토지의 개별공시지가가 결정되지 아니한 것으로 보아 종합토지세 과세기준일 현재의 시가를기준으로 하여 과세표준을 산정하여야 할 것이므로, 적정세금을 초과하는 부분은 위법하다.

1. 기초사실

가. 원고는 공용화물자동차 정류장사업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 본점 소재지인 서울 양천구

신정동 812 일대의 토지 69,049.92㎡를 소유하는 한편 그에 인접한 국유지 등을 임차하여 화물트럭터미널 시설을 갖추고 영업을 하여 왔다.

나. 그런데, 원고는 사업장을 이전하기 위하여 화물트럭터미널 신설부지를 구입하기로 하고, 1999. 1. 9.

한국토지공사로부터 유통업무설비 시설용지인 인천 연수구

동춘동 926 대 103,517.5㎡를 239억 1,255만원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하면서, 매매대금의 지급방법에 관하여 계약금 2,391,255,000원은 계약당일에 지급하고 나머지 매매대금은 1999. 7. 9.부터 2004. 1. 9.까지 사이에 10회에 걸쳐 6개월마다 2,152,100,000원씩을 지급하기로 약정하였으며, 특약사항으로 원고는 위 대지의 토지이용 상세계획 및 도시설계시행지침에 따라 건물을 건축하는 것으로 약정하였다.

다. 그 후,

위 동춘동 926 대지 중 187.8㎡이 인천도시철도1호선 공사구간에 편입되자, 원고와 피고는 1999. 12. 28. 매매목적물의 면적을 103,329.7㎡(이하

위 동춘동 926 대 103,329.7㎡를 이 사건 토지라 한다)로, 매매대금을 23,869,168,200원으로 각 변경하고, 감소된 매매대금 43,381,800원은 제2회 중도금에서 공제하기로 약정하였다.

라. 원고는 2차 중도금까지 지급한 다음 2000. 2. 8. 나머지 매매대금에 대하여는 피보험자를

한국토지공사로 한

서울보증보험 주식회사의 이행보증보험증권을 한국토지공사에 제출하고 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하고, 2000. 2. 28.

주식회사 하나은행에 채권최고액 182억원의, 2000. 3. 22.

오진상사 주식회사에 채권최고액 미화 780만불의, 2000. 6. 22.

오진상사 주식회사에 채권최고액 미화 130만 달러의 각 근저당권을 설정하여 주었다.

마. 한편, 원고는 1997. 7. 15. 종합건축사사무소인 준미건축과 이 사건 토지 위에 신축할 트럭화물터미널 건물에 관한 설계용역계약을 체결하였으며, 1999. 9. 21.

인천광역시장에게 이 사건 토지의 토지이용계획 및 상세계획의 변경신청을 하였고, 이에 따라

인천광역시장은 도시계획변경으로 발생할 이익이 원고 개인에게 귀속되어 공공성이 미흡하고 원고의 변경계획안에 새로운 진입로 2개가 추가되어 교통혼잡이 예상된다는 등의 이유로 원고의 신청을 일부만 받아들인 도시계획 변경안을 마련하여 1999. 12. 1. 공람공고를 하고 인천광역시 도시계획위원회에 상정하자 인천광역시 도시계획위원회가 2000. 1. 26. 도시계획 변경안에 대하여 보류결정을 하였으나, 결국 2000. 3. 26. 도시계획 변경안이 결정되고 2000. 5. 11.에는 도시계획시설실시계획인가가 났으며, 이어 원고는 2000. 5. 26. 피고로부터 화물트럭터미널 건축허가를 받았으나 2000. 6. 1. 까지도 화물트럭터미널 건축공사를 시작하지 아니하였다.

바. 피고는

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제234조의15 제5항,

같은 법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제194조의16 제2항의 규정에 따라 이 사건 토지에 대한 1999년도 개별공시지가 630,000원/㎡을 기준으로 과세표준액 적용비율 37%를 적용하여 산정한 24,086,153,070원을 종합토지세 과세표준으로 하여 별지 부과처분내역 기재와 같이 2000년도 종합소득세, 도시계획세, 교육세, 농어촌특별세액을 산정하여, 2000. 10. 23. 원고에 대하여 이를 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

사. 한편, 이 사건 토지에 대한 개별공시지가는 1999년도에 630,000원/㎡, 2000년도에 580,000원/㎡이나, 1998. 10.경 한국토지공사가 이 사건 토지를 매도하기 위하여 실시한 감정결과 이 사건 토지의 시가는 231,000/㎡으로 평가되었고, 원고와 피고 사이의 위 변경계약 무렵 인천도시철도1호선 공사구간에 편입된 187.8㎡에 대한 감정을 실시한 결과 시가는 256,500원/㎡로 평가되었으며, 이 법원의 감정인 김지수는 이 사건 토지의 2000. 6. 1. 현재 시가를 26,056,450,000원(약 252,000원/㎡)으로 평가하였다.

[증거] 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 감정인 김지수의 감정결과, 변론의 전취지

2. 관련 법령

별지와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 원고의 종합합산과세의 위법성 주장에 대한 판단

(1) 종합합산과세 유예기간에 관한 주장 및 판단

원고는 이 사건 과세기준일 현재 원고가 이 사건 토지를 화물트럭터미널 부지로 사용하고 있지는 아니하였으나, 나대지 상태의 토지를 건축물의 부속토지로 사용할 목적으로 취득한 경우 그 취득일부터 건축물의 부속토지로 사용한다는 것은 기대할 수 없음에도 불구하고, 토지의 과다 보유를 억제하려는 목적을 가진 구 지방세법상 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과세규정과 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 비업무용토지에 대한 손금불산입 규정에서 일정한 유예기간을 두고 있는 것과는 달리 동일한 목적을 가진 종합토지세에서는 법인이 나대지 상태의 토지를 건축물의 부속토지로 사용할 목적으로 취득한 경우 일정한 유예기간 동안에는 세율이 낮은 별도합산과세를 하지 아니하고, 곧바로 세율이 높은 종합합산과세를 하도록 규정하고 있는 것은 헌법상의 사유재산권보장규정에 반하고 비례의 원칙이나 평등의 원칙, 과잉금지의 원칙 등에 반하는 것이므로, 법인이 나대지 상태의 토지를 건축물의 부속토지로 사용할 목적으로 취득한 경우 구 지방세법상 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과세 규정을 준용 내지 유추적용하여 적어도 3년의 유예기간 동안에는 별도합산과세를 하여야 하므로 이 사건 토지에 대하여 종합합산과세를 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

살피건대,

구 지방세법 제234조의15 제1항은 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준․별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다고 규정하고, 제2항은 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지(

같은 법 시행령 제194조의14 제1항은 건축중인 경우를 포함하는 것으로 규정하고 있다)를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 하고, 제3항은 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다고 규정하고 있는 바, 종합토지세는 응능과세원칙을 확립하고, 세제를 통하여 토지의 과다보유 억제와 토지의 수급을 원활히 하며 건전한 국민생활의 기간을 구축하여 지가안정과 토지소유의 저변확대를 도모하기 위한 것이고, 종합토지세의 별도합산과세제도는 정책적 고려에 따라 건축물의 부속토지 중 일정한 토지에 대하여는 별도의 기준에 의하여 경과세함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 데에 그 취지가 있다 할 것이고, 조세 법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속한다고 할 것인바(

대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결 참조),

구 지방세법 제234조의15 제2항,

같은 법 시행령 제194조의14 제1항이 나대지 상태의 토지를 건축물의 부속토지로 사용할 목적으로 취득한 경우 일정한 유예기간을 두지 아니하고 곧바로 종합합산과세표준 대상으로 규정하고 있는 것은 종합토지세의 별도합산과세제도의 취지, 종합토지세는 보유하는 토지에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 재산세로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하고, 따라서 과세표준도 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 토지의 현황이나 이용상황에 따라 구분되는 것인 점 등에 비추어 보면 입법재량 범위 내라 할 것이므로 구 지방세법과 같은 법 시행령이 나대지 상태의 토지를 건축물의 부속토지로 사용할 목적으로 취득한 경우 곧바로 세율이 높은 종합합산과세를 하도록 규정하였다 하여 헌법상 보장된 재산권의 본질적인 내용을 침해한다거나 비례의 원칙이나 평등의 원칙, 과잉금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없고, 법인의 비업무용토지에 관하여, 구 지방세법 및 같은 법 시행령이 일정한 유예기간을 두고 취득세를 중과세하고, 구 법인세법 및 같은 법 시행령이 일정한 유예기간을 주고 그 취득․관리비용을 손금불산입하고 있다 하여 달리 볼 것은 아니다.

또한, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것인 바, 종합토지세의 별도합산과세제도의 취지, 종합토지세의 성격 등에 비추어 보면, 구 지방세법상 법인의 비업무용 토지에 관하여 일정한 중과세 유예기간을 두도록 규정한

지방세법 제111조 제2항 제6호,

같은 법 시행령 제84조의4 제1항의 규정을 유추적용할 합리적 이유를 찾아보기도 어렵다.

따라서, 원고의 위 주장은 이유없다.

(2) 신의성실의 원칙 주장에 관한 판단

원고는

인천광역시장이 1999. 12. 1. 이 사건 토지의 토지이용계획 및 상세계획변경안의 공람공고를 할 때 도시계획변경안이 이루어질 것으로 신뢰하였고, 2000. 1. 26. 인천광역시 도시계획위원회에서 도시계획 변경안이 보류되기는 하였으나 빠른 시일내에 도시계획 변경안이 확정될 것이라고 신뢰하여 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마치고 사업착수준비를 하였으나 과세기준일까지 도시계획변경이 확정되지 아니하여 화물트럭터미널 공사에 착수하지 못하였으므로, 원고가 이 사건 토지를 화물터미널로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다 할 것이고 따라서 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 반하여 위법하다고 주장한다.

그러나, 도시이용계획 변경에는 상당한 시간이 소요되는 것이 일반적이고, 앞서 인정한 기초사실에 의하면 원고는 이 사건 토지에 관한 토지이용 상세계획 및 도시설계시행지침에 따르기로 하고 이 사건 토지를 매수하였으며 기존의 토지이용계획에 따라 화물트럭터미널 신축공사를 착수할 수 있었음에도 불구하고 원고의 개인적인 이익이 증대되는 방향으로 도시계획 변경안을 마련하여 도시계획 변경신청을 하였고,

인천광역시장은 원고의 신청에 따라 도시계획 변경절차를 취한 것이므로 원고가 이 사건 과세기준일 현재 이 사건 토지를 화물터미널로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없고 따라서 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 반한다고 볼 수도 없으므로 원고의 위 주장도 이유없다.

(3) 그렇다면, 원고가 과세기준일인 2000. 6. 1.까지도 이 사건 토지에서 화물트럭터미널 신축공사를 시작하지도 않은 이상 피고가 이 사건 토지를 종합토지세의 종합합산과세대상으로 삼은 것은 정당하다.

나. 과세표준 결정의 위법성에 관한 판단

(1) 원고는 종합토지세의 과세표준을 산정하는 기준인 개별공시지가는 과세기준일 현재의 공시지가로 하되 과세기준일 현재 당해 연도에 적용할 개별공시지가가 결정고시되지 아니한 때에는 직전 연도에 적용되었던 개별공시지가를 기준으로 하도록 규정한

구 지방세법 시행령 제194조의16 제2항은, 종합토지세의 과세기준일인 당해 연도 6. 1.까지 당해 연도 개별공시지가가 공시되는 것은 찾아보기 어려우므로 결국은 종합토지세의 과세표준은 직전 연도의 개별공시지가에 의하여 산정할 수 밖에 없는 데 당해 연도의 공시지가가 직전 연도의 공시지가에 비하여 하락한 경우에는 납세의무자가 불이익을 입으므로 조세법률주의 내지 실질과세의 원칙에 반하고, 지가공시및토지등의평가에관한법률(이하 지가공시법이라 한다)과 개별토지가격등합동조사지침이 적정가격을 기준으로 공시지가를 산정하고 이를 기준으로 개별토지가격을 평가할 것을 예정하고 있는 것은 시가 범위 내에서 개별공시지가를 평가하도록 하기 위한 것이고 조세부과징수의 기준이 되는 토지가격은 시가를 초과하여 평가될 수 없음은 헌법상의 실질적 조세법률주의와 재산권보장의 원칙에 비추어 그 내재적 한계를 인정할 수 있다 할 것인데, 이 사건 토지의 시가는 원고의 매입가격인 231,000원/㎡에 불과한데 1999년도 개별공시지가는 630,000원/㎡로서 시가에 비하여 현저히 높으므로 개별공시지가에 의하여 종합토지세 과세표준액을 산정하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 살피건대,

구 지방세법 제234조의15 제5항은 제2항 내지

제4항의 규정에 의한 토지의 가액은 지가공시법에 의한 개별공시지가(개별공시지가가 없는 토지의 경우에는 시장․군수가

동법 제10조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 지가)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제194조의16 제2항은

법 제234조의15 제5항의 규정에 의한 개별공시지가는 과세기준일 현재의 개별공시지가로 하되, 과세기준일 현재 당해 연도에 적용할 개별공시지가가 결정고시되지 아니한 때에는 직전 연도에 적용되던 개별공시지가로 한다고 규정하고 있는 바, 현실적으로 개별공시지가가 당해 연도 6. 1. 이전에 공시되는 경우는 찾아보기 어렵고 따라서 직전 연도의 개별공시자가에 의하여 토지가액을 산정하였다가 그 후 개별공시지가가 하락하여 종합토지세에 있어 납세의무자가 불이익을 입는 경우가 생긴다 할지라도 위와 같은 사정만으로는

구 지방세법 제194조의16 제2항이 조세법률주의에 위반된다거나 실질과세의 원칙에 위반된다고 할 수는 없으므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

그러나,

지가공시법 제6조,

제7조와 개별토지가격등합동조사지침은 적정가격을 기준으로 공시지가를 산정하고 이를 기준으로 개별토지가격을 평가할 것을 예정있는 점과 헌법상의 실질적 조세법률주의와 재산권보장의 원칙에 비추어 보면, 종합토지세의 과세표준이 되는 개별공시지가는 시가를 적정하게 반영한 가격이어야 하며, 만약 개별공시지가가 시가보다 현저히 높아 불합리한 경우에는 그 개별공시지가는 종합토지세의 산정기초로서의 효력을 인정할 수 없다 할 것이고, 그러한 경우에는 개별공시지가가 결정되지 아니한 것으로 보아 종합토지세 과세기준일 현재의 시가를 기준으로 하여 종합토지세의 과세표준을 산정하여야 할 것이다(

대법원 1994. 5. 27. 선고 94누1333 판결 참조)

이 사건에 돌아와 보면, 앞서 인정한 기초사실에 의하면 이 사건 토지의 1999년도 개별공시지가는 630,000/㎡으로서 2000. 6. 1. 현재 이 사건 토지의 시가 약 252,000원/㎡의 약 2.5배에 달하는 바(2000년도 개별공시지가도 이 사건 토지의 약 2.3배에 달한다), 1999년도 개별공시지가는 시가보다 현저히 높아 불합리하므로, 이 사건 토지의 개별공시지가가 결정되지 아니한 것으로 보아 종합토지세 과세기준일 현재의 시가인 금 26,056,450,000원을 기준으로 하여 과세표준을 산정하여야 할 것이므로 이 부분 원고의 주장은 위 범위 내에서 이유 있다.

다. 그렇다면, 위 시가를 기준으로 과세표준액 적용비율을 곱하여 종합토지세 과세표준을 산정하면 9,623,398,820원이 되고 이를 기초로 하여 종합토지세, 도시계획세, 교육세, 농어촌특별세를 산정하면 별지 정당세액 기재와 같으므로 이 사건 부과처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것이고, 나머지 부분은 적법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이 사건 부과처분 중 별지 기재 정당세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.