1. 처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 4, 갑 제4호증의 1, 갑 제5호증의 1, 11, 갑 제6호증의 1, 갑 제8호증의 1 내지 6, 갑 제10호증의 1, 11, 갑 제11호증의 1 내지 4, 갑 제12호증의 1 내지 4, 갑 제13호증의 1 내지 6, 갑 제14호증의 1, 2, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 각 인정할 수 있다.

가. 원고는 1996. 12. 24. 강원도가 지역특성에 맞는 개발사업을 통하여 강원도민의 복지향상과 지역발전에 기여할 목적으로 지방공기업법 제49조, 강원도개발공사설치및관리ㆍ운영조례(이하 ‘운영조례’라고 한다)에 의하여 주택사업, 토지개발사업 등을 효율적으로 수행하기 위하여 전액 출자하여 설립한 지방공기업이다.

나. 원고는 2003. 3. 3. 원주시 태장동 1275-9 대 36㎡를 비롯한 19필지의 토지 19,839㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다) 지상에 416세대의 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 건축하여 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’라고 한다)을 영위할 목적으로 극동실업 주식회사 등으로부터 이 사건 각 토지 및 그 지상에 있던 피혁공장건물, 연탄공장건물 등(이하 ‘이 사건 각 건물’이라고 한다)을 대금 합계 6,330,278,000원에 매수하였고(다만, 이 사건 각 토지 중 위 태장동 1303-1 대 1,574㎡는 2003. 4. 23. 원고 소유의 위 태장동 1400-5 대 1512.8㎡와 교환하였다), 2003. 4. 8. 이 사건 각 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다(다만, 위 태장동 1303-1 토지에 관하여는 2003. 4. 29. 소유권이전등기를 마쳤다).

다. 피고는 원고가 그 고유 업무인 이 사건 사업에 직접 사용할 목적으로 이 사건 각 토지를 취득하였다는 이유로 강원도세감면조례(이하 ‘감면조례’라고 한다) 제19조 제1항에 의하여 원고에 대하여 이 사건 각 토지의 취득과 관련한 취득세 및 등록세를 면제해 주었다.

라. 원고는 2003. 4. 10. 주식회사 건축사무소동화에 설계대금을 658,324,000원으로 정하여 이 사건 아파트의 설계를 의뢰하여 2003. 7.경 이 사건 아파트의 건축을 위한 기본설계 및 실시설계를 완료하였고, 2003. 6. 3. 주식회사 대한환경에 공사대금을 142,835,000원으로 정하여 이 사건 각 건물의 철거공사를 의뢰하여 2003. 8. 30.경 이 사건 각 건물을 철거하였으며, 2003. 6. 26. 피고로부터 이 사건 아파트의 건축을 위한 주택건설사업계획승인을 받았다.

마. 그 후 원고는 2003. 11. 25. 이 사건 아파트의 건축공사를 담당할 시공업체를 선정하기 위하여 입찰참가자격을 건축공사 부분의 경우 현장설명일을 기준으로 건축공사업 시공능력 평가액이 530,000,000,000원 이상인 업체(전체 도급순위 20위 이내)로 제한하여 공개입찰을 실시하였으나, 현장설명에 참가한 8개 업체를 비롯하여 위와 같은 입찰참가자격을 갖춘 건설업체 모두가 위 입찰에 참가하지 아니하는 바람에, 시공업체를 선정하지 못한 채 유찰되었다.

바. 원고는 위 공개입찰이 유찰됨에 따라 이 사건 사업의 계속 진행여부를 전면 재검토하기 위하여 2003. 12. 3. 동우에이치앤엠 주식회사에 용역대금을 3,000,000원으로 정하여 이 사건 사업의 타당성 조사를 의뢰한 결과, 이 사건 각 토지와 같이 원주시 도심에서 벗어난 외곽지역인 원주시 태장동에 건축된 임대아파트 등의 분양비율이 저조하고, 이미 원주시에 대량의 아파트가 건축되어 신규 아파트에 대한 수요가 한계에 이르렀으며, 이 사건 각 토지 주변은 생활기반시설이 부족하므로 이 사건 각 토지의 입지조건상 이 사건 사업의 계속 진행여부는 장기적인 안목에서 판단할 필요가 있다는 취지의 의견이 제시되었다.

사. 원고는 위와 같은 이 사건 사업의 타당성 조사결과에 터 잡아 이 사건 사업을 계속 진행하더라도 단기적으로는 수익을 얻기 어렵다고 판단하고 2004. 1. 20. 원고 이사회의 승인을 거쳐 이 사건 사업을 포기하는 한편, 이 사건 각 토지를 매도하기로 결정하였다.

아. 원고는 2004. 2. 17. 이 사건 각 토지를 매각하기 위한 공개입찰을 실시하였고, 주식회사 양지래미안(이하 ‘양지래미안’이라고 한다)이 이 사건 각 토지를 낙찰 받았으며, 이에 따라 원고는 2004. 2. 27. 양지래미안과 사이에 이 사건 각 토지를 대금 7,660,000,000원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결한 후 양지래미안으로부터 계약금 766,000,000원을 지급 받았으나, 이후 양지래미안이 중도금 및 잔금을 지급하지 아니하자, 2004. 7. 28. 위 매매계약을 해제하였다.

자. 원고는 2004. 5.경 피고가 원고는 이 사건 각 토지를 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하여 감면조례 제19조 제3항에 의하여 당초 면제되었던 이 사건 각 토지의 취득으로 인한 취득세 및 등록세를 납부할 의무가 있다는 점을 지적하자, 2004. 5. 24. 피고에게 당초 면제되었던 취득세 152,492,420원(가산세 포함, 이하 같다), 농어촌특별세(취득세의 10% 부과) 13,864,590원, 등록세 228,738,630원 및 지방교육세(등록세의 20% 부과) 42,135,590원 등 합계 437,231,230원을 신고ㆍ납부하였다{아래에서 보는 바와 같이 원고가 이의신청을 한 결과 감액ㆍ경정되고 남은 부분에 대한 신고ㆍ납부 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다(지방세법 제72조 제1항은 신고납부를 한 경우에는 신고납부를 한 때에 처분이 있는 것으로 보도록 규정하고 있다)}.

차. 원고는 2004. 8. 10. 위 취득세 및 등록세 등과 관련하여 강원도지사에 이의신청을 하였고, 강원도지사는 강원도지방세심의위원회의 심의를 거쳐 위 이의신청에 대하여, 피고가 위와 같이 원고가 신고ㆍ납부한 위 취득세 및 등록세 등을 징수한 것은 감면조례 제19조 제3항에 의한 것으로 적법하나, 지방세법시행령 제73조 제3항의 규정상 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 시기는 이 사건 각 토지에 대한 매매계약이 체결된 2004. 3. 3.(다만, 위 태장동 1303-1 대 1,574㎡에 대하여는 교환계약이 체결된 2003. 4. 23.)이 아니라, 이 사건 각 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐진 2003. 4. 8.(위 태장동 1303-1 토지에 관하여는 2003. 4. 29.)이고, 감면조례 제19조 제3항에 의한 당초 면제되었던 이 사건 각 토지의 취득으로 인한 취득세 및 등록세 등의 신고ㆍ납부기한은 위 취득일로부터 1년이 경과된 2004. 4. 8.(또는 2003. 4. 29.)이며, 따라서, 위 취득세 및 등록세 등에 대한 가산세는 위 신고ㆍ납부기한 다음날인 2004. 4. 9.(또는 2003. 4. 30.)부터 부과되어야 함에도, 피고는 위 매매계약 체결일 등을 이 사건 각 토지의 취득시기로, 그로부터 1년이 경과된 2004. 3. 3.(또는 2003. 4. 23.)을 신고ㆍ납부기한으로 보아 그 다음날부터 가산세를 부과한 잘못이 있기 때문에 위 취득세 및 등록세 등에 대하여 2004. 3. 4.(또는 2003. 4. 24.)부터 2004. 4. 8.(또는 2003. 4. 29.)까지 부과된 가산세는 위와 같이 이 사건 각 토지의 취득시기를 오인하여 잘못 부과된 것이라는 이유로, 원고가 이 사건 각 토지의 취득과 관련하여 신고ㆍ납부하여야 할 각 가산세를 포함한 취득세를 137,714,360원으로, 농어촌특별세를 13,720,550원으로, 등록세를 222, 471,540원으로, 지방교육세를 41,314,300원(합계 415,220,750원)으로 감액ㆍ경정하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고 주장의 요지

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(가) 원고가 이 사건 아파트의 시공업체를 선정하기 위한 입찰절차를 진행하던 중 재정경제부장관이 주택시장안정을 위한 종합대책을 발표하는 바람에 부동산시장이 위축되었고, 위 입찰도 유찰되었을 뿐만 아니라, 원고는 전문조사업체에 이 사건 사업의 타당성 여부의 조사ㆍ검토를 의뢰하여 얻은 결과를 토대로 하여 이 사건 사업을 중단하고 이 사건 각 토지를 매도하는 것이 이 사건 사업과 관련한 손실을 최소화하는 방안이라는 결론에 도달하게 되었고, 이에 따라 원고의 이사회와 강원도지사의 승인을 받아 이 사건 사업을 포기하게 된 것이어서, 비록 원고가 이 사건 각 토지의 취득일부터 1년 이내에 이 사건 각 토지를 이 사건 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 하더라도, 이는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 감면조례 제19조 제3항에서 정한 당초 면제된 취득세 및 등록세 등의 추징사유가 발생하지 아니하였다.

(나) 가사, 원고가 이 사건 각 토지의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 이를 이 사건 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 하더라도, 원고는 이 사건 각 토지의 취득목적에 따른 취득세 및 등록세 등 면제의 유예기간인 1년 이내에 그 취득목적인 이 사건 사업을 확정적으로 포기함과 아울러 이 사건 각 토지를 일괄매각하는 것으로 그 취득목적을 변경한 후 이에 따른 매도절차를 진행하였는바, 위 변경된 취득목적 또한 토지개발사업 내지는 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양을 목적으로 하는 원고의 고유 업무에 포함되므로, 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 원고의 고유 업무에 직접 사용하지 아니하였다고 사실을 오인하여 이 사건 처분을 하였다.

(2) 피고 주장의 요지

피고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.

(가) 원고가 원주시의 주택사정에 대한 충분한 사전 검토 없이 이 사건 사업을 강행하다가 이 사건 아파트의 건축을 담당할 시공업체를 선정하기 위한 단 1회의 공개입찰에서 시공업체를 선정하지 못한 채 유찰되었다는 점만을 들어 더 이상의 공개입찰이나 수의계약을 통한 시공업체의 선정 등의 절차를 밟지 아니하고 이 사건 사업의 수익성이 없다는 이유로 이 사건 사업을 포기하였으므로, 원고가 이 사건 각 토지를 그 취득일부터 1년 이내에 이 사건 사업에 직접 사용하지 아니한 점에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

(나) 비록 운영조례는 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양을 원고의 사업목적으로 할 수 있다고 규정하고 있으나, 원고의 법인등기부 및 정관에는 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양을 사업목적으로 정한 바 없고, 운영조례는 제정된 이래 원고의 사업목적 조항이 개정된 적이 없는데 반하여 원고의 법인등기부 및 정관에는 그 목적사업이 추가되는 등 변경이 있었던 점, 운영조례에 규정된 원고의 사업목적 가운데 원고의 법인등기부 및 정관에는 그 사업목적으로 명시되지 아니한 사항이 있고 반대로 법인등기부 및 정관에는 사업목적으로 명시되어 있으나 운영조례에는 규정되어 있지 아니한 사항이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양은 원고의 고유 업무에 속하지 아니하고, 가사, 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양이 원고의 고유 업무의 범위에 속한다고 하더라도, 원고가 주장하는 바와 같은 변경된 이 사건 각 토지의 취득목적인 1인에 대한 일괄매각은 위 분양의 범위에 포함되지 아니하므로, 결국 원고는 이 사건 각 토지의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 이를 원고의 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 것이다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고가 이 사건 사업을 포기함에 있어 정당한 사유가 있었는지 여부

감면조례는 지방세법 제7조를 근거로 하여 제정된 것으로서 감면조례 자체에 제19조 제3항 소정의 ‘정당한 사유’에 관한 명시적인 규정이 없는 이상, 위 정당한 사유의 취지는 모법인 지방세법의 규정 또는 그에 대한 해석에 의하여 확정되어야 할 것인바, 지방세법 제276조는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 다만, 그 취득일부터 3년 내에 ‘정당한 사유’ 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세ㆍ등록세를 추징하도록 규정하고 있는데, 위에서 규정하고 있는 정당한 사유라 함은 산업단지를 조성하지 못한 사유가 행정관청의 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 산업단지를 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 산업단지를 조성할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 부동산의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 산업단지 조성을 포기한 경우는 이에 포함되지 아니하는 것이고(대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두9978 판결 참조), 지방세법 제276조 및 감면조례 제19조 제1항은 그 기본적인 입법목적은 동일하다고 할 것이어서, 위와 같은 ‘정당한 사유’에 대한 해석은 감면조례 제19조 제3항 소정의 ‘정당한 사유’에도 동일하게 적용된다고 할 것이므로, 결국 감면조례 제19조 제3항에 규정된 ‘정당한 사유'란 지방공사가 그 고유의 업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 1년 이내에 고유 업무에 직접 사용하지 못하게 된 사유가 행정관청의 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 고유 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유 업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 부동산의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 고유 업무에 사용하는 것을 포기한 경우는 이에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

그러므로 살피건대, 갑 제17호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 재정경제부장관이 2003. 10. 29. 서울 강북지역에 12~13개의 뉴타운 지구를 추가로 지정하고, 고속철도역세권에 주택단지를 개발하며, 투기지역에 위치한 아파트에 대한 주택담보인정비율을 하향조정하고, 6대 광역시와 도청소재지 전역을 조사하여 투기과열지구의 지정을 확대하며, 분양권 전매금지조치를 전국적으로 확대 실시하겠다는 내용의 주택시장안정을 위한 종합대책을 발표한 사실을 인정할 수 있으나, 한편, 갑 제10호증의 11의 기재에 의하면, 재정경제부장관에 의하여 위와 같은 내용의 대책이 발표된 이후에도 2003. 11.경에는 원주시 개운동에 있는 현대홈타운아파트 246세대, 2003. 12.경에는 원주시 단구동에 있는 현진에버빌아파트 697세대, 2004. 1.경에는 원주시 태장동에 있는 아파트 480세대, 2004. 2.경에는 위 태장동에 있는 아파트 876세대 등이 각 분양된 사실을 인정할 수 있고, 원고가 이 사건 아파트의 시공업체를 선정하기 위한 공개입찰이 유찰되자 전문조사업체의 이 사건 사업의 타당성에 관한 조사ㆍ검토결과를 토대로 하여 이 사건 사업의 수익성이 있을지 여부가 불확실 한 것으로 판단한 나머지 이 사건 사업을 포기한 사실은 앞서 인정한 바와 같은바, 재정경제부장관이 발표한 주택시장안정을 위한 종합대책의 대부분은 원주시에는 해당되지 아니하는 것으로 보이는 점, 이 사건 각 토지의 인근에 신축된 아파트들에 대한 분양이 위 종합대책이 발표된 이후에도 계속된 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 아파트의 시공업체를 선정하기 위한 공개입찰을 실시한 무렵에 재정경제부장관이 주택시장안정을 위한 종합대책을 발표한 것을 원고가 이 사건 사업을 계속 진행할 수 없게 하는 행정관청의 금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유라고 보기는 어렵고, 오히려 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 부동산경기의 침체 및 미분양아파트의 증가로 인하여 이 사건 사업의 수익성이 불확실하다는 사업상의 판단에 따라 이 사건 사업을 포기하게 된 것이라고 봄이 상당하다고 할 것이어서, 원고가 이 사건 각 토지를 그 취득일부터 1년 이내에 그 고유 업무에 사용하지 못하게 된 것에 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 사업목적에 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양이 포함되는지 여부 및 이 사건 각 토지의 일괄매각이 원고의 고유 업무의 범위에 해당하는지 여부

(가) 감면조례는 지방세법 제7조를 근거로 하여 제정된 것으로서, 감면조례에 고유 업무의 범위에 관하여 명시적으로 규정되어 있지 아니한 이상, 그 고유 업무의 범위는 모법인 지방세법의 규정에 의하여 확정하여야 할 것인데, 구 지방세법시행령{1998. 7. 16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 다만, 위와 같이 대통령령 제15835호로 개정된 지방세법시행령부터 법인 소유의 비업무용 부동산에 대한 등록세의 중과세규정이 폐지된 2000. 12. 29.까지는 위 고유 업무라는 용어를 대신하여 목적사업(법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무)이라는 용어가 사용되었다} 제84조의4 제2항은 법령에서 개별적으로 규정한 업무, 법인등기부상 목적사업(행정관청의 인ㆍ허가 등을 요하는 사업은 인ㆍ허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무를 법인의 고유 업무로 규정하고 있었던 바, 위 구 지방세법시행령상의 고유 업무의 범위는 운영조례에 관해서도 동일하게 적용된다고 봄이 상당하다고 할 것이다.

그러므로 살피건대, 원고가 설립된 근거법령이라고 할 수 있는 운영조례에 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양이 원고의 목적사업으로 규정되어 있는 이상, 원고의 정관 및 법인등기부에 위 사항이 원고의 목적사업으로 기재되어 있지 않다고 하더라도, 토지의 취득ㆍ개발ㆍ분양은 원고의 고유 업무의 범위에 포함된다고 할 것이다.

(나) 감면조례 제19조 제3항에 규정된 지방공사가 부동산의 취득일부터 1년 이내에 취득한 부동산을 그 고유 업무에 직접 사용하였는지 여부는 원칙적으로 위 유예기간이 경과된 시점을 기준으로 판단하여야 할 것이나, 지방공사가 취득한 토지에 대하여 그 취득목적에 따른 유예기간이 경과하기 전에 당초의 취득목적을 확정적으로 포기하고 이를 다른 용도로 사용함으로써 그 취득목적을 변경한 경우에는 더 이상 당초의 취득목적에 따른 유예기간이 적용되지 아니하고, 그 취득목적이 변경된 때에 바로 변경된 취득목적이 고유 업무에 포함되는지 여부를 판단하여야 할 것이다.

그러므로 살피건대, 원고가 이 사건 각 토지의 취득일부터 1년 이내인 2004. 1. 20. 이 사건 각 토지의 취득목적인 이 사건 사업을 포기함과 아울러 이 사건 각 토지를 특정인에게 일괄매각하기로 그 취득목적을 변경하고 2004. 2. 27. 양지래미안에 이 사건 각 토지를 매도한 사실은 앞서 인정한 바와 같고, 갑 제13호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2004. 2. 6. 중앙일간지를 통하여 이 사건 각 토지에 대한 매각입찰공고를 하였고, 그 후 실시된 매각입찰과정에서 그 참가자들에게 이 사건 각 토지에 대하여 이미 피고로부터 주택건설사업계획승인을 받았음을 고지하는 한편, 위 사업계획승인에 따른 권리 및 이 사건 아파트에 대한 설계도서 등은 토지매각 후 낙찰자가 필요로 할 경우에는 별도로 상호협의를 거쳐 이를 매도하겠다는 내용이 기재된 입찰참가시 유의사항 안내서를 배부한 사실, 원고는 위 매각입찰절차를 거쳐 양지레미안과 사이에 이 사건 각 토지를 일괄하여 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 사실을 각 인정할 수 있는바, 원고가 이 사건 각 토지를 처분하기 위하여 이 사건 각 토지를 구분ㆍ특정하여 다수의 매수자들에게 분할하여 매도하는 분양의 방법을 선택하지 아니한 채 양지래미안에 이 사건 각 토지를 일괄매각한 점, 원고가 이 사건 각 토지뿐만 아니라 주택건설사업계획승인에 따른 이 사건 각 토지상에 이 사건 아파트를 건축할 수 있는 권리까지도 매각의 대상으로 삼은 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 사건 각 토지의 변경된 취득목적은 이 사건 각 토지를 ‘분양’하는 것이라기보다는 이 사건 각 토지를 ‘매도’하는 것이라고 봄이 상당하다고 할 것이므로, 원고가 부동산매매업을 그 목적사업으로 하고 있지 아니한 이상, 위와 같이 변경된 취득목적인 이 사건 각 토지의 매도는 원고의 고유 업무의 범위에 해당하지 아니한다고 할 것이어서, 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.