비영리 법인이 부동산을 취득 및 등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 고유 목적사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 한 취득세, 등록세 등을 부과한 처분은 적법하다.

1. 이 사건 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1, 2의 각 1, 2, 갑 3, 갑 4의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.

가.

원고는 천주교서울대교구에 속하는 모든 교회의 운영 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 1997. 10. 15.

천주교서울대교구 산하

천주교마장동교회(이하 ‘마장동교회’라 한다)의 성당 등으로 사용할 목적으로 서울 성동구

마장동 777-4 대지 827.8㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상에 건립된 연면적 1,385.6㎡의 철근콘크리트조 지하 1층, 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지․건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 대금 17억 3천만 원에 취득하고, 같은 날 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 그 소유권이전등기를 마쳤다. 이에 피고는 비영리법인인 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하여 등기한 것으로 보고, 취득세에 관하여는

지방세법 제107조 본문 및

제1호,

같은법시행령 제79조 제1항 제1호를, 등록세에 관하여는

같은 법 제127조 제1항 본문 및

제1호,

같은법시행령 제94조 제1항,

제79조 제1항 제1호를 각 적용하여 취득세, 등록세 등을 부과하지 아니하였다.

나. 그 후 원고는 1998. 12. 15.

소외 장병용에게 이 사건 부동산을 대금 10억 원에 매각하였다. 그러자 피고는 2001. 5. 4. 원고가 이 사건 부동산의 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이를 그의 고유 목적사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로, 취득세에 관하여는

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서를, 등록세에 관하여는

같은법 제127조 제1항 단서를 각 적용하여 이 사건 부동산에 관하여 과세하지 아니하였던 청구취지 기재의 취득세, 등록세 등을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고는 위 처분 사유와 관계 법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 이 사건 부동산의 취득 및 등기일로부터 이 사건 부동산을 위

마장동교회의 교리 공부 장소 등으로 사용하다가, 건축관계법령의 제한으로 말미암아 이를 종교시설로 용도변경하는 것이 불가능하고, 이를 성당 건물로 사용하는 데 대하여 위

마장동교회 신도들이 반대하여 부득이 이를 매각하였으므로, 원고로서는 이 사건 부동산을 그 고유 목적사업에 직접 사용하였다고 할 것이며, 설사 그렇지 않다고 하더라도, 이 사건 부동산을 고유 목적사업에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 사건 부동산의 취득 및 등기에 대하여는 취득세, 등록세 등을 부과하여서는 아니됨에도 불구하고, 이와 달리 보고 취득세, 등록세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

【구 지방세법】(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

【지방세법시행령】

제79조 (비영리사업자의 범위) ①

법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제94조 (비영리사업자의 범위 등) ①

법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은

제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 관계법령의 해석

(1) 위 각 규정의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는, 취득세 및 등록세를 부과함으로써, 부동산의 효용가치를 증대시키고, 부동산투기 등을 근절하는 데 있다고 할 것이다.

(2) 그런데 위 각 규정 소정의 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세 및 등록세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어, 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(

대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).

(3) 그러나 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리 재단법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 가사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 지방세법상 취득세 및 등록세 부과를 면할 수 있는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다(

대법원 1998. 7. 10. 선고 98두7626 판결 등 참조).

(4) 그리고, 위 각 규정 소정의 "직접 사용"의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(

대법원 1998. 7. 10. 선고 98두7626 판결 등 참조).

라. 인정 사실 및 판단

(1) 인정 사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 2의 1, 2, 갑 3, 갑 4의 1, 2, 갑 5, 갑 6, 7의 각 1, 2, 갑 8, 을 1의 각 기재(다만, 갑 3, 8의 각 기재 중 아래에서 믿지 않는 부분 각 제외) 및 증인

고신관의 증언(다만, 아래에서 믿지 않는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 3, 8의 각 기재 부분 및 증인

고신관의 증언 부분은 믿기 어려우며, 달리 반증이 없다.

(가) 원고는

소외 임태선으로부터 그 소유의 서울 성동구

마장동 793-2 소재 건물의 1층 약 45평(이하 ‘종전 건물’이라 한다)을 무상으로 빌려 이를 위

마장동교회의 성당으로 사용하여 왔는데, 1997. 초순부터 위

마장동교회의 신자 수가 2,000여 명에 이르러 위 종전 건물로는 늘어난 신자들을 수용하기 어렵게 되었을 뿐만 아니라, 위

임태선으로부터 위 종전 건물을 명도하여 달라는 요구를 받게 되자, 같은 해 10. 15. 위

마장동교회의 성당, 교육관, 사택 등으로 사용할 목적으로 이 사건 부동산을 17억 3천만 원에 취득하였다.

(나) 원고는 이 사건 건물 전체를 종교시설로 용도변경하여 성당 등으로 사용하고자 하였으나, ① 이 사건 건물이 당시 건축법규상 종교시설로 용도변경하는 데 요구되는 건축선으로부터의 이격거리 4m 내에 건립되어 있을 뿐만 아니라[

구 건축법(1999. 2. 8. 법률 제5895호로 개정되기 전의 것) 제50조,

구 건축법시행령(1999. 4. 30. 대통령령 제16284호로 개정되기 전의 것) 제81조 제1항, 구 서울특별시건축조례(1999. 7. 31. 조례 제3665호로 개정되기 전의 것) 제55조 제3호 참조], ② 인접대지경계선으로부터의 이격거리 3m 내에 건립되어 있어[위

구 건축법 제50조, 위

구 건축법시행령 제81조 제2항, 위 구 서울특별시건축조례 제56조 제2호 참조], 위와 같은 건축법규상의 장애사유를 해소하기 위하여는 이 사건 건물 1층의 일부를 철거할 수밖에 없었는데, 그 경우 2층에 위치할 성당에 한꺼번에 많은 신자들이 모이게 되면 이 사건 건물의 안전에 문제가 생길 우려가 있었다.

또한, 이 사건 건물의 용도를 종교시설로 변경하기 위하여는 이 사건 건물에 주차대수가 14대 이상인 부설주차장이 설치되어 있어야 하는데(

주차장법 제19조,

같은법시행령 제6조 참조), 이 사건 건물에는 12대의 차량을 주차할 수 있는 주차장 밖에 없었고, 위 법정 주차장 규모로 주차장을 확장할 여유 공간도 없었다.

뿐만 아니라, 이 사건 부동산에 인접한 길 건너편에는 2개 노선의 시내버스 종점이 위치하고 있어 그곳에서 발생하는 소음 및 공해로 인하여 이 사건 부동산에서의 집회 등 활동에 지장을 초래함은 물론, 이 사건 부동산에 출입할 때 교통혼잡으로 인하여 어린이와 노약자 신자들의 안전이 문제가 되었으며, 이와 같은 문제로 위

마장동교회의 신자들과 인근 주민들 및 위 시내버스 운전기사들 사이에 시비가 발생하기도 하였다.

(다) 이에 따라 위

마장동교회는 1998. 5. 4.경 원고에게 이 사건 부동산이 성당으로 사용하기에 부적당하므로 적절한 조치를 취하여 줄 것을 건의하였고, 이에 대하여 원고는 같은 달 11.경 위

마장동교회의 주임신부에게 새로운 성당 부지를 물색하여 매입을 추진하도록 지시하였다.

(라) 위와 같은 과정을 거쳐, 원고는 결국 1998. 12. 15. 이 사건 부동산을 위

장병용에게 대금 10억 원에 매각하였으며, 위 매각 대금으로 새로운 성당 부지인 서울 성동구

마장동 772-1 소재 토지를 구입하였다.

(마) 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후에도, 위

마장동교회는 위 종전 건물을 성당으로 계속 사용하면서, 이 사건 건물에 새로운 시설을 하거나 기존시설을 변경하지 아니하고, 그 중 일부분만을 임시로 수리하여 그곳에서 필요할 때마다 간헐적으로 성당건축기금 마련을 위한 바자회를 개최하는 등 각종 단체의 모임이나 행사를 개최하였을 뿐, 계속적으로 이 사건 건물을 사용하지는 아니하였으며, 이 사건 건물은 위 매각 당시 상주관리인도 없이 청소도 되어 있지 않은 상태로 출입문이 닫힌 채 방치되어 있었다.

(2) 판단

(가) 위 인정 사실에 나타난 바와 같이, 원고는 이 사건 부동산을 취득하여 매각할 때까지 이를 위

마장동교회의 성당이나 교육관 또는 사택으로 사용한 적이 없으며, 단지 가끔 필요할 때마다 그 일부를 바자회 등의 행사장으로 사용하였을 뿐이고, 위와 같은 행사가 없을 때에는 출입문을 닫아 두고 이를 사용하지 아니한 것으로 보이는바, 사정이 이와 같다면, 원고는 이 사건 부동산을 그 고유의 목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵다 할 것이다.

(나) 나아가

천주교서울대교구에 속하는 모든 교회를 운영하고 있는 원고로서는 이 사건 건물이 앞서 본 바와 같은 건축관계법령에 의하여 종교시설로의 용도변경이 곤란하다는 사정을 알고 있었다고 보일 뿐만 아니라, 가사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 위와 같은 법령상의 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 이 사건 건물을 취득한 것으로 보이므로, 이러한 법령상의 장애사유는 이 사건 부동산을 고유의 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다. 또한 이 사건 부동산을 위 마장동교회가 사용함에 따라 발생할 수 있는 교통혼잡 등의 문제는 앞서 본 주차장 공간의 확보 등 법령상의 장애사유와 관련이 있을 뿐만 아니라, 원고의 노력 여하에 따라서는 충분히 해소될 수 있는 사실상의 장애사유로서 이 사건 부동산을 고유의 목적사업에 사용하지 못할 정도의 사유라고는 보이지 아니하고, 원고가 이러한 사실상의 장애를 해결하기 위한 진지한 노력을 다 하였다고 보이지도 아니하므로, 이와 같은 사정 역시 이 사건 부동산을 원고의 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다.

(다) 따라서, 비영리 법인인 원고가 이 사건 부동산을 그 취득 및 등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유 목적사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.