토지를 임대용으로 전환하여 법인의 목적사업에 사용하고 있다고 주장하나, 법인이 유예기간 내에 정당한 사유 없이 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니함으로써 토지가 비업무용 토지에 해당하게 된 이후의 사정에 불과하고, 시행령 제78조의2 제1항, 제79조 제1항, 제93조의2, 제94조, 법인세법 제1조의 규정상 원고와 같은 학술연구단체인 공공법인에 대하여는 적용되지 아니할 뿐 아니라 당해 토지를 부동산 임대업에 사용하는 경우를 비과세요건에서 제외하고 있음이 명백하다. 따라서 토지 취득과 관련하여 당초 면제되었던 취득세, 등록세를 추징하고, 취득세에 대하여 중과세율을 적용하는 한편, 그에 따른 농어촌 특별세 및 교육세를 부과한 처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

【인정증거】갑 1호증의 1, 2, 3, 갑 2, 3, 9호증, 을 1호증의 1, 2, 3, 을 3호증 및 변론의 전취지

가. 원고는 1984. 5. 2. 암의 체질침 치료방법의 연구 및 난치병의 체질침 치료연구 등을 목적으로 공익법인의 설립운영에관한 법률 및

민법 제32조에 따라 당시 주무부서인 보건사회부 장관의 허가를 받아 이사장인

소외 권도원의 출자로 설립된 비영리재단법인으로서, 1997. 1. 19. 위

권도원으로부터 암 연구소 건물의 신축을 목적으로

서울 중구 신당동 236의 378 외 2필지 합계 391㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 증여받아 이에 관한 소유권이전등기를 경료하면서 피고로부터

지방세법 제290조 제1항 제18호의 규정에 따라 취득세 3,412,280원, 등록세 2,559,210원 및 교육세를 면제받았다.

나. 피고는 원고 법인이 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하여

구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항,

같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항소정의 비업무용 토지에 해당한다는 이유로,

같은 법 제290조 제1항 단서에 따라 면제된 취득세와 등록세 및 교육세를 추징하는 한편,

같은 법 제112조 제2항이 정한 취득세 중과세율(취득가액의 20/1,000의 750/100)을 적용한 후 위 추징 취득세액을 공제하여 산출한 취득세액 및 이에 따른 부가세로서 농어촌특별세를 부과하기로 하여, 원고에게 1999. 11. 9. 및 같은 달 12. 청구취지 기재와 같은 내용의 이 사건 각 처분을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고 법인은 이 사건 토지를 취득한 후 암 연구소 건물을 신축하고자 지질조사와 기본설계를 완료하고, 이사장 권도원으로부터 건물신축자금으로 9억 원을 차입하여 건축설계비 등을 집행하는 한편, 피고로부터 건축허가를 받아 연구소 신축을 위한 사전준비를 하던 중, 1997. 11.경 발생한 이른바 IMF 사태로 건축자재비 등 공사원가가 당초의 9억 원에서 18억 원으로 상승함에 따라 자금부족으로 부득이하게 위 신축공사를 포기하게 되었고, 그 후 정관을 개정하여 목적사업에 부동산임대업을 추가하고 연구활동비 마련을 위하여 이 사건 토지를 위 권도원에게 임대하였다.

따라서 원고 법인이 이 사건 토지를 암 연구소 건물 신축에 사용하지 못한 데에는 IMF로 인한 건축비의 급등이라는 정당한 이유가 있을 뿐 아니라 이 사건 토지를 임대용으로 전환하여 원고 법인의 목적사업에 사용하고 있으므로

구 지방세법 제107조 1호및

제127조 제1항 제1호(원고가 제출한 2001. 4. 23.자 준비서면에 기재된

제106조 제1항 및

제127조 제1항은 위 조문 기재의 착오로 보인다) 소정의 취득세 및 등록세의 비과세요건에 해당한다.

나. 관계법령

별지 목록 기재와 같다.

다. 인정사실

【인정근거】갑 4 내지 7호증, 갑 8호증의 1, 2, 3, 갑 10 내지 15호증, 갑 16 내지 23호증의 각 1, 2, 갑 24호증, 을 4호증의 1, 2, 3, 을 5 내지 8호증, 을 9호증의 1, 2, 3 및 변론의 전취지

⑴ 이 사건 토지상에는 위

권도원 소유의 근린생활시설 건물(지하 1층, 지상 2층 연면적 333.63㎡)이 있었고, 위 권도원은 위 건물을 주택 및 자신이 운영하는 제선한의원의 용도로 사용하다가 이 사건 토지를 증여하기 전인 1996. 11. 15. 위 한의원을

서울 중구 신당동 305의 24로 이전하였다.

⑵ 원고 법인은 1997. 4.경 이 사건 토지상의 연구소 건물 신축을 위한 지질조사와 기본설계를 의뢰하고 같은 해 6. 26. 용역비 34,875,680원을 지출하였으며, 같은 해 7. 4. 피고로부터 연구소 건물의 건축허가(지하 2층, 지상 4층, 연면적 1,255.1㎡)를 받고 같은 해 8. 26. 설계변경허가까지 받았으나 이후 기존건물을 철거하는 등 위 연구소 신축공사에 착공하지 아니하였다.

⑶ 원고 법인은 1998. 7. 4. 이사회결의를 거쳐 IMF 사태의 영향으로 인하여 건축비가 상승하여 연구소 신축이 불가능하다는 이유로 이 사건 토지를 위

권도원에게 임대하고 그 임대수입금은 법인의 고유목적 사업비에 충당하기로 한 후 같은 해 8. 18. 피고에게 위 연구소 건축허가 취소원을 제출하여 같은 해 9. 18. 피고로부터 건축허가취소처분을 받았으며, 위 권도원은 같은 해 8. 13. 이 사건 토지상의 위 2층 건물에 대한 증축허가를 신청하고 같은 달 20. 그 허가를 받아 같은 해 9. 9. 공사에 착공한 후 1999. 1. 15. 준공허가(지상 3층, 지하 1층 연면적 597.1㎡)를 받았다.

⑷ 원고 법인은 1998. 12. 30. 정관을 개정하여 목적사업에 부동산임대사업을 추가하고 1999. 1. 19. 등기를 마친 후 같은 달 20. 위

권도원과 사이에 이 사건 토지를 위 권도원에게 임대하는 대가로 매월 일정액의 임대보증금을 받는 한편, 그 지상의 위 증축건물 중 2, 3층을 원고 법인이 임차하기로 약정하고 현재까지 위 임차부분을 사용하고 있다.

라. 판단

⑴ 앞에서 살펴본 구 지방세법 및 같은법시행령의 제 규정을 종합하면, 원고와 같은 학술연구단체인 공공법인이 토지를 취득한 날부터 1년 내에 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세 및 등록세를 추징하고, 취득세에 대하여는 “법인의 비업무용 부동산”으로서 중과세율을 적용하나 정당한 사유가 있는 경우에는 비업무용 토지의 범위에서 제외되어 중과세율의 적용이 배제된다 할 것인바, 여기서 “당해 법인의 고유 업무에 직접 사용하였는지 여부”는 당해 공공법인의 사업목적과 토지의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하고(

대법원 1999. 10. 8. 선고 97두12949 판결 참조), 한편 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이나, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어서 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 2000. 10. 24. 선고 99두9315 판결,

99두10582 판결 등 참조)

⑵ 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 암 연구소 건물의 신축공사에 착수하지 못한 이유를 IMF 사태로 인한 건축공사비용의 현저한 증가로 인한 외부적 사정 때문이라고 주장하나, ① 건축자금의 부족은 기본적으로 원고 법인의 내부적인 사정에 해당되는 것으로서 원고 법인 스스로 위 신축공사계획을 포기하여 피고에게 건축허가 취소원을 제출하였고, 건축허가가 취소된 후 이 사건 토지를 위 권도원에게 임대하여 그가 운영하는 한의원 건물의 부지로 계속 사용하도록 제공하였던 점, ② 원고 법인이 위 신축공사를 위한 지질조사와 기본설계용역을 의뢰하고 그 비용을 지출한 후 건축허가까지 받았다고는 하지만, 이 사건 토지상에 건립되어 있던 종전의 한의원 건물을 철거하거나 건축공사비용의 견적을 산출하여 공사도급계약을 체결하는 등 위 신축공사에 착수하였다고 볼 만한 구체적인 자료가 없는 점, ③ 당초의 예상건축비나 IMF로 인한 증가된 건축자재비용 등에 관한 구체적인 산출내역은 물론 원고 법인이 권도원으로부터 위 건축비 9억원을 실제로 차입하였다고 볼 만한 자료가 없고, 달리 건축비용의 조달을 위하여 별다른 노력을 기울인 것으로도 보이지 않는 점{원고 법인 내부의 이사회 의사록에 불과한 갑 6호증은 위 차입사실을 인정할 만한 증거가 되지 못하며, 비영리 공익법인인 원고 법인이 당초의 예상건축비 9억원을 외부로부터 차입하기 위하여는 위 금액의 규모 등에 비추어 공사주무관청의 허가가 필요할 것으로 보이는데(ㆍ

공익법인의설립운영에관한법률 제11조 제2항,

같은법시행령 제18조 제1항 참조), 이에 관한 자료 역시 없다}에다가 이 사건 토지의 증여자인

권도원과 원고 법인의 관계 및 위 연구소 건물의 신축계획을 포기한 직후 곧바로 기존 건물의 증축공사에 착수하고 이 사건 토지를 위 권도원에게 임대한 점 등 이 사건 변론과정에 나타난 제반 사정을 종합하면, 원고 법인이 이 사건 토지를 그 취득일로부터 1년 내에 고유 업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없을 뿐 아니라 위와 같이 고유업무에 직접 사용하지 못한데 대하여 외부적 장애가 있었다거나 그 사용을 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 수도 없어서 취득일로부터 1년 동안의 유예기간 내에 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

⑶ 또한, 원고는 이 사건 토지를 임대용으로 전환하여 원고 법인의 목적사업에 사용하고 있다고 주장하나, 이는 원고 법인이 위 유예기간 내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니함으로써 이 사건 토지가 비업무용 토지에 해당하게 된 이후의 사정에 불과하고,

구 지방세법 제107조 1호,

제127조 제1항 제1호 소정의 비과세요건에 해당한다는 주장 역시 위 법조항 및

같은법시행령 제78조의2 제1항,

제79조 제1항,

제93조의2,

제94조,

법인세법 제1조의 규정상 원고와 같은 학술연구단체인 공공법인에 대하여는 적용되지 아니할 뿐 아니라 당해 토지를 부동산 임대업에 사용하는 경우를 비과세요건에서 제외하고 있음이 명백하므로 이유 없다.

⑷ 소결론

그렇다면, 피고가 원고에게 이 사건 토지 취득과 관련하여 당초 면제되었던 취득세, 등록세를 추징하고, 취득세에 대하여 중과세율을 적용하는 한편, 그에 따른 농어촌 특별세 및 교육세를 부과한 이 사건 각 처분은 적법하다 할 것이다.

4. 결론

따라서, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.