토지상에는 원자력발전소 건립에 필요하지 아니한 건물, 분묘 등 지장물이 정착되어 있었기 때문에 그 지장물을 철거하기 위한 협의를 위하여 보상금을 지급하였고, 법인장부상에 보상금을 용지매수대금으로 기재하고 있지만 그 지급내역에는 건물, 분묘 등 지장물에 대한 보상금임을 명시하고 있는 사실을 인정할 수 있다. 따라서 보상금은 과세대상물건인 토지를 취득함에 있어서 토지 자체의 가격으로 지급된 것이 아니라 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관하여 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이어서 토지에 대한 취득세의 과세표준인 취득가격에 포함되지 않으므로, 보상금을 토지의 취득비용에 포함시켜 취득세 등을 부과한 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 12. 26. 구 통상산업부장관으로부터

부산 기장군 장안읍 효암리 134 외 1,694필지 2,678,086㎡에 관하여 통상산업부고시 제1997-209호로 전원개발에관한특례법 규정의 효암․비학 신규원자력발전소 건설사업 예정구역으로 지정받아,1998. 12. 1.부터 1999. 12. 31.까지 사이에 공공용지의취득및손실보상에관한법률에 의하여 위 토지 중 611필지 1,065,064㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 그 소유자들과 협의하여 32,371,405,425원에 매수함과 아울러 이 사건 토지상에 있던 지상정착물에 대한 보상금 6,451,185,990원(=건물 5,431,704,170원+분묘 62,325,000원+공작물 392,308,570원+농작물 564,848,250원), 위 토지상에 거주하던 주민들에 대한 이주정착비 1,279,290,290원, 영업보상비 386,522,500원, 농기구보상비 100,322,000원, 지상정착물의 철거공사비 89,770,000원, 보상비책정에 따른 위탁수수료 및 감정수수료 890,310,307원 합계 9,197,401,087원을 그 권리자들에게 지급하였다.

나. 원고는 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기시 취득세 등을 신고납부함에 있어 이 사건 토지의 취득가액 32,371,405,425원을 과세표준액으로 산정한 취득세 647,591,350원, 농어촌특별세 64,759,130원을 자진납부하였다.

다. 그런데 피고는

지방세법(1999. 12. 28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제111조 제1항,

제5항,

같은 법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘령’이라 한다) 제82조의3 제1항을 근거로 하여 위 보상금 등도 이 사건 토지의 취득가액에 포함시켜 그 합계 41,568,806,512원(=32,371,405,425원+9,197,401,087원)을 과세표준액으로 산정한 다음

법 제112조 제1항,

제131조 제1항 제3호 등의 세율에 따라 산출한 금액에서 원고가 기납부한 금액을 공제하여, 2000. 7. 15. 원고에 대하여 가산세를 포함하여 취득세 221,945,800원, 농어촌특별세 20,345,020원, 등록세 288,432,560원, 교육세 52,879,290원을 각 부과하였다(이후 원고가 기납부한 취득세 및 농어촌특별세액을 잘못 통보하였음이 밝혀져 피고는 직권으로 위 처분에서 취득세 1,404,070원, 농어촌특별세 128,700원을 감액하였다).

라. 이에 원고가 2000. 9. 14. 심사청구를 하자 행정자치부장관은 2000. 10. 31. 원고가 지급한 위 보상금 중 농작물․영업권․농기구에 대한 보상금, 이주정착비, 철거공사비는 이 사건 토지를 취득함에 있어 토지 자체의 가격으로 지급된 것이 아니고, 위탁 및 감정수수료는 이 사건 토지와 그 외의 물건에 대한 수수료의 안분내역에 관한 자료가 없으며, 공작물에 대한 보상금은 취득세 과세대상이 되는 구축물인지 여부를 판단할 증빙자료가 없다는 이유를 들어 이들을 취득세 과세대상에서 제외하여 위 취득세를 일부 감액토록 결정함으로써, 취득세 130,904,880원, 농어촌특별세 11,999,600원, 등록세 2,243,700원, 교육세 411,340원으로 각 감액경정되었다{그리하여 위 보상금 중 건물과 분묘에 대한 보상금(이하 ‘이 사건 보상금’이라 한다)만을 이 사건 토지 가액에 포함시켰는바, 위와 같이 감액결정된 2000. 7. 15.자 당초의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다}.

[인정근거] 갑1의 1,2,3,4,6, 갑3의 1,2,3, 갑4의 1,2, 갑5, 을2의 1내지12, 을4의 1내지7의 각 기재

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

이 사건 보상금은 이 사건 토지를 취득함에 있어 토지자체의 가격으로 지급된 것이 아니고, 원고는 그 건물 및 분묘의 소유권을 취득하지도 아니하였으므로, 이 사건 취득세 등의 부과대상이 되지 아니한다.

나. 관련법령

법 제111조[과세표준] ①취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다.

②제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고 가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑤다음에 게기하는 취득(증여 기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문, 법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

령 제82조의2[취득가격의 입증] ①법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문․법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장․보조장․출납전표․결산서

제82조의3[취득가격의 범위] ①취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접․간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

다. 판단

(1) 갑6의 1내지8, 갑7, 갑8의 1내지8의 각 기재와 증인 강희철의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 취득한 이 사건 토지상에는 원자력발전소 건립에 필요하지 아니한 건물, 분묘 등 지장물이 정착되어 있었기 때문에 그 지장물을 철거하기 위한 협의를 하였던바, 1998. 12.경부터 1999. 12. 31.까지 사이에 협의가 성립되어 원고가 그 권리자들에게 위 건물 및 분묘에 대한 이 사건 보상금으로 5,494,029,170원을 지급한 사실, 위 건물은 원고가 피고에게 그 철거공사를 위탁하여 1999. 9. 18.부터 같은 해 12. 16. 사이에 철거되고 2001. 4. 현재 일부 건물에 대하여 멸실등기가 경료된 사실, 원고는 그 법인장부상에 이 사건 보상금을 용지매수대금으로 기재하고 있지만 그 지급내역에는 건물, 분묘 등 지장물에 대한 보상금임을 명시하고 있는 사실을 인정할 수 있다.

(2) 한편

령 제82조의3 제1항에서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다고 할 것이다(

대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).

그런데 위 인정사실에 의하면, 이 사건 보상금은 과세대상물건인 이 사건 토지를 취득함에 있어서 토지 자체의 가격으로 지급된 것이 아니라 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관하여 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이어서 이 사건 토지에 대한 취득세의 과세표준인 취득가격에 포함되지 아니한다고 할 것이다(원고의 법인장부에 이 사건 보상금을 용지매수대금이라고 기재하였다고 하여 그 실질이 달라지는 것은 아니다).

따라서, 이 사건 보상금을 이 사건 토지의 취득비용에 포함시켜 취득세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있다.