1. 처분의 경위

이 부분에 관하여 당원에서 설시할 이유는 원심판결의 그것과 같으므로 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

⑴ 원고는, ① 학교를 운영하는 비영리사업자인 학교법인 새한학원(이하 ‘새한학원’이라 한다)이 이 사건 제2토지 위에 학교건물을 건축하고 있고, 원고가 새한학원으로부터 교부받은 15억원은 추후 결정될 이 사건 제2토지에 대한 토지보상금의 일부금 내지는 학교건물의 건축을 위하여 철거된 22동의 사택에 대한 손해배상금의 담보금일 뿐, 이 사건 제2토지의 사용대가로 받은 것은 아니므로, 이 사건 제2토지는 구 지방세법 제234조의12 제2호 소정의 종합토지세 비과세대상이고, ② 피고가 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 분류한 이 사건 제1,2토지 가운데 위 갑제동 440-5 토지 중 84,004㎡, 같은 동 440-6 토지 중 16,152㎡, 같은 동 440-8 토지 중 32.5㎡, 같은 동 440-9 토지 중 330㎡ 합계 100,518.5㎡(같은 동 440-6 토지가 비과세대상으로 인정될 경우에는 100,518.5㎡에서 16,152㎡를 뺀 84,366.5㎡)는 공부상 지목이 대지로 되어 있으나, 실제로는 군용전기통신법에 의한 특별보호구역 내에 위치하고 있는 천연자연림 형태의 수목이 우거진 사실상의 임야여서 구 지방세법시행령 제194조의15 제2항 제5호 다목에 따라 분리과세대상으로 보아야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

⑵ 이에 대하여 피고는, ① 구 지방세법 제234조의12 제2호에서 비영리학교법인이 교육용으로 직접 사용하는 토지에 대하여 종합토지세를 비과세하는 취지는 그와 같은 비영리학교법인의 부족한 재정을 지원하려는 데 있는 점, 원고는 새한학원에게 이 사건 제2토지에 대한 사용승낙을 하면서 그 담보금으로 15억원을 교부받았는데 그 액수가 총매매가 또는 1999년도 공시지가(당시 개별공시지가가 100,000원/㎡이므로 공시지가로 계산하면 4,833,400,000원)의 10%를 훨씬 초과하여 매매계약금과 동일한 성격으로 볼 수 없고, 추후 수용이 무산되더라도 원고는 그에게 귀책사유가 없는 한 15억원 외 그에 대한 이자까지 반환할 필요는 없다고 약정하였을 뿐만 아니라, 더 나아가 2002. 12. 27. 새한학원과 사이에서 이 사건 제2토지에 대하여 정식으로 매매계약을 체결하면서 계약체결 지연에 따른 연리 5%의 지연이자까지 지급받은 점, 원고는 이용가치가 높지 않은 임야 상태인 이 사건 제2토지의 사용 담보금으로 15억원을 받아 IMF 이후 2년 동안 고금리의 영업외 수익을 얻었던 반면(민법에 정한 연리 5%로 계산하여도 1년간 이자가 75,000,000원에 달함), 이 사건 제2토지에 1년간 부과된 세액은 종합토지세, 교육세, 농어촌특별세를 합하여 15,721,799원에 불과한 점, 원고의 이와 같은 토지이용실태는 종합토지세를 비과세하는 입법취지와는 전혀 무관한 점에 비추어 볼 때, 원고가 새한학원으로부터 교부받은 15억의 이자 상당액은 이 사건 제2토지의 사용대가로 지급되었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 제2토지는 유료로 사용되었거나 수익사업에 사용되어 비과세대상에 해당하지 않는다고 보아야 하고, ② 비록 이 사건 제1,2토지와 경산시 갑제동 124 공장용지 320,888㎡ 사이에 콘크리트 담장이 설치되어 있기는 하나 원고 소유의 8필지 토지 전체의 외곽에 다시 철조망이 설치되어 있어 위 8필지 전체를 일단의 토지로 보아야 하는 점, 이 사건 제1,2토지상에 심어져 있는 수목도 천연자연림이 아니고 조폐창의 보안관계상 시설물을 은폐하기 위하여 식재된 수목들이거나 장기간 방치되어 있는 기간 동안 자라난 잡목들 뿐인 점, 이 사건 제1,2토지상에 일부 자연상태의 임야가 있다 하더라도 지목이 대지로 되어 있어 원고는 언제든지 농지전용 등의 허가를 받을 필요 없이 건물을 신축하는 등 자신의 용도에 따라 활용할 수 있을 뿐만 아니라 이를 산림보호육성을 위하여 필요한 임야라고는 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 사건 제1,2토지 중 위 100,518.5㎡의 현황을 임야로 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 이 사건 제2토지의 비과세대상 여부

㈎ 갑 제4 내지 7호증, 제8호증의 6 내지 8, 11, 30, 31, 56, 57, 60, 제9호증의 9 내지 25, 제10호증의 11 내지 13, 을 제2호증, 제3호증의 2, 제7 내지 9, 12, 13호증의 각 기재 및 영상과 증인 이돈재의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원래 이 사건 제2토지 위에는 원고 소속 직원들을 위한 사택 22동과 수목 등이 있었던 사실, ② 이 사건 제2토지를 비롯한 일대에 새한 중․고등학교를 건립하여 운영할 목적으로 설립인가된 새한학원은 학교부지인 이 사건 제2토지를 매입하기 위하여 그 소유자인 원고와 협의를 한 결과 1999. 1. 25.경 원고로부터 매각결정은 받았으나 매매대금에 대하여는 합의가 이루어지지 않고 있던 중, 1999. 5. 14. 경상북도 교육감으로부터 이 사건 제2토지에 대하여 사업시행자를 새한학원으로 하는 학교시설사업시행계획승인을 받고, 더 이상 이 사건 제2토지와 그 지상에 건립되어 있던 사택의 보상금에 대한 협의가 성립되지 아니함에 따라 토지수용절차가 진행된 사실, ③ 그러던 중 새한학원은 수용재결 전이라도 원고로부터 이 사건 제2토지에 대한 사전 사용승낙을 받아 학교시설공사를 조속히 착공할 목적으로 원고에게 토지매매가의 일부인 15억원을 선(先) 착수금으로 제공하는 것을 조건으로 한 토지 사용승낙요청을 한 결과, 1999. 9. 9. 원고와 사이에서, 원고에게 이 사건 제2토지의 사전 사용승낙에 대한 담보금으로 15억원을 지급하되 차후에 토지수용위원회의 재결이나 행정소송에서 이 사건 제2토지의 수용보상금액이 확정될 경우 15억원을 그 수용보상금의 일부금으로 공제하고, 토지사용승낙에 따라 철거될 사택 및 기타 지상물에 대한 보상금을 451,662,500원으로 정하며, 이 사건 제2토지 중 일부나 전부가 수용대상 부동산에 포함되지 않을 경우 새한학원은 이 사건 제2토지 위에 시설한 건조물 등을 철거하여 원상회복할 의무 및 철거된 위 사택에 대한 시가 상당의 손해를 배상할 의무를 부담하는데, 이때 원고는 새한학원에게 반환하여야 할 15억원에서 위 원상회복비용 및 손해배상액을 공제한 나머지만을 반환하고, 원고의 귀책사유로 15억원의 전부 또는 일부를 반환하는 경우를 제외하고는 15억원에 대한 이자는 반환하지 않기로 한다는 내용의 토지사용승낙에 관한 약정을 체결한 사실, ④ 이에 따라 새한학원은 원고에게 위 약정에 따른 15억원을 제공하는 한편 1999. 9. 29.경부터 이 사건 제2토지에 건립되어 있던 사택을 모두 철거하고 학교건물신축공사에 착수하는 등 공사를 계속한 사실, ⑤ 그 후 새한학원은 그의 모기업인 주식회사 새한이 경영악화로 워크아웃대상기업으로 결정되면서 지방토지수용위원회의 수용재결에서 정한 2000. 6. 10.까지 토지수용보상금 4,982,216,000원을 공탁하지 못하였고, 원고로부터 수차에 걸쳐 재협의 요구를 받고도 내부사정으로 계속 응하지 못하다가, 2002. 12. 23.에 이르러 원고와 사이에서 이 사건 제2토지 및 그 지상의 사택등 지상물에 대한 매매계약을 체결하면서, 토지취득보상금을 4,982,216,000원, 지장물보상금을 451,662,500원, 재결지연가산금을 235,460,000원으로 정하되, 이들을 합한 5,669,338,500원에서 기지급된 토지사용승낙선수금 15억원을 뺀 4,169,338,500원과 그에 대한 2000. 6. 10.부터 2002. 12. 27.까지의 연리 5%의 지연이자 531,162,302원을 2002. 12. 27.까지 지급하기로 약정하고, 이를 완불한 후, 2002. 12. 27. 새한학원 명의로의 소유권이전등기를 경료한 사실, ⑤ 위 학교건물신축공사는 2000. 12. 20.경 이후 잠시 공사가 중단되기도 하였으나 위 계약체결 즈음에는 거의 완공된 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.

㈏ 구 지방세법 제234조의12 제2호에서 일정한 비영리공익사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여 종합토지세를 비과세하는 취지는, 비영리공익사업자가 직접 소유하는 토지에 대하여는 그와 같은 비과세를 통하여 재정지원을 하려는 것이고, 이 사건 원고와 같이 비영리공익법인에게 소유토지를 제공하는 경우에는 비과세를 통하여 비영리공익사업의 활성화를 도모하려는 데 있다. 또한, 같은 호 단서에서 규정하는 “유료로 사용되는 경우”라 함은 당해 토지 사용에 대하여 대가가 지급되는 것을 말하고, 같은 단서에서 규정하는 “수익사업에 사용하는 경우”에 해당하는지 여부는 그 사업이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하면서 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 1993. 9. 14. 선고 92누15505판결; 대법원 1997. 2. 28. 선고 96누14845판결 참조).

㈐ 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고와 새한학원이 이 사건 제2토지를 새한학원에게 매각하는 것에 대하여는 서로 일찌감치 합의하였으나 매매대금을 얼마로 정할 것인지에 대한 의견차이로 정식 계약체결이 지연되다가 토지수용절차에서 결정한 재결대로 대금을 확정하기로 한 점, 그에 따라 당초 계획하였던 학교개교일까지 학교시설신축공사를 마치는 데 지장이 생긴 새한학원은 조속한 착공을 위하여 원고에게 토지대금 선 착수금 15억원을 제공하는 것을 전제로 이 사건 제2토지에 대한 사전 사용승낙요청을 하였고, 원고로서도 어차피 새한학원에게 매각하기로 결정한 토지이므로 이에 응하여 위와 같은 내용의 사용승낙약정을 하게된 점, 위 사용승낙약정에 의하면, 원고가 새한학원으로부터 지급받은 15억원은 추후 결정될 매매대금의 선급금으로서의 성격과 이 사건 제2토지에 대한 수용이 무산될 경우 새한학원이 부담하게될 원상회복비 및 철거된 사택의 손해배상액에 대한 담보금으로서의 성격을 겸유하고 있는데, 그 중 매매대금 선급금으로서의 성격이 더 강하여 통상적인 임대차보증금과는 그 성질이 다른 점, 또한 이 사건 제2토지의 전부나 일부에 대한 수용이 이루어지지 않아 원고가 15억원의 전부나 일부를 새한학원에 반환할 경우 위 15억에 대한 이자는, 원고의 귀책사유가 없으면 반환하지 않아도 되나 그 밖의 경우에는 반환하도록 약정되어 있는데, 이에 따르면 15억원에 대한 이자의 반환여부는 새한학원이 이 사건 제2토지를 얼마만큼 사용하는가 여부가 아니라 원고의 귀책사유 유무에 따라 결정하도록 되어있는 점, 위와 같은 사용승낙약정 이후 이 사건 제2토지는 사실상 새한학원의 지배관리하에 들어가 새한학원에 의하여 사택 철거 및 학교시설신축공사가 진행되는 등 실질적인 소유권행사가 이루어졌고 원고는 명목상의 소유자에 머물렀던 점, 15억원은 나중에 결정된 토지매매대금 또는 1999년도 공시지가의 30% 정도로서 연리 5%로 계산하였을 경우 월이자가 6,250,000원(이 사건 제2토지가 대략 14,646평이므로 평당 426.73원 정도)인 점 등을 위에서 본 구 지방세법 제234조의12 제2호의 법리에 비추어보면, 위 15억원 또는 그에 대한 이자 상당액이 이 사건 제2토지의 사용대가로 지급되었다고 보기는 어렵고, 설혹 원고가 위 15억으로써 IMF 이후 2년 동안 고금리의 영업외 수익을 얻었고 반면 이 사건 제2토지에 1년간 부과된 세액은 종합토지세, 교육세, 농어촌특별세를 합하여 15,721,799원에 불과하다손 치더라도, 그러한 점만을 들어 원고가 이 사건 제2토지를 수익사업에 사용하였다고 보기 어렵다.

㈑ 따라서, 이 사건 제2토지는 비영리공익법인인 새한학원이 그 학교부지로 직접 사용하는 토지로서 구 지방세법 제234조의12 제2호에 정한 비과세대상에 해당하고, 이에 반하여 이 사건 제2토지가 유료로 사용되었거나 수익사업에 사용되어 비과세대상에 해당하지 않는다는 피고의 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 제1,2토지 중 100,518.5㎡가 분리과세대상 토지인지 여부

이 부분에 관하여 당원에서 설시할 이유는 원심판결의 그것과 같으므로 이를 그대로 인용한다.

⑶ 정당한 세액

이 사건 제2토지 48,334㎡를 비과세하고, 이 사건 제1토지 중 84,366.5㎡를 분리과세대상으로 하여 종합토지세 등의 세액을 다시 산출하면, [별지] 세액계산내역서 기재와 같이 종합토지세 258,537,830원, 도시계획세 24,274,800원, 교육세 51,707,560원, 농어촌특별세 38,001,530원이 되므로, 이 사건 처분 중 위 금액을 각 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 원심판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로 주문과 같이 판결한다.