산업입지 및 개발에관한 법률에 의하여 설치된 복수농공단지에 위치한 부동산을 취득하여 대체 입주하는 농공단지의 휴․폐업된 공장에 대체 입주자에 대한 감면규정이 적용됨에도, 부가가치세법상의 휴․폐업신고가 없었다는 사유만으로 감면신청을 거부한 부과처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 2002. 11. 20. 소외 주식회사

리스템(이하 ‘

소외 회사’라고 한다)으로부터 충청남도 금산군

복수면 용진리 115-4 공장용지 8,787㎡ 및 동 지상 공장용 건축물 5,316.67㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 대금 1,090,000,000원에 취득한 후, 2002. 11. 23. 피고에게 복수농공단지 공장매입에 따른 취득세 및 등록세 감면 확인원을 요청하였다.

나. 피고는 2002. 11. 30. 원고의 위 감면신청에 대하여 충청남도 도세감면조례 제19조에서 규정한 농공단지 대체 입주자에 대한 감면은 휴․폐업된 공장을 대체 취득하는 경우에 한하여 지방세인 취득세 및 등록세를 감면하도록 규정하고 있는 바, 단순히 공장이전사실이나 복수농공단지 관리소장의 휴업사실 확인만으로는 휴업으로 인정할 수 없고,

소외 회사는

부가가치세법시행령 제9조[휴업․폐업의 신고]의 규정에 의한 휴업 또는 폐업신고를 하였다는 입증자료가 없으므로, 원고가 신청한 취득세․등록세 감면 확인원 요청은 불가하다는 내용으로 회신함으로써 원고의 취득세 및 등록세 감면신청을 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다)을 하였다.

다. 이에 따라, 원고는 피고에게 이 사건 부동산의 취득가액에 대하여,

지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 32,700,000원, 지방교육세 6,540,000원, 합계 39,240,000원을 2002. 12. 6. 신고․납부하였고,

지방세법 제131조 제1항 제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 21,800,000원, 농어촌특별세 2,180,000원, 합계23,980,000원을 2002. 12. 20. 신고․납부하였다.

2. 당사자의 주장 및 관계법령

가. 당사자의 주장

원고는 원고가

소외 회사로부터 복수농공단지에 위치한 폐쇄된 공장을 취득하여 대체 입주하였으므로 충청남도 도세감면조례 제19조를 적용하여 지방세인 취득세․등록세를 감면받아야 된다고 주장함에 대하여, 피고는 충청남도 도세감면조례 제19조는 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 농공단지의 휴․폐업된 공장에 2003년 12월 31일까지 대체 입주하는 자가 취득하는 당해 농공단지내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”고 규정하고 있고,

부과가치세법시행령 제10조는 사업자가 휴업 또는 폐업하는 경우에는 지체없이 휴업(폐업)신고서에 사업자등록증을 첨부하여 관할 세무서장에게 제출하도록 규정하고 있는 바, 원고에게 이 사건 부동산을 양도한

소외 회사는 관할세무서에 휴업 또는 폐업에 관한 신고를 한 사실이 없고, 원고와

소외 회사와의 관계는 단순한 부동산의 양수 및 양도인의 관계에 있다고 볼 것이어서, 원고의 경우에는 휴․폐업된 공장에 대체 입주하는 자에게 적용되는 충청남도 도세감면조례 제19조 규정을 적용받을 수 없으므로, 이 사건 거부처분은 적법하다고 다툰다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들, 갑 제4호증 내지 갑 제16호증, 을 제3호증, 을 제4호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가.

소외 회사는 1985. 9. 24. 설립된 법인으로, 대전에서 엑스선기계와 전자의료기기를 제조하다가 1988. 7. 27. 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 농공단지인 복수농공단지내에 있는 이 사건 부동산에 입주하였다.

나.

소외 회사는 사업의 확장으로 공장규모를 확대하여 2001. 2. 28.경 인천

부평구 창천동 414-1로 본사와 공장을 모두 이전하였고, 그 무렵부터 이 사건 부동산의 공장은 가동을 중단하였으며, 2001. 4. 30. 관할세무서에 공장이전에 따른 사업자등록정전신고를 하였고, 2001. 5. 11. 이 사건 부동산의 공장에 관한 전력공급계약까지 해지하였다.

다. 원고는 1983. 3. 9. 각종 고무밸트류 제조 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2002. 11. 20.

소외 회사로부터 이 사건 부동산을 취득한 후, 2003. 1. 28.부터 이 사건 부동산에서 공장을 설치․가동하고 있다.

4. 판단

가. 충청남도 도세감면조례 제19조의 해석

산업입지및개발에관한법률에 의하여 설치된 농공단지에서 기존공장이 휴․폐업된 공장을 대체 입주하는 경우에 충청남도 도세감면조례에 의하여 취득세 및 등록세를 감면하는 이유는, 지방세 감면을 통하여 휴․폐업된 공장에 다른 공장이 입주하는 것을 유인하여 휴․폐업된 공장 대신 다른 공장을 가동시켜 농어촌지역의 소득증대등 지역경제발전에 이바지하려는 취지라고 보이고, 이 경우에 있어 휴․폐업된 공장이란 실질적으로 휴․폐업된 상태에 있어 더 이상 지역경제의 기여함을 기대할 수 없는 경우를 말한다고 보여지며, 위 도세감면조례 제19조에 규정한 휴․폐업된 공장을 판단함에 있어 부가가치세법상에 따른 휴․폐업신고만을 기준으로 하는 것은 위 도세감면조례에서 규정하지 않은 요건을 추가로 요구하는 것일 뿐만 아니라 행정 편의적인 해석이라고 보여지고,

소외 회사와 같은 경우에는 부가가치세법상 사업자등록정정신고 대상임에 비추어 보면, 이러한 경우까지 위 도세감면조례 제19조를 부가가치세법상의 휴․폐업신고를 할 것을 요구하는 것으로 해석하는 것은 위 도세감면조례 제19조 규정의 입법취지에 비추어 바람직하지 않다고 할 것이다.

나. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 부동산은 산업입지및개발에관한법률에 의하여 설치된 복수농공단지에 위치한 공장부지 및 공장시설이고,

소외 회사는 2001. 2. 28.경 인천으로 공장을 이전하면서 이 사건 부동산을 처분하지 못하여 이 사건 부동산에 위치한 공장은 가동이 중단된 상태로 있었으며, 2001. 5. 11.경에는 전력의 공급까지 차단되어 더 이상 공장의 역할을 하지 못하였고,

소외 회사는 2001. 4. 30. 공장을 이전한 것에 대하여 관할세무서에 사업자등록정정신고를 하였으며, 그 후 원고가 이 사건 부동산을 취득하기까지 이 사건 부동산에는 1년 9개월간 공장의 가동이 중단된 상태로 있었음을 알아볼 수 있을 뿐이어서, 사정이 위와 같다면, 복수농공단지에 위치해 있던

소외 회사의 공장은 가동이 중단되어 실질적으로 장기간 휴업상태에 있었다고 할 것이고,

소외 회사는 공장을 인천으로 이전한 관계로 부가가치세법상 휴․폐업신고를 하지 않고 사업자등록정정신고만을 한 것이므로, 산업입지및개발에관한법률에 의하여 설치된 복수농공단지에 위치한 이 사건 부동산을 취득하여 대체 입주한 원고에게는 충청남도 도세감면조례 제19조의 규정한 농공단지의 휴․폐업된 공장에 대체 입주자에 대한 감면규정이 적용된다고 할 것임에도, 부가가치세법상의 휴․폐업신고가 없었다는 사유만으로 원고의 이 사건 감면신청을 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

5. 결론

따라서, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.