주식 24,000주를 명의신탁한 것이라는 것을 인정할 만한 증거가 없어, 위 주식 24,000주는 자신의 소유라 할 것이므로, 과점주주로 판단하여 한 처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1, 2, 제3호증, 제5호증의 1, 2, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가.

소외 남양산업 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)는 1995. 1. 9. 경산시 진량읍

신상리 1192-5 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득한 후, 1996. 11. 25. 그 지상에 공장용 건물과 시설장치, 구축물(이하 ‘이 사건 건물등’이라 한다)을 신축하였는데, 소외 회사는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 진량지방산업단지 내에 위치하고 있어 별지 1.

구 지방세법(이하 ’법‘이라 한다) 제276조 제1항에 의하여 이 사건 토지 및 건물등에 관한 취득세 및 등록세를 면제받았다.

나. 원고는 소외 회사의 발행주식 15만주 중 52,500주를 소유하고 있었는데, 1999. 12. 30. 소외 회사의 주식 24,000주를 추가로 취득하여 총 76,500주를 소유하게 됨으로써 그 주식소유비율이 35%에서 51%로 되었다.

다. 이에 피고는, 원고가 위와 같이 소외 회사의 주식을 추가로 취득한 1999. 12. 30.에

법 제105조 제6항 소정의 과점주주로서 소외 회사 소유의 이 사건 토지, 건물등을 취득하였다고 보고, 2001. 9. 9. 원고에 대하여 이 사건 토지 및 건물등의 장부가액 합계 2,192,397,882원에 원고의 주식보유비율(51%)을 곱하여 산정한 금액인 1,118,122,920원을 과세표준으로

법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 26,834,960원, 농어촌특별세 2,459,870원을 부과․고지하는 이 사건 각 처분을 하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유 및 관계법령을 들어 이 사건 각 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, ① 소외 회사가

법 제276조 제1항에 의하여 취득세 등을 면제받은 이상

법 제105조 제6항 단서에 의하여 과점주주인 원고가 이 사건 토지 및 건물등을 취득한 것으로 볼 수 없고, ② 피고가 소외 회사에 대하여 이 사건 토지 및 건물등에 대한 취득세를 면제하였다는 이유로 2000. 8. 9. 원고에 대하여 이 사건 토지 및 건물등에 대한 취득세를 부과하지 않고 차량과 중기에 대해서만 취득세, 농어촌특별세 합계 1,045,480원을 부과․고지한 바 있고, 행정자치부가 시달한 과점주주에 대한 주요 쟁점사항별 운용요령에 의하면 구 지방세법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세․감면처분을 받은 경우에는 추징하지 못하도록 하였음에도 다시 이 사건 각 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 반하며, ③ 소외 회사의 주식 위 24,000주는 원고의 소유가 아니라

소외 이종한 등으로부터 명의신탁받은 것에 불과하므로 원고가 과점주주에 해당되지 아니하고 따라서 이 사건 각 처분은 위법한다는 취지로 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대하여

법 제29조 제1항에 의하면 취득세 납세의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때 성립하고,

제105조 제6항 본문에 의하면 과점주주는 과점주주가 되는 때에 법인의 부동산 등을 취득하는 것으로 되어 취득세 납세의무가 성립한다.

한편

법 제105조 제6항 단서 소정의 ‘과점주주의 취득세가 비과세 또는 감면되는 경우’라 함은 과점주주의 간주취득이 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우라야 할 것인바(

대법원 2001. 1. 30. 선고 99두6987 판결 참조), 이 사건에 있어서 소외 회사가

법 제276조 제1항에 의하여 이 사건 토지 및 건물등에 관한 취득세 등을 면제받은 사실은 앞서 본 바와 같고,

법 제276조 제1항에 의한 취득세 면제는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지 내의 입주를 촉진하기 위한 정책적 배려로서 그 산업단지 내에서 공장용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자인 소외 회사를 대상으로 하는 것이고, 원고는 소외 회사가 이 사건 토지 및 건물등을 취득한 후에 과점주주가 됨으로써 소외 회사 소유의 이 사건 토지 및 건물등을 다시 취득한 것으로 간주되는 것이므로

법 제276조 제1항에 의한 취득세 등의 면제대상자는 아니라고 할 것이다.

또한 소외 회사가 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자인 원고의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라고 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대하여

갑 제8, 10호증의 각 기재에 의하면, 피고가 2000. 8. 9. 이 사건 토지 및 건물등에 대하여는 취득세를 부과하지 않고 차량과 중기에 대해서만 취득세와 농어촌특별세 합계 1,045,480원을 원고에게 부과․고지한 사실, 행정자치부의 2001. 10. 4.자 ‘과점주주에 대한 주요 쟁점사항별 운용요령’에 의하면 구 지방세법 시행시기에 과세요건이 성립되어 비과세․감면처분을 받은 경우에는 취득세를 추징하지 못하도록 규정되어 있는사실은 인정되나, 위 운용요령은 과점주주에 대한 비과세․감면에 관하여 행정자치부의 유권해석, 심사결정 등이 서로 달라 지방세 운영에 혼선을 초래하는 것을 막기 위하여 시달한 행정기관 내부의 처리지침에 불과한 것으로서 이 사건에 있어서 피고 또는 행정자치부가 원고에 대하여 위와 같은 견해를 표명하였다거나 원고와 같은 과점주주에 대하여 상당기간에 걸쳐 취득세를 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재한다고 보기 어렵고, 피고가 2000. 8. 9. 원고에게 차량, 중기에 대해서만 취득세, 농어촌특별세를 부과하였다가 다시 이 사건 토지 및 건물등에 대해서도 취득세, 농어촌특별세를 부과하는 처분을 하였다고 하더라도 과세관청으로서는 신고내용 또는 결정에 탈루․오류가 있는 때에는 경정처분을 할 수 있는 것이므로 이 사건 각 처분이 신뢰보호의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 반한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대하여

소외 이종한 등이 원고에게 위 주식 24,000주를 명의신탁한 것이라는 원고의 위 주장에 부합하는 갑 제9호증의 1, 2, 3의 각 기재는 믿기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 위 주식 24,000주는 원고의 소유라 할 것이고 따라서 원고가 소외 회사의 과점주주에 해당하지 아니함을 전제로 이 사건 각 처분이 위법하다는 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분은 적법하므로 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.