조합원들의 조합에 대한 신탁이 해지된 이후 조합이 위탁자인 조합원들에게 일반분양용 대지지분을 이전하지 아니한 것 자체 혹은 건물의 사용승인이나 대지권 취득 등을 독립된 새로운 취득세의 과세대상으로 삼아, 일반분양용 대지지분에 관한 취득세 및 이에 대한 부가세인 농어촌특별세를 부과하는 것은 취득세 부과의 적법한 방식에 따른 것이 아니어서 허용될 수 없으므로, 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4, 5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7 내지 11호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 재건축아파트 건축 경위

원고는 1999. 5.경 환지 전의 서울

구로구 구로동 155-73 외 5필지 3,438.20㎡(이하 ‘이 사건 구 토지’라 한다) 지상에 재건축아파트를 건립할 목적으로 설립되어 1999. 7. 23. 피고로부터 인가받은 재건축조합이다(이하 ‘원고 조합’이라 한다).

원고 조합은 이 사건 구 토지 중 서울

구로구 구로동 154-10 잡종지 754㎡,

같은 동 154-11 잡종지 185㎡,

같은 동 154-14 잡종지 650㎡,

같은 동 154-15 잡종지 147㎡를 각 그 지분소유자들로부터 매수하여 2000. 6. 21. 위 모두에 관하여 원고 조합 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 이 사건 구 토지 중

같은 동 125-117 대 111㎡를 그 소유자로부터 매수하여 2003. 8. 5. 위 토지에 관하여 원고 조합 명의로 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 구 토지 중 나머지

같은 동 155-73 잡종지 1,558㎡에 관하여는 2000. 10. 5.부터 2003. 8. 12.까지 사이에 조합원 혹은 지분소유자들로부터 각 그 지분을 신탁받아 원고 조합 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 이후 원고 조합은 재건축사업을 진행하여 건축된 아파트 일반분양분 43세대와 조합원분양분 40세대에 관하여 2003. 9. 24. 피고로부터 사용승인을 받았으며, 한편 원고 조합원들은 같은 해 10. 28.경 원고 조합에 대하여 이 사건 구 토지 중 서울

구로구 구로동 155-73 잡종지 1,558㎡ 중 해당 지분에 관한 신탁을 해지하고, 같은 해 11. 4. 신탁등기를 말소하였다.

나. 대지권 등기 경료 경위

그 후 이 사건 구 토지에 관하여 2003. 11. 4. 토지구획정리사업에 의한 환지처분으로 인하여 새로이 지번이 부여되어 서울

구로구 구로3동 1273 대 3,438.20㎡(이하 ‘이 사건 신 토지’라 한다)로 되었고, 그 지분 소유권자인 원고 조합 및 그 조합원들은 같은 날 이 사건 신 토지에 관하여 대지권을 등기원인으로 하여 대지권 등기를 마쳤으며, 한편 같은 날 원고 조합은 일반분양용 아파트에 관하여, 원고 조합원들은 각 그 수분양 아파트에 관하여 각 자신의 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 취득세 부과 경위

원고 조합이 이 사건 구 토지 중 조합원 분양분 해당 지분을 제외한 일반분양분 아파트 대지지분에 해당하는 1,921.60㎡(이하 ‘이 사건 일반분양용 토지’라 한다)를 취득하고도 이에 관하여 취득세를 신고·납부하지 아니하였다는 이유로, 피고는 2004. 7. 10. 원고 조합에게 취득일자를 2003. 10. 21., 취득원인을 ‘기타’로 하고, 위 취득일자 당시의 이 사건 구 토지의 공시지가 ㎡당 1,480,000원을 적용하여 과세표준을 2,843,968,000원으로 산정한 다음, 위 과세표준에 관계법령에 따른 세율을 적용하여 산출한 취득세 68,255,230원 및 농어촌특별세 6,256,720원 합계 74,511,950원을 부과하였다.

라. 전심절차

원고 조합은 2004. 8. 30. 이 사건 처분에 관하여

서울특별시장에게 이의신청을 하였는데, 이에 대하여

서울특별시장은 2004. 9. 20. 전용면적 85㎡ 이하 건축물의 부속토지는 농어촌특별세 비과세 대상이라고 하면서 이 사건 처분 중 농어촌특별세 6,256,720원을 4,174,240원으로 경정하고 나머지 청구는 받아들이지 아니한다는 내용의 결정을 하였다.

피고는 2004. 9. 22. 위 이의신청결과에 따라 이 사건 처분 중 농어촌특별세를 감액·경정함에 있어

서울특별시장의 결정에 따라 4,174,240원으로 감액·경정하여야 함에도 착오로 2,082,480원으로 감액·경정하였다(이하 이 처럼 감액·경정된 2004. 7. 10.자 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 조합의 주장

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제10항은 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 그 조합원이 취득한 것으로 보아 그 조합원을 납세의무자로 규정하고,

같은 법 제110조 제1호 본문에서 신탁으로 인한 신탁재산의 취득은 취득세를 부과하지 않는다고 규정하고 있음에도, 피고는

같은 법 제110조 제1호 단서에서

주택법 제32조의 규정에 의한 주택조합과 조합원간의 신탁재산취득을 제외하고 있는 것을 근거로 이 사건 처분을 하였는 바, 이는 서로 모순되는 규정을 적용한 것으로서 위법하다.

나. 관계법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 원고 조합의 주장에 대한 판단

살피건대,

구 지방세법 제105조 제10항은

주택법 제32조(2003. 5. 29. 법률 제6916호로 개정되기 전에는 주택건설촉진법 제44조였다)의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 규정에 의하면 주택조합의 조합원이 취득하는 것으로 보는 조합주택용 부동산은 ‘조합원용’으로 취득하는 것을 의미할 뿐, 주택조합이 취득하는 ‘조합원용’이 아닌 ‘일반분양용’ 부동산에 대하여서까지 조합원이 취득하는 것으로 보는 것이 아님은 위 규정의 문언상 명백하고, 위 규정 신설(위 규정은 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 신설되었다)의 단초가 된 ‘주택조합이 그 소유의 자금으로 조합원의 건물을 신축 분양하는 것이 아니라 공정에 따라 조합원으로부터 각자 부담할 건축자금을 제공받아 조합원의 자금으로 이를 건축하는 것이므로, 건축절차의 편의상 조합명의로 그 건축허가와 준공검사를 받았다고 하더라도 그 건물의 소유권은 조합원이 아닌 일반인에게 분양된 주택부분 및 복리시설 등을 제외하고는 특단의 사정이 없는 한 건축자금의 제공자인 조합원들이 원시취득한 것으로 보아야 한다’는 대법원 판결(

대법원 1996. 4. 12. 선고 96다3807 판결 참조)의 취지를 보태어 보면 이 점은 더욱 명확해진다.

한편, 원고 조합은 기존 아파트의 재건축을 목적으로

구 주택건설촉진법(2003. 5. 29. 법률 제6916호 ‘주택법’으로 전문개정되기 전의 것) 제44조 제1항의 규정에 의하여 주무관청의 인가를 받아 법인으로 설립된 재건축조합으로서 조합원과 구별되는 별도의 사업주체에 해당하고, 재건축조합의 조합원은 조합규약에 따라 조합의 재건축사업의 원활한 수행을 위하여 신탁 목적으로 조합원 소유의 토지를 조합에 이전할 현물출자 의무를 부담하는바, 재건축 시행과정에서 조합원이 그 소유인 토지지분에 관하여 재건축조합 명의로 신탁등기를 한다 하더라도 그 실질은 출자자로서 출자의무의 이행을 한 것이라 할 것이어서, 이는

구 지방세법 제104조 제8호가 취득세의 과세대상인 취득의 하나로 규정하고 있는 ‘법인에 대한 현물출자’에 해당하여

같은 법 제105조 소정의 취득세 납세의무가 발생되는 ‘취득’에 해당한다고 할 것이므로, 그 재건축조합은 조합원의 출자의무 이행으로 인하여 취득하는 부동산 중 앞에서 본

구 지방세법 제105조 제10항에 의한 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부분을 제외한 나머지 부분에 관하여는 지방세법 소정의 취득세를 납부할 의무가 있다

그리고

구 지방세법 제110조 제1호에서 일반적으로 신탁에 의한 신탁재산의 취득을 형식적인 소유권취득으로 보아 그 취득을 비과세하도록 규정하면서도, 그 단서에서

주택법 제32조의 규정에 의한 주택조합과 조합원간의 신탁재산 취득은 비과세대상에서 제외하고 있는 것도 이와 같은 취지에서 이다.

따라서 재건축조합이 재건축 시행을 위하여 취득하는 부동산 중 토지를 포함한 조합원용 부동산에 관하여는

구 지방세법 제105조 제10항에 의하여 당해 조합원이 취득한 것이므로 주택조합은 이에 관하여 취득세 납부의무를 부담할 여지가 없다고 할 것이나, 조합원용이 아닌 일반분양용 부동산에 관하여는

구 지방세법 제110조 제1호 단서에 의하여 여전히 재건축조합이 취득세 납부의무를 부담한다고 할 것이므로, 위

구 지방세법 제105조 제10항과

같은 법 제110조 제1호 단서의 규정은 서로 모순되는 것이 아니라고 할 것이다.

그렇다면, 원고 조합이 이 사건 일반분양용 토지에 관하여 취득세를 납부할 의무가 없다는 전제에 선 원고 조합의 위 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 이 법원의 직권 판단

㈎ 앞서 본 바와 같이 원고와 같은 주택재건축조합이 일반분양용으로 취득한 토지지분에 관하여 취득세 납부의무를 부담하는 것은 사실이지만, 원고 조합이 그 신고납부의무를 이행하지 않았다는 이유로 과세관청인 피고가 원고 조합에게 이를 부과하기 위하여는 적법한 방식과 절차에 따라 부과하여야만 그 유효성이 인정될 것이므로 이 사건 처분이 과연 그러한 유효성을 인정받을 만한 적법 요건을 갖추고 있는지에 관하여 직권으로 살펴본다.

㈏ 과세관청이 당초의 부과처분 당시 인정한 사실의 일부에 착오나 오류가 있다 하여도 그 후 인정된 사실이 당초의 과세원인사실과 동일한 사실의 범위 내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니라면 처분의 동일성은 유지된다고 할 것이지만(

대법원 1997. 2. 11. 선고 96누3272 판결 참조), 과세관청이 주장하지도 아니하는데 법원에서 직권으로 당초의 과세원인사실과 과세의 기초사실이 달라질 정도로 전혀 다른 새로운 원인사실로 변경하는 것은 변론주의에 위배될 뿐만 아니라, 당초 처분과 동일성이 유지된다고 할 수 없어 이를 이유로 부적법하였던 원래의 과세처분이 적법하여 질 수는 없다고 할 것이다. 그리고 취득세는 납세의무자가 부동산 등의 과세물건을 취득하는 때에 그 당시의 가액을 과세표준으로 하여 그때 적용되는 지방세법에 따라 부과되는 것으로서, 그 취득일자와 원인, 가액은 취득세 부과의 본질적인 결정요소라고 할 것이고, 한편 취소소송에 있어서 취소의 대상이 되는 처분의 기초적 사유는 특별한 사정이 없는 한 처분청의 주장 및 이를 뒷받침하는 자료에 의하여 결정된다고 할 것이다(

헌법재판소 2005. 6. 30.자 2003헌가19 결정 참조).

이 사건에서 보건대, 앞에서 인정한 바와 같이 피고는 원고 조합이 이 사건 구 토지 중 일반분양분 대지지분을 취득하고서도 취득세를 신고·납부하지 아니하였다는 이유로 원고 조합에게 위 부분에 관한 취득세 부과처분을 하면서 취득일자를 ‘2003. 10. 21.’, 취득원인을 ‘기타’, 과세표준을 위 취득일자 당시의 이 사건 구 토지 공시지가에 해당하는 ㎡ 당 금액을 해당 대지지분 면적에 적용하여 산출한 금액으로 한 다음 이에 따라 산출되는 취득세를 부과하였고, 한편 피고는 이 사건 소송 중 2004. 12. 3.자 답변서에서 원고에게 취득세를 부과한 것은 원고 조합원들의 원고 조합에 대한 신탁이 해지된 후 원고가 위탁자인 조합원들에게 이전하지 아니한 일반분양분 대지지분에 관하여 취득세를 부과한 것이라고 주장하고 있을 뿐이다.

그러나 주택재건축조합인 원고 조합은 앞에서 인정한 바와 같이 이 사건 구 토지에 관하여 2000. 6. 21.부터 2003. 8. 12.까지 사이에 그 조합원 혹은 지분소유자들로부터 그 각 소유지분을 신탁받거나 또는 매수하여 원고 명의로 등기를 마침으로써 이미 이를 취득하게 되었다고 할 것이므로, 피고가 원고 조합에게 이 사건 취득세를 부과함에 있어서도 위 신탁 또는 매수시점을 기준으로 이를 원인으로 하여 취득세를 산정·부과하여야 할 것이고, 다만 이 경우 원고가 신탁받거나 매수하는 시점에서 신탁 또는 매수하는 토지지분 중 일반분양용과 조합원용 토지지분 비율이 아직 확정되지 않아 그 구별이 곤란하여 일반분양용 토지지분 취득에 대한 과세가 사실상 곤란하다면 일반분양용 토지지분과 조합원용 토지지분 비율의 구별이 가능해지는 것을 해제조건으로 하여 구체적인 신탁 또는 매수등기일을 취득일로 보아 이를 그 취득세의 과세원인으로 삼았어야 할 것이다(혹은 신탁 또는 매수시점에서 취득 토지 전체에 대한 취득세를 납부하도록 하고 사후에 조합원용으로 확정된 부분에 대한 취득세를 환급하는 방법도 고려할 수 있다).

그런데 과세관청인 피고는 원고 조합의 위 제대로 된 취득일자인 2000. 6. 21. 내지 2003. 8. 12. 및 제대로 된 취득원인인 신탁 혹은 매매와는 관련이 없는 취득일자 ‘2003. 10. 21.’, 취득원인 ‘기타’로 하고, 과세표준에 관하여도 대응하는 각 취득일자가 아닌 2003. 10.경을 기준으로 이를 산정하였는바, 이에 관하여 ① 피고는 이 사건 소송에서까지 원고 조합의 원래적인 이 사건 일반분양용 토지의 취득을 이 사건 처분의 원인으로 삼은 것이라고 주장하는 것이 아니라, 원고 조합원들의 원고 조합에 대한 신탁이 해지된 후 원고 조합이 위탁자인 조합원들에게 일반분양용 대지지분을 이전하지 아니한 것 자체를 원고 조합의 새로운 취득으로 본 것이라는 취지로만 주장하고 있고, 피고가 제출한 취득세조사서(을 제1호증)의 기재도 이와 배치되지 않으며, 달리 피고의 이 사건 처분이 토지지분의 신탁 혹은 매매를 대상으로 한 것이라고 볼 만한 주장이나 자료가 전혀 없는 점, ② 피고가 취득세 부과처분의 취득원인을 ‘기타’로 기재한 점에 비추어 전형적인 취득원인인 신탁이나 매매는 이 사건 처분의 취득원인으로 삼고 있지 아니한 것으로 보이고, 나아가 피고가 이 사건 처분에서 취득일자라고 하는 것과 제대로 된 취득일자 사이에는 시간적인 간격이 너무 크고 그 전제로 하는 취득원인이 달라 피고가 주장하는 취득일자나 취득원인의 주장 혹은 기재가 단순한 착오나 오류라고 볼 수 없는 점, ③ 취득세의 과세원인이 되는 취득일자와 취득원인, 취득가액은 취득세 부과의 본질적인 결정요소라고 할 것이어서 단순한 오기 이외에는 과세관청의 명확한 주장이 있기 전에는 직권으로 그 변경을 쉽게 인정하여서는 안되는 점, ④ 취득일자가 2000. 6. 21.경까지 소급하는 분이 있음에도 이 사건 처분에서는 일률적으로 2003. 10.경을 기준으로 과세표준을 산정하였으므로 필연적으로 과세표준에 차이가 발생하고, 따라서 이를 기초로 한 취득세액도 달라질 수 밖에 없는 점, ⑤ 앞서 본 바와 같이 원고 조합은 이 사건 구 토지 지분을 취득함에 있어서 조합원으로부터 신탁으로 취득한 부분이 있을 뿐만 아니라 조합원이 아닌 제3자로부터 매매로 취득한 부분이 있고, 원고 조합은 신탁으로 취득한 부분과는 달리 제3자로부터 이 사건 구 토지 지분 부분을 매수 취득하여 소유권이전등기를 경료함에 있어서는 그에 상응하는 취득세를 이미 납부한 것으로 보이는데, 피고는 위 제3자로부터 취득한 부분까지 포함하여 일반분양분 대지지분을 계산함으로써 결국 이 부분은 중복하여 취득세를 부과한 것으로 보이는 점등에 비추어 보면, 피고의 위와 같은 이 사건 처분은 원래 원고 조합의 적법한 취득원인과 일자, 과세금액과는 동일성을 인정할 수 없는 전혀 새로운 별개의 취득원인과 일자, 과세금액을 기초로 한 것이어서 그 자체의 유효성이 인정되지 아니하는 한 적법한 취득세의 부과 방식에 따른 것이라고 할 수 없다.

그러므로 피고가 주장하는 바와 같은 원고 조합원들의 원고 조합에 대한 신탁이 해지된 후 원고 조합이 위탁자인 조합원들에게 일반분양용 대지지분을 이전하지 아니한 것 자체를 원고 조합의 새로운 대지지분 취득으로 볼 수 있는지에 관하여 살펴 보건대, 취득세의 과세대상이 되는 취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말하는 바(

구 지방세법 제104조 제8호), 그 원인일자에 위에 해당하는 법률행위 또는 사실행위 중의 하나가 반드시 있어야 할 것이다. 그런데 앞에서 인정한 사실관계에 의하면, 피고가 이 사건 취득일자라고 주장하는 2003. 10. 21.경 원고 조합이 이 사건 일반분양용 대지지분에 관하여 소유권취득의 원인행위가 될 만한 어떠한 법률행위 혹은 사실행위를 한 사실이 없음은 분명할 뿐만 아니라, 피고가 취득의 원인이 된다고 주장하는 ‘신탁관계의 해지’라는 것은 이 사건 구 토지지분에 관하여 당초 신탁등기가 마쳐졌던 원고 조합 명의 중 조합원분양분에 관하여 조합원들에게 그 소유권이전등기 명의가 다시 돌아가고, 그 나머지인 이 사건 일반분양용 토지에 관하여 원고 조합 명의가 그대로 남아 있게 되는 것에 불과하여 조합원들의 신탁관계 해지 또는 신탁관계 종료로 인하여 원고 조합이 이 사건 일반분양용 토지를 새롭게 취득한다고 보기 어려우므로 이를 독립된 취득원인으로 보고 그 신탁해지 혹은 종료시점을 기준으로 취득세를 부과할 수는 없다고 할 것이다.

나아가, 피고가 이 사건 취득일자라고 주장하는 2003. 10. 21.경을 전후하여 원고 조합이 피고로부터 일반분양용 아파트에 관하여 사용승인을 받았다던가 혹은 대지권등기를 경료하였다던가 하는 점도 그것들이 모두 위 대지지분에 대한 독립된 취득원인이 될 수 없다는 면에서 원고 조합이 이들을 이유로 일반분양용 대지지분을 새롭게 취득하였다고 볼 수도 없다.

㈐ 따라서 피고는 원고 조합에게, 원고 조합이 2000. 6. 21.부터 2003. 8. 12.까지 사이에 이 사건 일반분양용 토지를 신탁 또는 매수하여 취득한 것을 과세원인으로 하는 것이 아닌, 원고 조합원들의 원고 조합에 대한 신탁이 해지된 이후 원고 조합이 위탁자인 조합원들에게 일반분양용 대지지분을 이전하지 아니한 것 자체 혹은 건물의 사용승인이나 대지권 취득 등을 독립된 새로운 취득세의 과세대상으로 삼아 이 사건 일반분양용 대지지분에 관한 취득세 및 이에 대한 부가세인 농어촌특별세를 부과하는 것은 취득세 부과의 적법한 방식에 따른 것이 아니어서 허용될 수 없다고 할 것이다.

결국 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고 조합의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.