등기는 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당하여 중과세율이 적용되므로, 중과세율을 적용한 부과처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

[채택증거 : 갑 1, 갑 2의 1, 2, 갑 3의 1 내지 3, 갑 4, 갑 5의 1, 2, 을 1의 1, 2, 을 2 내지 5의 각 기재]

가. 소외 삼신엠앤디 주식회사(변경 전 상호 : 삼신철강 주식회사, 이하 삼신엠앤디라 한다)는 1993. 2. 10. 건설업, 부동산 매매 및 임대업 등을 목적으로 설립된 회사이고, 소외 주식회사 코레트신탁(변경 전 상호 : 대한부동산신탁 주식회사, 이하 코레트신탁이라 한다)은 1991. 4. 13., 원고는 2001. 3. 20. 각 신탁업법에 의한 신탁 업무 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 위 삼신엠앤디는 1999. 6. 3. 위 코레트신탁 및 소외 삼성중공업 주식회사(이하 삼성중공업이라 한다)와 사이에 서울 서초구 서초동 1330 대 2,302.6㎡ 지상에 지하 7층, 지상 20층 규모로 연면적 32,854.17㎡의 공동주택 및 상가(근린생활시설) 건물을 신축․분양하기 위하여 다음과 같은 내용의 토지신탁사업약정(을 2)을 하였다.

◦ 위탁자 겸 수익자인 위 삼신엠앤디는 위 토지의 소유권을 확보하는 즉시 위 코레트신탁에게 위 토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하고, 신탁사업수행 시 발생하는 일체의 비용을 부담한다.

◦ 수탁자인 위 코레트신탁은 위 건물에 관한 분양계약 체결 및 분양수입금의 수납․지출 업무를 수행하고, 위 삼성중공업과 위 건물의 신축공사계약을 체결한 후 분양수입금의 범위 내에서 위 삼성중공업에게 공사비를 지급하는 등 자금조달을 제외한 제반 신탁사무를 처리한다.

◦ 시공자 겸 우선수익자인 위 삼성중공업은 위 건물을 시공하고, 위 코레트신탁의 위임을 받아 위 삼신엠앤디와의 협의를 거쳐 분양을 대행하며, 이에 따른 사업비를 집행한다.

◦ 위 삼신엠앤디, 코레트신탁 및 삼성중공업은 위 건물의 신축․분양을 위한 신탁사업의 성공적인 수행을 위하여 상호 협력하고, 위 건물의 사용승인 후 6월 이내에 위 사업에 따른 정산을 한다.

다. 또한 위 삼신엠앤디는 같은 달 29. 위 토지신탁사업약정에 기하여 위 코레트신탁 및 삼성중공업과 사이에 수탁자인 위 코레트신탁이 위 건물의 사용승인 후 지체 없이 위 삼성중공업으로부터 위 건물을 인도 받아 이에 관하여 소유권보존등기를 경료하기로 하는 내용의 분양형토지신탁계약을 추가로 체결하였다.

라. 그 후 원고는 2001. 4. 4. 위 삼신엠앤디, 코레트신탁 및 삼성중공업과 사이에 원고가 위 분양형토지신탁계약의 수탁자인 위 코레트신탁의 지위를 포괄적으로 승계하기로 하는 내용의 토지신탁계약변경 및 승계계약(을 3)을 체결하였다.

마. 위 각 계약에 따라 위 삼신엠앤디는 위 토지를 취득하여 1997. 7. 1. 위 코레트신탁에게 위 토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였으며, 위 삼성중공업은 위 토지 위에 위 건물을 신축하였다.

바. 한편 원고는 2002. 3. 25. 피고로부터 위 건물에 대한 사용승인을 받은 후, 같은 달 23. 위 건물 중 상가(근린생활시설) 부분 5,919.89㎡(이하 이 사건 건물 부분이라 한다)에 관한 소유권보존등기를 경료하기 위하여, 대도시 내에서의 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 적용되는 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 중과세율[표준세율(1,000분의 8)의 100분의 300]을 적용하여 산출한 등록세 금 176,124,890원(= 과세표준 금 7,338,537,305원 × 24/1,000) 및 위 등록세액을 기초로 산출한 지방교육세 금 35,224,970원을 피고에게 자진 신고․납부하였으며(지방세법 제72조에 따라 이와 같이 신고․납부를 한 때에 부과처분이 있었던 것으로 보게 되므로, 이하 이 사건 부과처분이라 한다), 그 후 같은 달 25. 이 사건 건물 부분에 관하여 원고 명의로 소유권보존등기(이하 이 사건 등기라 한다)를 경료하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 건물 부분에 관한 실질적인 권리의 귀속자는 위탁자인 위 삼신엠앤디이며, 원고는 종전 수탁자인 위 코레트신탁의 신탁계약상의 지위를 그대로 승계하였을 뿐이므로, 이 사건 등기에 대하여

지방세법 제138조 제1항 제3호소정의 중과세율을 적용하기 위하여는, 위탁자인 위 삼신엠앤디 또는 종전 수탁자인 위 코레트신탁의 법인 설립일을 기준으로 하여야 한다. 그런데 이 사건 등기는 위 삼신엠앤디 또는 위 코레트신탁의 설립 이후 5년이 경과한 후 취득한 부동산등기임이 명백하므로, 이에 대하여는 위 중과세율을 적용하여서는 아니 된다. 그럼에도 불구하고 이 사건 처분은 원고의 설립일을 기준으로 하여 이 사건 등기가 원고의 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당한다고 보고 위 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 및 지방교육세를 부과한 것이므로, 이 사건 부과처분 중 지방세법 제131조 소정의 표준세율을 적용하여 산출한 등록세액 및 이를 기초로 하여 산출한 지방교육세액을 각 초과하는 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

【지방세법】

제131조 (부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

4. 소유권의 보존:

부동산 가액의 1,000분의 8

제138조 (대도시 지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. (단서 생략)

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립․설치․전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

【지방세법시행령】

제102조 (대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립․설치․전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립․설치․전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용․비업무용 또는 사업용․비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설․증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시 내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 판단

등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기에 따른 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로, 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다고 하더라도, 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세부과처분의 효력에 아무런 영향이 없으며, 이와 같은 법리는 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 중과세의 경우에도 마찬가지라 할 것이다(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누858 판결, 1996. 7. 26. 선고 95누14855 판결 등 참조).

그런데 위에서 본 바와 같이, 원고가 그 명의로 이 사건 등기를 경료하였으므로, 이 사건 등기에 대한 등록세의 납세의무자는 원고라고 할 것이고, 따라서 이 사건 등기에 대하여 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 중과세율을 적용하여야 할 것인지의 여부도 원고의 설립일을 기준으로 결정하여야 할 것이며, 이 사건 등기에 따른 실질적인 권리귀속 주체가 위 삼신엠앤디인지 여부 또는 원고가 종전 수탁자인 위 코레트신탁으로부터 수탁자의 지위를 승계하였는지 여부에 따라 그 결과가 달라지지는 않는다고 할 것인바, 원고가 2001. 3. 20. 설립되고, 이 사건 등기가 2002. 4. 25. 경료되었으므로, 이 사건 등기는 법인인 원고의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당하여 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 중과세율이 적용된다고 할 것이다.

결국 이 사건 처분을 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 한다.