적율

2. 공장입지기준면적의 산출기준

가. 공장건축물 연면적 : 당해 공장의 경계구역안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(종업원의 후생복지시설등 각종 부대시설의 연면적을 포함하되, 무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적을 제외한다)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다.

나. 업종별 기준공장면적율 : 공업배치및공장설립에관한법률 제8조의 규정에 의하여 통상산업부장관이 고시하는 "업종별 기준공장면적율"에 의한다.

3. 공장입지기준면적의 추가 인정기준

가. 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 산출된 면적을 초과하는 토지중 다음의 1에 해당하는 토지는 공장입지기준면적에 포함되는 것으로 한다.

(1) 공업배치및공장설립에관한법률시행령 제3조․제4조 및 제4조의2의 규정에 의한 지역에 소재하는 공장의 경우에는 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 산출된 면적의 100분의 10이내의 토지(그 면적이 3,000제곱미터를 초과하지 아니하는 부분에 한한다)

공업배치및공장설립에관한법률(1999. 2. 8. 법률 제5827호로 개정되기 전의 것)

제8조【공장입지의기준고시】① 통상산업부장관은 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 다음 각호의 사항에 관한 공장입지의 기준(이하 “입지기준”이라 한다)을 정하여 이를 고시하여야 한다. 이를 변경한 때에도 또한 같다.

2. 제조업종별 공장용지면적에 대한 공장건축면적의 비율(이하 “기준공장면적율”이라 한다)과 그 적용대상

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대하여

위 관계법령의 규정을 살펴보면,

지방세법시행령 제194조의 15는 종합토지세의 분리과세대상인 공장용지를 ‘공장용 건축물의 부속토지’라고 하여 공장용지의 구체적인 기준을 규정하면서 그 면적의 산출에 있어서는 행정자치부령으로 정하도록 하고 있고 이에 따라 지방세법시행규칙은 공장입지기준면적을 공업배치및공장설립에관한법률상의 업종별 기준공장면적율에 따라 산출하고 있는바, 종합토지세는 과다한 토지 보유를 억제하여 지가 안정과 토지 소유의 저변확대를 도모하기 위하여 종전의 토지분 재산세와 토지과다보유세를 통폐합하여 신설한 정책세제이므로(

대법원 1996. 4. 18. 선고 93누1022 판결 참조), 그 지상에 공장이 있는 토지라 하더라도 그 면적 전체를 아무런 제한 없이 모두 종합토지세의 분리과세대상으로 할 수는 없고 그 범위가 제한되어야 함은 당연하다 할 것이며, 위 시행규칙의 규정은 이와 같은 취지에서 위 시행령의 위임에 따라 공장용 건축물에 해당할 시설의 범위에 관한 세부적인 사항 및 면적만을 정하고 있을 뿐이어서 그 위임이 지나치게 포괄적이라거나 모법의 위임범위를 벗어난 것이라고 할 수 없으므로 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대하여

건축허가를 받았으나 준공검사를 받지 아니하여 사용승인을 받지 못한 채 사용하고 있는 건축물은 위법시공건축물에 포함된다 할 것이므로 원고의 위 둘째 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대하여

위 각 증거에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 토지상에는 이 사건 공장건물과 유류저장탱크 외에 콘크리트 제조시설로서 사용되지 않고 방치되어 있는 시멘트 싸이로, 콘크리트 제조시설 베드가 설치되어 있고, 이 사건 공장건물의 일부로서 그 외벽에는 수성저장탱크가 설치되어 있고, 공장건물 밖에는 방부공장 레일(길이 55m 정도) 및 보일러 연돌이 설치되어 있으며, 공장경계구역안에 있는 전신주 중간쯤에는 고정된 받침대 위에 변압기 2대가 설치되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 콘크리트 제조시설 베드 및 레일은 위 관계법령 등에서 규정한 부대시설용 건축물에 포함된다고 볼 수 없고, 시멘트 싸이로는 콘크리트 제조시설 베드와 함께 사용되지 않고 방치되어 있으므로 이 사건 공장건물의 제조시설을 지원하기 위한 시설이라고 볼 수 없으며, 보일러 연돌 및 수성저장탱크는 무허가 또는 위법시공된 이 사건 공장건물의 일부일 뿐 독립된 부대시설용 건축물이라고 볼 수 없고, 위 변압기는 전신주에 설치된 시설일 뿐으로 이 사건 토지상에 설치된 위 시행규칙 제104조의 10 제3호 소정의 변전시설에 해당하는 것으로 볼 수 없어 결국 이들 각 시설은 그 수평투영면적이 공장입지기준면적의 산출에 있어 공장건축물의 연면적에 포함되는 부대시설용 건축물이라 할 수 없으므로 이에 관한 원고의 주장 역시 이유 없다.

(4) 원고의 넷째 주장에 대하여

원고 주장의 유성주약관, 보일러, 화실, 천공기, 계중기 등의 시설 등은

지방세법시행규칙 제104조의 10 소정의 공장 건축물의 부대시설용 건축물에 포함된다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 무허가 또는 위법시공 건축물 안에 설치된 시설의 면적이 그 건축물과 별도로 공장건축물의 연면적으로 계산되어야 한다고 볼 수도 없으므로 이에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그러므로 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소한 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.