사립학교법에 의하여 설립되어 사립학교법의 적용을 받는 단체로서 교육사업을 목적으로 하는 원고에게 학술연구업무가 부대사업이라고 할 수는 없다. 따라서 분당분원의 설치를 지방세법 저11138조 제1항 제3호 소정의 지점 또는 분사무소의 설치로 보고 등록세를 중과한 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 갑 제7호증, 갑 제11호증, 을 제1호증의 1 내지 을 제2호증의 5, 을 제5호증의 각 기재 및 영상에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

⑴ 원고는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 학교운영자금의 확충을 위한 수익사업의 일환으로 건물임대사업을 하기 위하여 교육인적자원부의 승인을 받아 1995. 10. 30. 성남시

분당구 서현동 262-2 대 1,376.9㎡를 취득하고, 1996. 5. 30. 건축허가를 받아 위 지상에 지하 4층, 지상 6층의 문화 및 집회시설인 ‘

분당문화센터’(이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 건축한 후 2001. 7. 28. 주용도를 제2종 근린생활시설 및 업무시설로 하여 사용승인을 받은 다음(건축물 사용승인 후 1층 중층 264.66㎡가 증축되어 전체 연면적은 9,522.81㎡가 됨), 2001. 8. 29. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

⑵ 이 사건 건물의 5층은 2001. 10. 31. 그 용도가 제2종 근린생활시설에서 업무시설로 변경되었는데, 원고 법인 산하 용인시 소재

용인대학교 구내에서 사회교육법(현재의 평생교육법)에 의한 사회교육사업을 수행하는 원고는 이 사건 건물 5층을

용인대학교 부설 사회복지원 분당분원(이하 “이 사건 분당분원”이라 한다)으로 사용하기 위하여(나머지 부분은 원래 목적대로 타인에게 임대함), IT교육에 따른 기본 교육설비 및 기자재를 설치하고 2002. 1. 7. 건축물 용도를 교육연구 및 복지시설로 변경한 다음, 2002년 2월 IT교육을 위한 E-Korean 교육과정을 개설하고, 2002. 3. 1.

용인대학교 부설 사회교육원 산하 IT College를 설립하여 정보통신, 문화예술, 멀티미디어 컨텐츠 분야 등과 관련한 사회교육사업을 시작하였다.

⑶ 이에 피고는 2002. 12. 5. 원고에게 원고가 1996. 7. 6. 이 사건 건물 소재지를 사업장 소재지로 하여 비주거용건물임대업의 사업자등록을 하고, 이 사건 건물 5층에 이 사건 분당분원을 설치하여 사회교육사업을 하고 있으므로, 이 사건 건물에 대한 원고 명의의 위 소유권보존등기는

지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 법률, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시내 지점 등의 설치에 따른 부동산등기에 해당한다면서 위 조항이 정하는 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 원고가 이미 납부한 세액을 공제한 등록세 196,398,260원과 지방교육세 36,006,340원을 각 납부할 것을 고지하였다(이하 “이 사건 처분”이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 관계법령

별지와 같다.

나. 판단

⑴ 이 사건 분당분원이 등록세 중과 대상으로서의 지점에 해당하는지 여부

㈎ 피고는 원고의 이 사건 분당분원 설치를

지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 지점 설치로 보고 위 법 조항이 정하는 중과세율을 적용하여 이 사건 처분을 하였는데, 별지 관계법령에서 보는 바와 같이

지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 지점 등에 해당하기 위하여는 실질적 요건으로서 인적․물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소이어야 하는 외에 형식적 요건으로서 법인세법․부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장이어야 하는바, 이 사건에 있어 원고가 이 사건 건물의 임대사업을 위하여 비주거용건물임대업의 사업자등록을 하기는 하였지만 이 사건 분당분원과 관련하여 위 세법 규정에 의한 등록을 한 사실은 없으므로, 이 사건 분당분원은

지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 지점 등에 해당한다고 할 수 없다 할 것이다.

㈏ 이와 관련하여 피고는 원고가 1996. 7. 6. 이 사건 건물 소재지를 사업장 소재지로 하여 비주거용건물임대업의 사업자등록을 하였으므로 사업자등록 요건이 갖추어졌다고 주장하나, 등록세 중과 대상인 ‘지점 설치에 따른 부동산 등기’ 등에 요구되는 형식적 요건으로서의 지점의 사업자등록이라 함은 당해 지점이 수행하는 사업을 위한 사업자등록을 말한다 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 분당분원에서 정보통신, 문화예술, 멀티미디어 콘텐츠 분야 등의 사회교육사업을 수행하고 있어 그 사업자등록은 교육사업과 관련한 사업자등록이어야 할 것이므로, 위 1996. 7. 6.자 비주거용건물임대사업 관련 사업자등록을 두고 이 사건 분당분원의 지점 설치에 따른 사업자등록이 이루어졌다고 볼 수는 없다 할 것이다.

⑵ 원고가 학술연구단체로서 중과세 부과의 예외에 해당하는지 여부

㈎ 이 사건 분당분원이

지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 지점에 해당한다 하더라도 별지 관계법령에서 보는 바와 같이 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업의 경우에는 등록세 중과 대상에서 제외되는바, 이 사건에 있어 원고는 교육사업을 목적으로 사립학교법에 의하여 설립되어 사립학교법의 적용을 받는 학교법인으로서

지방세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 17447호로 개정되기 전의 시행령, 이하 같다) 제101조 제1항 제31호 소정의 학술연구단체에 해당하고, 이 사건 분당분원을 설치하여 교육사업을 수행하고 있으므로 등록세 중과 대상에서 제외된다 할 것이다.

㈏ 이와 관련하여 피고는 원고가

지방세법시행령 제79조 제1항 제2호에 의한 비영리사업자일뿐 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 이외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 단체’가 아니고, 학술연구업무가 부대사업의 하나에 불과한 단체이므로

지방세법시행령 제101조 제1항 제31호 소정의 등록세 중과 제외 대상 학술연구단체에 해당하지 않는다고 주장하나,

지방세법시행령 제79조 제1항 제2호는

지방세법 제107조 소정의 용도구분에 의한 취득세 비과세 규정이 정하는 비영리사업자의 범위에 관한 규정이지

지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과의 예외 업종에 관한 규정이 아닐 뿐만 아니라

지방세법시행령 제79조 제1항 제2호 소정의 비영리사업자에 해당한다고 하여

지방세법 제288조 제2항에 의한 학술연구단체에 해당하지 않는다고 볼 수 없고, 앞서 본 바와 같이 원고는 사립학교법에 의하여 설립되어 사립학교법의 적용을 받는 단체로서 교육사업을 목적으로 하는 원고에게 학술연구업무가 부대사업이라고 할 수는 없다 할 것이므로 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 분당분원의 설치를

지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 지점 설치로 보고 등록세를 중과한 이 사건 처분은 어느 모로 보나 위법하므로 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.