건물 중 의과대학이 강의실, 행정사무실, 총장․부총장의 사무실, 대학 임원 사무실로 사용하고 있는 부분은 , 그 고유사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없으므로, 위 건물 부분 및 토지 중 이 건물에서 위 건물 부분이 차지하는 비율에 대응하는 부분은 구 지방세법에 따른 취득세의 면제대상이 되지 않는다고 할 것이므로, 처분은 적법하다.

1. 기초사실

가. 원고는 ‘사회공익에 기여할 수 있는 의료기관을 설치 운영하며 보건의료에 관한 연구개발과 국민 의료 시혜사업을 보다 적극적이고 능동적으로 실시함으로써 국민 보건향상과 사회복지에 기여’함을 목적으로 1978. 8. 17. 의료법에 의하여 설립된 의료법인이다.

나. 원고는 인천

남동구 구월동 1141-8 지상에 병원건물(지하 2층, 지상 12층, 연면적 15,357.8㎡, 이하 이 사건 건물이라 한다.)을 신축하여 1999. 8. 16. 관할 관청으로부터 임시 사용승인을 받았고, 이 사건 건물의 부속토지로 사용하기 위하여 2001. 7. 23.

같은 동 1141-21 토지 등 2필지의 토지(면적 합계 600.1㎡, 이하 이 사건 토지라 한다.)를 취득하였다.

다. 원고는 1998. 3. 1.

가천의과대학(학교법인

가천학원이 설립한 대학교 중 하나이고, 학교법인

가천학원은 대한민국 교육의 근본이념에 입각하여 간호 및 실업에 관한 전문교육 및 중등교육을 실시함을 목적으로 1972. 11. 10. 설립된 법인이다.)과 사이에,

가천의과대학은 원고 산하 병원의 의료인력이 학생교육 및 의학연구를 수행할 수 있도록 교원의 직위와 강의배정 등 필요한 조치를 취하고, 원고 산하 병원은

가천의과대학 의 재학생과 졸업생에 대한 의학교육, 임상실습 및 대학 운영에 필요한 교육비, 장학금, 운영비 등의 지원을 담당하며,

가천의과대학은 재학생 및 졸업생의 임상실습, 수련, 연구 등을 전적으로 원고 산하 병원에 위탁한다는 등의 내용으로 ‘교육협력병원약정서’를 작성하였고, 위 교육협력병원약정에 따라 2000. 3. 2. 무렵부터

가천의과대학으로 하여금 이 사건 건물 중 8층(면적 1,121㎡), 9층(면적 1,121㎡), 10층(면적 1,121㎡), 11층 중 일부(면적 128.48㎡), 12층(면적 1,121㎡)를

가천의과대학의 총장․부총장의 사무실, 대학 임원 사무실, 대학행정 사무실, 강의실, 교수연구실, 강당, 도서관, 정보센터, 임상과학연구소 등으로 사용하게 하였다.

라. 한편, 원고는 피고에게 2001. 7. 25. 이 사건 토지에 대한 취득세액을 산출하여 신고(취득가액 972,162,000원, 산출세액 19,443,240원)하면서 지방세법령에 따라 감면을 신청하여 이 사건 토지에 대한 취득세를 감면받았고, 2001. 9. 11. 이 사건 건물에 대한 취득세액을 산출하여 신고(취득가액 21,100,825,114원, 산출세액 422,016,500원)하면서 지방세법령에 따라 감면을 신청하여 이 사건 건물에 대한 취득세를 감면받았다.

마. 그 후 피고는 2004. 5. 6. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 건물 중 8층, 9층, 10층, 11층 중 일부, 12층을 위와 같이

가천의과대학에 사용하게 하였으므로 원고는 이 사건 건물 중 위 부분과 이 사건 토지 중 이 사건 건물에서 위 건물 부분이 차지하는 비율(30.3%)에 대응하는 부분을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 이 사건 건물 취득가액 중 6,337,309,629원, 이 사건 토지 취득가액 중 291,973,966원 합계 6,629,283,595원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 159,102,780원, 농어촌특별세 17,501,290원을 부과하였다(이하 이 사건 부과처분이라 한다).

바. 이에 원고는 2004. 7. 30. 행정자치부장관에게 이 사건 부과처분에 대한 심사청구를 제기하였고, 행정자치부장관은 2004. 9. 23. 원고의 심사청구에 대하여,

가천의과대학 교수들이 원고 산하 병원의 겸임교수로서 원고가 경영하는 병원의 환자를 치료하고 그에 따른 급료를 받고 있을 뿐만 아니라 도서관은 원고가 직접 도서를 구입하여 관리하면서 원고의 직원들이 이용하고 있고, 강당 등은 연 4~5회 정도

가천의과대학에서 입학식, 졸업식 등으로 사용하고 있지만, 대부분 병원에서 운영하는 시민강좌 및 인천광역시 보건위생과에서 실시하는 응급처치 교육 등으로 사용하고 있어 겸임교수연구실과 도서관, 강당 등의 건물 부분 2,290.88㎡는 원고가 그 고유업무에 직접사용하고 있는 것으로 판단된다는 이유로 이 사건 부과처분을 취득세 79,992,480원, 농어촌특별세 7,332,620원으로 경정한다는 내용의 결정을 하였으며, 위 결정은 그 무렵 원고에게 송달되었다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 부과처분이 관계 법령에 따른 적법한 처분이라고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 오늘날의 의료업무에는 기존의 치료방법에 따라 치료를 하는 것만이 아니라 보다 수준 높은 의료기술을 환자에게 제공하기 위하여 필수적으로 요구되는 학문적인 연구와 임상실험까지 포함된다고 보아야 하고,

가천의과대학 교수들은 원고 소속 병원의 의사를 겸직하고 있고, 진료 및 임상실습은 자연히 학술연구 및 강의 등과 사실상 혼합되기 마련이고 학생들의 경우에도 역시 현장실습과 수강 및 수련의 수탁이 혼합되어 있으며, 원고 법인의 정관상 연구개발업무는 원고의 주된 목적사업의 하나이므로, 이 사건 건물 중 위 부분은 원고가 그 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 할 것이어서 이 사건 건물 및 토지에 대한 취득세는 면제대상임에도 불구하고 피고가 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

[구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)]

제290조 (공공법인에 대한 과세면제)

① 다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면 제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지 세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에 는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

…(중략)…

17. 의료법에 의하여 설립된 의료법인.(단서 생략)

[구 농어촌특별세법(2001. 12. 29. 법률 제6298호로 개정되기 전의 것)]

제3조 (납세의무자) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

…(중략)…

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 경주․마권세의 납세의무자

다. 판단

(1) 을 제5호증의 1, 2, 제6호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하면, 원고 산하의 ‘

인천중앙길병원’은 1995. 12. 19. 보건복지부장관으로부터 ‘95권역별 응급의료센터

건립대상병원 선정통보를 받은 후 1996. 8. 9. 확정통보를 받은 사실, 인천광역시장이 1995. 5. 15.자로 원고 산하 위 병원장에게 통보한 권역별 응급의료센터 설치기준에 의하면, 권역별 응급의료센터는 권역내 응급환자의 최종진료, 응급중환자 전문진료, 응급환자정보센터, 응급구조사 양성기관, 대량재해 발생시 의료지원 중심병원의 역할을 수행하고, 이를 위한 주요시설로 권역센터 진료실, 환자분류소, 검사실, 방사선실, 수술실, 중환자실, 입원실, 회의실, 도서실, 원무행정실, 교수실, 의사실, 간호사실, 보호자대기실, 정보센터, 응급진료실(기존 응급센터) 등의 최소시설기준을 갖추어야 하는 사실, 원고는 그 산하의 위 병원이 위와 같은 응급의료센터 건립대상병원으로 선정된 후 응급의료센터를 건립하기 위하여 이 사건 건물과 토지를 취득한 사실을 인정할 수 있고, 한편,

구 응급의료에관한법률{2000. 1. 12. 법률 제6147호로 전문개정되기 전의 것)} 제1조는 “이 법은 위급상태에 있는 환자에 대하여 적기에 적정수준의 응급의료를 제공하는데 필요한 사항을 규정함으로써 응급환자의 생명과 건강을 보호하고 국민의료의 적정을 기함을 목적으로 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 위 관계 법령의 규정 내용에 의하면, 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세가 면제되는바, 앞서 본 바와 같이 원고의 정관상 목적, 원고 산하 병원이 ‘95권역별 응급의료센터

건립대상병원으로 선정됨에 따라 원고가 응급의료센터 건립을 위하여 이 사건 건물 및 토지를 취득한 점, 권역별 응급의료센터는 그 역할을 수행하기 위한 진료실 등의 시설기준을 갖추어야 하는 점, 이 사건 건물 중

가천의과대학에서 겸임교수연구실, 도서관, 강당, 정보센터, 임상과학연구소로 사용하고 있는 부분을 제한한 나머지 강의실, 행정사무실, 총장․부총장의 사무실, 대학 임원 사무실로 사용하고 있는 부분은 의료법인인 원고가 그 의료목적을 수행함에 필요한 용도라기보다는

가천의과대학이 그 교육목적을 수행함에 필요한 용도라고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 건물 중 가천의과대학이 강의실, 행정사무실, 총장․부총장의 사무실, 대학 임원 사무실로 사용하고 있는 부분은 원고가 그 고유사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없으므로, 위 건물 부분 및 이 사건 토지 중 이 사건 건물에서 위 건물 부분이 차지하는 비율에 대응하는 부분은 구 지방세법에 따른 취득세의 면제대상이 되지 않는다고 할 것이다.

3. 결 론

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.