종교사업을 목적으로 하는 비영리법인은 토지 전체를 고유목적인 종교생활에 직접 사용한 것이라고 볼 수는 없고, 관계법령상 건축제한의 사유 역시 정당한 사유에 해당되지 않고, 취득세 가산세 부분은 개정 지방세법 부칙 제4조 후단에 의하여 개정 지방세법 하에서도 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 천주교수원교구에 속하는 모든 교회의 운영 등을 목적으로 설립된 비영리법인으로서, 1998. 6. 29. 하남시 감북동 378-34 잡종지 369㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다)를 매수하여 같은 해 8. 27. 원고 명의로 소유권이전등기를 마치고, 1997. 12. 8.과 1999. 7. 14. 같은 동 378-36 잡종지 336㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 한다)중 1/2 지분씩을 증여받거나 매수하고 1997. 12. 23.과 1999. 9. 3.에 원고 명의로 각 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 피고는 비영리법인인 원고가 서부성당의 종교활동(성당부지)에 직접 사용하기 위하여 이 사건 각 토지를 취득․등기한 것으로 보고, 이 사건 제1 토지에 대하여는 1998. 8. 18., 이 사건 제2 토지에 대하여는 1999. 8. 27. 최종적으로 당시의 지방세법과 같은 법 시행령의 관련규정을 적용하여 취득세와 등록세를 부과하지 아니하였다.

다. 피고는 2003. 6. 25. 이 사건 제1 토지 위에 컨테이너 2동, 이 사건 제2 토지 위에 컨테이너 2동, 하우스 1동, 차고용 가건축물 1동, 농구대만이 설치되어 있는 것을 확인하고는, 같은 해 8. 4. ‘원고가 이 사건 각 토지의 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이를 원고의 고유 목적사업에 직접 사용하지 아니하였음에도 이를 제때에 신고하지 아니하였다’는 이유로, 청구취지 기재와 같이 당초 비과세되었던 취득세, 등록세 등과 가산세를 추징하는 처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(=을 제14호증), 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 3, 을 제1 내지 9호증, 을 제10호증의 1, 을 제11호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장

(1) 원고

원고는 그 소속 서부성당이 종교활동에 필요한 강당과 교리실, 회합실 등이 없어 그 신축부지를 확보할 목적으로 이 사건 각 토지를 취득하게 된 것인데, 원고의 재정이 취약하여 위 각 토지 위에 건물을 건축하지 못한 채 임시로 컨테이너 3동을 설치하여 강당, 교리실, 회합실 등으로, 나머지 부지 위에 하우스 1동과 컨테이너 1동을 설치하여 성당관리 및 행사에 필요한 집기를 보관하는 창고로, 차고와 농구대를 설치하여 성당 신자들의 편의에 제공하는 등, 이 사건 각 토지를 성당의 종교활동에 필수적이거나 직접적으로 관련된 업무에 사용하고 있으므로 비록 이 사건 각 토지 위에 견고한 건물을 건축하여 사용하는 것은 아니라고 할지라도 원고로서는 이 사건 각 토지를 그 고유 목적사업에 직접 사용하고 있는 것이고, 가사 그렇지 않다고 하더라도, 원고의 재정형편과 이 사건 각 토지가 개발제한구역 내에 위치하여 견고한 건물의 건축이 용이하지 않았기 때문에 건물부지로 사용하지 못한 것이므로 이에 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 피고가 이와 달리 보고 취득세, 등록세 등을 부과한 것은 위법하다.

(2) 피고

이 사건 각 토지를 원고의 주장과 같이 사용하는 것만으로는 원고의 목적사업인 종교활동에 직접 사용하는 것이라고 할 수 없고, 그렇지 않다고 하더라도, 그 지상에 설치된 컨테이너 등은 불법건축물에 해당하여 위 지방세법 소정의 “사용”의 범위에 포함될 수 없으며 그와 같이 사용하지 않은 데에 정당한 사유도 없으므로 이 사건 과세처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 인정사실

당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1 내지 14, 갑 제5호증, 갑 제7호증의 1, 2, 을 제10호증의 2 내지 8, 을 제12호증, 을 제13호증의 1 내지 12, 을 제15호증의 각 기재 또는 영상, 증인 강건희의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 각 토지는 자연녹지지역으로서 하남시 도시계획상 개발제한구역 안에 위치하고 있는데, 원고는 그와 같은 사정을 잘 알면서 서부성당의 건물부지로 사용하게 하기 위하여 이를 취득한 사실, 그 무렵 원고로부터 이 사건 각 토지를 제공받은 서부성당은 이 사건 제1 토지 위에 2동의 컨테이너를 설치하여 이를 강당 및 교리실, 주일학교 어린이 교리실, 각종 단체의 회합 및 교육장소 등으로 사용하고, 이 사건 제2 토지 위에는 2동의 컨테이너와 비닐하우스 1동을 설치하여 컨테이너 1동을 주일학교 교사회합실, 사목회의실 및 시청각교육실 등으로, 나머지 1동과 비닐하우스 1동을 성당 관리 및 각종 행사에 필요한 도구와 집기를 보관하는 창고로, 가건물 1동을 설치하여 차고로 각 사용하고 있으며, 그 나머지 부지를 성당신자들의 체육활동에 제공하는 한편 부수적으로 주차장으로도 사용하고 있는데, 이 사건 과세처분 당시까지 관할관청에 위 시설물과 가건물에 대한 설치허가 내지 건축허가를 신청조차 하지 아니한 사실, 피고는 이 사건 과세처분 후 2003. 9. 20. ‘원고가 이 사건 제1 토지 위에 컨테이너 2동을 설치한 것이 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법 제11조와 건축법 제8조에 위반되어 개발제한구역관리에 막대한 지장을 초래할 우려가 있다’는 등의 이유로 같은 해 10. 5.까지 이를 원상복구하도록 계고조치한 사실을 각 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

(2) 판단

(가) 먼저, 원고가 이 사건 각 토지를 원고의 종교활동에 직접 사용한 것인지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면 서부성당은 관할관청으로부터 허가를 받지 아니하고 개발제한구역 내에 있는 이 사건 각 토지 위에 컨테이너 4동, 비닐하우스 1동, 차고용 가건축물 1동 등을 설치하여 강당 및 교리실, 교사회합실, 창고, 차고의 용도 등으로 사용하면서 나머지 토지를 체육활동장소와 주차장으로 사용하고 있다.

그런데,

지방세법 제107조 단서,

제127조 제1항 단서 소정의 ‘정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’에서 의미하는 ‘사용’에의 해당 여부는 당해 비영리법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하는 것인바(

대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211,

94누8228 판결), 앞서 본 원고의 사업목적과 이 사건 각 토지의 당초의 취득목적 및 현재의 사용상태에 비추어보면, 교리실(컨테이너 2동)의 부지로 사용되는 토지 부분만이 서부성당의 종교활동에 직접 사용하는 것으로 보일 뿐이다. 게다가 위에서 의미하는 ‘사용’이란 법인의 목적사업을 전제로 그 적법한 수행을 뜻하는 것이므로, 그 과정에서 사소한 행정법규의 위반이 있다는 등의 경우에까지 ‘사용’에 해당하지 않는다고는 할 수 없지만, 토지의 용도에 관한 법적 규제에 위반하거나 건축허가신청조차 없이 무단으로 건축하여 언제든지 철거 또는 시정명령의 대상이 되는 임시적․불법적 사용의 경우까지 여기에서 말하는 사용에 해당한다고 할 수는 없다 할 것인바, 앞서 본 바와 같이 원고가 관할관청으로부터 허가를 받지 아니하고 개발제한구역 내에 있는 이 사건 각 토지 위에 컨테이너와 가건물을 설치하여 사용한 것은 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법 제11조(개발제한구역에서의 행위제한)에 위반한 것이어서, 위 컨테이너 등이 불법시설물 내지 불법건축물로서 언제라도 철거될 지경에 처해 있는 상황에 있고 실제로도 이 사건 제1 토지 위의 컨테이너 2동에 대하여는 피고로부터 원상복구명령이 내려지기도 하였으니, 위와 같은 원고의 위 행위를 들어 원고가 이 사건 각 토지 전체를 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에서 규정하는 바와 같이 원고의 고유목적인 종교생활에 직접 사용한 것이라고 볼 수는 없다.

(나) 정당한 사유의 유무

다음으로, 원고가 이 사건 각 토지를 직접 사용하지 않는 데에 정당한 사유가 있는지에 관하여 본다. 위 ‘정당한 사유’는 법령에 의한 금지, 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함되는 것으로서, 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는, 취득세를 중과하는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1998. 7. 10. 98두7626 판결 등 참조).

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인이고, 임시로 이 사건 각 토지 위에 컨테이너 등을 설치하여 사용한 것이 원고의 열악한 재정형편 때문이라고 할지라도, 원고가 이를 해결하기 위하여 별다른 노력을 하였음을 찾아볼 수 없는 이상, 그와 같은 사정은 정당한 사유가 될 수 없다. 또한 앞서 본 바에 의하면, 원고는 이 사건 각 토지가 개발제한구역으로 지정되어 애초부터 개발제한구역 지정이 해제되지 않는 한 적법한 방법으로는 그 지상에 성당건물의 건축이 허용되지 않음을 알거나 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울이면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 이 사건 각 토지를 취득한 것이고, 그 후 4년 가량이 지나 이 사건 과세처분이 있기까지 위 각 토지 위에 건물을 건축하지 못한 것도 그와 동일한 사정에 기인하는바, 위 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정을 찾아볼 수 없는 이 사건에서, 원고가 주장하는 관계법령상 건축제한의 사유 역시 정당한 사유에 해당되지 않는다.

(다) 취득세의 가산세 부분

다만, 이 사건이 이 법원에 계속 중이던 2003. 9. 25. 2003헌바16호로 취득세 가산세에 관한 구

지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제121조 제1항이 헌법재판소에 의하여 헌법불합치결정을 받았고, 그에 따라 위

제121조 제1항이 개정되었는데, 개정 지방세법 부칙 제4조는 ‘제121조.....의 개정규정은 다음 각호의 처분에 대하여도 적용한다. 이 경우 제121조.....의 개정규정에 의하여 산출한 가산세가 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 100분의 20에 상당하는 금액으로 한다’고 하면서, 그 제2호에서 ‘2003년 9월 25일 전에 행하여진 취득세 가산세 징수처분(이의신청, 심사청구 또는 행정소송이 제기된 것에 한한다)’을 규정하고 있다.

따라서 2003. 9. 25. 이전에 행정소송이 제기된 이 사건 취득세 가산세에 관하여는 위 부칙 제4조 전단 제2호에 따라 개정

지방세법 제121조 제1항을 적용하여야 하고, 앞서 살펴본 바와 같이 원고는 신고납부기한 내에 취득세를 신고하지도, 납부하지도 않았으므로, 개정

지방세법 제121조 제1항 제1,

2호에 정한 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 별개로 계산하여 합산하는 것이 원칙이다. 그런데, 이 사건 과세처분의 취득세 부과내역(을 제11호증)을 보면, 이 사건 제1 토지에 관하여 2,880,000원(본세 2,400,000원 + 가산세 480,000원), 이 사건 제2 토지 중 매수 부분에 관하여 1,560,000원(본세 1,300,000원 + 가산세 260,000원), 위 토지 중 수증 부분에 관하여 204,420원(본세 170,350원 + 가산세 34,070원)을 각 부과한 것으로서, 위 각 가산세가 구 지방세법 제111조 및 제112조의 규정(개정 지방세법에서도 같은 내용임)에 의하여 산출한 세액의 100분의 20에 상당하는 금액임을 알 수 있고 이는 개정 지방세법 제121조 제1항 제1호에 정한 방식으로 계산한 신고불성실가산세와 같은 금액임이 분명한바(

구 지방세법 제121조 제1항의 가산세 계산방식은 개정 지방세법 제121조 제1항 제1호의 신고불성실가산세 계산방식과 동일함), 따라서 이 사건 처분의 취득세 가산세 부분은 납부불성실가산세를 별도로 계산하여 합산할 필요 없이 개정 지방세법 부칙 제4조 후단에 의하여 결과적으로 개정 지방세법 하에서도 정당하다.

(라) 소결론

따라서, 이 사건 과세처분은 적법하고 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하고 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.