과세관청은 건물의 일부분을 취득한 날 또는 그 등기를 경료한 날로부터 2년이 경과되기 이전에 그 부분을 사업에 직접 사용하지 않고 있다는 이유로 부과처분을 하였으므로 부과처분은 그 과세요건이 충족되지 않아 위법하다.

1. 부과처분의 경위

가.

주식회사 버디테크(2001. 1. 16. 원고에게 합병됨, 이하 원고라고만 한다)는 2000. 3. 25. 서울 송파구

방이동 44의 3 대 1,382.5㎡ 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 중 5층, 6층, 11층 부분을 취득하고, 그 무렵 그 소유권이전등기를 경료하는 한편,

구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제119조 제3항 및

제120조 제3항에 기해 그 등록세와 취득세를 면제받았다.

나. 그 후 원고는 2001. 2. 1. 이 사건 건물 중 5층 부분을

소외 (주)에이링크에게, 6층 부분을

소외 성은정보(주)에게 각 임대하였다.

다. 그러자, 피고는 위 임대행위가

구 조세특례제한법 제119조 제3항 단서 및

제120조 제3항 단서에 해당한다는 이유로, 2001. 7. 12. 원고가 감면 받은 위 등록세 및 취득세 등을 추징하는 내용의 주문 제1항 기재 과세처분을 하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

라. 전심절차

2001. 9. 6. 이의신청 -> 2001. 10. 31. 기각

2001. 11. 7. 심사청구 -> 2001. 12. 17. 기각

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑1, 갑3, 갑5, 갑6, 을1～을3(가지번호 모두 생략), 변론의 전취지

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 위 단서 조항들은 2년의 유예기간이 경과할 때까지 당해 사업에 직접 사용하지 않은 경우 감면세액을 추징한다는 의미이므로, 등기 또는 취득 후 아직 2년이 경과하지 않은 이상 위 단서 조항이 적용될 수 없다.

(2) 원고가 이 사건 건물의 5,6층 부분을 임대한 것은 일시적인 사업부진을 극복하기 위한 것일 뿐이지, 원고가 처음부터 임대를 목적으로 위 건물을 구입한 것이 아니다.

나. 관련 법령

구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것)

제119조 (등록세의 면제 등) ③창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인 받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 및 창업중소기업의 법인설립의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

제120조 (취득세의 면제 등) ③창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 것)

부칙

제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제25조 (등록세 및 취득세의 면제에 관한 적용례)

제119조 및

제120조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.

다. 판단

구 조세특례제한법 제119조 제3항 단서와

제120조 제3항 단서는, 창업중소기업 등은 같은 조 본문에 기해 등록세나 취득세를 면제받은 사업용 재산을 늦어도 그 등기일 또는 취득일로부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하여야 하고, 만약 정당한 사유 없이 2년이 지나도록 이를 당해 사업에 직접 사용하지 아니할 경우 면제된 등록세와 취득세를 추징한다는 의미라고 보아야 할 것이므로, 위 규정들에 해당하여 등록세와 취득세의 추징요건이 충족되었는지 여부는 위 유예기간, 즉 등록일 또는 취득일로부터 2년이 경과된 시점을 기준으로 판정하여야 할 것이다(

대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결 참조).

그런데 피고는, 원고가 이 사건 건물의 5,6층 부분을 취득한 날 또는 그 등기를 경료한 날로부터 2년이 경과되기 이전인 2001. 7. 12.에, 당시 원고가 위 건물 5,6층 부분을 원고의 사업에 직접 사용하지 않고 있다는 이유로 이 사건 부과처분을 하였으므로, 위 부과처분은 그 과세요건이 충족되지 않은 상태에서 행해진 위법한 처분이라 할 것이다. 그리고, 설령 원고가 위 취득일 또는 등기일로부터 2년이 경과한 이후에도 여전히 위 건물 5,6층 부분을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 않고 있다 하더라도, 이 사건 부과처분의 적법여부는 그 처분 당시를 기준으로 판단하여야 하므로, 위 부과처분은 여전히 위법하다 할 것이고, 피고로서는 위와 같은 점이 인정될 경우 등록세 및 취득세의 추징요건이 충족되었음을 이유로 새로이 부과처분을 할 수 있을 뿐이다.

(다만, 원고가 위 건물 5,6층 부분을 당초부터 당해 사업을 영위하기 위하여 취득한 것이 아니라면, 위 등록세 및 취득세 면제 자체가 위법하고, 따라서 피고로서는 위 유예기간 이전이라도 이를 추징할 수 있다 할 것이나, 피고가 이를 이유로 이 사건 부과처분을 한 것이 아님은 앞서 본 바와 같다).

그렇다면, 이 사건 부과처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 위 주장은 이유가 있다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유가 있으므로 이를 인용하기로 한다.