비영리공익법인은 개정법률 시행일인 현재 유예기간이 경과하지 아니한 토지에 대하여는 취득세를 중과세할 수 없으므로 토지 중 공유지분에 해당하는 토지를 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하여 법인의 비업무용토지에 해당한다고 본 부과처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5, 6, 7호증의 각 1, 2, 갑 제8호증의 1 내지 4, 갑 제9호증, 갑 제10, 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증의 1, 2, 3, 을 제2호증의 1, 2, 3, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제6호증, 을 제7호증의 1 내지 6, 을 제8호증의 1, 2의 각 기재 및 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다.

⑴ 원고는 1981. 9. 24. 설립된 비영리공익법인으로서 속초시 설악동 소재 대지 약 22,150평(이하 설악동 토지라 한다)를 출연받아 기본재산으로 보유하고 있었다.

⑵ 원고는 자기 소유의 사무실이 없어 임차 건물에 세 들어 있던 중, 감독관청인

서울시 중부교육청장으로부터 1995. 7. 14., 1995. 10. 6. 1996. 7. 23. 등 수회에 걸쳐 설악동 토지가 무수익 기본재산이니 이를 수익 재산으로 전환 또는 처분할 것을 권유받고는, 설악동 토지 중 약 10,000평은 연구지원시설 및 연수센터로 개발하여 당초 출연목적에 부합되게 활용하기로 하고, 나머지 약 12,150평은 주식회사

고합종합건설(1999. 1. 30. 회사정리절차개시 신청을 하여 1999. 2. 9. 보전처분결정을, 1999. 7. 19. 회사정리절차개시결정을, 2000. 3. 10. 회사정리계획인가결정을 각 받았고, 그 무렵 상호를 주식회사

경일건설로 변경하였다. 이하 고합건설이라 한다)에게 매도하였다.

⑶ 원고는 1997. 12. 31. 설악동 토지의 매도대금으로 평촌신도시에 있는 안양시

동안구 관양동 1591-11 대 4,900㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를

고합건설과 공유로 취득하여, 원고가 4,900분의 662 지분,

고합건설이 4,900분의 4,238 지분에 관하여 각 소유권이전등기를 경료한 후 현재까지 이르고 있다.

⑷ 원고는 1998. 1. 30. 이 사건 토지 중 원고의 공유지분에 대하여 취득세 14,591,020원 및 농어촌특별세 1,459,100원을 신고ㆍ납부하였다.

⑸ 원고는 1998. 2. 10.

고합건설과 사이에 이 사건 토지를 분할하기로 합의한 후, 건물을 신축하여 재단사무실과 회의실 및 자료실 등으로 활용하기 위하여 1998. 4. 7. 건축심의신청을 하였으나, 1998. 6. 11.

서울시 중부교육 청장으로부터 설악동 토지에 대한 기본재산처분허가 신청이 반려되었고, 1998. 8. 17.에는 피고로부터 지적분할이 어렵다는 이유로 건축심의 불가통보를 받았다.

⑹ 그 후, 원고는

고합건설과 공동으로 이 사건 토지에 건물을 신축하려고 하였으나,

고합건설이 자금사정이 어려워 이를 거부하는 바람에, 1998. 12. 31. 이 사건 토지 중 자기 소유 지분을

고합건설에게 매도하고, 그 매도대금에서 설악동 토지의 매도대금 21억 원을 상계한 나머지 124,320,000원을 1999. 6. 30.까지 지급받기로 약정하였다가, 잔금지급일자를 2002. 6. 30.로 연장하여 주었다.

⑺

고합건설은 2000. 9. 16. 이 사건 토지에 교육연구시설을 신축하기 위한 건축허가를 받았고, 그 무렵 착공신고서를 제출하고, 현장사무소를 설치한 후, 2000. 9. 26.에는 가설건축물축조신고필증을 교부받았다.

⑻ 한편, 피고는 2002. 7. 9. 원고에 대하여 ‘원고가 이 사건 토지 중 원고의 공유지분에 해당하는 토지를 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하여 법인의 비업무용토지에 해당한다’는 이유로

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 법률, 이하 구법이라 한다) 제112조 제2항 제6호에 근거하여 취득세를 중과세하여, 취득세 72,649,080원 및 그 부가세인 농어촌특별세 6,659,490원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

⑴ 법령의 개정내용

구법 제112조 제2항 제6호 및

지방세법시행령(2000. 12. 29 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 시행령, 이하 구법시행령이라 한다) 제84조의4 제1항 제1호,

제2항 제8호에서는, 법인이 토지를 취득한 날부터 3년의 유예기간 내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하는데, 다만 그 유예기간이 경과하지 아니한 동안에는 이를 비업무용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있었다. 그런데, 비업무용 토지에 대한 중과세의 근거규정인 위 구법 조항은 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되어 2001. 1. 1.부터 시행된 지방세법(이하 개정법률이라 한다)에 의하여 삭제되었고,

개정법률 부칙 제6조에서는 그 시행일인 2001. 1. 1. 현재 그 유예기간이 경과하지 아니한 토지(건축공사의 진행 또는 사용금지 조치 등으로 비업무용토지가 되지 아니한 토지를 포함한다)에 대하여도 개정법률이 적용된다고 규정였다. 따라서, 법인의 비업무용 토지로서 취득세를 중과세할 수 있는지는 개정법률 시행일인 2001. 1. 1. 현재 그 유예기간이 경과하였는지 여부에 달려있다.

⑵ 개정법률 시행일 현재 유예기간이 경과하였는지 여부

원고가 이 사건 토지를 취득한 날은 1997. 12. 31.이고, 3년의 유예기간이 경과하는 2000. 12. 31.은 일요일이며, 그 다음날은 신정 공휴일인 사실은 역수상 명백한바,

지방세법 제59조는 ‘이 법 또는 지방세에 관한 조례에서 규정하는 기간의 계산에 관하여는 이 법 또는 당해 조례에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 의한다’고 규정하고 있고,

민법 제161조는 ‘기간의 말일이 공휴일에 해당한 때에는 기간은 그 익일로 만료한다’고 규정하고 있으며, 달리 구법에서 비업무용 토지에 대한 유예기간의 계산에 관하여

민법 제161조에 대한 특별규정을 두고 있지는 아니하였으므로, 이 사건에 있어서 위 유예기간은

민법 제161조에 의하여 공휴일의 다음날인 2000. 1. 2.로 만료한다 할 것이고, 이와 달리

민법 제161조가 적용되는 지방세법상의 기간은 지방세법에서 일정기간 내에 당해 법률행위를 할 것을 규정하고 있고 그 이행 여부에 따라 권리의무의 득실변경이 이루어지는 경우로서 지방세법의 규정에 의한 신고, 신청, 청구, 통지, 납부, 납입, 서류의 제출 기타 징수에 관한 기한만을 의미하므로 기간만료일 이내에 신고 등의 의무를 규정하고 있지 아니한 위 유예기간의 계산에 있어서는

민법 제161조가 적용되지 아니한다는 취지의 피고의 주장은 받아들이지 아니한다. 따라서, 개정법률 시행일인 2000. 1. 1. 현재 그 유예기간이 경과하지 아니한 이 사건 토지에 대하여는 개정법률 부칙 제6조에 의하여 취득세를 중과세할 수 없다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고가 이 사건 토지를 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있었는지 여부에 관하여 나아가 살필 것 없이, 이 사건 처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 정하여 주문과 같이 판결한다.