건물 부분에 대한 벤처기업집적시설 지정 취소로 건물 부분이 벤처기업집적시설로 사용되지 않게 되었음이 명백하게 되었으므로 구 지방세법 제276조 제4항 단서에 의하여 이루어진 처분은 적법하다.
1. 처분의 경위
가. 서울특별시장은 2000. 4. 28. 원고가 서울
중구 회현동 1가 197-2 외 18필지의 토지(이후 지번이
회현동 1가 204로 변경됨) 위에 신축중이던 지하 9층, 지상 23층의
메사(MESA)빌딩(다음부터는 ‘이 사건 건물’이라고 한다) 47,584.58㎡를
벤처기업육성에관한특별조치법(다음부터는 ‘벤처기업법’이라고 한다) 제18조에 의하여 ‘벤처기업집적시설’로 지정하였다.
나. 원고는 2000. 7. 13.
미성교역으로부터 서울
중구 회현동 1가 197-4 중 9.8㎡(다음부터는 ‘이 사건 토지’라 한다. 이는 이 사건 건물의 부지 중 극히 일부에 해당하는데, 이를 제외한 나머지 부지는 원래부터 원고의 소유였다)를 취득하였으며, 같은 달 24. 이 사건 건물에 대하여 사용승인을 받았다.
다. 피고는 2000. 8. 22. 원고에게
구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것, 다음부터는 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제276조 제4항에 의하여 이 사건 건물에 대한 취득세, 등록세 등을 면제한다고 통지하였다가, 2000. 10. 10. 이 사건 건물이 벤처기업집적시설 지정요건에 맞지 않는 다른 용도로 사용되고 있다는 이유로 이 사건 토지에 대한 취득세 2,308,990원, 등록세 3,463,480원, 교육세 634,960원, 이 사건 건물에 대한 취득세 1,471,334,440원, 농어촌특별세 26,974,460원, 등록세 588,533,770원, 교육세 107,897,850원을 각 부과하였다.
라. 그 후 서울특별시장은 2001. 4. 12. 당초 벤처기업집적시설로 지정하였던 이 사건 건물 면적 47,584.58㎡ 중 36,885.29㎡에 대한 지정을 취소하고, 2001. 10. 15. 나머지 10,699.29㎡(다음부터는 ‘이 사건 건물 부분’이라고 한다)에 대하여 벤처기업집적시설로 변경지정하였다.
마. 한편, 원고는 위 부과처분에 불복하여
서울행정법원 2001구25593호로 위 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으며, 위 법원은 2002. 1. 11. 이 사건 건물 중 벤처기업집적시설로 변경지정된 이 사건 건물 부분과 이 사건 토지에 대하여는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 아니한 정당한 사유가 있다는 이유로 위 부과처분 중 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세, 교육세, 이 사건 건물에 대한 취득세 중 1,140,578,460원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 중 18,921,350원을 초과하는 부분, 등록세 중 456,231,380원을 초과하는 부분, 교육세 중 83,642,410원을 초과하는 부분을 각 취소하는 판결을 선고하였다. 원고와 피고는 모두 위 판결에 대하여
서울고등법원 2002누2088호로 항소하였으나 위 법원은 2002. 10. 11. 위 항소를 모두 기각하였다.
바. 서울특별시장은 2003. 1. 7. 벤처기업집적시설로 변경지정하였던 이 사건 건물 부분 중 3,218.76㎡에 대한 지정을 취소하고 나머지 7,480.53㎡에 대해서만 벤처기업집적시설로 재변경지정하였다가, 원고로부터 위 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설 지정을 취소해 달라는 신청을 받고 2003. 3. 28. 위 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설 지정을 취소하였는바, 이에 따라 이 사건 건물 전체에 대한 벤처기업집적시설 지정이 취소되었다.
사. 피고는 원고에게 2003. 4. 10. 이 사건 건물 부분 중 2003. 1. 7. 벤처기업집적시설 지정이 취소된 3,218.76㎡에 대하여 등록세 40,444,960원, 교육세 7,414,900원을 부과하였으며, 같은 달 17. 취득세 84,260,350원(당초 가산세 16,852,070원을 포함하여 101,112,420원을 부과하였다가 2003. 10. 24. 가산세 부분을 취소하였다)을 부과하였다.
아. 원고는 2003. 4. 28. 피고에게 이 사건 건물 부분 중 2003. 3. 28. 벤처기업집적시설로 지정이 취소된 7,480.53㎡에 대한 취득세 195,824,510원, 등록세 78,329,800원, 교육세 15,665,960원과 이 사건 토지에 대한 취득세 2,308,990원, 등록세 3,463,480원, 교육세 634,960원을 신고납부하였다{다음부터는 위 2003. 4. 10. 부과처분, 2003. 4. 17. 부과처분(취소되고 남은 부분)과 위 2003. 4. 28. 신고납부를 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다}.
[인정 근거] 다툼없는 사실, 갑1호증, 갑2호증, 갑21호증의 1, 2, 을1호증의 1, 2, 3, 을3호증의 1, 2, 을4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 당사자들의 주장
(1) 원고의 주장
구 지방세법 제276조 제4항 단서는 취득일부터 3년 내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 않으면 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는데, 원고는 이 사건 건물 부분을 취득한 후 3년 내에 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성한 후 벤처기업에 대한 임대용으로 사용하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
설령
구 지방세법 제276조 제4항 단서를 3년 이상 벤처기업집적시설로 계속하여 사용한 경우에만 추징하지 않는다고 해석한다고 하더라도, 원고는 이 사건 건물 부분 중 2,637.94㎡에 대하여는 취득일인 2000. 7. 24.부터 3년 이상 벤처기업집적시설로 사용하였고, 나머지 부분은 원고가 벤처기업을 유치하기 위하여 여러모로 노력하였으나 벤처기업의 불황으로 인한 신설법인의 급격한 감소와 기존 벤처기업의 부도 등으로 3년 이상 입주를 시키지 못한 것이어서 벤처기업집적시설로 이용하지 못한 것에 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다.
(2) 피고의 주장
취득세 등의 감면대상이 되는 것인지 여부는 그 취득 당시의 법률에 따라 판단돼야 할 것이지만, 그 후 감면된 취득세 등을 추징할 사유에 해당하는지 여부는 그 추징요건이 갖추어졌는지 여부가 문제가 된 사유의 발생 당시 법률에 따라 판단하여야 한다. 그런데 원고는 2000. 7. 13. 이 사건 토지를 취득하고 같은 달 24. 이 사건 건물에 대하여 사용승인을 받았는바 이 사건 건물이 벤처기업집적시설로 지정된 바 있어 취득세 등이 면제되었으나 이 사건 건물 부분은 2003. 3. 18. 최종적으로 벤처기업집적시설 지정이 취소되었으므로 취득세 등의 추징에 관하여는 당시의 법률인 개정 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정된 것, 이하 같다)이 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 건물 부분과 이 사건 토지는 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설 지정이 취소되어 개정
지방세법 제276조 제3항 단서에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.
설령 이 사건 건물 부분 등에 대한 취득세 등의 추징에 관하여 구 지방세법이 적용된다고 하더라도 원고가 이 사건 건물 부분에 대한 벤처기업집적시설 지정 취소를 신청하여 벤처기업집적시설 개발ㆍ조성을 포기하였고, 이와 같은 사유는
구 지방세법 제276조 제4항 단서에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
(1) 이 사건 건물 부분 등에 대한 취득세 등의 추징에 관하여 적용되어야 할 법률
세법의 개정이 있을 경우에 일반적으로는 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 한다. 그러나 개정된 세법 부칙이 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 … 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 예에 의한다' 는 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로 구법을 적용하여야 할 것이다(1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합의체 판결 등 참조).
그런데
구 지방세법 제276조 제4항은 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 감면하되 취득일부터 3년 내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있었는데, 개정
지방세법 제276조 제3항은 취득일부터 3년 내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에 감면된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하였다. 그러므로 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 목적으로 취득한 부동산에 대하여 감면된 취득세 등의 추징에 관한 개정
지방세법 제276조 제3항 단서는
구 지방세법 제276조 제4항 단서에 비하여 납세의무자에게 불리하게 개정된 것이라 할 것이다.
한편, 개정
지방세법 부칙 제1조는 개정
지방세법 제276조 제3항 단서의 규정을 2001. 1. 1.부터 시행한다고 규정하면서,
같은 부칙 제10조는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다'고 규정하고 있다. 따라서 감면된 취득세 등의 추징에 관하여 원고에게 불리하게 지방세법이 개정된 이 사건에 있어서는 위에서 본 법리에 따라
구 지방세법 제276조 제4항 단서가 적용되어야 한다.
(2) 나아가 이 사건에
구 지방세법 제276조 제4항 단서가 적용될 때 이 사건 처분이 위법한지 여부에 관하여 보기로 한다.
구 지방세법 제276조 제4항이 벤처기업집적시설의 경우 취득세, 등록세를 면제하고 재산세, 종합토지세의 50%를 감면하는 등의 혜택을 주고 있는 것은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데 기여함을 목적으로 하여 제정된 벤처기업법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 목적에서 비롯된 것이라 할 것이다. 이러한
구 지방세법 제276조 제4항의 입법취지에 비추어 볼 때, 위 규정 단서에서 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 뒤 3년 내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 세금을 추징할 수 있다고 규정하고 있는 것은, 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 이를 벤처기업에 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 경우에는 3년의 유예기간을 두어 그 기간 내에 당해 부동산을 벤처기업 등에게 분양하거나 임대하는 등 목적사업을 이행하는 경우에는 취득세 등을 감면하되, 그 기간 내에 목적사업을 이행하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 당시부터 취득세 등의 감면 대상에서 이를 제외하여 감면하였던 취득세 등을 추징한다는 취지라고 할 것이다. 따라서
구 지방세법 제276조 제4항 소정의 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하였는지 여부는 원칙적으로 3년의 기간이 경과된 시점을 기준으로 판단하여 그 때까지 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 않은 경우에는 감면된 취득세 등을 추징할 수 있으나, 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 사업시행자가 위 3년의 유예기간이 경과하기 전에 당해 부동산에 대한 벤처기업집적시설 지정 취소신청을 하여 그 지정이 취소되는 등 그 부동산이 당초의 취득 목적인 벤처기업집적시설로 사용되지 않을 것임이 명백해진 경우에는 더 이상 당초의 취득목적에 따른 유예기간의 적용이 없고 즉시 감면되었던 취득세 등을 추징할 수 있다고 보아야 할 것이다.
그런데 서울특별시장이 2000. 4. 28. 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정하였다가 이 사건 건물 중 이 사건 건물 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여는 위 벤처기업집적시설 지정을 취소하고 2001. 10. 15. 이 사건 건물 부분에 관해서만 벤처기업집적시설로 변경지정한 사실, 그 후 서울특별시장은 2003. 1. 7. 이 사건 건물 부분 중 3,218.76㎡에 대한 벤처기업집적시설 지정을 취소하고 나머지 7,480.53㎡에 대해서만 벤처기업집적시설로 재변경지정하였다가, 원고로부터 위 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설 지정을 취소해 달라는 신청을 받고 2003. 3. 28. 위 7,480.53㎡에 대한 벤처기업집적시설 지정을 취소한 사실은 앞서 본 바와 같다.
위 인정사실에 의하면 원고의 신청에 의하여 이 사건 건물 부분은 2003. 3. 28. 최종적으로 벤처기업집적시설 지정이 취소됨으로써 원고가 이 사건 건물 부분을 당초의 취득 목적인 벤처기업집적시설로 사용하지 않을 것임이 명백해졌다 할 것이므로 이 사건 건물 부분 등의 취득일부터 3년이 경과하지 않았다 하더라도 이 사건 건물 부분과 이 사건 토지에 대하여 감면되었던 취득세 등을 추징할 수 있다 할 것이다.
(3) 원고는 이 사건 건물 부분 중 일부는 취득일부터 3년 이상 벤처기업집적시설로 사용하였고, 나머지 부분은 벤처기업의 불황 등으로 3년 이상 입주를 시키지 못한 것이므로 벤처기업집적시설로 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보기로 한다.
벤처기업법 제2조에 의하면 벤처기업집적시설은 벤처기업 및 일정한 지원시설을 집중적으로 입주하게 함으로써 벤처기업의 영업활동을 조장하기 위하여
같은 법 제18조의 규정에 의하여 지정된 건축물을 의미하는 것으로서, 벤처기업집적시설로 지정받기 위해서는
벤처기업법 제18조 제2항이 규정하고 있는 요건을 갖출 것이 요구되고 위 요구사항이 갖추어지지 않는 경우에는 벤처기업집적시설로 지정받았다고 하더라도 다시 취소될 수 있는 점 등에 비추어 보면, 건축물 중 일부를 몇몇 벤처기업에 분양 또는 임대한 것만으로 벤처기업집적시설로 사용하고 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 건물 부분 일부에 취득일부터 3년 이상 벤처기업을 입주하게 하였다고 하더라도 이 사건 건물 부분에 대한 벤처기업집적시설 지정이 취소되어 이 사건 건물 부분을 벤처기업집적시설로 볼 수 없는 이상 이 사건 건물 부분 전체에 대하여 감면된 취득세 등을 추징할 수 있다 할 것이다.
또한,
구 지방세법 제276조 제4항에서 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하는 경우에 있어서 취득세 등을 감면하도록 하는 입법취지에 비추어 볼 때,
구 지방세법 제276조 제4항 단서에서 말하는 '정당한 사유'란 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 못한 사유가 행정관청의 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 시설을 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 객관적인 사유로 인하여 부득이 조성할 수 없는 경우를 말하는 것이며, 벤처기업의 불황으로 인한 신설법인의 급격한 감소와 기존 벤처기업의 부도 등으로 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 못한 경우는 이에 포함되지 않는다 할 것이다. 그러므로 이 사건 건물 부분 일부에 벤처기업이 입주하지 못한 것이 원고의 노력에도 불구하고 벤처기업의 불황 등으로 인한 것이라고 하더라도
구 지방세법 제276조 제4항 단서에서 말하는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.
(4) 소결론
따라서 이 사건 건물 부분에 대한 벤처기업집적시설 지정 취소로 이 사건 건물 부분이 벤처기업집적시설로 사용되지 않게 되었음이 명백하게 되었으므로
구 지방세법 제276조 제4항 단서에 의하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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