교회이전을 위하여 마련해 두었던 토지가 수용됨으로써 새로운 교회부지를 매수하는데 추가비용이 지출된 반면에 교회의 분열 및 IMF 사태 등 예상하지 못한 사정으로 인하여 헌금액이 현저하게 감소하여 헌금을 통하여 자금을 조달할 수 밖에 없는 종교법인이 부족자금을 조달하는데에 상당한 시간이 소요될 수밖에 없는 점 등을 종합하면 토지를 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 따라서 토지가 비업무용토지에 해당한다고 하여 취득세 등을 중과한 처분은 부당하다.

1. 부과처분의 경위

가. 원고는 국내외 선교사업, 영유아 보육시설사업 등 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인이다.

나. 원고는 1992. 6. 26. 유치원부지로 사용하기 위하여

한국토지개발공사 사이에 대전

서구 갈마동 984 대 1,263.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 645,200,000원에 매수하는 계약을 체결하고, 1994. 11. 25.까지 위 매매대금 및 지연이자를 합한 715,700,760원을 지급한 다음, 1996. 2. 26. 문화체육부장관으로부터 기본재산취득인가를 받고, 1996. 6. 21. 피고에게 등록세 비과세를 신청하여 등록세를 면제받은 후 1996. 6. 24. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 1997. 11. 13. 피고로부터 이 사건 토지 위에 지하 1층, 지상 1층, 연면적 490.05㎡의 유치원건물을 건립하기 위한 건축허가를 받고 1997. 11. 21. 위 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 시작하였다가 터파기공사 및 지하 1층 기초공사만을 한 채 1998. 2. 17. 공사를 중단하였다. 그러다가, 원고는 1999. 10. 22. 위 유치원건물의 연면적을 35.15㎡ 증가하는 것으로 건축설계변경허가를 받고 2000. 2. 10. 공사를 재개하여 2000. 5. 12. 완료한 다음 2000. 5. 17. 피고로부터 위 유치원건물의 사용을 승인받고 그로부터 현재까지 이를 선교원 및 유치원시설로 사용하고 있다.

라. 피고는 2000. 5. 13. 원고가 이 사건 공사에 착공한 후 정당한 사유 없이 1년을 초과하여 공사를 중단하였으므로 이 사건 토지는 법인의 비업무용 토지에 해당한다고 보아 중과세율로 산정한 세액에서 원고가 이미 일반세율로 산정하여 납부한 세액을 공제한 취득세 68,707,270원 및 위 취득세를 본세로 하는 농어촌특별세 6,298,160원, 면제하였던 등록세 25,765,220원 및 위 등록세를 본세로 하는 교육세 4,723,620원을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다)을 하였다

[증거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3호증의 각 2, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 3, 갑 제6호증의 1, 2, 4, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제13호증, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제16호증, 갑 제17호증의 1, 2, 갑 제22호증, 을 제1, 2, 4 내지 7호증, 을 제8호증의 2, 3, 을 제9호증, 을 제11호증의 1 내지 5, 을 제14호증의 1 내지 6, 을 제18호증, 을 제19호증의 1 내지 4, 을 제20호증, 을 제23호증의 1 내지 4, 제1심 증인 이신길, 변론의 전취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

① 원고는 피고의 요청에 따라 이 사건 토지를 1994. 9. 10.부터 1997. 11. 20.까지 공한지 무료주차장으로 제공하였고, 이는 지방세법시행령에서 말하는 공공 공지로 제공된 것에 해당하여 이 사건 토지에 대한 유예기간은 위 무료주차장으로서 제공이 끝나는 날부터 새로 기산하여야 하므로, 이 사건 부과처분 당시 아직 유예기간이 경과하지 아니하여 비업무용 토지에 해당하지 아니한다.

② 그렇지 않다고 하더라도, 피고가 원고에게 이 사건 토지를 무료주차장으로 사용하도록 하여 달라고 요청하여 위 기간 동안 이 사건 토지를 그 직원 등의 무료주차장으로 사용하였으면서도 무료주차장으로 사용한 위 기간까지 유예기간에 포함시켜 이 사건 토지를 비업무용 토지에 해당한다고 하여 한 이 사건 부과처분은 신의칙에 반한다.

③ 원고는 새로 이전할 교회부지로 매수하여 두었던 대지 약 845평이 한국토지개발공사에게 수용되는 바람에 1990. 9. 17. 한국토지개발공사로부터 위 토지수용금 상당액으로 대전

서구 갈마동 986 종교용지 약 275평을 매수하였는데, 위 토지가 교회부지로서는 너무 좁아 부득이 이에 연접한 이 사건 토지를 무려 6억 4,500만원에 추가로 매수할 수밖에 없었다. 이와 같이 교회당 건물의 신축공사, 이 사건 토지의 매수 및 이 사건 공사가 비슷한 시기에 진행됨으로써 막대한 자금이 소요되게 되었는데도, 오히려 그 무렵 발생한 교회 분할로 인한 신도수의 감소 및 IMF 사태 등으로 인한 헌금의 감소로 원고는 자금조달에 더욱 어려움을 겪게 되었다. 이에 원고는 교회조직의 구조조정을 단행하고 담임목사의 생활비 동결, 상여금 삭감 등의 조치를 취하였으나 그래도 자금이 모자라 이 사건 공사를 장기간 중단할 수 밖에 없었다. 따라서 위의 여러 사정을 고려하면, 위와 같은 이 사건 공사의 중단에는 정당한 사유가 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고가 원래 대전 중구 대흥동에 있던 교회를 이전하려고 매수하여 두었던 대전

서구 탄방동 41 대 약 845평이 1985. 4. 10.

한국토지개발공사에게 2억 1,600만원에 수용되자 그 수입의 대부분을 신도들의 헌금에 의존하여야 하는 종교단체인 원고는 위 토지수용금 상당액으로 이전할 수 있는 다른 토지를 물색하던 중 1990. 9. 17.에 이르러 한국토지개발공사로부터 대전 서구

갈마동 986종교용지 약 275평을 2억 1,365만원에 매수하게 되었는데, 위 토지가 교회부지로서는 너무 좁아 부득이 이에 연접한 이 사건 토지를 6억 4,5000만원에 추가로 매수하게 되었다.

(2) 원고는 1994. 11. 1. 교회당 건물에 대한 건축허가를 받고 공사를 시작하여 1995. 3. 16. 이를 완공하였다.

(3) 한편 원고는 교회당 건물의 건축과 이 사건 토지의 매수 등에 소요되는 자금을 신도들의 헌금으로 충당하였는데, 매수자금이 원래 예상하였던 것보다 추가지출되고 자금조달이 여의치 아니하자 자금을 교회당 건물 건축에 우선 투입하는 바람에 이 사건 토지는 자연히 공지로 방치되었다.

(4) 위와 같이 원고가 이 사건 토지를 공지로 방치하자 피고는 그 청사로부터 150여미터 떨어져 있는 이 사건 토지를 무료주차장으로 사용하기 위하여, 원고의 승낙을 받아 1994. 9. 10.경부터 1997. 11. 20.경까지 이 사건 토지에 공한지 무료주차장을 설치하고 주로 서구청 직원들의 주차장으로 사용하였다.

(5) 원고는 1997. 11. 13. 이 사건 공사를 착공하였다가 원고가 운영하는 교회의 분할로 인한 신도수의 감소와 그 무렵 발생한 IMF 사태 등으로 헌금액이 급격히 감소하자 1998. 2. 17. 이를 중단하였다.

(6) 원고는 위 각 공사에 착공한 후 그 공사대금을 마련하기 위하여 교회의 구조조정을 단행하여 인건비를 절약하였고, 담임목사의 생활비 동결 및 상여금 삭감 등의 조치를 취하였으나 여전히 그 공사대금 마련은 지지부진하였다.

(7) 비업무용토지에 대한 중과세제도는 그 근거조항인

지방세법시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제84조의4가 2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 삭제됨으로써 2001. 1. 1.자로 폐지되었다

[증거] 앞서 본 증거, 갑 제2, 3호증의 각 1, 갑 제4호증의 3, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 3, 갑 제8, 9호증, 갑 제10호증의 1 내지 22, 갑 제11호증, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제18호증의 1, 2, 3, 갑 제19호증의 1, 2, 갑 제20호증의 1 내지 5, 갑 제23호증의 1, 2, 3, 갑 제24호증의 1, 2, 갑 제25호증, 갑 제26호증의 1, 2, 3, 을 제11호증의 1 내지 5, 환송전 당심 증인 이상우, 변론의 전취지

라. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장을 본다.

살피건대,

시행령 제84조의4 제3항 제1호 나목의 규정과 구 건축법(1997. 8. 28. 법률 제3395호), 구 건축법시행령(1997. 9. 11. 대통령령 제15480호),

구도시계획법(1995. 12. 29. 법률 제5116호) 제2조 제1항 제1호 나목,

제16조 제2항,

도시계획시설기준에관한규칙 제53조의 규정 등을 종합하여 보면, 시행령에서 말하는 공공 공지는 건축허가시에 허가권자가 신청인으로 하여금 일정한 토지를 도시 내의 주요시설물 또는 환경의 보호, 경관의 유지, 재해대책, 보행자의 통행과 시민의 일시적 휴양공간의 확보를 위하여 제공하도록 하는 공지를 의미한다고 할 것인데, 위에서 본 사실관계에 의하면, 이 사건 토지는 위 교회당 건물이나 유치원의 건축허가와 관련하여 공공 공지로 제공된 것이 아님이 분명하다. 그러므로, 이 사건 토지가 공공 공지로 제공된 것임을 전제로 하는 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장을 본다.

살피건대, 위에서 본 바와 같이 피고는 원고의 승낙을 얻어 이 사건 토지 위에 공한지 무료주차장을 설치하였으나 피고가 원고에게 이 사건 토지를 공한지 무료주차장으로 제공할 것을 요청하면서 그 제공된 기간을 유예기간 산정시 공제하거나, 제공이 종료된 때로부터 유예기간을 산정할 뜻을 표명하였다고 인정할 만한 증거가 없으며, 위 지방세의 부과징수는 지방세법 등 관련 법령에 따른 것이므로, 이 사건 부과처분이 신의칙 또는 신뢰보호의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 그러므로, 위 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 세 번째 주장을 본다.

무릇, 취득세가 중과되는 법인의 비업무용 토지인지 여부의 판단 기준이 되는

구 지방세법시행령(1999. 6. 8. 대통령령 제16379호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 소정의 ‘정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령사실상의 장애사유와 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 2000. 10. 24. 선고 99두9315 판결 참조).

살피건대 위에서 본 바와 같이, 원고는 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인으로서 주로 교인들의 헌금을 통하여 자금을 조달할 수 밖에 없는데, 원래 원고가 교회이전을 위하여 마련해 두었던 토지가 수용됨으로써 새로운 교회부지를 매수하는데 추가비용이 지출된 반면에 교회의 분열 및 IMF 사태 등 예상하지 못한 사정으로 인하여 헌금액이 현저하게 감소함으로써 이 사건 유치원 신축공사자금이 부족하게 되었고, 그 부족자금을 조달하는데에 상당한 시간이 소요될 수밖에 없는 점, 이 사건 신축공사와 같은 시기에 추진한 교회당 신축공사는 기간 내에 완공하였고, 이 사건 토지에 대하여도 기본재산취득인가와 건축허가를 받아 계속적으로 공사를 추진하면서 자금을 조달하여 결국 공사 중단 2년여만에 이를 완공하여 현재 고유의 업무인 선교원 및 유치원시설로 사용하고 있는 점 등 이 사건 공사 추진과정을 전체적으로 관찰하여 보면, 원고로서는 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 그 나름의 진지한 노력을 다하였다고 판단되고, 그렇다면 원고가 위 시행령 소정의 유예기간 내에 이 사건 토지를 고유업무에 사용하지 아니하거나 1년을 초과하여 공사를 중단한 것에 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다. 그러므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(4) 따라서, 피고가 이 사건 토지가 비업무용 토지에 해당된다고 보아 취득세를 중과하고 등록세를 추징하며, 각 그를 본세를 하는 농어촌특별세, 교육세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다.