사회복지시설이 필요 불가결한 시설임을 인정하면서도 자신들의 주변에 그와 같은 시설이 설치되는 것을 기피하는 국민 정서에 비추어 볼 때, 아무런 법적 장애 사유가 없음에도 불구하고 행정청이 민원을 우려하여 건축허가를 거부함으로써 사실상의 장애가 발생한 경우이므로, 토지를 취득한 후 3년 이내에 고유 목적에 사용하지 못한 데에는 ‘정당한 사유’가 있어, 처분은 위법하다.
1. 인정 사실
다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1-1, 1-2, 5호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지 번호 포함)의 각 기재와 증인
유영직,
유기호,
이남순의 각 증언을 종합하여 이를 인정할 수 있다.
가. 원고의 부동산 취득 경위
(1) 원고는 1956. 8. 14. 사회복지사업을 목적으로 설립된 법인으로서, 대전
유성구 노은동 231-1 전 11,572㎡ 외 3필지 합계 22,503㎡(이하 ‘수용 토지’라 한다) 위에 숙사, 생활관 등 아동복지시설을 갖추고 있었으나, 위 토지 및 건물 등이 한국토지공사가 시행하는 노은지구 택지개발사업에 편입되어 수용되기에 이르렀다.
(2) 원고는 위 수용에 따른 손실보상금으로 4,796,729,105원을 수령하고, 대체 재산을 마련하기 위해 1997. 5. 29.
이종성과 사이에 대전
유성구 화암동 산 23-1 임야 33,322㎡에 관하여,
이병규와 사이에 위
화암동 산 75-1 전 1,412㎡, 같은 동 76 전 426㎡, 같은 동 76-1 전 327㎡(이상 4필지 토지를 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 각각 매매계약을 체결한 후 1998. 3. 19.까지 3회에 걸쳐 매매대금을 전액 지급하였다.
(3) 원고가 잔금을 지급하고도 건축물심의신청이 부결되는 등의 사정으로 감독 관청으로부터 기본재산 처분 허가를 얻지 못하여 소유권이전등기를 경료하지 못하고 있던 중
이병규가 사망하자,
이병규의 상속인들이 매매의 효력을 다투며 소유권이전등기절차의 이행을 거부하는 하는 바람에 원고는
이병규의 상속인들을 상대로 가등기에 기한 본등기절차이행 청구의 소(
이 법원 2001가단9523)를 제기하였고, 이 사건 처분 이후인 2004. 10. 29. 원고 승소 판결(
대법원 2004. 10. 29.선고 2004다46144 판결)이 확정되었다.
나. 건축 불허가 및 기본재산 처분 허가 경위
(1) 원고는 1997. 10. 13. 이 사건 토지 위에 노인복지시설 및 아동자립생활관 건축을 목적으로 피고에게 건축물심의신청서를 제출하였으나, 1997. 11. 3. 부결 통보를 받았고, 1998. 4. 7. 재차 건축물심의신청서를 제출(이하 ‘2차 건축물심의신청’이라 한다)하였다.
(2) 원고의 2차 건축물심의신청에 대해 피고는 이 사건 토지가 대덕연구단지 내에 위치하고 있고, 자연녹지지역에 해당하는 점을 감안하여 과학기술부장관에게 ‘건축계획 재심의 신청에 따른 관계 법령 적정 여부에 관한 의견 조회’를 실시하고, 건축 계획 심의 업무를 담당하는 유성구청 건축과장은 같은 구청 산업경제과장과 도시개발과장에 대해 같은 내용의 조회를 실시하였다.
(3) 위 조회에 대해 과학기술부장관은「동 법인이 이전코자 하는 지역은
산업입지및개발에관한법률 제6조 및
대덕연구단지관리법 제5조에 의거 토지이용계획상 녹지구역으로서, 쾌적한 연구 환경 조성을 위해 녹지의 보전이 필요한 지역이며, 인근 연구소의 위치보다 높은 지역에 위치하고 있고 연구 활동에 대한 보안 유지에 문제가 될 수 있을 뿐만 아니라, 많은 인력의 빈번한 출입으로 쾌적한 연구 환경 유지에 많은 지장이 우려되어 동 시설의 건설은 적절하지 않다고 사료됩니다.」는 내용의 회신을 하였고, 산업경제과장은 「
농지법 제36조 제1항 제2호에 의거 농지전용 협의사항으로 동법
시행령 제72조에 의하면 전용면적이 6,000㎡ 이상은 시장 권한 협의 사항이며, 동법
제39조에 의거 허가제한시설에 해당되지 않으므로 타 법에 저촉이 없는 한 농지전용이 가능할 것으로 사료된다.」는 내용의, 도시개발과장은 「신청지 내의 토지는 임목도 30%이하, 경사도 30% 이하이나, 대덕연구단지 내로
대덕연구단지관리법 제4조에 의거 대덕연구단지관리권자의 의견을 들어 검토해야 할 사항」이라는 내용의 회신을 하였다.
(4) 1998. 4. 17. 열린 지방건축위원회에서 2차 건축물심의신청이 부결되자, 피고는 1998. 4. 20. 원고에게 ‘이 사건 신청지는 연구단지 내 녹지건축계획심의구역으로서 녹지훼손에 따른 연구 환경 저해 우려가 있음’을 이유로 지방건축위원회에서 원고의 2차 건축물심의신청이 부결되었음을 통보하였다.
(5) 원고는 2000. 6. 17. 임시 이사회의 의결을 거쳐 2000. 7. 12. 대전광역시장에게 수용 토지 및 그 지상 건물과 지장물 등을 처분하고 이에 갈음하여 이 사건 토지를 취득하는 것을 내용으로 하는 ‘사회복지법인 인애원 재산 대체 승인’을 신청하여, 2000. 7. 27. 대전광역시장으로부터 ‘사회복지법인 기본재산 처분(교환) 승인’을 받았다.
(6) 대전광역시장은 기본재산 처분(교환) 승인시 유성구청장에 대해 ‘이 사건 토지는 과학기술부의 녹지 보전 방침 및 건축 불허가로 시설 이전이 어려운 실정이므로, 아동임시 보호대책을 조속히 수립ㆍ추진’하도록 권고한 바 있다.
다. 처분의 경위
(1) 피고는 원고가 2000. 8. 1.에 이 사건 토지를 취득하고서도 유예 기간인 3년 이내에 고유 목적 사업에 직접 사용하고 있지 않다는 이유로 2004. 6. 10. 원고에 대해 가산세를 포함하여 취득세 60,000,000원, 농어촌특별세 5,500,000원, 등록세 10,440,000원, 교육세 1,914,000원을 각각 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
(2) 이에 대해 원고는 2000. 5. 12. 대전광역시장에게 과세적부심사를 청구하였으나, 2003. 6. 3. 위 청구가 기각되었다.
2. 주장 및 판단
가. 원고의 주장
원고가 이 사건 토지를 취득한 후 3년 이내에 고유 목적에 사용하지 못한 것은 사실이나, 원고가 이 사건 토지를 고유 목적에 사용하지 못한 데에는 피고에 대한 원고의 건축물심의신청이 부결되거나
이병규의 상속인들이 매매의 효력을 다투면서 등기 이전을 거부하는 등 ‘정당한 사유’가 있으므로,
지방세법 제107조 단서가 규정하고 있는 취득세 등 부과 대상에 해당하지 않는다.
나. 판단
(1)
지방세법 제107조는 「다음 각호의 1에 해당하는 것(
제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(
제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.」고 규정하면서,
제1호에 해당하는 경우를 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’으로 정하고 있고,
같은 법 제127조 제1항 제1호도 등록세와 관련하여 같은 취지의 규정을 두고 있다.
(2) 따라서, 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 부동산을 취득한 후 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우라 하더라도 ‘정당한 사유’가 있는 경우에는 취득세 부과 대상에 해당하지 않는다 할 것이고, 여기서 말하는 ‘정당한 사유’는 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예 기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적 사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비 기간의 장단, 목적 사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적 사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(
대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 참조).
(3) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 우선
구 대덕연구단지관리법(1999. 2. 8. 법률 제5821호로 개정되기 전의 것) 제5조는 연구단지 안의 토지를 용도에 따라 주거구역, 상업구역, 녹지구역, 교육ㆍ연구시설보호구역으로 구분하고 있고,
같은 법 제7조는 교육ㆍ연구시설보호구역에 입주하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 과학기술처장관의 입주승인을 얻도록 하고 있으며,
같은 법 제6조는 제5조 제1항 각호의 구역에 대하여 지정된 용도지역 안에서의 건축이 허용되는 건축물의 종류를 대통령령이 정하는 바에 따라 일부 제한 할 수 있도록 규정하고 있는데,
구 대덕연구단지관리법시행령(1999. 6. 8. 대통령령 제16375호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 제5호는 녹지구역 안에서 건축할 수 있는 건축물에 노유자(老幼者)시설(아동관련시설, 노인복지시설 등)을 포함시키고 있다.
(4) 따라서, 피고가 원고의 2차 건축물심의신청에 대한 부결 통보를 함에 있어 과학기술부장관에게 ‘건축계획 재심의 신청에 따른 관계 법령 적정 여부에 관한 의견 조회’를 실시하기는 하였으나, 이 사건 토지가 교육ㆍ연구시설보호구역 내에 위치한 것이 아니므로 과학기술부장관의 입주 승인이 필요한 것도 아니고, 원고가 설치하고자 하는 사회복지시설이 연구단지 내에서 건축이 제한되는 건축물도 아니므로, 과학기술부장관의 의견은 사실상 건축계획 심의에 있어 참고 사항이 될 뿐 어떠한 구속력을 가지고 있는 것은 아니라고 할 것이다.
(5) 그럼에도 불구하고, 피고가 특별한 사유도 없이 법적 구속력도 없는 과학기술부장관의 회신만을 기초로 원고의 건축물심의신청에 대해 2차례나 부결 통보를 한 것은 원고가 이 사건 토지를 고유 목적 사업에 사용하지 못한데 대한 장애사유 중의 하나가 되었다고 보아야 할 것이고, 이는 원고의 귀책사유에 의한 것도 아니다.
(6) 여기에 더하여, 앞서 본 인정 사실과 증인
유기호,
이남순의 각 증언을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 점들, 즉 ①원고는 노은지구 택지개발사업의 진행에 따른 수용으로 인하여 기존의 사회복지시설 및 그 부지를 상실하게 되었고, 그로 인한 법인 재산의 손실을 막기 위해 수용 토지를 대체하여 이 사건 토지를 취득할 수밖에 없었던 점, ②원고는 이 사건 토지 위에 노인복지시설 및 아동자립생활관 건축을 목적으로 2차례에 걸쳐 피고에게 건축물심의신청서를 제출하였으나 계속하여 부결 통보를 받았고, 그러던 와중에
이병규의 상속인들이 매매의 효력을 다투며 소유권이전등기절차의 이행을 거부하게 되어 원고가
이병규의 상속인들을 상대로 소송을 진행하던 중 이 사건 처분이 내려지게 된 점, ③비록 원고가 2차례에 걸쳐 건축물심의신청이 부결된 이후에 이 사건 토지에 대한 잔금을 지급하기는 하였으나, 앞서 본 바와 같이 당시 원고로서는 어떻게든 조속히 대체 재산을 취득하여야 하는 상황에 있었고, 건축물심의신청이 부결되었음을 이유로 계약을 해제한다면 막대한 계약금을 포기하여야 할 처지에 있었을 뿐만 아니라, 이 법원에 증인으로 출석한
유기호도 대전광역시장이 사회복지법인 인애원 기본재산 처분(교환) 허가를 함에 있어 “피고가 원고의 건축물심의신청에 대해 부결 통보한 사실을 이미 알고 있었으나, 건축법상 아무런 제한 사유가 없는데 피고가 건축허가를 지연시키는 것으로 알고 있었고, 시기가 문제이지 언젠가는 허가가 날 것으로 생각하고 기본재산 처분(변경) 허가를 하게 된 것이다”라고 증언하고 있는 사정에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 행위를 비난하기도 어려워 보이는 점, ④원고와 같은 사회복지시설이 필요 불가결한 시설임을 인정하면서도 자신들의 주변에 그와 같은 시설이 설치되는 것을 기피하는 국민 정서에 비추어 볼 때, 아무런 법적 장애 사유가 없음에도 불구하고 행정청이 민원을 우려하여 건축허가를 거부함으로써 사실상의 장애가 발생한 경우까지 취득세 등을 부과한다면 이는 너무 가혹한 결과 된다는 점 등을 보태어 보면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 3년 이내에 고유 목적에 사용하지 못한 데에는 ‘정당한 사유’가 있다고 보아야 할 것이다.
(6) 따라서, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 3년 이내에 고유 목적에 사용하지 못한 데에는 ‘정당한 사유’가 있음에도 불구하고 원고에 대해 취득세 및 등록세를 부과한 피고의 처분은 위법하고, 한편
구 교육세법(2000. 12. 29. 법률 제6296호로 개정되기 전의 것) 제3조 제5호는 지방세법에 의한 등록세 납세의무자에게,
구 농어촌특별세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제3조 제4호는 지방세법에 의한 취득세 납세의무자에게 각각 교육세와 농어촌특별세의 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있으므로, 피고의 원고에게 대한 교육세 및 농어촌특별세의 부과 처분도 모두 위법하다.
3. 결 론
그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 정하여 주문과 같이 판결한다.
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