부동산의 양도는 조세특례제한법 제119조 제1항 제3호 및 동법 제120조 제1항 제2호에서 정하는 “중소기업 사이의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등기”에 해당하므로, 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증, 갑제7호증의 1, 2, 갑제8호증의 1, 2, 갑제9 내지 11호증, 갑제14호증의 1, 2, 을제1호증, 을제2호증의 1, 2, 을제3호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고의 전신인

혜성농산 영농조합법인은 농업ㆍ

농촌기본법 제15조에 의거하여 원고의 대표이사인

소외 김상춘 등이 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 공동으로 하고자 1998. 4. 6. 설립한 법인으로서 유황오리 사육 및 판매업에 종사하여 오다가, 1999. 11.경 정읍시

고부면 덕안리 950공장부지 13,993.7㎡, 건물 4,865.47㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하여 축산진흥기금을 지원받아 오리도축 및 가공공장을 준공한 후 내수판매에 치중하였다.

나.

혜성농산 영농조합법인은 2001. 11.경

일본 도리젠 후즈사와 유황오리 수출상담을 하면서 일본

도리젠 후즈사가

영농조합법인이라는 회사형태는 일본 내에 생소한 명칭으로 일본 내의 TV홍보와 전단지 배포 등을 위하여 주식회사로의 변경을 요구하였다.

다. 이에 따라 오리등 육가공업 등을 목적으로 하여 2001. 3. 2. 주식회사 형태로 원고가 설립되었고, 원고와

혜성영농조합법인을 합병하려 하였으나 현행 법률상 농업ㆍ농촌기본법에 의한

영농조합법인과 상법상 주식회사는 합병등기가 불가능함에 따라,

혜성영농조합법인은 2001. 12. 1.자로 폐업을 하기로 하고 그의 모든 권리의무를 원고가 포괄 양수하는 방식으로 조직변경을 하기로 하였다.

라. 그에 따라

혜성농산영농조합법인은 2001. 12. 1. 폐업신고를 하고, 해산절차를 밟았으며, 원고는 2001. 12. 5. 폐업한

혜성농산영농조합법인으로부터 이 사건 부동산에 관하여 2001. 12. 1. 매매를 원인으로 한, 전주지방법원 정읍지원 접수 제27193호로 소유권이전등기를 경료하였는데, 그 당시 피고는 이를 전라북도세감면조례 제28조에 규정된 “농공단지내의 휴ㆍ폐업된 공장에 대체 입주하는 자가 부동산을 취득ㆍ등기하는 행위”로 보아 취득세 및 등록세에 대한 면세조치를 하였다.

마. 그 후 피고는 원고가 농공단지 내의 휴ㆍ폐업된 공장에 대체입주한 것이 아니라 정상적으로 가동되는 기존공장을 양수하는 방법으로 이 사건 부동산을 취득한 후 취득 전 업종(유황오리육가공업 등)과 동일한 업종을 계속 영위하고 있다는 이유로, 2002. 3. 6. 이 사건 부동산에 대하여 등록세 73,104,260원, 지방교육세 13,402,440원, 취득세 48,736,170원, 농어촌특별세 4,467,470원의 각 부과처분을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 관계법령

별지 기재와 같다.

나. 판 단

(1) 전라북도세감면조례 제28조에 해당하는지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(

대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결,

대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 참조)고 할 것인바, 전라북도세감면조례 제28조는 “농공단지에 대체 입주하는 자(휴ㆍ폐업된 공장에 대체 입주하는 자에 한한다)가 취득하는 당해 농공단지 내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”고 규정하고 있으나, 위 각 증거들과 변론의 전취지에 의하면, 원고는 정상적으로 가동되는 기존공장을 양수하는 방법으로 이 사건 부동산을 취득한 후 취득 전 업종(유황오리육가공업 등)과 동일한 업종을 계속 영위하고 있는 사실을 인정할 수 있을 뿐이므로, 원고가 휴ㆍ폐업된 공장에 대체 입주하는 자라고 볼 수 없어 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2)

조세특례제한법 제119조 제1항 제3호및

제120조 제1항 제2호 소정의 중소기업 사이의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수한 경우에 해당하는지 여부

(가) 원고 및

혜성농산영농조합법인이

중소기업기본법 제2조 및

중소기업기본법시행령 제3조의 중소기업에 해당하는지 여부

중소기업기본법 제2조 및

중소기업기본법시행령 제3조 소정의 중소기업은 제조업 등을 영위하는 기업으로서 기업규모가 일정 기준 이하(각 업종마다 상이하나, 제조업의 경우에는 상시근로자 수 300인 이하 또는 자본금 80억원 이하)이고

독점규제및공정거래에관한법률 제9조 제1항에 의한 상호출자제한기업집단(당해 기업집단에 속하는 국내 회사들의 직전사업연도의 대차대조표상의 자산총액의 합계액이 2조원 이상인 기업집단으로서 공정거래위원회에 의하여 지정되어야 함)에 속하지 아니하여야 하는데, 갑제15호증의 1, 2, 갑제16호증의 1, 2, 갑제17호증의 1, 2, 갑제18호증, 갑제19호증의 1 내지 3, 갑제20호증의 1 내지 5, 을제1, 3호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면,

혜성농산영농조합법인의 업태는 도매, 축산, 제조업, 종목은 유황오리 등 육가공업이고, 원고의 업태는 도ㆍ소매, 제조업, 종목은 농수축산물, 유황오리농축액이며,

통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시(2000. 1. 7.)한 한국표준산업분류에 의한 해당업종은 제조업(분류번호 D)에 해당하고, 제조업 가운데에서도 산업분류코드 15119, 산업분류명 ‘기타 육지동물고기 가공 및 저장처리업’에 해당한 사실, 통합 당시인 2001. 12. 1.을 기준으로

혜성농산영농조합법인의 대차대조표상의 자산총액 합계는 5,667,481,981원이고, 2001. 12. 31. 원고의 대차대조표상의 자산총액 합계는 6,503,098,045원이며, 공정거래위원회로부터 상호출자제한기업집단의 지정을 받지 아니한 사실,

혜성농산영농조합법인은 2001. 12. 1.을 기준으로 상시근로자 수가 59인(대표이사 포함, 2002. 2. 28. 제출한 연말정산자료에는 인원이 80명으로 기재되어 있으나, 그 중 21명은 통합 전에 퇴사한 직원들임), 자본금은 1,550,000,000원이었고, 통합에 의하여 존속하는 법인인 원고는 2001. 12. 31.을 기준으로 상시근로자 수 67인(대표이사 포함), 자본금은 2,250,000,000원인 사실을 인정할 수 있으므로, 원고와

혜성농산영농조합법인은

중소기업기본법 제2조 및

중소기업기본법시행령 제3조의 중소기업에 해당한다.

(나)

조세특례제한법시행령 제28조 제1항의 중소기업 사이의 통합에 해당하는지 여부

조세특례제한법시행령 제28조 제1항 소정의 중소기업 사이의 통합은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 ① 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자이며 ② 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 하는바, 갑제10, 11호증, 갑제12호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가

혜성농산영농조합법인의 영업전부를 양도받으면서 그 대가를 원고의 주식 440,000주(주당 액 면가 5,000원, 총 액면가액 2,200,000,000원)를 발행하여

혜성농산영농조합법인 출자자 지분별로 안분하여 분배하였고,

혜성농산영농조합법인의 출자자의 인적구성 및 그 출자지분과 원고의 주주의 인적구성 및 지분은 서로 완전히 동일(

혜성농산영농조합법인의 출자자들 중

김희섭,

김복순은 통합 전에

김상춘에게 그들의 출자자 지분을 양도하였다)한 사실,

혜성농산 영농조합법인은 2001. 12. 1. 사업용고정자산의 합계액이 4,505,353,620원이고, 부채합계가 8,101,971,090원으로 순자산가액이 -3,596,617,470원인 사실을 각 인정할 수 있으므로, 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자인

혜성농산 영농조합법인의 출자자들이 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액(원고가 이 사건 사업양수로 인하여 추가발행한 총 주식수 44만주, 액면가 합계 22억원)이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액인 -3,596,617,470원이상이므로,

혜성농산 영농조합법인과 원고의 통합은 조세특례제한법시행령 제28조 제1항의 중소기업 사이의 통합에 해당한다.

다. 소 결

그렇다면,

혜성농산 영농조합법인과 원고 사이의 2001. 12. 1.자 사업양수계약은

조세특례제한법시행령 제28조 제1항의 중소기업 사이의 통합에 해당하고, 그에 따른 이 사건 부동산의 양도는

조세특례제한법 제119조 제1항 제3호 및

동법 제120조 제1항 제2호에서 정하는 “중소기업 사이의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등기”에 해당하므로, 피고가 원고에 대하여 행한 이 사건 부동산에 관한 등록세, 취득세 등의 각 부과처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.