납세의무자가 벤처기업집적시설로 개발,조성하여 분양하기 위하여 노력을 기울였던 것으로 보이므로 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 않았다 하더라도 이에 관하여 ‘정당한 사유’가 있다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위(갑1 내지 5, 8)

가.

서울특별시장은 2000. 4. 28. 원고가

서울 중구 회현동 1가 197-2 외 18필지의 토지(이후 지번이 회현동 1가 204로 변경됨) 위에 신축중이던 지하 9층, 지상 23층의 메사(MESA)빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 함) 47,584.58㎡를 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조에 의한 ‘벤처기업집적시설’로 지정하였다.

나. 원고는 2000. 7. 13. 미성교역으로부터 서울 중구 회현동 1가 197-4 중 9.8㎡의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 함. 이는 이 사건 건물의 부지 중 극히 일부에 해당하는데, 이를 제외한 나머지 부지는 원래부터 원고의 소유였다.)를 취득하였고, 같은 해 7. 24. 이 사건 건물에 대하여 건축물사용승인을 받았으며, 피고는 같은 해 8. 22.

지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것) 제276조 제4항에 의하여 이 사건 건물에 대한 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 교육세 등을 면제한다고 통지하였다.

다. 피고는 2000. 10. 10. 이 사건 건물이 벤처기업집적시설 지정요건에 부합하지 아니한다는 이유로 별지 과세처분내역표 중 ‘이 사건 과세처분세액’란 기재와 같이 이 사건 토지 및 건물에 대한 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 교육세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 원래 이 사건 건물을 의류 및 잡화, 액세서리 전문매장을 가진 쇼핑센타로 개발하려 하였고 패션디자인업체 중 벤처기업을 유치하기 위하여 다각도로 노력하였으나, 당시 전반적으로 벤처기업의 경기가 위축되었던 상황이었고 특히 패션디자인업체들의 벤처기업등록 실적이 미미하여 당초 벤처기업집적시설로 지정받았던 면적 중 상당 부분에 대하여는 실제 벤처기업이 입점하지 아니한 것은 사실이다. 그러나 당시에도 일부 면적에 대하여는 실제로 벤처기업이 입점하여 있었고 이 사건 과세처분이 있었던 직후

서울특별시장이 당초 벤처기업집적시설로 인정하였던 면적 중 36,885.29㎡를 제외한 나머지 10,699.29㎡에 대하여는 계속 벤처기업집적시설로 인정하였던 점에 비추어 보면, 적어도 위 10,699.29㎡ 부분에 대한 취득세, 등록세 등은 면제되어야 한다.

나. 관련법령

별지와 같다.

다. 판단

지방세법이 벤처기업집적시설의 경우 취득세, 등록세를 면제하고 재산세, 종합토지세의 50%를 감면하는 등의 혜택을 주고 있는 것은, 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 제고하는데 기여함을 목적으로 하여 제정된 벤처기업육성에관한특별조치법(이하 ‘벤처기업법’이라 함)의 입법취지에 부응하기 위하여, 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 목적에서 비롯된 것이라 할 것이다.

위와 같은 입법목적을 고려한다면, 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발․조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 뒤 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발․조성하지 아니하는 경우라 하더라도, 그 개발․조성에 나름대로 상당한 노력을 기울였다는 등의 정당한 사유가 있다면 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 없을 것임은 물론, 벤처기업집적시설로 지정받은 면적 중 일부에 대하여는 벤처기업집적시설로 개발․조성하고 있고 그 나머지 부분만 벤처기업집적시설로 개발․조성하지 아니한 경우에는 후자의 부분에 대하여만 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 있다고 보아야 할 것이다｛벤처기업법시행규칙의 위임에 의하여 중소기업청장이 고시한 벤처기업집적시설지정․관리에관한지침(중소기업청 고시 제2000-15호) 제6조도 건축물의 일부만을 벤처기업집적시설로 지정하는 것을 인정하고 있다.｝.

이 사건으로 돌아와 살피건대, 피고가 이 사건 처분을 하기에 앞서 현장출장조사를 실시한 결과를 기재한 복명서(을4-1)에는 이 사건 건물에 단 1개의 벤처기업(지상 11층의 주식회사 이오리스)만이 입점한 것처럼 기재되어 있으나, 갑13 내지 31에 의하면 2000. 8. 24. 현재 이 사건 건물의 전체 면적 46,837.69㎡ 중 14,105.71㎡가 임대되고 있었고, 위 주식회사 이오리스 외에 주식회사 대원하이테크(지상 17층), 주식회사 웹커뮤니티(지상 19층) 등 2개의 벤처기업이 더 입점하여 있었으며, 그밖에 벤처집적시설에 직접 해당하지는 아니하나 그 지원시설, 관련시설 등의 면적을 포함하면 벤처기업법상 벤처집적시설로 간주되는 부분의 면적은 6,246.27㎡에 달하였던 사실을 알 수 있으므로, 이 사건 처분이 있기 이전 적어도 위 6,246.27㎡ 부분은 벤처기업집적시설로 이용되고 있었다고 보아야 할 것이다.

나아가 ①

서울특별시장이 2001. 4. 12. 당초 벤처기업집적시설로 인정하였던 면적 47,584.58㎡ 중 36,885.29㎡에 대한 지정을 취소하면서도 나머지 10,699.29㎡(3개 벤처기업의 입주면적, 지원시설, 관련시설, 공용시설 등)에 대하여는 계속 벤처기업집적시설로 인정하였고(갑7), ② 2001. 7. 31. 현재 6개의, 2001. 9. 17. 현재 12개의 벤처기업이 입주하는 등 이후 위 10,699.29㎡ 부분이 모두 벤처기업집적시설로 이용되고 있었으며(갑10, 을6), ③

서울특별시장이 2001. 10. 15. 위 10,699.29㎡ 부분을 벤처기업집적시설로 지정하였던 사실(갑11)이 인정되는바, 이 사건 건물에 대한 건축물사용승인 및 이 사건 처분이 있고 나서 얼마 지나지 아니한 시점에서

서울특별시장이 위 10,699.29㎡ 부분이 벤처기업집적시설로 사용되고 있음을 인정하였던 점이나 이후 계속적으로 입점하는 벤처기업의 수가 증가하면서 위 10,699.29㎡ 부분이 계속 벤처기업집적시설로 사용되었던 점을 감안한다면, 위 10,699.29㎡ 부분 중 이 사건 처분이 있기 이전에 벤처기업집적시설로 이용되지 아니하였던 부분(즉 10,699.29㎡ 부분에서 위 6,246.27㎡ 부분을 공제한 부분) 역시 원고가 당초부터 벤처기업집적시설로 개발․조성하여 분양하기 위하여 나름대로 상당한 노력을 기울였던 것으로 봄이 상당하고, 따라서 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 아니하였다 하더라도 그에 관하여 ‘정당한 사유’가 있었던 것으로 봄이 타당하다.

라. 정당한 세액

따라서 당초 벤처기업집적시설로 인정되었던 면적 47,584.58㎡ 중 적어도 위 10,699.29㎡ 부분은 이 사건 처분 당시 벤처기업집적시설로 이용되고 있었거나 또는 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 아니하였다 하더라도 그에 관하여 정당한 사유가 있었던 것이니, 이 사건 처분 중 위 10,699.29㎡ 부분에 관한 부분은 위법하다 할 것이고 그에 따른 정당한 세액은 별지 과세처분내역표 중 ‘정당한 세액’란 기재와 같다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.